ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51113

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C8 A 0, 0.000, 0.059, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.059 std_dev=0.059
N2 B 0, 0.000, 0.542, 1.084, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C2 B 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
N3 B 0, 0.000, 0.582, 1.164, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.582 std_dev=0.582
N1 B 0, 0.000, 0.593, 1.186, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C4 B 0, 0.000, 0.697, 1.393, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.697 std_dev=0.697
C6 B 0, 0.000, 0.719, 1.438, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.719 std_dev=0.719
C1' B 0, 0.000, 0.758, 1.517, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.758 std_dev=0.758
O6 B 0, 0.000, 0.780, 1.560, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.780 std_dev=0.780
C5 B 0, 0.000, 0.789, 1.578, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.789 std_dev=0.789
N9 B 0, 0.000, 0.795, 1.589, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.795 std_dev=0.795
C8 B 0, 0.000, 0.960, 1.920, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.960 std_dev=0.960
N7 B 0, 0.000, 0.963, 1.927, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.963 std_dev=0.963
O4' B 0, 0.000, 1.231, 2.462, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.231 std_dev=1.231
O4' A 0, 0.000, 1.301, 2.602, 2.602 max_d=2.602 avg_d=1.301 std_dev=1.301
C2' B 0, 0.000, 1.309, 2.619, 2.619 max_d=2.619 avg_d=1.309 std_dev=1.309
O2' B 0, 0.000, 1.415, 2.831, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.415 std_dev=1.415
C2' A 0, 0.000, 1.447, 2.895, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.447 std_dev=1.447
C3' B 0, 0.000, 1.575, 3.151, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.575 std_dev=1.575
C4' B 0, 0.000, 1.665, 3.330, 3.330 max_d=3.330 avg_d=1.665 std_dev=1.665
O2' A 0, 0.000, 1.759, 3.518, 3.518 max_d=3.518 avg_d=1.759 std_dev=1.759
C4' A 0, 0.000, 1.840, 3.680, 3.680 max_d=3.680 avg_d=1.840 std_dev=1.840
O3' B 0, 0.000, 1.922, 3.843, 3.843 max_d=3.843 avg_d=1.922 std_dev=1.922
C3' A 0, 0.000, 2.198, 4.395, 4.395 max_d=4.395 avg_d=2.198 std_dev=2.198
C5' B 0, 0.000, 2.345, 4.689, 4.689 max_d=4.689 avg_d=2.345 std_dev=2.345
O5' B 0, 0.000, 2.747, 5.494, 5.494 max_d=5.494 avg_d=2.747 std_dev=2.747
O3' A 0, 0.000, 3.149, 6.298, 6.298 max_d=6.298 avg_d=3.149 std_dev=3.149
P B 0, 0.000, 3.237, 6.474, 6.474 max_d=6.474 avg_d=3.237 std_dev=3.237
C5' A 0, 0.000, 3.258, 6.517, 6.517 max_d=6.517 avg_d=3.258 std_dev=3.258
OP1 B 0, 0.000, 3.335, 6.669, 6.669 max_d=6.669 avg_d=3.335 std_dev=3.335
OP2 B 0, 0.000, 3.469, 6.938, 6.938 max_d=6.938 avg_d=3.469 std_dev=3.469
O5' A 0, 0.000, 3.980, 7.960, 7.960 max_d=7.960 avg_d=3.980 std_dev=3.980
