ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51116

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.013, 0.036, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.019, 0.045, 0.070, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.045 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.019, 0.047, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.047 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.019, 0.047, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.047 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.025, 0.056, 0.088, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.056 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.033, 0.083, 0.132, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.083 std_dev=0.049
O5' A 0, 0.093, 0.232, 0.372, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.232 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.069, 0.214, 0.358, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.214 std_dev=0.145
O4' A 0, 0.106, 0.285, 0.464, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.285 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.113, 0.297, 0.482, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.297 std_dev=0.184
C3' A 0, 0.116, 0.342, 0.569, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.342 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.124, 0.372, 0.619, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.372 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.172, 0.441, 0.709, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.441 std_dev=0.268
O3' A 0, 0.147, 0.431, 0.714, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.431 std_dev=0.283
N4 B 0, 0.157, 0.454, 0.751, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.454 std_dev=0.297
C4 B 0, 0.187, 0.486, 0.785, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.486 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.193, 0.515, 0.837, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.515 std_dev=0.322
O2 B 0, 0.210, 0.546, 0.882, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.546 std_dev=0.336
C5 B 0, 0.228, 0.595, 0.963, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.595 std_dev=0.367
C3' B 0, 0.196, 0.580, 0.965, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.580 std_dev=0.384
N1 B 0, 0.209, 0.601, 0.993, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.601 std_dev=0.392
C4' B 0, 0.159, 0.557, 0.954, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.557 std_dev=0.398
C6 B 0, 0.236, 0.639, 1.042, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.639 std_dev=0.403
C5' B 0, 0.300, 0.704, 1.109, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.704 std_dev=0.404
O3' B 0, 0.174, 0.579, 0.984, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.579 std_dev=0.405
C2' B 0, 0.189, 0.601, 1.014, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.601 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.150, 0.567, 0.983, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.567 std_dev=0.416
O5' B 0, 0.154, 0.587, 1.020, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.587 std_dev=0.433
C1' B 0, 0.200, 0.638, 1.076, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.638 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.179, 0.643, 1.107, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.643 std_dev=0.464
P A 0, 0.151, 0.615, 1.079, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.615 std_dev=0.464
C5' A 0, 0.253, 0.718, 1.184, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.718 std_dev=0.466
P B 0, 0.128, 0.758, 1.388, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.758 std_dev=0.630
OP1 A 0, 0.251, 0.947, 1.643, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.947 std_dev=0.696
OP1 B 0, 0.192, 0.928, 1.664, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.928 std_dev=0.736
OP2 A 0, 0.368, 1.166, 1.963, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.166 std_dev=0.797
OP2 B 0, 0.169, 1.007, 1.845, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.007 std_dev=0.838

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.10 0.09
C2 0.05 0.00 0.03 0.13 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.12 0.00 0.10 0.38 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.20 0.18 0.09
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.05 0.11 0.14 0.12 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.17 0.08 0.11 0.19 0.13
C4 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.03 0.09 0.00 0.11 0.31 0.11
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.04 0.09 0.11 0.08 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.08 0.20 0.05 0.08
C5 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.11 0.01 0.05 0.38 0.15
C5' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.15 0.07 0.18 0.20 0.15 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.12 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.13 0.00 0.02 0.43 0.18
C8 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.02 0.11 0.28 0.12
N1 0.03 0.00 0.02 0.11 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.13 0.01 0.05 0.42 0.17
N2 0.06 0.00 0.04 0.14 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.16 0.05 0.13 0.01 0.12 0.38 0.15
N3 0.05 0.00 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04 0.10 0.01 0.14 0.32 0.12
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.02 0.06 0.36 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.16 0.24 0.09
