ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51132

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 18, 16, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.020, 0.028, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.024, 0.034, 0.044, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.034 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.035, 0.047, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.047 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.029, 0.042, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.053, 0.070, 0.086, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.070 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.054, 0.072, 0.089, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.072 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.036, 0.054, 0.072, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.054 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.056, 0.076, 0.095, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.076 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.048, 0.068, 0.088, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.068 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.100, 0.128, 0.156, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.128 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.315, 0.393, 0.471, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.393 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.519, 0.675, 0.830, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.675 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.744, 0.959, 1.173, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.959 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.435, 0.651, 0.867, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.651 std_dev=0.216
C4' A 0, 0.799, 1.051, 1.303, 1.232 max_d=1.232 avg_d=1.051 std_dev=0.252
C3' A 0, 0.901, 1.156, 1.411, 1.304 max_d=1.304 avg_d=1.156 std_dev=0.255
N1 B 0, 0.843, 1.107, 1.371, 1.452 max_d=1.452 avg_d=1.107 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.616, 0.882, 1.149, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.882 std_dev=0.267
O3' B 0, 0.902, 1.172, 1.442, 1.498 max_d=1.498 avg_d=1.172 std_dev=0.270
C5' A 0, 1.139, 1.475, 1.811, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.475 std_dev=0.336
O2' A 0, 1.307, 1.713, 2.119, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.713 std_dev=0.406
C3' B 0, 1.632, 2.126, 2.619, 2.616 max_d=2.616 avg_d=2.126 std_dev=0.494
O3' A 0, 1.818, 2.402, 2.985, 2.716 max_d=2.716 avg_d=2.402 std_dev=0.584
O5' A 0, 2.012, 2.646, 3.281, 3.081 max_d=3.081 avg_d=2.646 std_dev=0.634
C2 B 0, 1.869, 2.506, 3.143, 3.027 max_d=3.027 avg_d=2.506 std_dev=0.637
O4' B 0, 2.469, 3.231, 3.993, 3.662 max_d=3.662 avg_d=3.231 std_dev=0.762
C6 B 0, 2.344, 3.115, 3.887, 3.602 max_d=3.602 avg_d=3.115 std_dev=0.772
OP1 A 0, 2.604, 3.454, 4.304, 4.042 max_d=4.042 avg_d=3.454 std_dev=0.850
O2 B 0, 2.778, 3.734, 4.691, 4.346 max_d=4.346 avg_d=3.734 std_dev=0.956
C4' B 0, 3.090, 4.051, 5.012, 4.561 max_d=4.561 avg_d=4.051 std_dev=0.961
N3 B 0, 2.872, 3.839, 4.807, 4.417 max_d=4.417 avg_d=3.839 std_dev=0.968
P A 0, 3.004, 4.014, 5.023, 4.593 max_d=4.593 avg_d=4.014 std_dev=1.010
C5 B 0, 3.243, 4.322, 5.401, 4.917 max_d=4.917 avg_d=4.322 std_dev=1.079
C4 B 0, 3.317, 4.415, 5.513, 5.021 max_d=5.021 avg_d=4.415 std_dev=1.098
OP2 A 0, 4.380, 5.814, 7.249, 6.514 max_d=6.514 avg_d=5.814 std_dev=1.435
O4 B 0, 4.477, 5.951, 7.425, 6.663 max_d=6.663 avg_d=5.951 std_dev=1.474
C5' B 0, 4.811, 6.365, 7.918, 7.103 max_d=7.103 avg_d=6.365 std_dev=1.553
O5' B 0, 5.086, 6.755, 8.424, 7.583 max_d=7.583 avg_d=6.755 std_dev=1.669
P B 0, 6.836, 9.235, 11.635, 10.104 max_d=10.104 avg_d=9.235 std_dev=2.400
OP2 B 0, 7.563, 10.176, 12.790, 11.737 max_d=11.737 avg_d=10.176 std_dev=2.613
OP1 B 0, 7.651, 10.360, 13.069, 11.378 max_d=11.378 avg_d=10.360 std_dev=2.709

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.08 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.19 0.05 0.10 0.01 0.09 0.12 0.11
