ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51115

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 4, 3, 1, 4, 2, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.016, 0.035, 0.055, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O6 A 0, -0.001, 0.031, 0.064, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.031 std_dev=0.033
N3 B 0, 0.072, 0.296, 0.520, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.296 std_dev=0.224
N1 B 0, 0.088, 0.339, 0.590, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.339 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.083, 0.341, 0.599, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.341 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.051, 0.334, 0.616, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.334 std_dev=0.282
C6 B 0, 0.109, 0.413, 0.717, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.413 std_dev=0.304
C1' B 0, 0.105, 0.416, 0.727, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.416 std_dev=0.311
O4' B 0, 0.105, 0.430, 0.754, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.430 std_dev=0.325
N4 B 0, 0.035, 0.370, 0.705, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.370 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.051, 0.432, 0.814, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.432 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.135, 0.547, 0.958, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.547 std_dev=0.411
O2 B 0, -0.029, 0.425, 0.879, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.425 std_dev=0.454
C3' B 0, 0.087, 0.584, 1.082, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.584 std_dev=0.497
O4' A 0, -0.240, 0.292, 0.824, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.292 std_dev=0.532
O3' B 0, 0.091, 0.649, 1.207, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.649 std_dev=0.558
C2' B 0, -0.002, 0.560, 1.121, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.560 std_dev=0.562
C2' A 0, -0.254, 0.333, 0.921, 2.224 max_d=2.224 avg_d=0.333 std_dev=0.588
C5' B 0, 0.056, 0.647, 1.237, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.647 std_dev=0.591
O5' B 0, -0.004, 0.663, 1.330, 3.146 max_d=3.146 avg_d=0.663 std_dev=0.667
C4' A 0, -0.320, 0.414, 1.149, 2.682 max_d=2.682 avg_d=0.414 std_dev=0.734
C3' A 0, -0.366, 0.437, 1.239, 3.096 max_d=3.096 avg_d=0.437 std_dev=0.803
O2' B 0, -0.153, 0.696, 1.545, 3.945 max_d=3.945 avg_d=0.696 std_dev=0.849
O2' A 0, -0.319, 0.549, 1.417, 3.455 max_d=3.455 avg_d=0.549 std_dev=0.868
P B 0, -0.114, 0.828, 1.770, 4.499 max_d=4.499 avg_d=0.828 std_dev=0.942
OP1 B 0, -0.038, 0.907, 1.852, 4.359 max_d=4.359 avg_d=0.907 std_dev=0.945
O3' A 0, -0.500, 0.486, 1.472, 3.938 max_d=3.938 avg_d=0.486 std_dev=0.986
OP2 B 0, -0.263, 0.934, 2.130, 5.463 max_d=5.463 avg_d=0.934 std_dev=1.197
C5' A 0, -0.608, 0.720, 2.047, 5.349 max_d=5.349 avg_d=0.720 std_dev=1.328
O5' A 0, -0.764, 0.886, 2.536, 6.881 max_d=6.881 avg_d=0.886 std_dev=1.650
P A 0, -1.261, 0.917, 3.096, 9.769 max_d=9.769 avg_d=0.917 std_dev=2.178
OP2 A 0, -1.177, 1.121, 3.420, 10.524 max_d=10.524 avg_d=1.121 std_dev=2.299
OP1 A 0, -1.181, 1.130, 3.441, 10.797 max_d=10.797 avg_d=1.130 std_dev=2.311

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.23 0.02 0.62 0.34 0.34
C2 0.03 0.00 0.29 0.39 0.01 0.28 0.00 0.45 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.18 0.25 0.22 0.01 0.18 0.36 0.16
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.06 0.15 0.12 0.15 0.22 0.35 0.28 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.44 0.08 0.85 0.33 0.47
