ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51122

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.001, 0.023, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.012, 0.035, 0.059, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.003, 0.028, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.004, 0.030, 0.057, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.014, 0.049, 0.083, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.045, 0.117, 0.190, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.117 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.049, 0.188, 0.326, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.188 std_dev=0.138
C2' A 0, 0.051, 0.214, 0.377, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.214 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.103, 0.300, 0.497, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.300 std_dev=0.197
C4' A 0, 0.069, 0.270, 0.472, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.270 std_dev=0.201
N9 B 0, 0.097, 0.300, 0.503, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.300 std_dev=0.203
O2' A 0, 0.107, 0.311, 0.515, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.311 std_dev=0.204
N3 B 0, 0.053, 0.261, 0.468, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.261 std_dev=0.207
C1' B 0, 0.091, 0.309, 0.527, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.309 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.110, 0.350, 0.590, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.350 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.160, 0.404, 0.647, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.404 std_dev=0.243
O4' B 0, 0.103, 0.353, 0.603, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.353 std_dev=0.250
C3' A 0, 0.058, 0.312, 0.567, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.312 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.137, 0.392, 0.647, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.392 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.156, 0.414, 0.673, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.414 std_dev=0.258
N1 B 0, 0.178, 0.444, 0.710, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.444 std_dev=0.266
C4' B 0, 0.168, 0.444, 0.720, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.444 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.197, 0.480, 0.763, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.480 std_dev=0.283
N7 B 0, 0.172, 0.459, 0.745, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.459 std_dev=0.286
C3' B 0, 0.198, 0.486, 0.773, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.486 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.208, 0.515, 0.821, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.515 std_dev=0.307
C5' B 0, 0.227, 0.549, 0.871, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.549 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.237, 0.567, 0.897, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.567 std_dev=0.330
P B 0, 0.258, 0.617, 0.977, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.617 std_dev=0.359
O3' A 0, 0.085, 0.450, 0.815, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.450 std_dev=0.365
N6 B 0, 0.254, 0.621, 0.988, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.621 std_dev=0.367
O3' B 0, 0.259, 0.631, 1.002, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.631 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.084, 0.457, 0.830, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.457 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.257, 0.639, 1.022, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.639 std_dev=0.382
OP1 B 0, 0.300, 0.719, 1.139, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.719 std_dev=0.420
O5' A 0, 0.200, 0.643, 1.087, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.643 std_dev=0.443
P A 0, 0.163, 0.769, 1.375, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.769 std_dev=0.606
OP2 A 0, 0.331, 1.004, 1.677, 1.704 max_d=1.704 avg_d=1.004 std_dev=0.673
OP1 A 0, 0.389, 1.323, 2.257, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.323 std_dev=0.934

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.13 0.02
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.16 0.08 0.16 0.03 0.25 0.34 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.09 0.08 0.03
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.09 0.15 0.11 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.04 0.08 0.01 0.11 0.25 0.13
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03
C5 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.13 0.28 0.14
C5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04
C6 0.00 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.09 0.04 0.11 0.00 0.20 0.32 0.19
C8 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.21 0.06
N1 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.13 0.07 0.15 0.02 0.25 0.35 0.23
N2 0.03 0.00 0.10 0.15 0.02 0.07 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.21 0.09 0.19 0.04 0.30 0.35 0.27
N3 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.14 0.08 0.13 0.03 0.17 0.27 0.18
N7 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.26 0.11
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.20 0.06
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.05 0.09 0.06 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.06 0.18 0.08 0.09
