ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51131

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 16, 18, 5, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.027 std_dev=0.018
O2' B 0, 0.129, 0.241, 0.352, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.241 std_dev=0.111
C2' B 0, 0.139, 0.283, 0.426, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.283 std_dev=0.143
C4' B 0, 0.129, 0.282, 0.435, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.282 std_dev=0.153
O5' B 0, 0.186, 0.351, 0.517, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.351 std_dev=0.165
C3' B 0, 0.123, 0.292, 0.460, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.292 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.103, 0.304, 0.506, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.304 std_dev=0.201
C5' B 0, 0.128, 0.331, 0.534, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.331 std_dev=0.203
O4' B 0, 0.101, 0.310, 0.520, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.310 std_dev=0.209
P B 0, 0.192, 0.435, 0.678, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.435 std_dev=0.243
OP2 B 0, 0.217, 0.479, 0.741, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.479 std_dev=0.262
O4' A 0, -0.188, 0.106, 0.399, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.106 std_dev=0.294
C2' A 0, -0.185, 0.124, 0.433, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.124 std_dev=0.309
O3' B 0, -0.005, 0.308, 0.621, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.308 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.040, 0.374, 0.708, 2.391 max_d=2.391 avg_d=0.374 std_dev=0.334
O2' A 0, -0.175, 0.174, 0.524, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.174 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.080, 0.432, 0.784, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.432 std_dev=0.352
OP1 B 0, 0.104, 0.507, 0.910, 2.803 max_d=2.803 avg_d=0.507 std_dev=0.403
C4' A 0, -0.257, 0.171, 0.599, 2.969 max_d=2.969 avg_d=0.171 std_dev=0.428
C5 B 0, 0.033, 0.509, 0.985, 3.282 max_d=3.282 avg_d=0.509 std_dev=0.476
C3' A 0, -0.292, 0.190, 0.671, 3.353 max_d=3.353 avg_d=0.190 std_dev=0.481
C2 B 0, -0.072, 0.414, 0.900, 3.488 max_d=3.488 avg_d=0.414 std_dev=0.486
O2 B 0, -0.119, 0.410, 0.939, 3.706 max_d=3.706 avg_d=0.410 std_dev=0.529
C4 B 0, -0.078, 0.540, 1.158, 4.403 max_d=4.403 avg_d=0.540 std_dev=0.618
N3 B 0, -0.121, 0.499, 1.120, 4.459 max_d=4.459 avg_d=0.499 std_dev=0.621
O3' A 0, -0.424, 0.274, 0.971, 4.851 max_d=4.851 avg_d=0.274 std_dev=0.698
C5' A 0, -0.453, 0.290, 1.033, 5.155 max_d=5.155 avg_d=0.290 std_dev=0.743
O4 B 0, -0.120, 0.634, 1.389, 5.374 max_d=5.374 avg_d=0.634 std_dev=0.754
O5' A 0, -0.576, 0.319, 1.214, 6.189 max_d=6.189 avg_d=0.319 std_dev=0.895
OP2 A 0, -0.675, 0.469, 1.613, 7.876 max_d=7.876 avg_d=0.469 std_dev=1.144
P A 0, -0.734, 0.457, 1.647, 8.208 max_d=8.208 avg_d=0.457 std_dev=1.190
OP1 A 0, -0.912, 0.563, 2.038, 10.161 max_d=10.161 avg_d=0.563 std_dev=1.475

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.16 0.07 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.12 0.18 0.34 0.01 0.38 0.31 0.39
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.13 0.19 0.16 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.10 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.10 0.04
C4 0.01 0.01 0.09 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.09 0.19 0.01 0.20 0.21 0.23
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.16 0.12 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.16 0.01 0.18 0.21 0.21
C5' 0.02 0.25 0.01 0.01 0.13 0.01 0.10 0.00 0.15 0.14 0.21 0.31 0.22 0.11 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.04 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.08 0.22 0.00 0.26 0.25 0.29
C8 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.10 0.15 0.01 0.16 0.17 0.16
N1 0.02 0.00 0.13 0.06 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.14 0.30 0.01 0.35 0.30 0.37
N2 0.03 0.00 0.19 0.08 0.01 0.16 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.15 0.22 0.40 0.01 0.47 0.36 0.46
N3 0.03 0.00 0.16 0.06 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.10 0.18 0.30 0.01 0.32 0.27 0.33
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.13 0.01 0.16 0.20 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.13 0.11
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.10 0.04 0.06 0.04 0.10 0.08 0.17 0.26 0.20 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.08 0.10 0.10 0.05
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.10 0.15 0.10 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.06 0.15 0.13 0.08
