ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51111

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 3, 4, 1, 4, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.014, 0.036, 0.059, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.019, 0.045, 0.070, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.045 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.006, 0.036, 0.066, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.036 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.007, 0.037, 0.068, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.037 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.020, 0.063, 0.106, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.063 std_dev=0.043
N1 B 0, 0.333, 0.539, 0.745, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.539 std_dev=0.206
C2 B 0, 0.321, 0.533, 0.746, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.533 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.306, 0.552, 0.797, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.552 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.316, 0.603, 0.890, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.603 std_dev=0.287
N2 B 0, 0.330, 0.653, 0.976, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.653 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.306, 0.630, 0.955, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.630 std_dev=0.324
N9 B 0, 0.390, 0.758, 1.126, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.758 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.289, 0.658, 1.027, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.658 std_dev=0.369
O4' A 0, 0.318, 0.702, 1.087, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.702 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.449, 0.856, 1.263, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.856 std_dev=0.407
C2' A 0, 0.310, 0.756, 1.201, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.756 std_dev=0.445
O6 B 0, 0.305, 0.760, 1.215, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.760 std_dev=0.455
C8 B 0, 0.420, 0.907, 1.394, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.907 std_dev=0.487
N7 B 0, 0.327, 0.857, 1.387, 2.348 max_d=2.348 avg_d=0.857 std_dev=0.530
O5' A 0, 0.605, 1.240, 1.874, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.240 std_dev=0.634
C3' A 0, 0.517, 1.152, 1.787, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.152 std_dev=0.635
C4' A 0, 0.470, 1.158, 1.847, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.158 std_dev=0.689
C2' B 0, 0.638, 1.338, 2.037, 2.806 max_d=2.806 avg_d=1.338 std_dev=0.700
O2' B 0, 0.889, 1.610, 2.331, 2.699 max_d=2.699 avg_d=1.610 std_dev=0.721
O2' A 0, 0.317, 1.064, 1.811, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.064 std_dev=0.747
O3' A 0, 0.763, 1.533, 2.302, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.533 std_dev=0.769
P A 0, 1.078, 1.980, 2.883, 3.786 max_d=3.786 avg_d=1.980 std_dev=0.903
C5' A 0, 0.854, 1.845, 2.837, 4.193 max_d=4.193 avg_d=1.845 std_dev=0.992
OP2 A 0, 1.516, 2.543, 3.571, 3.908 max_d=3.908 avg_d=2.543 std_dev=1.027