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.26 0.00 0.24 0.02 0.30 0.08 0.37 0.43 0.35 0.14 0.12 0.02 0.01 0.02 0.31 0.29 0.52 0.26 0.16
C4 0.02 0.01 0.14 0.26 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.09 0.12 0.22 0.02 0.49 0.58 0.40
C4' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.12 0.17 0.21 0.36 0.27 0.14 0.05 0.20 0.02 0.00 0.01 0.09 0.41 0.30 0.05
C5 0.01 0.00 0.06 0.24 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.05 0.43 0.02 0.78 0.90 0.69
C5' 0.08 0.45 0.15 0.02 0.17 0.01 0.16 0.00 0.18 0.39 0.31 0.62 0.41 0.35 0.16 0.07 0.14 0.02 0.01 0.17 0.32 0.38 0.01
C6 0.02 0.00 0.12 0.30 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.18 0.11 0.33 0.01 0.62 0.86 0.58
C8 0.01 0.02 0.15 0.08 0.01 0.17 0.02 0.39 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.26 0.06 0.15 0.74 0.04 1.23 1.09 1.02
N1 0.02 0.00 0.22 0.37 0.01 0.21 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.20 0.19 0.14 0.01 0.23 0.58 0.26
N2 0.04 0.00 0.35 0.43 0.01 0.36 0.01 0.62 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.20 0.31 0.44 0.02 0.51 0.35 0.40
N3 0.03 0.00 0.28 0.35 0.00 0.27 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.12 0.26 0.19 0.01 0.20 0.31 0.15
N7 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.14 0.00 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.08 0.10 0.72 0.04 1.22 1.21 1.05
N9 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.06 0.02 0.40 0.03 0.76 0.66 0.59
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.16 0.20 0.17 0.07 0.18 0.26 0.22 0.37 0.27 0.25 0.13 0.00 0.04 0.14 0.37 0.20 0.78 0.20 0.30
O3' 0.18 0.18 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.14 0.18 0.06 0.20 0.20 0.12 0.08 0.06 0.04 0.00 0.15 0.27 0.19 0.40 0.48 0.15
O4' 0.00 0.25 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.11 0.15 0.19 0.31 0.26 0.10 0.02 0.14 0.15 0.00 0.19 0.09 0.44 0.26 0.20
O5' 0.23 0.22 0.44 0.31 0.22 0.01 0.43 0.01 0.33 0.74 0.14 0.44 0.19 0.72 0.40 0.37 0.27 0.19 0.00 0.42 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.29 0.02 0.09 0.02 0.17 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.20 0.19 0.09 0.42 0.00 0.78 1.03 0.72
OP1 0.62 0.18 0.85 0.52 0.49 0.41 0.78 0.32 0.62 1.23 0.23 0.51 0.20 1.22 0.76 0.78 0.40 0.44 0.01 0.78 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.36 0.33 0.26 0.58 0.30 0.90 0.38 0.86 1.09 0.58 0.35 0.31 1.21 0.66 0.20 0.48 0.26 0.02 1.03 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.16 0.47 0.16 0.40 0.05 0.69 0.01 0.58 1.02 0.26 0.40 0.15 1.05 0.59 0.30 0.15 0.20 0.00 0.72 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.13 0.45 0.41 0.13 0.18 0.15 0.16 0.16 0.15 0.11 0.14 0.15 0.35 0.26 0.09 0.30 0.34 0.46 0.35
C2 0.23 0.22 0.33 0.39 0.16 0.23 0.16 0.23 0.18 0.21 0.20 0.14 0.25 0.19 0.27 0.17 0.34 0.38 0.47 0.39
C2' 0.34 0.21 0.63 0.62 0.17 0.38 0.23 0.36 0.26 0.27 0.15 0.17 0.24 0.53 0.52 0.22 0.48 0.54 0.61 0.51
C3' 0.12 0.12 0.35 0.32 0.18 0.16 0.14 0.15 0.11 0.09 0.18 0.24 0.13 0.30 0.31 0.14 0.21 0.26 0.31 0.22
C4 0.20 0.17 0.38 0.39 0.12 0.19 0.13 0.18 0.15 0.17 0.13 0.12 0.20 0.25 0.25 0.12 0.30 0.33 0.44 0.34
C4' 0.25 0.18 0.40 0.33 0.13 0.26 0.15 0.25 0.18 0.20 0.15 0.13 0.20 0.40 0.31 0.27 0.26 0.28 0.31 0.24
C5 0.21 0.18 0.37 0.38 0.11 0.19 0.12 0.18 0.14 0.17 0.13 0.11 0.21 0.24 0.24 0.13 0.29 0.31 0.40 0.33
C5' 0.60 0.47 0.68 0.62 0.30 0.62 0.33 0.58 0.42 0.49 0.36 0.22 0.54 0.78 0.67 0.61 0.52 0.52 0.40 0.44