P A 0, 0.000, 5.500, 11.001, 11.001 max_d=11.001 avg_d=5.500 std_dev=5.500
OP2 A 0, 0.000, 5.942, 11.885, 11.885 max_d=11.885 avg_d=5.942 std_dev=5.942
OP1 A 0, 0.000, 6.229, 12.459, 12.459 max_d=12.459 avg_d=6.229 std_dev=6.229

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.10 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.59 0.00 0.71 0.00 1.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.54 0.54 1.48 0.00 1.61 1.91 1.73
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.59 0.00 0.00 0.28 0.00 0.13 0.02 0.24 0.25 0.45 0.73 0.57 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.07 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.28 0.00 0.31 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.24 0.27 0.53 0.00 0.51 0.57 0.58
C4' 0.00 0.71 0.01 0.00 0.31 0.00 0.12 0.00 0.27 0.34 0.52 0.90 0.68 0.20 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.11 0.18 0.00 0.13 0.16 0.20
C5' 0.01 1.13 0.01 0.02 0.44 0.00 0.16 0.00 0.41 0.54 0.84 1.49 1.02 0.35 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.27 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.24 0.00 0.27 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.25 0.21 0.51 0.00 0.52 0.64 0.61
C8 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.34 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.19 0.29 0.73 0.00 0.80 0.94 0.81
N1 0.01 0.00 0.04 0.45 0.00 0.52 0.00 0.84 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.43 0.40 1.09 0.00 1.21 1.46 1.31
N2 0.02 0.00 0.06 0.73 0.00 0.90 0.00 1.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.70 0.65 1.98 0.00 2.29 2.74 2.41
N3 0.01 0.00 0.06 0.57 0.00 0.68 0.00 1.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.48 0.54 1.30 0.00 1.31 1.48 1.42
N7 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.16 0.51 0.00 0.62 0.74 0.60
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.16 0.09
O2' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.19 0.04 0.09 0.04 0.17 0.14 0.30 0.49 0.37 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01
O3' 0.01 0.54 0.00 0.00 0.24 0.02 0.13 0.02 0.25 0.19 0.43 0.70 0.48 0.10 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.05 0.06 0.00
O4' 0.00 0.54 0.00 0.01 0.27 0.00 0.11 0.00 0.21 0.29 0.40 0.65 0.54 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.15 0.00 0.06 0.01
O5' 0.05 1.48 0.04 0.01 0.53 0.01 0.18 0.00 0.51 0.73 1.09 1.98 1.30 0.51 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.33 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.18 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.19 0.15 0.33 0.00 0.32 0.41 0.40
OP1 0.05 1.61 0.07 0.07 0.51 0.00 0.13 0.03 0.52 0.80 1.21 2.29 1.31 0.62 0.11 0.01 0.05 0.00 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 1.91 0.07 0.01 0.57 0.02 0.16 0.01 0.64 0.94 1.46 2.74 1.48 0.74 0.16 0.02 0.06 0.06 0.00 0.41 0.01 0.00 0.00
