Doublet Group distance statistics: 51129

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 12, 15, 11, 6, 5, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2	A	0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C5	A	0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N9	A	0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.023 std_dev=0.019
O6	A	0, 0.006, 0.035, 0.063, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N2	A	0, -0.001, 0.030, 0.060, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N7	A	0, 0.008, 0.044, 0.081, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.044 std_dev=0.036
C8	A	0, 0.007, 0.045, 0.082, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.045 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.023, 0.061, 0.100, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.061 std_dev=0.038
C2'	A	0, 0.025, 0.088, 0.151, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.088 std_dev=0.063
C3'	A	0, 0.021, 0.098, 0.176, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.098 std_dev=0.078
C4'	A	0, 0.046, 0.126, 0.206, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.126 std_dev=0.080
O2'	A	0, 0.060, 0.158, 0.256, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.158 std_dev=0.098
O3'	A	0, 0.032, 0.143, 0.253, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.143 std_dev=0.110
O2'	B	0, 0.159, 0.311, 0.463, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.311 std_dev=0.152
P	A	0, 0.101, 0.258, 0.415, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.258 std_dev=0.157
O2	B	0, 0.187, 0.350, 0.513, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.350 std_dev=0.163
O3'	B	0, 0.112, 0.275, 0.438, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.275 std_dev=0.163
C5'	A	0, 0.096, 0.263, 0.431, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.263 std_dev=0.168
C2'	B	0, 0.145, 0.317, 0.490, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.317 std_dev=0.173
C1'	B	0, 0.153, 0.330, 0.508, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.330 std_dev=0.178
C3'	B	0, 0.130, 0.309, 0.489, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.309 std_dev=0.179
C2	B	0, 0.182, 0.367, 0.551, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.367 std_dev=0.184
N1	B	0, 0.158, 0.360, 0.563, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.360 std_dev=0.203
C4'	B	0, 0.146, 0.350, 0.555, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.350 std_dev=0.204
O4'	B	0, 0.162, 0.367, 0.571, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.367 std_dev=0.205
N3	B	0, 0.210, 0.423, 0.636, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.423 std_dev=0.213
O5'	B	0, 0.206, 0.440, 0.675, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.440 std_dev=0.235
C5'	B	0, 0.170, 0.405, 0.641, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.405 std_dev=0.236
C6	B	0, 0.158, 0.409, 0.660, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.409 std_dev=0.251
C4	B	0, 0.212, 0.465, 0.719, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.465 std_dev=0.253
C5	B	0, 0.176, 0.454, 0.732, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.454 std_dev=0.278
O4	B	0, 0.254, 0.536, 0.817, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.536 std_dev=0.281
P	B	0, 0.221, 0.509, 0.797, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.509 std_dev=0.288
OP2	A	0, 0.131, 0.484, 0.836, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.484 std_dev=0.352
OP1	B	0, 0.192, 0.676, 1.160, 2.000 max_d=2.000 avg_d=0.676 std_dev=0.484
OP2	B	0, 0.166, 0.680, 1.194, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.680 std_dev=0.514
OP1	A	0, 0.143, 0.662, 1.182, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.662 std_dev=0.519
O5'	A	0, 0.138, 0.683, 1.227, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.683 std_dev=0.544

