ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51130

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 16, 9, 10, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.005, 0.031, 0.056, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.031 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.005, 0.034, 0.063, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.034 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.017, 0.074, 0.131, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.074 std_dev=0.057
C2' A 0, -0.003, 0.072, 0.147, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.072 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.022, 0.108, 0.194, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.108 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.004, 0.106, 0.209, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.106 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.004, 0.112, 0.220, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.112 std_dev=0.108
O2' B 0, 0.087, 0.211, 0.336, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.211 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.036, 0.186, 0.336, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.186 std_dev=0.150
C2' B 0, 0.109, 0.264, 0.419, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.264 std_dev=0.155
C1' B 0, 0.108, 0.269, 0.429, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.269 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.016, 0.177, 0.339, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.177 std_dev=0.161
O4' B 0, 0.106, 0.298, 0.489, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.298 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.101, 0.316, 0.532, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.316 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.102, 0.320, 0.537, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.320 std_dev=0.218
N1 B 0, 0.076, 0.320, 0.564, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.320 std_dev=0.244
O5' B 0, 0.138, 0.389, 0.640, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.389 std_dev=0.251
P A 0, -0.007, 0.249, 0.505, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.249 std_dev=0.256
C6 B 0, 0.123, 0.389, 0.655, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.389 std_dev=0.266
O5' A 0, -0.020, 0.248, 0.517, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.248 std_dev=0.269
OP2 B 0, 0.250, 0.520, 0.790, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.520 std_dev=0.270
C5' B 0, 0.101, 0.373, 0.644, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.373 std_dev=0.272
OP2 A 0, 0.001, 0.278, 0.556, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.278 std_dev=0.278
OP1 A 0, -0.013, 0.270, 0.552, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.270 std_dev=0.282
P B 0, 0.162, 0.447, 0.732, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.447 std_dev=0.285
O2 B 0, 0.062, 0.358, 0.654, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.358 std_dev=0.296
C2 B 0, 0.027, 0.343, 0.658, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.343 std_dev=0.316
O3' B 0, 0.019, 0.335, 0.651, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.335 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.082, 0.440, 0.799, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.440 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.156, 0.531, 0.905, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.531 std_dev=0.374
N3 B 0, -0.032, 0.389, 0.809, 2.896 max_d=2.896 avg_d=0.389 std_dev=0.420
C4 B 0, -0.024, 0.426, 0.876, 3.059 max_d=3.059 avg_d=0.426 std_dev=0.450
O4 B 0, -0.064, 0.477, 1.018, 3.714 max_d=3.714 avg_d=0.477 std_dev=0.541

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.02 0.07 0.11 0.05
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.03 0.17 0.01 0.14 0.16 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.12 0.07 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.06 0.17 0.06 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.18 0.02 0.14 0.15 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.23 0.01 0.18 0.19 0.17
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.23 0.00 0.20 0.20 0.19
C8 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.23 0.02 0.17 0.15 0.16
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.21 0.01 0.18 0.18 0.16
N2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.10 0.04 0.15 0.02 0.13 0.15 0.12
