ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51112

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.003, 0.010, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.021, 0.050, 0.079, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.050 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.029, 0.094, 0.158, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.094 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.008, 0.072, 0.137, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.072 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.016, 0.112, 0.209, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.112 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.046, 0.146, 0.245, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.146 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.028, 0.141, 0.254, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.141 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.059, 0.234, 0.409, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.234 std_dev=0.175
O6 B 0, 0.033, 0.224, 0.416, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.224 std_dev=0.191
C5' A 0, 0.023, 0.218, 0.413, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.218 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.069, 0.270, 0.470, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.270 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.095, 0.307, 0.518, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.307 std_dev=0.211
C5 B 0, 0.088, 0.307, 0.526, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.307 std_dev=0.219
N7 B 0, 0.079, 0.302, 0.525, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.302 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.127, 0.368, 0.609, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.368 std_dev=0.241
C8 B 0, 0.105, 0.353, 0.601, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.353 std_dev=0.248
C4 B 0, 0.120, 0.370, 0.620, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.370 std_dev=0.250
P A 0, 0.039, 0.291, 0.543, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.291 std_dev=0.252
N2 B 0, 0.144, 0.400, 0.656, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.400 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.140, 0.405, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.405 std_dev=0.265
N9 B 0, 0.126, 0.395, 0.665, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.395 std_dev=0.269
OP2 A 0, 0.027, 0.307, 0.587, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.307 std_dev=0.280
OP1 A 0, 0.040, 0.320, 0.600, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.320 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.151, 0.463, 0.776, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.463 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.119, 0.454, 0.789, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.454 std_dev=0.335
O4' B 0, 0.180, 0.529, 0.879, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.529 std_dev=0.350
C3' B 0, 0.125, 0.483, 0.840, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.483 std_dev=0.358
OP2 B 0, 0.198, 0.567, 0.936, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.567 std_dev=0.369
O5' B 0, 0.162, 0.533, 0.904, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.533 std_dev=0.371
C5' B 0, 0.163, 0.534, 0.906, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.534 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.090, 0.470, 0.849, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.470 std_dev=0.380
P B 0, 0.173, 0.557, 0.941, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.557 std_dev=0.384
C4' B 0, 0.141, 0.532, 0.923, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.532 std_dev=0.391
O3' B 0, 0.131, 0.558, 0.986, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.558 std_dev=0.427
OP1 B 0, 0.131, 0.597, 1.063, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.597 std_dev=0.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.02 0.14 0.01 0.15 0.16 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.15 0.01 0.16 0.14 0.14
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.20 0.01 0.22 0.21 0.20
C5' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.15 0.11 0.05 0.05 0.17 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.17 0.07 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.21 0.00 0.24 0.24 0.22
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.20 0.01 0.19 0.14 0.18
N1 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02 0.18 0.01 0.20 0.21 0.19
N2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.02 0.12 0.01 0.14 0.15 0.12
N3 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.24 0.01 0.24 0.22 0.24
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.13 0.01 0.13 0.08 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.08 0.02 0.10 0.11 0.10 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.14 0.05 0.08 0.11 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.05 0.04