P 0.04 1.73 0.04 0.02 0.58 0.00 0.20 0.00 0.61 0.81 1.31 2.41 1.42 0.60 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.41 0.29 0.08 0.16 0.13 0.22 0.17 0.08 0.16 0.09 0.06 0.12 0.05 0.21 0.13 0.27 0.21 0.21 0.21 0.40 0.27
C2 0.15 0.14 0.14 0.21 0.12 0.22 0.07 0.22 0.05 0.08 0.09 0.17 0.15 0.05 0.12 0.14 0.12 0.36 0.43 0.00 0.48 0.67 0.54
C2' 0.28 0.31 0.60 0.48 0.31 0.12 0.32 0.09 0.33 0.32 0.32 0.30 0.30 0.33 0.31 0.38 0.27 0.06 0.49 0.32 0.47 0.66 0.56
C3' 0.23 0.06 0.03 0.10 0.07 0.43 0.06 0.42 0.15 0.02 0.10 0.14 0.15 0.07 0.11 0.26 0.38 0.43 0.03 0.27 0.06 0.26 0.08
C4 0.09 0.05 0.25 0.25 0.03 0.18 0.03 0.20 0.07 0.00 0.03 0.10 0.08 0.04 0.04 0.02 0.13 0.32 0.37 0.13 0.39 0.58 0.46
C4' 0.62 0.34 0.28 0.45 0.38 0.86 0.21 0.88 0.06 0.34 0.12 0.41 0.47 0.20 0.46 0.54 0.71 0.88 0.50 0.11 0.53 0.19 0.40
C5 0.11 0.10 0.21 0.26 0.05 0.15 0.03 0.14 0.07 0.00 0.01 0.18 0.11 0.05 0.05 0.11 0.15 0.30 0.46 0.16 0.49 0.68 0.56
C5' 1.23 0.76 0.93 1.12 0.84 1.52 0.56 1.51 0.32 0.79 0.41 0.86 0.98 0.56 0.97 1.23 1.43 1.49 1.14 0.05 1.19 0.74 1.02
C6 0.15 0.19 0.11 0.24 0.12 0.15 0.05 0.12 0.02 0.05 0.11 0.26 0.18 0.01 0.11 0.23 0.15 0.31 0.56 0.07 0.60 0.79 0.68
C8 0.02 0.07 0.36 0.30 0.07 0.12 0.15 0.14 0.21 0.10 0.18 0.00 0.02 0.15 0.05 0.09 0.15 0.25 0.33 0.27 0.33 0.52 0.40
N1 0.17 0.19 0.09 0.21 0.15 0.19 0.09 0.17 0.08 0.10 0.14 0.23 0.19 0.06 0.14 0.23 0.13 0.34 0.52 0.02 0.58 0.77 0.65
N2 0.17 0.16 0.12 0.19 0.14 0.24 0.11 0.26 0.09 0.12 0.12 0.18 0.17 0.10 0.15 0.17 0.11 0.39 0.42 0.05 0.48 0.67 0.54
N3 0.12 0.08 0.22 0.23 0.07 0.22 0.02 0.24 0.01 0.04 0.02 0.11 0.10 0.01 0.08 0.05 0.12 0.35 0.35 0.07 0.39 0.58 0.45
N7 0.06 0.02 0.28 0.30 0.02 0.11 0.12 0.09 0.18 0.07 0.13 0.14 0.06 0.13 0.01 0.04 0.17 0.25 0.45 0.26 0.45 0.64 0.53
N9 0.04 0.04 0.34 0.28 0.04 0.17 0.10 0.19 0.15 0.06 0.12 0.00 0.00 0.10 0.01 0.09 0.13 0.29 0.29 0.20 0.30 0.49 0.37
O2' 0.60 0.52 0.96 0.81 0.53 0.43 0.47 0.36 0.42 0.52 0.44 0.55 0.56 0.47 0.55 0.81 0.63 0.35 0.72 0.35 0.70 0.83 0.76
O3' 0.04 0.09 0.16 0.02 0.09 0.25 0.20 0.24 0.27 0.14 0.22 0.02 0.02 0.22 0.06 0.12 0.29 0.22 0.12 0.36 0.07 0.40 0.24
O4' 0.58 0.33 0.17 0.32 0.38 0.80 0.22 0.84 0.08 0.34 0.13 0.40 0.46 0.22 0.44 0.40 0.52 0.88 0.42 0.07 0.42 0.14 0.34
O5' 1.61 1.08 1.37 1.52 1.16 1.88 0.80 1.82 0.50 1.07 0.63 1.22 1.34 0.79 1.30 1.74 1.86 1.83 1.42 0.16 1.46 0.95 1.26
O6 0.18 0.25 0.04 0.23 0.16 0.12 0.08 0.05 0.07 0.07 0.19 0.31 0.23 0.02 0.14 0.33 0.17 0.28 0.66 0.05 0.71 0.91 0.80
OP1 2.23 1.41 2.10 2.30 1.59 2.58 1.15 2.50 0.76 1.53 0.89 1.52 1.78 1.16 1.81 2.54 2.74 2.42 2.16 0.34 2.27 1.59 1.99
OP2 2.66 1.81 2.52 2.65 1.97 2.95 1.45 2.82 0.99 1.85 1.16 1.96 2.22 1.43 2.20 3.00 3.06 2.82 2.39 0.48 2.44 1.77 2.17