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.04	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.18	0.01	0.42	0.39	0.10
C2	0.03	0.00	0.07	0.06	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.12	0.08	0.03	0.29	0.01	0.39	0.44	0.13
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.05	0.03	0.07	0.09	0.07	0.03	0.02	0.00	0.02	0.01	0.07	0.05	0.48	0.34	0.07
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.05	0.05	0.08	0.06	0.05	0.03	0.02	0.01	0.01	0.02	0.05	0.45	0.30	0.05
C4	0.01	0.01	0.04	0.03	0.00	0.03	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.04	0.01	0.34	0.01	0.38	0.43	0.13
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.05	0.08	0.04	0.06	0.04	0.08	0.04	0.03	0.02	0.00	0.01	0.06	0.47	0.25	0.07
C5	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.06	0.00	0.15	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.04	0.02	0.43	0.01	0.35	0.43	0.14
C5'	0.03	0.09	0.01	0.01	0.10	0.00	0.15	0.00	0.15	0.16	0.12	0.08	0.07	0.18	0.10	0.03	0.03	0.01	0.01	0.17	0.30	0.22	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.04	0.01	0.05	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.05	0.02	0.44	0.00	0.35	0.43	0.15
C8	0.02	0.01	0.03	0.05	0.00	0.08	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.04	0.47	0.02	0.33	0.43	0.15
N1	0.03	0.00	0.07	0.05	0.01	0.04	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.07	0.02	0.37	0.01	0.37	0.43	0.14
N2	0.04	0.00	0.09	0.08	0.01	0.06	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.14	0.11	0.04	0.24	0.02	0.41	0.44	0.12
N3	0.03	0.00	0.07	0.06	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.07	0.03	0.26	0.01	0.40	0.43	0.12
N7	0.02	0.01	0.03	0.05	0.01	0.08	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.06	0.04	0.50	0.02	0.32	0.42	0.16
N9	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.33	0.01	0.37	0.43	0.12
O2'	0.01	0.12	0.00	0.02	0.06	0.03	0.05	0.03	0.07	0.02	0.10	0.14	0.10	0.03	0.02	0.00	0.04	0.04	0.06	0.07	0.56	0.28	0.10
O3'	0.01	0.08	0.02	0.01	0.04	0.02	0.04	0.03	0.05	0.06	0.07	0.11	0.07	0.06	0.03	0.04	0.00	0.01	0.12	0.06	0.50	0.22	0.06
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.02	0.04	0.03	0.04	0.01	0.04	0.01	0.00	0.18	0.03	0.40	0.37	0.10
O5'	0.18	0.29	0.07	0.02	0.34	0.01	0.43	0.01	0.44	0.47	0.37	0.24	0.26	0.50	0.33	0.06	0.12	0.18	0.00	0.48	0.02	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.05	0.05	0.01	0.06	0.01	0.17	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.07	0.06	0.03	0.48	0.00	0.33	0.42	0.16
OP1	0.42	0.39	0.48	0.45	0.38	0.47	0.35	0.30	0.35	0.33	0.37	0.41	0.40	0.32	0.37	0.56	0.50	0.40	0.02	0.33	0.00	0.01	0.01
OP2	0.39	0.44	0.34	0.30	0.43	0.25	0.43	0.22	0.43	0.43	0.43	0.44	0.43	0.42	0.43	0.28	0.22	0.37	0.02	0.42	0.01	0.00	0.00
P	0.10	0.13	0.07	0.05	0.13	0.07	0.14	0.01	0.15	0.15	0.14	0.12	0.12	0.16	0.12	0.10	0.06	0.10	0.00	0.16	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.09	0.12	0.10	0.09	0.12	0.09	0.10	0.09	0.09	0.09	0.13	0.15	0.12	0.09	0.14	0.09	0.11	0.24	0.25	0.08
C2	0.10	0.11	0.10	0.10	0.11	0.10	0.10	0.10	0.10	0.09	0.12	0.15	0.10	0.11	0.13	0.10	0.13	0.37	0.15	0.12
C2'	0.09	0.11	0.10	0.10	0.12	0.09	0.09	0.10	0.08	0.09	0.13	0.14	0.14	0.09	0.14	0.09	0.11	0.22	0.19	0.09
C3'	0.10	0.12	0.11	0.11	0.12	0.10	0.10	0.11	0.09	0.10	0.13	0.13	0.14	0.10	0.14	0.10	0.12	0.22	0.20	0.10
C4	0.09	0.12	0.09	0.09	0.11	0.09	0.10	0.09	0.10	0.09	0.13	0.15	0.10	0.10	0.14	0.10	0.12	0.33	0.19	0.10
C4'	0.08	0.11	0.11	0.10	0.12	0.10	0.09	0.11	0.08	0.09	0.13	0.13	0.14	0.10	0.14	0.09	0.11	0.19	0.25	0.08
C5	0.09	0.12	0.09	0.09	0.12	0.09	0.10	0.09	0.10	0.09	0.13	0.15	0.10	0.10	0.14	0.10	0.13	0.37	0.18	0.11
C5'	0.09	0.13	0.11	0.10	0.13	0.10	0.11	0.11	0.10	0.10	0.15	0.14	0.13	0.10	0.16	0.09	0.11	0.20	0.25	0.08
C6	0.10	0.12	0.10	0.10	0.11	0.10	0.10	0.10	0.10	0.09	0.13	0.15	0.10	0.11	0.14	0.10	0.13	0.41	0.15	0.12