C6 0.23 0.23 0.33 0.38 0.13 0.22 0.13 0.22 0.16 0.20 0.19 0.09 0.26 0.20 0.26 0.17 0.31 0.33 0.41 0.35
C8 0.19 0.12 0.44 0.39 0.11 0.16 0.13 0.14 0.14 0.14 0.10 0.13 0.15 0.36 0.24 0.08 0.27 0.30 0.40 0.30
N1 0.24 0.24 0.31 0.38 0.17 0.24 0.15 0.24 0.18 0.22 0.21 0.13 0.27 0.18 0.27 0.18 0.33 0.37 0.45 0.39
N2 0.23 0.23 0.31 0.39 0.18 0.24 0.17 0.25 0.19 0.22 0.21 0.17 0.25 0.17 0.29 0.19 0.35 0.40 0.50 0.42
N3 0.21 0.19 0.36 0.39 0.14 0.21 0.15 0.21 0.17 0.19 0.16 0.14 0.21 0.22 0.26 0.14 0.32 0.36 0.47 0.38
N7 0.20 0.14 0.41 0.38 0.10 0.17 0.12 0.15 0.13 0.15 0.10 0.13 0.18 0.31 0.23 0.09 0.26 0.29 0.38 0.29
N9 0.19 0.14 0.43 0.39 0.12 0.17 0.14 0.16 0.15 0.15 0.11 0.13 0.16 0.32 0.25 0.09 0.29 0.32 0.43 0.33
O2' 0.55 0.42 0.87 0.89 0.46 0.61 0.53 0.62 0.54 0.50 0.39 0.46 0.40 0.73 0.80 0.43 0.77 0.86 0.97 0.84
O3' 0.09 0.13 0.29 0.29 0.15 0.13 0.13 0.13 0.11 0.10 0.16 0.18 0.16 0.20 0.28 0.14 0.21 0.27 0.35 0.24
O4' 0.18 0.13 0.35 0.26 0.10 0.16 0.12 0.15 0.13 0.15 0.11 0.10 0.15 0.31 0.14 0.20 0.19 0.20 0.32 0.21
O5' 1.04 0.90 1.07 1.01 0.69 1.05 0.74 1.01 0.85 0.93 0.78 0.56 0.99 1.17 1.05 1.05 0.93 0.92 0.75 0.85
O6 0.25 0.26 0.31 0.38 0.13 0.24 0.12 0.24 0.17 0.23 0.23 0.06 0.30 0.19 0.27 0.19 0.31 0.33 0.39 0.35
OP1 1.85 1.60 1.91 1.85 1.23 1.88 1.33 1.81 1.53 1.66 1.36 0.99 1.74 2.07 1.92 1.85 1.68 1.66 1.40 1.56
OP2 1.88 1.68 1.89 1.82 1.39 1.89 1.47 1.85 1.63 1.73 1.49 1.19 1.80 2.02 1.83 1.90 1.74 1.73 1.50 1.65
P 1.60 1.39 1.63 1.56 1.09 1.62 1.17 1.56 1.33 1.44 1.20 0.89 1.51 1.77 1.60 1.60 1.45 1.43 1.20 1.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.15 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.04 0.10 0.09 0.18 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.07 0.10 0.01 0.06 0.04 0.14 0.00 0.01 0.01 0.16 0.23 0.19 0.19
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.17 0.00 0.17 0.01 0.15 0.11 0.14 0.18 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.17 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.08 0.03 0.19 0.21 0.30 0.25
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.04 0.08 0.03 0.16 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.12 0.03 0.21 0.23 0.30 0.26
C5' 0.02 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.07 0.11 0.03 0.08 0.10 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.09 0.05 0.17 0.17 0.20 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01 0.10 0.09 0.14 0.12
N3 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.08 0.04 0.15 0.15 0.25 0.20
N4 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.11 0.03 0.20 0.26 0.35 0.28
O2 0.03 0.00 0.14 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.19 0.06 0.07 0.06 0.14 0.09
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.21 0.16 0.24 0.08 0.21 0.11 0.15 0.23 0.07 0.00 0.02 0.11 0.11 0.18 0.22 0.15
O3' 0.15 0.10 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.10 0.09 0.05 0.08 0.11 0.19 0.02 0.00 0.09 0.12 0.17 0.25 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.11 0.09 0.00 0.05 0.06 0.10 0.07
O5' 0.03 0.10 0.16 0.03 0.19 0.01 0.21 0.01 0.17 0.10 0.15 0.20 0.07 0.11 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.23 0.13 0.21 0.07 0.23 0.08 0.17 0.09 0.15 0.26 0.06 0.18 0.17 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.18 0.19 0.09 0.30 0.04 0.30 0.02 0.20 0.14 0.25 0.35 0.14 0.22 0.25 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.13 0.19 0.05 0.25 0.02 0.26 0.01 0.19 0.12 0.20 0.28 0.09 0.15 0.15 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00