O4' B 0, 0.524, 1.559, 2.594, 3.666 max_d=3.666 avg_d=1.559 std_dev=1.035
C3' B 0, 0.627, 2.005, 3.382, 4.564 max_d=4.564 avg_d=2.005 std_dev=1.378
O3' B 0, 0.928, 2.331, 3.734, 5.178 max_d=5.178 avg_d=2.331 std_dev=1.403
OP1 A 0, 1.666, 3.110, 4.554, 5.224 max_d=5.224 avg_d=3.110 std_dev=1.444
C4' B 0, 0.516, 2.072, 3.627, 4.965 max_d=4.965 avg_d=2.072 std_dev=1.556
OP2 B 0, 0.977, 2.817, 4.657, 6.356 max_d=6.356 avg_d=2.817 std_dev=1.840
O5' B 0, 1.177, 3.081, 4.985, 6.607 max_d=6.607 avg_d=3.081 std_dev=1.904
C5' B 0, 0.797, 2.959, 5.120, 6.807 max_d=6.807 avg_d=2.959 std_dev=2.161
P B 0, 1.540, 3.883, 6.226, 8.252 max_d=8.252 avg_d=3.883 std_dev=2.343
OP1 B 0, 2.340, 5.329, 8.319, 10.195 max_d=10.195 avg_d=5.329 std_dev=2.990

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.13 0.04 0.03 0.07 0.09 0.05 0.04 0.02 0.03 0.29 0.01 0.25 0.04 0.26 0.50 0.20
C2 0.06 0.00 0.45 0.52 0.03 0.21 0.02 0.36 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.30 0.49 0.14 0.27 0.02 0.69 0.79 0.32
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.23 0.02 0.13 0.19 0.20 0.22 0.35 0.55 0.45 0.15 0.05 0.01 0.05 0.03 0.54 0.16 0.45 0.56 0.51
C3' 0.03 0.52 0.01 0.00 0.36 0.01 0.38 0.09 0.45 0.29 0.51 0.57 0.46 0.33 0.23 0.03 0.03 0.02 0.28 0.46 0.34 0.37 0.25
C4 0.03 0.03 0.23 0.36 0.00 0.14 0.01 0.33 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.25 0.26 0.08 0.28 0.02 0.69 0.77 0.32
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.20 0.22 0.21 0.24 0.18 0.22 0.12 0.28 0.04 0.01 0.04 0.22 0.22 0.37 0.10
C5 0.04 0.02 0.13 0.38 0.01 0.18 0.00 0.42 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.36 0.23 0.07 0.33 0.01 0.94 0.94 0.43
C5' 0.13 0.36 0.19 0.09 0.33 0.01 0.42 0.00 0.44 0.46 0.41 0.36 0.30 0.48 0.30 0.15 0.21 0.02 0.04 0.48 0.32 0.36 0.05
C6 0.04 0.01 0.20 0.45 0.01 0.20 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.31 0.08 0.33 0.01 1.00 1.00 0.46
C8 0.03 0.04 0.22 0.29 0.01 0.22 0.01 0.46 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.41 0.21 0.11 0.40 0.03 0.89 0.89 0.46
N1 0.07 0.01 0.35 0.51 0.04 0.21 0.03 0.41 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.32 0.43 0.13 0.30 0.02 0.86 0.91 0.40
N2 0.09 0.01 0.55 0.57 0.04 0.24 0.03 0.36 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.37 0.60 0.16 0.26 0.04 0.63 0.75 0.30
N3 0.05 0.01 0.45 0.46 0.01 0.18 0.01 0.30 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.28 0.45 0.13 0.25 0.02 0.57 0.70 0.27
N7 0.04 0.03 0.15 0.33 0.01 0.22 0.01 0.48 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.44 0.22 0.09 0.41 0.03 1.08 1.03 0.51
N9 0.02 0.04 0.05 0.23 0.01 0.12 0.02 0.30 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.24 0.14 0.04 0.29 0.03 0.60 0.70 0.30
O2' 0.03 0.30 0.01 0.03 0.25 0.28 0.36 0.15 0.36 0.41 0.32 0.37 0.28 0.44 0.24 0.00 0.06 0.21 0.36 0.41 0.45 0.57 0.44
O3' 0.29 0.49 0.05 0.03 0.26 0.04 0.23 0.21 0.31 0.21 0.43 0.60 0.45 0.22 0.14 0.06 0.00 0.19 0.22 0.32 0.53 0.53 0.32
O4' 0.01 0.14 0.03 0.02 0.08 0.01 0.07 0.02 0.08 0.11 0.13 0.16 0.13 0.09 0.04 0.21 0.19 0.00 0.14 0.08 0.17 0.57 0.19
