ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51121

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.004, 0.008, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.008 std_dev=0.012
C8 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C6 A 0, -0.010, 0.009, 0.028, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.009 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.006, 0.014, 0.035, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.014 std_dev=0.021
N9 A 0, -0.010, 0.018, 0.046, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.018 std_dev=0.028
O6 A 0, -0.020, 0.029, 0.077, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.029 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.061, 0.130, 0.199, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.041, 0.137, 0.232, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.137 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.033, 0.130, 0.226, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.130 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.049, 0.166, 0.282, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.166 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.066, 0.195, 0.323, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.195 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.056, 0.190, 0.325, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.190 std_dev=0.135
N6 B 0, 0.133, 0.303, 0.473, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.303 std_dev=0.170
O5' A 0, 0.090, 0.262, 0.435, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.262 std_dev=0.173
C5' A 0, 0.067, 0.264, 0.461, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.264 std_dev=0.197
N7 B 0, 0.163, 0.403, 0.644, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.403 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.150, 0.395, 0.641, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.395 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.159, 0.432, 0.706, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.432 std_dev=0.274
C8 B 0, 0.176, 0.474, 0.771, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.474 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.142, 0.483, 0.825, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.483 std_dev=0.342
OP2 B 0, 0.354, 0.696, 1.038, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.696 std_dev=0.342
P B 0, 0.335, 0.695, 1.056, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.695 std_dev=0.361
P A 0, 0.091, 0.454, 0.816, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.454 std_dev=0.363
N9 B 0, 0.183, 0.561, 0.939, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.561 std_dev=0.378
C4 B 0, 0.170, 0.548, 0.927, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.548 std_dev=0.379
O5' B 0, 0.308, 0.702, 1.095, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.702 std_dev=0.394
OP2 A 0, 0.114, 0.535, 0.956, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.535 std_dev=0.421
OP1 B 0, 0.410, 0.838, 1.266, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.838 std_dev=0.428
C2 B 0, 0.160, 0.609, 1.057, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.609 std_dev=0.449
OP1 A 0, 0.146, 0.600, 1.053, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.600 std_dev=0.454
O4' B 0, 0.218, 0.685, 1.152, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.685 std_dev=0.467
C1' B 0, 0.214, 0.681, 1.149, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.681 std_dev=0.467
N3 B 0, 0.171, 0.647, 1.123, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.647 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.290, 0.776, 1.263, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.776 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.272, 0.786, 1.300, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.786 std_dev=0.514
C4' B 0, 0.266, 0.785, 1.305, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.785 std_dev=0.519
C3' B 0, 0.293, 0.819, 1.344, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.819 std_dev=0.526
O2' B 0, 0.273, 0.906, 1.538, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.906 std_dev=0.632
O3' B 0, 0.331, 0.973, 1.615, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.973 std_dev=0.642

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.10 0.09 0.08 0.01 0.08 0.10 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.03 0.08 0.10 0.09 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.08 0.13 0.12 0.09
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.10 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.08 0.05 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.07 0.09 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.02
C5 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.09 0.06
C5' 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.06 0.07 0.04 0.08 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.04 0.01 0.02
C6 0.04 0.01 0.07 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.09 0.04 0.08 0.00 0.07 0.09 0.07
C8 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06
N1 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.10 0.06 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07
N2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.11 0.12 0.09 0.02 0.11 0.12 0.12
N3 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.09 0.08 0.02 0.08 0.10 0.07
N7 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.08 0.06 0.12 0.16 0.12 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.17 0.17 0.11
