ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51117

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.019
OP2 A 0, -0.004, 0.047, 0.097, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.047 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.003, 0.063, 0.124, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.063 std_dev=0.060
C4' A 0, -0.003, 0.061, 0.126, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.061 std_dev=0.064
C2' A 0, -0.011, 0.055, 0.120, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.055 std_dev=0.065
C3' A 0, -0.007, 0.083, 0.173, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.083 std_dev=0.090
O2' A 0, -0.021, 0.084, 0.189, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.084 std_dev=0.105
P A 0, -0.007, 0.102, 0.210, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.102 std_dev=0.108
O3' A 0, -0.003, 0.112, 0.227, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.112 std_dev=0.115
C5' A 0, -0.011, 0.120, 0.252, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.120 std_dev=0.132
C5 B 0, 0.025, 0.183, 0.341, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.183 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.054, 0.214, 0.375, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.214 std_dev=0.161
OP1 A 0, -0.042, 0.148, 0.338, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.148 std_dev=0.190
C6 B 0, 0.054, 0.246, 0.437, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.246 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.081, 0.278, 0.474, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.278 std_dev=0.196
O5' A 0, -0.018, 0.193, 0.405, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.193 std_dev=0.211
N4 B 0, 0.032, 0.244, 0.455, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.244 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.098, 0.333, 0.569, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.333 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.093, 0.335, 0.577, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.335 std_dev=0.242
O5' B 0, 0.095, 0.338, 0.581, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.338 std_dev=0.243
C5' B 0, 0.091, 0.355, 0.618, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.355 std_dev=0.264
O2 B 0, 0.121, 0.414, 0.707, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.414 std_dev=0.293
O4' B 0, 0.106, 0.428, 0.751, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.428 std_dev=0.323
C4' B 0, 0.096, 0.445, 0.795, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.445 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.127, 0.482, 0.837, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.482 std_dev=0.355
P B 0, 0.156, 0.533, 0.910, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.533 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.132, 0.539, 0.946, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.539 std_dev=0.407
OP1 B 0, 0.158, 0.599, 1.040, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.599 std_dev=0.441
C2' B 0, 0.156, 0.605, 1.054, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.605 std_dev=0.449
OP2 B 0, 0.216, 0.743, 1.270, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.743 std_dev=0.527
O3' B 0, 0.151, 0.704, 1.256, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.704 std_dev=0.552
O2' B 0, 0.175, 0.762, 1.349, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.762 std_dev=0.587

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.04
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.00
N1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01
N2 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.00
O2' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.10 0.07 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.03
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01