P 2.24 1.46 2.05 2.23 1.62 2.57 1.16 2.48 0.76 1.53 0.90 1.59 1.83 1.15 1.83 2.47 2.63 2.45 2.10 0.32 2.17 1.53 1.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.29 0.00 0.23 0.06 0.26
C2 0.01 0.00 0.27 0.29 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.17 0.47 0.00 0.44 0.50 0.51
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.15 0.04 0.09 0.03 0.14 0.11 0.22 0.31 0.26 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.11 0.04 0.21 0.01
C3' 0.03 0.29 0.01 0.00 0.28 0.00 0.35 0.00 0.38 0.27 0.35 0.25 0.24 0.34 0.23 0.03 0.00 0.03 0.02 0.40 0.08 0.20 0.06
C4 0.00 0.00 0.15 0.28 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.18 0.10 0.61 0.00 0.55 0.53 0.62
C4' 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.08 0.17 0.02 0.09 0.05 0.16 0.07 0.28 0.06 0.01 0.00 0.11 0.12 0.25 0.00
C5 0.00 0.00 0.09 0.35 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.30 0.05 0.83 0.00 0.78 0.81 0.87
C5' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.12 0.24 0.04 0.11 0.05 0.24 0.10 0.23 0.03 0.00 0.00 0.16 0.29 0.36 0.00
C6 0.00 0.00 0.14 0.38 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.33 0.08 0.83 0.00 0.81 0.89 0.89
C8 0.00 0.00 0.11 0.27 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.24 0.08 0.93 0.00 0.82 0.75 0.92
N1 0.01 0.00 0.22 0.35 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.27 0.14 0.66 0.00 0.64 0.72 0.71
N2 0.02 0.01 0.31 0.25 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.21 0.33 0.00 0.30 0.39 0.37
N3 0.01 0.00 0.26 0.24 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.16 0.40 0.00 0.36 0.37 0.42
N7 0.00 0.00 0.04 0.34 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.33 0.03 1.01 0.00 0.95 0.97 1.05
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.02 0.62 0.00 0.53 0.44 0.60
O2' 0.02 0.00 0.00 0.03 0.10 0.28 0.19 0.23 0.17 0.25 0.09 0.07 0.02 0.26 0.13 0.00 0.03 0.20 0.16 0.21 0.04 0.15 0.08
O3' 0.11 0.16 0.04 0.00 0.18 0.06 0.30 0.03 0.33 0.24 0.27 0.10 0.10 0.33 0.13 0.03 0.00 0.09 0.18 0.40 0.20 0.22 0.20
O4' 0.01 0.17 0.00 0.03 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.08 0.14 0.21 0.16 0.03 0.02 0.20 0.09 0.00 0.29 0.06 0.34 0.00 0.28
O5' 0.29 0.47 0.09 0.02 0.61 0.00 0.83 0.00 0.83 0.93 0.66 0.33 0.40 1.01 0.62 0.16 0.18 0.29 0.00 0.94 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.11 0.40 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.40 0.06 0.94 0.00 0.95 1.06 1.03
OP1 0.23 0.44 0.04 0.08 0.55 0.12 0.78 0.29 0.81 0.82 0.64 0.30 0.36 0.95 0.53 0.04 0.20 0.34 0.00 0.95 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.50 0.21 0.20 0.53 0.25 0.81 0.36 0.89 0.75 0.72 0.39 0.37 0.97 0.44 0.15 0.22 0.00 0.00 1.06 0.00 0.00 0.00
P 0.26 0.51 0.01 0.06 0.62 0.00 0.87 0.00 0.89 0.92 0.71 0.37 0.42 1.05 0.60 0.08 0.20 0.28 0.00 1.03 0.00 0.00 0.00