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.03 0.09 0.05 0.13 0.21 0.14 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.09 0.16 0.10
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.09 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.13 0.03
O5' 0.03 0.16 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.15 0.19 0.13 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.08 0.03 0.11 0.00 0.21 0.34 0.19
OP1 0.07 0.25 0.09 0.06 0.11 0.07 0.13 0.03 0.20 0.04 0.25 0.30 0.17 0.09 0.05 0.18 0.09 0.07 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01
OP2 0.13 0.34 0.08 0.10 0.25 0.06 0.28 0.06 0.32 0.21 0.35 0.35 0.27 0.26 0.20 0.08 0.16 0.13 0.02 0.34 0.03 0.00 0.02
P 0.02 0.24 0.03 0.06 0.13 0.03 0.14 0.04 0.19 0.06 0.23 0.27 0.18 0.11 0.06 0.09 0.10 0.03 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.13 0.14 0.06 0.10 0.06 0.09 0.09 0.05 0.07 0.08 0.15 0.07 0.06 0.16 0.19 0.07 0.11 0.14 0.22 0.14
C2 0.10 0.12 0.10 0.09 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06 0.14 0.11 0.07 0.05 0.09 0.16 0.09
C2' 0.17 0.10 0.24 0.24 0.09 0.18 0.07 0.16 0.09 0.07 0.08 0.11 0.15 0.07 0.10 0.29 0.30 0.14 0.15 0.18 0.24 0.18
C3' 0.22 0.14 0.28 0.26 0.12 0.22 0.08 0.19 0.07 0.09 0.08 0.16 0.11 0.06 0.14 0.34 0.31 0.19 0.17 0.19 0.25 0.19
C4 0.11 0.12 0.13 0.13 0.07 0.10 0.05 0.08 0.06 0.05 0.09 0.11 0.12 0.05 0.07 0.17 0.15 0.09 0.09 0.13 0.20 0.13
C4' 0.14 0.11 0.17 0.16 0.08 0.14 0.06 0.12 0.07 0.06 0.08 0.11 0.12 0.06 0.09 0.21 0.20 0.12 0.12 0.15 0.23 0.16
C5 0.13 0.15 0.14 0.13 0.09 0.10 0.06 0.08 0.07 0.06 0.11 0.13 0.11 0.05 0.08 0.17 0.15 0.10 0.09 0.13 0.21 0.13
C5' 0.17 0.14 0.18 0.17 0.11 0.16 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.14 0.12 0.09 0.12 0.22 0.18 0.15 0.13 0.16 0.24 0.17
C6 0.13 0.15 0.13 0.11 0.10 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.13 0.13 0.09 0.06 0.09 0.16 0.12 0.10 0.07 0.11 0.19 0.11
C8 0.12 0.11 0.17 0.17 0.07 0.13 0.05 0.11 0.08 0.05 0.07 0.11 0.14 0.05 0.07 0.19 0.20 0.10 0.12 0.15 0.23 0.16
N1 0.12 0.14 0.11 0.10 0.08 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.12 0.12 0.08 0.06 0.08 0.15 0.10 0.09 0.05 0.10 0.16 0.09
N2 0.10 0.12 0.10 0.09 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.09 0.10 0.10 0.07 0.06 0.14 0.10 0.07 0.05 0.09 0.15 0.09
N3 0.10 0.11 0.11 0.11 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.10 0.11 0.05 0.05 0.15 0.13 0.07 0.06 0.10 0.18 0.10
N7 0.13 0.14 0.16 0.15 0.08 0.12 0.05 0.10 0.07 0.05 0.09 0.13 0.13 0.05 0.08 0.19 0.18 0.10 0.11 0.15 0.23 0.15
N9 0.11 0.10 0.15 0.15 0.07 0.11 0.05 0.10 0.07 0.05 0.07 0.10 0.13 0.06 0.07 0.18 0.19 0.09 0.11 0.14 0.22 0.14
O2' 0.16 0.09 0.24 0.25 0.09 0.19 0.09 0.17 0.11 0.09 0.10 0.11 0.16 0.09 0.10 0.28 0.32 0.13 0.17 0.19 0.25 0.19
O3' 0.25 0.14 0.33 0.30 0.13 0.26 0.07 0.21 0.06 0.10 0.07 0.18 0.11 0.05 0.15 0.41 0.36 0.22 0.19 0.20 0.25 0.20
O4' 0.08 0.08 0.10 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.13 0.06 0.05 0.12 0.13 0.07 0.09 0.12 0.20 0.13
O5' 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.07 0.12 0.14 0.10 0.06 0.10 0.14 0.12 0.12 0.12 0.15 0.23 0.16
O6 0.13 0.15 0.12 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.09 0.07 0.14 0.13 0.07 0.07 0.09 0.15 0.10 0.10 0.06 0.10 0.18 0.10
OP1 0.19 0.18 0.15 0.15 0.16 0.16 0.17 0.16 0.19 0.15 0.19 0.17 0.22 0.16 0.16 0.17 0.14 0.18 0.17 0.22 0.32 0.24
OP2 0.37 0.32 0.36 0.35 0.34 0.35 0.36 0.35 0.37 0.36 0.35 0.32 0.40 0.37 0.35 0.38 0.35 0.37 0.36 0.40 0.48 0.41
P 0.20 0.19 0.18 0.17 0.17 0.18 0.18 0.17 0.20 0.17 0.20 0.17 0.24 0.18 0.17 0.20 0.17 0.19 0.19 0.23 0.32 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.17 0.10
C2 0.06 0.00 0.13 0.12 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.15 0.04 0.08 0.10 0.22 0.12
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.06 0.11 0.13 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.05
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.10 0.12 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03
C4 0.04 0.01 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.07 0.10 0.23 0.13
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.09 0.22 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.03 0.01 0.08 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.08 0.01 0.03 0.09 0.20 0.09
C8 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.09 0.22 0.12
N1 0.05 0.00 0.11 0.10 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.13 0.02 0.05 0.09 0.20 0.10
N3 0.07 0.01 0.13 0.12 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.15 0.04 0.09 0.11 0.22 0.13
N6 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.03 0.09 0.18 0.09
N7 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.02 0.09 0.21 0.10
N9 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.09 0.22 0.13
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.10 0.05 0.14 0.15 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.05
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.13 0.15 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.16 0.11
O5' 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.09 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.10 0.01 0.03 0.10 0.02 0.09 0.03 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.22 0.10 0.06 0.23 0.06 0.22 0.01 0.20 0.22 0.20 0.22 0.18 0.21 0.22 0.09 0.03 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.12 0.05 0.03 0.13 0.03 0.11 0.00 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.10 0.13 0.05 0.04 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00