O4' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.10 0.14 0.22 0.18 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06
O5' 0.05 0.34 0.03 0.05 0.19 0.01 0.16 0.01 0.22 0.15 0.30 0.40 0.30 0.13 0.09 0.04 0.08 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.20 0.00 0.26 0.26 0.28
OP1 0.05 0.38 0.07 0.09 0.20 0.05 0.18 0.04 0.26 0.16 0.35 0.47 0.32 0.16 0.09 0.10 0.15 0.05 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.31 0.10 0.10 0.21 0.07 0.21 0.05 0.25 0.17 0.30 0.36 0.27 0.20 0.13 0.10 0.13 0.08 0.01 0.26 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.39 0.04 0.04 0.23 0.02 0.21 0.01 0.29 0.16 0.37 0.46 0.33 0.17 0.11 0.05 0.08 0.06 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.10 0.12 0.14 0.13 0.17 0.12 0.18 0.15 0.12 0.13 0.11 0.22 0.13 0.22 0.11 0.17 0.11 0.13
C2 0.10 0.20 0.11 0.10 0.17 0.16 0.12 0.17 0.11 0.12 0.22 0.27 0.12 0.11 0.20 0.14 0.11 0.27 0.11 0.15
C2' 0.38 0.37 0.27 0.19 0.38 0.28 0.39 0.24 0.39 0.38 0.37 0.36 0.29 0.13 0.37 0.41 0.24 0.25 0.24 0.24
C3' 0.25 0.28 0.15 0.13 0.28 0.13 0.27 0.14 0.26 0.26 0.28 0.30 0.18 0.25 0.28 0.26 0.13 0.15 0.12 0.14
C4 0.12 0.14 0.10 0.10 0.12 0.14 0.11 0.14 0.12 0.10 0.15 0.18 0.11 0.15 0.14 0.18 0.10 0.23 0.10 0.14
C4' 0.12 0.11 0.20 0.33 0.12 0.23 0.14 0.29 0.14 0.12 0.12 0.13 0.16 0.49 0.12 0.14 0.29 0.31 0.27 0.29
C5 0.11 0.17 0.11 0.10 0.15 0.15 0.11 0.16 0.11 0.11 0.20 0.23 0.11 0.13 0.18 0.17 0.11 0.27 0.11 0.15
C5' 0.23 0.20 0.36 0.54 0.22 0.43 0.25 0.53 0.26 0.23 0.20 0.18 0.29 0.71 0.22 0.26 0.53 0.58 0.52 0.53
C6 0.10 0.23 0.12 0.10 0.21 0.16 0.14 0.18 0.12 0.13 0.26 0.30 0.12 0.11 0.24 0.15 0.12 0.31 0.12 0.17
C8 0.13 0.12 0.10 0.11 0.11 0.14 0.12 0.13 0.14 0.11 0.13 0.16 0.11 0.18 0.12 0.20 0.10 0.22 0.10 0.14
N1 0.10 0.24 0.12 0.10 0.22 0.16 0.14 0.19 0.12 0.14 0.28 0.32 0.12 0.11 0.26 0.14 0.12 0.31 0.13 0.17
N2 0.10 0.23 0.12 0.10 0.20 0.16 0.14 0.18 0.12 0.14 0.25 0.31 0.12 0.11 0.22 0.13 0.12 0.28 0.12 0.16
N3 0.11 0.14 0.10 0.09 0.12 0.14 0.11 0.14 0.12 0.10 0.15 0.19 0.11 0.14 0.13 0.17 0.10 0.23 0.10 0.13
N7 0.12 0.15 0.11 0.10 0.14 0.15 0.11 0.15 0.12 0.10 0.17 0.20 0.11 0.15 0.16 0.18 0.10 0.25 0.11 0.15
N9 0.14 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.13 0.14 0.11 0.12 0.14 0.11 0.19 0.11 0.20 0.10 0.20 0.10 0.13
O2' 0.51 0.51 0.38 0.29 0.53 0.38 0.53 0.34 0.53 0.52 0.51 0.50 0.37 0.17 0.53 0.53 0.37 0.34 0.37 0.35
O3' 0.38 0.46 0.26 0.14 0.45 0.18 0.41 0.15 0.39 0.41 0.47 0.49 0.28 0.20 0.47 0.35 0.15 0.16 0.15 0.15
O4' 0.17 0.19 0.29 0.38 0.19 0.24 0.18 0.26 0.17 0.18 0.20 0.21 0.26 0.52 0.19 0.15 0.27 0.24 0.26 0.25
O5' 0.31 0.30 0.44 0.62 0.33 0.49 0.35 0.59 0.34 0.32 0.31 0.27 0.35 0.78 0.33 0.33 0.62 0.64 0.61 0.61
O6 0.10 0.26 0.12 0.11 0.25 0.17 0.16 0.19 0.13 0.14 0.30 0.33 0.12 0.12 0.29 0.14 0.13 0.33 0.14 0.19
OP1 0.42 0.36 0.54 0.78 0.43 0.68 0.48 0.85 0.48 0.42 0.37 0.30 0.41 0.94 0.43 0.48 0.89 0.99 0.89 0.91
OP2 0.28 0.28 0.40 0.58 0.33 0.45 0.34 0.57 0.33 0.30 0.30 0.26 0.29 0.72 0.33 0.31 0.62 0.66 0.62 0.62
P 0.37 0.36 0.51 0.71 0.41 0.57 0.43 0.70 0.42 0.39 0.38 0.32 0.39 0.87 0.42 0.40 0.75 0.80 0.75 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.08 0.09 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.06 0.10 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.11 0.05 0.04
C4 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.02 0.14 0.14 0.14 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.02 0.16 0.13 0.13 0.12
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.11 0.01 0.13 0.00 0.12 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.02 0.14 0.09 0.09 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.07 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.11 0.12 0.13 0.09
O2 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.12 0.01 0.04 0.08 0.10 0.11 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.12 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.12 0.05 0.06 0.12 0.03 0.00 0.10 0.01 0.05 0.16 0.10 0.08
O4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.15 0.16 0.17 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.13 0.11
O5' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.14 0.02 0.16 0.01 0.14 0.08 0.11 0.08 0.03 0.05 0.15 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.09 0.08 0.11 0.14 0.05 0.13 0.06 0.09 0.07 0.12 0.10 0.09 0.16 0.16 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.05 0.05 0.14 0.04 0.13 0.01 0.09 0.09 0.13 0.11 0.04 0.10 0.17 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.04 0.04 0.12 0.04 0.12 0.01 0.08 0.06 0.09 0.08 0.03 0.08 0.14 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00