O5' 0.05 0.14 0.03 0.08 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.20 0.18 0.12 0.11 0.24 0.13 0.03 0.14 0.06 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.24 0.00 0.27 0.29 0.27
OP1 0.07 0.15 0.03 0.03 0.16 0.05 0.22 0.07 0.24 0.19 0.20 0.14 0.12 0.24 0.13 0.05 0.08 0.07 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.16 0.06 0.08 0.14 0.03 0.21 0.00 0.24 0.14 0.21 0.15 0.11 0.22 0.08 0.05 0.11 0.05 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.03 0.06 0.14 0.01 0.20 0.00 0.22 0.18 0.19 0.12 0.10 0.24 0.11 0.03 0.11 0.04 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.08 0.04 0.10 0.03 0.06 0.04 0.09 0.08 0.04 0.10 0.10 0.05 0.01 0.02 0.04 0.13 0.03 0.11 0.11 0.05 0.03 0.07
C2 0.08 0.06 0.07 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.02 0.05 0.06 0.10 0.04 0.07 0.07 0.13 0.04 0.06 0.04
C2' 0.08 0.07 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.08 0.07 0.09 0.08 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.07 0.06 0.12 0.02 0.06 0.03
C3' 0.16 0.05 0.11 0.06 0.10 0.11 0.08 0.11 0.04 0.15 0.03 0.03 0.08 0.11 0.14 0.15 0.05 0.16 0.04 0.03 0.10 0.15 0.08
C4 0.08 0.05 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.08 0.05 0.09 0.08 0.07 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.04 0.06 0.05
C4' 0.08 0.02 0.02 0.07 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.12 0.08 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04
C5 0.10 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.09 0.03 0.12 0.05 0.06 0.03 0.10 0.09 0.10 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04
C5' 0.15 0.09 0.08 0.08 0.12 0.11 0.12 0.14 0.09 0.15 0.08 0.08 0.11 0.14 0.14 0.10 0.10 0.16 0.09 0.08 0.14 0.18 0.13
C6 0.12 0.03 0.09 0.05 0.07 0.07 0.07 0.09 0.03 0.14 0.05 0.05 0.04 0.13 0.11 0.11 0.04 0.11 0.04 0.04 0.08 0.09 0.04
C8 0.09 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.11 0.05 0.06 0.03 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04
N1 0.11 0.04 0.09 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.05 0.13 0.07 0.06 0.03 0.11 0.10 0.12 0.04 0.10 0.04 0.10 0.06 0.08 0.04
N2 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.06 0.12 0.06 0.12 0.09 0.04 0.02 0.04 0.10 0.04 0.05 0.07 0.16 0.03 0.04 0.05
N3 0.07 0.06 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.12 0.04 0.05 0.05
N7 0.11 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.03 0.13 0.04 0.05 0.04 0.11 0.10 0.10 0.07 0.10 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05
N9 0.07 0.05 0.05 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.02 0.05 0.06 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.04 0.05 0.05
O2' 0.05 0.16 0.08 0.14 0.12 0.10 0.14 0.12 0.18 0.07 0.19 0.17 0.13 0.11 0.07 0.04 0.17 0.05 0.18 0.21 0.12 0.07 0.14
O3' 0.19 0.08 0.14 0.08 0.13 0.13 0.10 0.12 0.06 0.17 0.06 0.06 0.11 0.13 0.17 0.20 0.06 0.20 0.06 0.05 0.12 0.18 0.10
O4' 0.04 0.07 0.06 0.12 0.02 0.08 0.02 0.10 0.06 0.05 0.08 0.09 0.04 0.02 0.03 0.04 0.16 0.04 0.12 0.08 0.06 0.04 0.08
O5' 0.24 0.18 0.18 0.16 0.21 0.20 0.21 0.23 0.19 0.24 0.18 0.17 0.20 0.23 0.23 0.19 0.12 0.24 0.17 0.18 0.25 0.28 0.22
O6 0.13 0.04 0.10 0.06 0.10 0.09 0.11 0.10 0.07 0.16 0.04 0.05 0.07 0.16 0.13 0.12 0.04 0.12 0.03 0.06 0.10 0.10 0.05
OP1 0.27 0.24 0.20 0.18 0.26 0.24 0.26 0.27 0.24 0.27 0.23 0.23 0.25 0.27 0.27 0.22 0.13 0.29 0.21 0.23 0.31 0.34 0.28
OP2 0.31 0.28 0.25 0.23 0.30 0.29 0.30 0.33 0.28 0.31 0.27 0.27 0.29 0.31 0.31 0.26 0.19 0.33 0.27 0.28 0.36 0.38 0.32
P 0.26 0.22 0.19 0.17 0.24 0.23 0.24 0.26 0.23 0.26 0.22 0.21 0.23 0.25 0.25 0.20 0.13 0.27 0.20 0.23 0.29 0.32 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.10 0.12 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.05 0.09 0.06
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.06 0.10 0.06
C5' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.10 0.05 0.11 0.12 0.11 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.00 0.09 0.12 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.11 0.12 0.07
N2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.13 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.06 0.10 0.06
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.05 0.09 0.05
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.02 0.13 0.01 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.02 0.10 0.06 0.06
O5' 0.09 0.07 0.05 0.01 0.09 0.03 0.09 0.01 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.00 0.10 0.12 0.07
OP1 0.08 0.10 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.09 0.05 0.11 0.13 0.06 0.05 0.06 0.13 0.03 0.10 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.12 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.03 0.12 0.08 0.12 0.13 0.10 0.09 0.07 0.01 0.04 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00