O5' 0.25 0.27 0.54 0.28 0.28 0.04 0.33 0.04 0.33 0.40 0.30 0.26 0.25 0.41 0.29 0.36 0.22 0.14 0.00 0.37 0.04 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.16 0.46 0.02 0.22 0.01 0.48 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.41 0.32 0.08 0.37 0.00 1.15 1.09 0.53
OP1 0.26 0.69 0.45 0.34 0.69 0.22 0.94 0.32 1.00 0.89 0.86 0.63 0.57 1.08 0.60 0.45 0.53 0.17 0.04 1.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.79 0.56 0.37 0.77 0.37 0.94 0.36 1.00 0.89 0.91 0.75 0.70 1.03 0.70 0.57 0.53 0.57 0.03 1.09 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.51 0.25 0.32 0.10 0.43 0.05 0.46 0.46 0.40 0.30 0.27 0.51 0.30 0.44 0.32 0.19 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.18 0.56 0.42 0.22 0.58 0.22 0.74 0.24 0.24 0.20 0.18 0.21 0.24 0.24 0.71 0.60 0.71 0.61 0.29 0.81 0.85 0.65
C2 0.22 0.18 0.52 0.48 0.21 0.36 0.24 0.61 0.26 0.25 0.20 0.23 0.18 0.28 0.21 0.63 0.43 0.51 0.55 0.33 1.22 1.01 0.76
C2' 0.39 0.28 0.84 0.66 0.34 0.41 0.34 0.53 0.31 0.38 0.27 0.26 0.32 0.37 0.37 1.02 0.74 0.53 0.49 0.31 0.81 0.92 0.61
C3' 0.46 0.42 0.88 0.63 0.43 0.44 0.42 0.61 0.40 0.43 0.40 0.43 0.43 0.42 0.44 0.90 0.44 0.63 0.59 0.40 0.96 0.88 0.67
C4 0.23 0.17 0.53 0.42 0.20 0.45 0.22 0.65 0.24 0.22 0.20 0.20 0.18 0.24 0.20 0.65 0.47 0.61 0.57 0.30 0.99 0.92 0.68
C4' 0.46 0.34 0.74 0.54 0.38 0.63 0.33 0.75 0.28 0.38 0.29 0.35 0.38 0.34 0.40 0.78 0.61 0.77 0.69 0.27 0.87 0.85 0.68
C5 0.22 0.18 0.51 0.41 0.20 0.43 0.22 0.63 0.25 0.22 0.21 0.21 0.19 0.24 0.20 0.62 0.46 0.58 0.56 0.30 1.01 0.92 0.69
C5' 0.74 0.63 0.99 0.78 0.68 0.78 0.65 0.84 0.60 0.70 0.59 0.63 0.67 0.66 0.71 1.02 0.82 0.90 0.86 0.57 1.01 1.00 0.83
C6 0.22 0.18 0.49 0.45 0.20 0.34 0.24 0.59 0.26 0.24 0.20 0.23 0.18 0.27 0.21 0.59 0.41 0.50 0.55 0.33 1.17 0.98 0.74
C8 0.26 0.17 0.53 0.38 0.20 0.56 0.21 0.72 0.23 0.22 0.20 0.16 0.19 0.22 0.22 0.66 0.57 0.70 0.61 0.27 0.79 0.82 0.63
N1 0.22 0.18 0.50 0.49 0.21 0.32 0.25 0.59 0.26 0.26 0.20 0.23 0.18 0.29 0.22 0.61 0.42 0.47 0.55 0.34 1.27 1.02 0.78
N2 0.22 0.18 0.53 0.52 0.21 0.34 0.26 0.61 0.26 0.27 0.20 0.23 0.19 0.30 0.22 0.63 0.45 0.49 0.56 0.34 1.31 1.06 0.80
N3 0.22 0.17 0.54 0.45 0.20 0.41 0.23 0.64 0.25 0.23 0.20 0.21 0.18 0.26 0.21 0.65 0.45 0.57 0.55 0.32 1.09 0.96 0.70
N7 0.24 0.17 0.51 0.37 0.20 0.49 0.21 0.67 0.23 0.21 0.21 0.18 0.19 0.22 0.21 0.63 0.51 0.64 0.59 0.28 0.86 0.85 0.64
N9 0.25 0.17 0.54 0.40 0.20 0.53 0.21 0.71 0.23 0.22 0.20 0.18 0.19 0.23 0.22 0.67 0.54 0.68 0.59 0.29 0.86 0.86 0.65
O2' 0.76 0.64 1.09 0.97 0.74 0.75 0.78 0.81 0.76 0.82 0.68 0.56 0.68 0.83 0.78 1.35 1.09 0.78 0.80 0.77 0.93 1.18 0.88
O3' 0.59 0.45 1.07 0.83 0.49 0.57 0.44 0.68 0.38 0.49 0.38 0.46 0.51 0.45 0.52 1.06 0.59 0.67 0.66 0.37 1.07 0.92 0.73
O4' 0.40 0.22 0.50 0.46 0.27 0.77 0.22 0.90 0.20 0.27 0.18 0.23 0.29 0.23 0.31 0.58 0.74 0.87 0.76 0.24 0.81 0.84 0.72
O5' 0.60 0.49 0.86 0.64 0.54 0.67 0.51 0.77 0.47 0.55 0.47 0.49 0.53 0.52 0.56 0.91 0.74 0.81 0.76 0.47 0.87 1.01 0.78
O6 0.21 0.18 0.46 0.45 0.21 0.29 0.25 0.56 0.27 0.25 0.21 0.23 0.18 0.28 0.22 0.56 0.38 0.43 0.55 0.35 1.24 1.00 0.77
OP1 1.57 1.50 1.77 1.46 1.54 1.33 1.51 1.29 1.44 1.55 1.43 1.50 1.54 1.52 1.56 1.81 1.34 1.50 1.45 1.38 1.51 1.68 1.45