OP1 0.06 0.04 0.09 0.10 0.04 0.09 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.11 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.07 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.10 0.12 0.15 0.07 0.14 0.09 0.12 0.10 0.14 0.17 0.08 0.06 0.14 0.07 0.11 0.11 0.24 0.16
C2 0.08 0.09 0.09 0.14 0.16 0.11 0.16 0.16 0.14 0.10 0.12 0.20 0.08 0.04 0.14 0.09 0.17 0.21 0.31 0.22
C2' 0.13 0.15 0.13 0.16 0.17 0.13 0.18 0.15 0.17 0.15 0.15 0.17 0.12 0.07 0.17 0.13 0.17 0.17 0.27 0.21
C3' 0.15 0.15 0.14 0.17 0.16 0.13 0.17 0.15 0.17 0.16 0.15 0.15 0.14 0.09 0.18 0.15 0.17 0.15 0.25 0.20
C4 0.08 0.10 0.10 0.13 0.16 0.10 0.16 0.13 0.13 0.11 0.14 0.19 0.08 0.05 0.14 0.09 0.15 0.17 0.28 0.20
C4' 0.10 0.14 0.11 0.13 0.15 0.08 0.14 0.09 0.13 0.13 0.15 0.16 0.13 0.06 0.16 0.10 0.11 0.08 0.21 0.14
C5 0.07 0.09 0.09 0.13 0.16 0.10 0.16 0.14 0.13 0.10 0.13 0.19 0.07 0.05 0.13 0.08 0.15 0.18 0.28 0.20
C5' 0.11 0.14 0.11 0.13 0.14 0.08 0.14 0.08 0.13 0.13 0.15 0.15 0.14 0.07 0.18 0.10 0.10 0.05 0.19 0.12
C6 0.07 0.07 0.08 0.13 0.15 0.11 0.15 0.16 0.12 0.09 0.10 0.19 0.07 0.03 0.13 0.08 0.16 0.21 0.30 0.22
C8 0.08 0.11 0.11 0.13 0.15 0.09 0.14 0.11 0.13 0.11 0.14 0.16 0.08 0.07 0.14 0.08 0.12 0.13 0.24 0.17
N1 0.07 0.08 0.08 0.13 0.15 0.12 0.16 0.16 0.13 0.09 0.10 0.19 0.07 0.04 0.13 0.09 0.17 0.22 0.31 0.23
N2 0.09 0.10 0.10 0.14 0.16 0.12 0.17 0.17 0.14 0.11 0.12 0.20 0.08 0.04 0.14 0.10 0.18 0.23 0.32 0.24
N3 0.08 0.10 0.10 0.14 0.16 0.11 0.16 0.14 0.14 0.11 0.13 0.20 0.08 0.05 0.14 0.09 0.15 0.19 0.29 0.21
N7 0.08 0.10 0.10 0.13 0.16 0.10 0.15 0.13 0.13 0.10 0.14 0.17 0.06 0.06 0.13 0.09 0.14 0.16 0.26 0.19
N9 0.08 0.11 0.10 0.13 0.16 0.09 0.15 0.11 0.13 0.11 0.14 0.18 0.08 0.06 0.14 0.08 0.13 0.13 0.25 0.17
O2' 0.12 0.14 0.13 0.16 0.17 0.12 0.18 0.14 0.17 0.15 0.16 0.18 0.12 0.07 0.18 0.12 0.17 0.17 0.28 0.20
O3' 0.15 0.14 0.14 0.16 0.13 0.14 0.15 0.15 0.16 0.16 0.13 0.12 0.14 0.12 0.18 0.15 0.17 0.15 0.24 0.19
O4' 0.05 0.10 0.10 0.12 0.14 0.06 0.12 0.06 0.09 0.08 0.13 0.16 0.08 0.10 0.16 0.04 0.07 0.06 0.20 0.12
O5' 0.15 0.17 0.12 0.14 0.15 0.10 0.15 0.11 0.16 0.16 0.16 0.14 0.18 0.06 0.18 0.14 0.12 0.07 0.20 0.14
O6 0.05 0.05 0.06 0.12 0.13 0.11 0.14 0.16 0.11 0.07 0.07 0.19 0.07 0.02 0.12 0.07 0.17 0.23 0.31 0.23
OP1 0.08 0.11 0.05 0.12 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.14 0.05 0.22 0.06 0.07 0.11 0.09 0.08
OP2 0.10 0.11 0.04 0.11 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.10 0.07 0.16 0.06 0.18 0.09 0.07 0.02 0.11 0.08
P 0.10 0.12 0.08 0.13 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.11 0.11 0.09 0.14 0.03 0.20 0.09 0.08 0.03 0.14 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.09 0.20 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.17 0.26 0.18
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.18 0.26 0.18
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.06 0.10 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.12 0.20 0.14
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.17 0.11
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.13 0.24 0.16
N4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.21 0.28 0.20
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.07 0.19 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.05 0.03
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.03 0.15 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.08 0.10 0.08
O5' 0.04 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.09 0.07 0.10 0.17 0.08 0.18 0.08 0.12 0.07 0.13 0.21 0.07 0.08 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.20 0.04 0.04 0.26 0.03 0.26 0.02 0.20 0.17 0.24 0.28 0.19 0.05 0.09 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.01 0.03 0.18 0.01 0.18 0.00 0.14 0.11 0.16 0.20 0.11 0.03 0.06 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00