O3' 0.05 0.10 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.10 0.11 0.09 0.06 0.05 0.05 0.00 0.05 0.04 0.10 0.07 0.05 0.03
O4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.12 0.09 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06
O5' 0.06 0.08 0.07 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01
O6 0.06 0.01 0.08 0.08 0.03 0.06 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.10 0.05 0.08 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.08 0.08 0.13 0.08 0.07 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.11 0.08 0.06 0.06 0.17 0.07 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.12 0.05 0.09 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.12 0.10 0.08 0.08 0.17 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.09 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.12 0.07 0.06 0.05 0.11 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.14 0.09 0.16 0.10 0.13 0.10 0.21 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.10 0.10 0.11 0.16 0.09 0.31 0.41 0.44 0.37
C2 0.15 0.17 0.14 0.12 0.15 0.10 0.14 0.17 0.15 0.14 0.17 0.16 0.14 0.14 0.15 0.18 0.13 0.15 0.25 0.39 0.38 0.33
C2' 0.11 0.15 0.11 0.14 0.11 0.12 0.10 0.19 0.10 0.10 0.13 0.14 0.09 0.10 0.11 0.15 0.14 0.11 0.28 0.38 0.41 0.35
C3' 0.09 0.15 0.09 0.16 0.11 0.13 0.10 0.20 0.10 0.09 0.13 0.14 0.08 0.09 0.10 0.10 0.17 0.10 0.30 0.39 0.42 0.36
C4 0.10 0.15 0.10 0.14 0.10 0.11 0.09 0.20 0.10 0.09 0.14 0.13 0.09 0.09 0.10 0.14 0.15 0.10 0.29 0.41 0.43 0.37
C4' 0.08 0.14 0.08 0.16 0.10 0.13 0.09 0.21 0.09 0.09 0.12 0.13 0.08 0.09 0.09 0.10 0.18 0.09 0.30 0.41 0.42 0.36
C5 0.11 0.16 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.21 0.12 0.10 0.16 0.14 0.10 0.10 0.10 0.15 0.14 0.10 0.30 0.42 0.44 0.38
C5' 0.06 0.10 0.05 0.12 0.06 0.09 0.06 0.17 0.06 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.13 0.07 0.25 0.37 0.38 0.32
C6 0.15 0.20 0.14 0.12 0.16 0.11 0.15 0.18 0.17 0.13 0.20 0.18 0.16 0.13 0.15 0.19 0.12 0.14 0.27 0.41 0.42 0.36
C8 0.10 0.15 0.09 0.17 0.12 0.15 0.12 0.23 0.12 0.12 0.14 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.16 0.11 0.32 0.42 0.46 0.39
N1 0.17 0.20 0.16 0.12 0.18 0.11 0.17 0.16 0.18 0.16 0.20 0.19 0.17 0.16 0.17 0.20 0.13 0.17 0.24 0.39 0.38 0.33
N2 0.17 0.18 0.15 0.11 0.17 0.10 0.16 0.15 0.16 0.17 0.17 0.17 0.15 0.17 0.17 0.20 0.13 0.17 0.22 0.37 0.35 0.30
N3 0.11 0.15 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.18 0.11 0.10 0.14 0.13 0.10 0.10 0.11 0.15 0.14 0.11 0.27 0.41 0.41 0.35
N7 0.10 0.16 0.09 0.15 0.11 0.13 0.10 0.23 0.11 0.11 0.15 0.14 0.10 0.11 0.10 0.13 0.14 0.11 0.32 0.42 0.46 0.39
N9 0.09 0.14 0.09 0.15 0.10 0.13 0.09 0.22 0.10 0.10 0.13 0.13 0.09 0.10 0.09 0.12 0.16 0.10 0.31 0.41 0.44 0.38
O2' 0.12 0.15 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.18 0.11 0.11 0.13 0.15 0.08 0.10 0.12 0.17 0.14 0.12 0.28 0.38 0.42 0.35
O3' 0.10 0.15 0.10 0.19 0.12 0.14 0.11 0.22 0.11 0.11 0.13 0.15 0.10 0.11 0.11 0.07 0.19 0.10 0.32 0.41 0.44 0.37
O4' 0.07 0.12 0.07 0.16 0.08 0.13 0.08 0.22 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.17 0.08 0.30 0.42 0.44 0.38
O5' 0.07 0.13 0.07 0.17 0.08 0.14 0.07 0.24 0.08 0.07 0.12 0.12 0.07 0.07 0.07 0.06 0.19 0.08 0.32 0.45 0.45 0.40
O6 0.19 0.25 0.18 0.12 0.21 0.11 0.20 0.17 0.23 0.16 0.25 0.23 0.23 0.17 0.19 0.22 0.12 0.17 0.25 0.40 0.41 0.35
OP1 0.07 0.13 0.06 0.14 0.07 0.11 0.06 0.20 0.08 0.06 0.12 0.11 0.06 0.07 0.06 0.08 0.15 0.08 0.28 0.40 0.39 0.35
OP2 0.08 0.14 0.08 0.13 0.09 0.11 0.08 0.20 0.09 0.08 0.13 0.12 0.08 0.08 0.08 0.11 0.15 0.09 0.27 0.41 0.39 0.35
P 0.07 0.12 0.06 0.11 0.07 0.09 0.06 0.18 0.07 0.07 0.11 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.13 0.07 0.26 0.39 0.38 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.03
C2 0.06 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.05 0.05 0.13 0.18 0.22 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.09 0.06 0.04 0.10 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.15 0.16 0.18 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.09 0.02 0.03 0.08 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.21 0.25 0.26 0.23
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.13 0.15 0.09 0.03 0.17 0.18 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.22 0.28 0.31 0.26
C8 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.20 0.19 0.16 0.18
N1 0.05 0.00 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.07 0.04 0.18 0.24 0.28 0.22
N3 0.06 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.04 0.06 0.10 0.13 0.17 0.11
N6 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.26 0.34 0.37 0.32
N7 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.25 0.27 0.27 0.26
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.12 0.11 0.10
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.09 0.01 0.12 0.13 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07 0.04 0.10 0.10 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.07 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.06
O5' 0.04 0.13 0.03 0.03 0.15 0.01 0.21 0.01 0.22 0.20 0.18 0.10 0.26 0.25 0.12 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.18 0.06 0.08 0.16 0.05 0.25 0.06 0.28 0.19 0.24 0.13 0.34 0.27 0.12 0.06 0.10 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.22 0.06 0.06 0.18 0.03 0.26 0.01 0.31 0.16 0.28 0.17 0.37 0.27 0.11 0.05 0.07 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.16 0.03 0.04 0.15 0.02 0.23 0.01 0.26 0.18 0.22 0.11 0.32 0.26 0.10 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00