OP2 1.31 1.28 1.39 1.43 1.30 1.44 1.25 1.48 1.19 1.28 1.19 1.29 1.32 1.25 1.30 1.37 1.65 1.43 1.36 1.14 1.38 1.41 1.29
P 0.86 0.69 1.02 0.88 0.77 0.87 0.73 0.89 0.65 0.80 0.64 0.69 0.76 0.75 0.81 1.07 1.06 0.98 0.91 0.62 0.93 1.08 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.14 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.32 0.01 0.31 0.04 0.38 0.54 0.28
C2 0.07 0.00 0.42 0.34 0.04 0.31 0.02 0.51 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.41 0.35 0.48 0.53 0.03 0.83 0.83 0.62
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.22 0.19 0.25 0.32 0.51 0.41 0.16 0.04 0.01 0.04 0.03 0.59 0.15 0.56 0.66 0.56
C3' 0.03 0.34 0.01 0.00 0.29 0.01 0.36 0.08 0.39 0.32 0.37 0.34 0.29 0.37 0.24 0.03 0.02 0.02 0.25 0.42 0.50 0.33 0.31
C4 0.02 0.04 0.21 0.29 0.00 0.14 0.02 0.37 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.22 0.19 0.26 0.44 0.03 0.84 0.78 0.55
C4' 0.02 0.31 0.02 0.01 0.14 0.00 0.14 0.01 0.16 0.29 0.25 0.40 0.29 0.24 0.11 0.30 0.04 0.01 0.04 0.17 0.32 0.43 0.15
C5 0.03 0.02 0.11 0.36 0.02 0.14 0.00 0.44 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.17 0.14 0.49 0.02 1.15 0.91 0.68
C5' 0.14 0.51 0.22 0.08 0.37 0.01 0.44 0.00 0.47 0.53 0.50 0.59 0.45 0.53 0.32 0.15 0.21 0.03 0.04 0.49 0.32 0.36 0.05
C6 0.04 0.02 0.19 0.39 0.03 0.16 0.02 0.47 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.29 0.21 0.23 0.52 0.01 1.22 0.97 0.74
C8 0.03 0.03 0.25 0.32 0.01 0.29 0.01 0.53 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.55 0.17 0.21 0.49 0.03 1.11 0.79 0.65
N1 0.06 0.01 0.32 0.37 0.05 0.25 0.03 0.50 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.31 0.28 0.38 0.54 0.02 1.04 0.93 0.69
N2 0.07 0.01 0.51 0.34 0.04 0.40 0.03 0.59 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.56 0.44 0.56 0.56 0.04 0.75 0.82 0.63
N3 0.05 0.01 0.41 0.29 0.01 0.29 0.01 0.45 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.40 0.35 0.46 0.49 0.02 0.70 0.75 0.54
N7 0.04 0.03 0.16 0.37 0.01 0.24 0.01 0.53 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.52 0.21 0.10 0.52 0.03 1.35 0.94 0.76
N9 0.02 0.04 0.04 0.24 0.01 0.11 0.02 0.32 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.24 0.12 0.04 0.39 0.03 0.74 0.69 0.47
O2' 0.03 0.41 0.01 0.03 0.22 0.30 0.31 0.15 0.29 0.55 0.31 0.56 0.40 0.52 0.24 0.00 0.05 0.23 0.41 0.34 0.61 0.70 0.50
O3' 0.32 0.35 0.04 0.02 0.19 0.04 0.17 0.21 0.21 0.17 0.28 0.44 0.35 0.21 0.12 0.05 0.00 0.24 0.21 0.24 0.61 0.39 0.35
O4' 0.01 0.48 0.03 0.02 0.26 0.01 0.14 0.03 0.23 0.21 0.38 0.56 0.46 0.10 0.04 0.23 0.24 0.00 0.12 0.18 0.35 0.67 0.28
O5' 0.31 0.53 0.59 0.25 0.44 0.04 0.49 0.04 0.52 0.49 0.54 0.56 0.49 0.52 0.39 0.41 0.21 0.12 0.00 0.54 0.03 0.04 0.01
O6 0.04 0.03 0.15 0.42 0.03 0.17 0.02 0.49 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.34 0.24 0.18 0.54 0.00 1.41 1.04 0.81
OP1 0.38 0.83 0.56 0.50 0.84 0.32 1.15 0.32 1.22 1.11 1.04 0.75 0.70 1.35 0.74 0.61 0.61 0.35 0.03 1.41 0.00 0.03 0.01
OP2 0.54 0.83 0.66 0.33 0.78 0.43 0.91 0.36 0.97 0.79 0.93 0.82 0.75 0.94 0.69 0.70 0.39 0.67 0.04 1.04 0.03 0.00 0.02
P 0.28 0.62 0.56 0.31 0.55 0.15 0.68 0.05 0.74 0.65 0.69 0.63 0.54 0.76 0.47 0.50 0.35 0.28 0.01 0.81 0.01 0.02 0.00