C8	0.09	0.13	0.09	0.09	0.12	0.09	0.10	0.09	0.10	0.10	0.14	0.16	0.10	0.09	0.15	0.10	0.12	0.32	0.22	0.10
N1	0.10	0.11	0.10	0.11	0.11	0.10	0.10	0.10	0.10	0.09	0.12	0.15	0.10	0.12	0.14	0.10	0.14	0.41	0.14	0.13
N2	0.10	0.11	0.10	0.11	0.11	0.10	0.10	0.10	0.10	0.10	0.12	0.15	0.11	0.12	0.13	0.10	0.13	0.38	0.14	0.12
N3	0.10	0.12	0.09	0.09	0.11	0.09	0.10	0.09	0.10	0.10	0.13	0.15	0.10	0.10	0.13	0.10	0.12	0.33	0.17	0.10
N7	0.09	0.12	0.09	0.09	0.12	0.09	0.10	0.09	0.10	0.09	0.14	0.16	0.10	0.10	0.15	0.10	0.12	0.36	0.20	0.11
N9	0.09	0.12	0.09	0.09	0.12	0.09	0.10	0.09	0.10	0.10	0.14	0.15	0.11	0.09	0.14	0.10	0.11	0.30	0.22	0.09
O2'	0.11	0.14	0.14	0.12	0.15	0.11	0.12	0.12	0.11	0.12	0.16	0.17	0.17	0.11	0.16	0.10	0.12	0.18	0.23	0.10
O3'	0.11	0.13	0.14	0.13	0.14	0.13	0.12	0.14	0.11	0.11	0.15	0.14	0.17	0.13	0.16	0.12	0.13	0.20	0.20	0.13
O4'	0.09	0.12	0.11	0.10	0.12	0.09	0.10	0.11	0.09	0.09	0.13	0.14	0.13	0.09	0.14	0.09	0.11	0.21	0.28	0.09
O5'	0.10	0.15	0.13	0.10	0.18	0.10	0.15	0.12	0.13	0.13	0.18	0.16	0.17	0.10	0.20	0.08	0.11	0.21	0.29	0.10
O6	0.10	0.12	0.11	0.11	0.12	0.11	0.11	0.11	0.11	0.10	0.14	0.16	0.11	0.11	0.15	0.10	0.14	0.44	0.14	0.14
OP1	0.52	0.50	0.50	0.51	0.49	0.53	0.50	0.52	0.51	0.51	0.49	0.50	0.48	0.51	0.48	0.54	0.52	0.57	0.51	0.51
OP2	0.36	0.39	0.38	0.37	0.41	0.35	0.39	0.36	0.37	0.37	0.41	0.39	0.40	0.36	0.43	0.34	0.39	0.42	0.47	0.36
P	0.12	0.15	0.12	0.11	0.15	0.11	0.13	0.12	0.13	0.12	0.17	0.16	0.14	0.11	0.18	0.12	0.15	0.25	0.27	0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.04	0.02	0.00	0.06	0.16	0.08	0.06
C2	0.02	0.00	0.06	0.04	0.01	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.05	0.02	0.03	0.08	0.23	0.17	0.09
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.05	0.02	0.04	0.09	0.00	0.01	0.03	0.01	0.10	0.24	0.10	0.10
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.03	0.08	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.12	0.15	0.05
C4	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.02	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.04	0.01	0.02	0.12	0.29	0.30	0.14
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.02	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.07	0.05	0.02
C5	0.01	0.01	0.04	0.03	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.04	0.01	0.03	0.14	0.29	0.33	0.16
C5'	0.02	0.04	0.04	0.01	0.08	0.01	0.09	0.00	0.08	0.05	0.06	0.05	0.04	0.02	0.09	0.01	0.01	0.09	0.04	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.04	0.01	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.05	0.01	0.04	0.12	0.25	0.25	0.13
N1	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.01	0.08	0.22	0.17	0.09
N3	0.02	0.00	0.04	0.03	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.05	0.01	0.03	0.10	0.27	0.24	0.12
O2	0.04	0.01	0.09	0.08	0.01	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.15	0.09	0.02	0.05	0.06	0.22	0.12	0.08
O2'	0.01	0.09	0.00	0.01	0.05	0.01	0.06	0.04	0.06	0.02	0.08	0.15	0.00	0.05	0.07	0.01	0.11	0.32	0.13	0.13
O3'	0.04	0.05	0.01	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.05	0.04	0.05	0.09	0.05	0.00	0.05	0.05	0.05	0.11	0.16	0.05
O4	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.07	0.05	0.00	0.02	0.13	0.31	0.34	0.16
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.03	0.05	0.01	0.05	0.02	0.00	0.05	0.11	0.11	0.06
O5'	0.06	0.08	0.10	0.06	0.12	0.01	0.14	0.01	0.12	0.08	0.10	0.06	0.11	0.05	0.13	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.16	0.23	0.24	0.12	0.29	0.07	0.29	0.09	0.25	0.22	0.27	0.22	0.32	0.11	0.31	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.08	0.17	0.10	0.15	0.30	0.05	0.33	0.04	0.25	0.17	0.24	0.12	0.13	0.16	0.34	0.11	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.09	0.10	0.05	0.14	0.02	0.16	0.02	0.13	0.09	0.12	0.08	0.13	0.05	0.16	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00