O2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.10 0.15 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.32 0.07 0.08
O3' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.08 0.02 0.07 0.01 0.09 0.05 0.12 0.16 0.12 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.18 0.09 0.11 0.14 0.11
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.09 0.03 0.28 0.06 0.13
O5' 0.02 0.12 0.10 0.17 0.09 0.00 0.11 0.01 0.13 0.10 0.13 0.13 0.10 0.12 0.06 0.05 0.18 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.03 0.14 0.00 0.04 0.46 0.20
OP1 0.27 0.10 0.20 0.11 0.11 0.20 0.05 0.06 0.02 0.11 0.05 0.12 0.14 0.06 0.16 0.32 0.11 0.28 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.38 0.18 0.19 0.31 0.05 0.38 0.12 0.43 0.28 0.42 0.38 0.32 0.36 0.24 0.07 0.14 0.06 0.01 0.46 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.09 0.13 0.11 0.08 0.15 0.01 0.18 0.12 0.17 0.15 0.12 0.16 0.09 0.08 0.11 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.17 0.14 0.18 0.12 0.17 0.13 0.25 0.16 0.18 0.14 0.09 0.21 0.14 0.13 0.19 0.19 0.36 0.14 0.20
C2 0.06 0.07 0.06 0.15 0.10 0.13 0.11 0.26 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.12 0.15 0.09 0.19 0.26 0.14 0.16
C2' 0.17 0.16 0.12 0.16 0.12 0.16 0.13 0.25 0.16 0.17 0.14 0.10 0.19 0.14 0.12 0.18 0.19 0.35 0.14 0.19
C3' 0.17 0.17 0.12 0.14 0.15 0.15 0.16 0.23 0.17 0.18 0.16 0.14 0.19 0.18 0.10 0.18 0.17 0.34 0.14 0.19
C4 0.11 0.12 0.08 0.15 0.11 0.13 0.11 0.24 0.12 0.12 0.11 0.09 0.14 0.12 0.12 0.13 0.18 0.30 0.10 0.15
C4' 0.19 0.20 0.16 0.18 0.17 0.17 0.17 0.24 0.19 0.20 0.18 0.14 0.22 0.17 0.14 0.20 0.18 0.36 0.16 0.20
C5 0.10 0.12 0.07 0.15 0.11 0.13 0.12 0.24 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12 0.18 0.30 0.10 0.16
C5' 0.20 0.22 0.17 0.19 0.22 0.18 0.22 0.24 0.23 0.22 0.22 0.21 0.23 0.20 0.15 0.21 0.17 0.36 0.19 0.21
C6 0.05 0.06 0.07 0.15 0.10 0.13 0.10 0.25 0.09 0.07 0.08 0.10 0.06 0.12 0.15 0.08 0.19 0.27 0.13 0.16
C8 0.18 0.18 0.12 0.16 0.14 0.16 0.15 0.24 0.18 0.19 0.16 0.11 0.20 0.13 0.11 0.19 0.19 0.36 0.15 0.20
N1 0.05 0.05 0.07 0.15 0.10 0.14 0.10 0.26 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.13 0.16 0.08 0.20 0.25 0.16 0.17
N2 0.06 0.06 0.07 0.15 0.11 0.14 0.12 0.27 0.10 0.08 0.07 0.13 0.08 0.12 0.15 0.09 0.20 0.25 0.17 0.17
N3 0.09 0.10 0.07 0.15 0.10 0.13 0.11 0.25 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.18 0.28 0.11 0.15
N7 0.15 0.17 0.09 0.15 0.14 0.15 0.15 0.24 0.17 0.17 0.15 0.11 0.17 0.12 0.12 0.17 0.19 0.33 0.13 0.18
N9 0.15 0.16 0.11 0.16 0.12 0.15 0.13 0.24 0.15 0.16 0.14 0.10 0.18 0.13 0.12 0.17 0.18 0.34 0.12 0.18
O2' 0.17 0.16 0.13 0.17 0.10 0.17 0.11 0.25 0.14 0.16 0.12 0.09 0.20 0.13 0.13 0.19 0.20 0.37 0.13 0.20
O3' 0.17 0.17 0.12 0.14 0.15 0.15 0.16 0.23 0.17 0.17 0.16 0.14 0.19 0.18 0.10 0.17 0.17 0.34 0.14 0.18
O4' 0.20 0.19 0.16 0.19 0.15 0.18 0.16 0.24 0.19 0.20 0.17 0.12 0.22 0.15 0.14 0.20 0.19 0.36 0.16 0.20
O5' 0.26 0.24 0.23 0.24 0.19 0.24 0.21 0.28 0.24 0.26 0.20 0.16 0.26 0.21 0.21 0.26 0.22 0.45 0.28 0.30
O6 0.04 0.03 0.08 0.16 0.09 0.14 0.10 0.26 0.08 0.06 0.05 0.10 0.04 0.14 0.17 0.07 0.20 0.26 0.15 0.17
OP1 0.15 0.13 0.08 0.06 0.11 0.08 0.12 0.08 0.14 0.15 0.11 0.09 0.14 0.17 0.12 0.15 0.10 0.31 0.17 0.17
OP2 0.22 0.24 0.22 0.20 0.27 0.21 0.25 0.19 0.23 0.22 0.27 0.31 0.24 0.31 0.21 0.21 0.21 0.21 0.17 0.16
P 0.13 0.07 0.10 0.08 0.03 0.09 0.05 0.08 0.08 0.10 0.04 0.06 0.10 0.20 0.10 0.12 0.08 0.30 0.15 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.20 0.07 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.09 0.20 0.07 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.10 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.16 0.09 0.10 0.16 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.11 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.16 0.02 0.17 0.23 0.11 0.12
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.12 0.00 0.15 0.00 0.14 0.06 0.08 0.14 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.17 0.09 0.10
C5 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.03 0.19 0.24 0.13 0.14
C5' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.24 0.00 0.27 0.00 0.22 0.12 0.18 0.27 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.03 0.15 0.23 0.10 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.21 0.07 0.08
N3 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.11 0.02 0.12 0.21 0.08 0.09
N4 0.01 0.02 0.03 0.16 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.19 0.03 0.20 0.24 0.14 0.15
O2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.17 0.13 0.02 0.08 0.18 0.08 0.08
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.09 0.05 0.17 0.00 0.02 0.06 0.05 0.32 0.20 0.19
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.16 0.01 0.20 0.02 0.17 0.08 0.11 0.19 0.13 0.02 0.00 0.01 0.04 0.23 0.18 0.16
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.20 0.06 0.07
O5' 0.06 0.09 0.02 0.00 0.17 0.01 0.19 0.01 0.15 0.09 0.12 0.20 0.08 0.05 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.20 0.24 0.21 0.23 0.17 0.24 0.01 0.23 0.21 0.21 0.24 0.18 0.32 0.23 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.07 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.05 0.10 0.07 0.08 0.14 0.08 0.20 0.18 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.11 0.12 0.12 0.10 0.14 0.01 0.12 0.08 0.09 0.15 0.08 0.19 0.16 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00