N3 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.15 0.02 0.12 0.14 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.25 0.02 0.20 0.20 0.20
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.17 0.02 0.13 0.13 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.08 0.03
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.11 0.08 0.19 0.07 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.15 0.07
O5' 0.08 0.17 0.11 0.14 0.18 0.01 0.23 0.01 0.23 0.23 0.21 0.15 0.15 0.25 0.17 0.05 0.11 0.05 0.00 0.25 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.08 0.02 0.25 0.00 0.22 0.23 0.21
OP1 0.07 0.14 0.12 0.17 0.14 0.07 0.18 0.08 0.20 0.17 0.18 0.13 0.12 0.20 0.13 0.09 0.19 0.05 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.16 0.07 0.06 0.15 0.12 0.19 0.14 0.20 0.15 0.18 0.15 0.14 0.20 0.13 0.08 0.07 0.15 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.07 0.10 0.13 0.02 0.17 0.01 0.19 0.16 0.16 0.12 0.11 0.20 0.11 0.03 0.11 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.15 0.12 0.11
C2 0.13 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.15 0.12 0.15 0.12 0.18 0.12 0.12
C2' 0.14 0.13 0.16 0.17 0.14 0.16 0.14 0.17 0.14 0.14 0.13 0.13 0.17 0.17 0.13 0.15 0.17 0.22 0.18 0.18
C3' 0.14 0.13 0.16 0.18 0.14 0.16 0.14 0.17 0.14 0.13 0.13 0.12 0.16 0.18 0.14 0.14 0.17 0.23 0.18 0.18
C4 0.13 0.13 0.10 0.10 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.10 0.12 0.13 0.14 0.12 0.16 0.13 0.12
C4' 0.10 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.10 0.12 0.17 0.14 0.12
C5 0.14 0.14 0.10 0.11 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.10 0.15 0.14 0.16 0.12 0.17 0.13 0.13
C5' 0.10 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.11 0.16 0.13 0.11
C6 0.15 0.14 0.11 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.11 0.18 0.14 0.17 0.13 0.19 0.13 0.13
C8 0.13 0.15 0.10 0.10 0.15 0.12 0.14 0.12 0.14 0.14 0.15 0.16 0.10 0.12 0.15 0.15 0.12 0.16 0.13 0.12
N1 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.11 0.18 0.13 0.17 0.12 0.19 0.13 0.13
N2 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.16 0.12 0.15 0.11 0.19 0.13 0.13
N3 0.12 0.12 0.09 0.09 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10 0.11 0.11 0.14 0.11 0.16 0.12 0.11
N7 0.14 0.15 0.10 0.11 0.15 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.16 0.10 0.14 0.15 0.16 0.13 0.17 0.14 0.13
N9 0.12 0.13 0.10 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.14 0.14 0.10 0.10 0.14 0.13 0.12 0.16 0.13 0.12
O2' 0.16 0.14 0.19 0.21 0.15 0.19 0.16 0.20 0.16 0.15 0.14 0.13 0.20 0.22 0.14 0.16 0.20 0.25 0.21 0.21
O3' 0.15 0.13 0.19 0.22 0.15 0.20 0.16 0.21 0.16 0.15 0.13 0.12 0.20 0.25 0.15 0.16 0.22 0.28 0.23 0.23
O4' 0.09 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.14 0.13 0.09 0.09 0.14 0.10 0.10 0.14 0.12 0.10
O5' 0.10 0.17 0.09 0.09 0.19 0.08 0.16 0.09 0.13 0.13 0.20 0.18 0.08 0.11 0.22 0.10 0.09 0.15 0.10 0.09
O6 0.15 0.15 0.11 0.13 0.15 0.13 0.15 0.13 0.15 0.15 0.15 0.16 0.12 0.20 0.15 0.18 0.13 0.20 0.14 0.14
OP1 0.11 0.18 0.10 0.09 0.21 0.08 0.17 0.08 0.15 0.14 0.21 0.19 0.08 0.10 0.23 0.10 0.09 0.14 0.12 0.09
OP2 0.15 0.24 0.13 0.10 0.25 0.09 0.21 0.09 0.19 0.19 0.27 0.25 0.11 0.09 0.27 0.13 0.09 0.16 0.10 0.09
P 0.12 0.21 0.10 0.08 0.23 0.06 0.19 0.06 0.16 0.16 0.24 0.22 0.08 0.09 0.26 0.09 0.08 0.14 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.07 0.08 0.13 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.09 0.07 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.10 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.11 0.11 0.14 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.12 0.11 0.14 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.10 0.09 0.13 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.07 0.12 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.09 0.09 0.14 0.09
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.07 0.08 0.12 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.11 0.06 0.03
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.00 0.07 0.02 0.06 0.14 0.09 0.06
O4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.12 0.12 0.15 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.11 0.06
O5' 0.04 0.07 0.03 0.04 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.07 0.09 0.07 0.03 0.06 0.12 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.14 0.12 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.13 0.07 0.06 0.14 0.05 0.14 0.02 0.13 0.12 0.14 0.12 0.06 0.09 0.15 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.08 0.06 0.09 0.07 0.03 0.06 0.12 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00