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.12 0.05 0.06 0.09 0.12 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.10 0.07 0.04
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.17 0.11 0.06 0.06 0.18 0.10 0.02 0.01 0.01 0.20 0.16 0.21 0.27 0.21
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.11 0.02 0.13 0.01 0.09 0.13 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.03 0.05 0.02 0.09 0.05 0.15 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.05 0.02 0.19 0.01 0.10 0.19 0.19
C5' 0.05 0.05 0.12 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04 0.12 0.02 0.01 0.06 0.05 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.07 0.02 0.19 0.01 0.10 0.21 0.19
C8 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.08 0.06 0.23 0.02 0.10 0.19 0.20
N1 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.03 0.15 0.01 0.10 0.17 0.15
N2 0.03 0.01 0.12 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.26 0.07 0.08 0.02 0.09 0.11 0.09
N3 0.02 0.00 0.11 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.20 0.05 0.09 0.01 0.09 0.10 0.09
N7 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.08 0.04 0.25 0.02 0.11 0.25 0.24
N9 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.13 0.02 0.08 0.10 0.11
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.14 0.15 0.19 0.04 0.20 0.18 0.16 0.10 0.09 0.21 0.12 0.00 0.05 0.11 0.12 0.23 0.12 0.10 0.11
O3' 0.16 0.19 0.02 0.01 0.11 0.02 0.05 0.12 0.07 0.08 0.13 0.26 0.20 0.08 0.06 0.05 0.00 0.12 0.24 0.06 0.43 0.36 0.32
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.11 0.12 0.00 0.08 0.02 0.07 0.15 0.07
O5' 0.04 0.10 0.05 0.20 0.13 0.01 0.19 0.01 0.19 0.23 0.15 0.08 0.09 0.25 0.13 0.12 0.24 0.08 0.00 0.21 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.23 0.06 0.02 0.21 0.00 0.11 0.25 0.22
OP1 0.08 0.09 0.10 0.21 0.09 0.07 0.10 0.05 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.43 0.07 0.02 0.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.12 0.07 0.27 0.13 0.04 0.19 0.03 0.21 0.19 0.17 0.11 0.10 0.25 0.10 0.10 0.36 0.15 0.02 0.25 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.11 0.04 0.21 0.12 0.02 0.19 0.02 0.19 0.20 0.15 0.09 0.09 0.24 0.11 0.11 0.32 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.18 0.23 0.65 0.25 0.90 0.57 0.69 0.23 0.23 0.53 0.17 0.17 0.75 0.19 0.92 1.29 1.35 1.30
C2 0.24 0.41 0.11 0.18 0.80 0.45 0.65 0.35 0.42 0.27 0.70 0.25 0.11 0.18 0.96 0.46 0.23 0.41 0.42 0.39
C2' 0.19 0.30 0.13 0.17 0.38 0.22 0.67 0.62 0.52 0.10 0.13 0.75 0.28 0.16 0.46 0.16 0.98 1.41 1.53 1.43
C3' 0.20 0.11 0.26 0.43 0.59 0.59 0.97 1.06 0.85 0.34 0.16 0.55 0.15 0.25 0.63 0.50 1.41 1.97 1.93 1.92
C4 0.21 0.23 0.15 0.16 0.85 0.23 0.85 0.22 0.58 0.27 0.56 0.16 0.16 0.17 1.03 0.27 0.54 0.78 0.91 0.84
C4' 0.17 0.13 0.23 0.36 0.65 0.52 1.04 0.96 0.86 0.32 0.19 0.58 0.14 0.23 0.73 0.45 1.26 1.86 1.74 1.75
C5 0.22 0.28 0.15 0.17 0.92 0.28 0.87 0.21 0.57 0.28 0.63 0.11 0.16 0.19 1.15 0.32 0.50 0.74 0.89 0.81
C5' 0.17 0.13 0.24 0.37 0.69 0.53 1.05 0.98 0.85 0.32 0.21 0.56 0.15 0.23 0.80 0.44 1.28 1.95 1.87 1.82
C6 0.23 0.37 0.13 0.18 0.93 0.40 0.80 0.28 0.50 0.28 0.73 0.17 0.14 0.20 1.18 0.41 0.33 0.54 0.67 0.59
C8 0.19 0.14 0.18 0.21 0.86 0.19 0.95 0.39 0.66 0.26 0.45 0.32 0.19 0.19 1.07 0.20 0.77 1.14 1.28 1.18
N1 0.24 0.42 0.11 0.19 0.87 0.48 0.69 0.40 0.43 0.27 0.75 0.27 0.11 0.20 1.08 0.48 0.23 0.42 0.45 0.40
N2 0.25 0.47 0.10 0.24 0.69 0.58 0.50 0.54 0.32 0.25 0.69 0.43 0.11 0.19 0.82 0.57 0.26 0.42 0.24 0.26
N3 0.22 0.29 0.13 0.15 0.78 0.28 0.74 0.19 0.51 0.27 0.59 0.11 0.13 0.15 0.92 0.32 0.39 0.58 0.66 0.61
N7 0.20 0.22 0.17 0.19 0.92 0.22 0.94 0.28 0.63 0.28 0.57 0.19 0.18 0.19 1.17 0.26 0.64 0.95 1.12 1.01
N9 0.18 0.13 0.18 0.20 0.80 0.18 0.92 0.39 0.65 0.26 0.42 0.34 0.19 0.18 0.97 0.19 0.75 1.08 1.19 1.11
O2' 0.24 0.52 0.13 0.17 0.11 0.21 0.33 0.57 0.27 0.17 0.39 0.93 0.20 0.14 0.14 0.12 0.90 1.23 1.45 1.27
O3' 0.54 0.20 0.53 0.72 0.72 0.97 1.15 1.44 1.13 0.63 0.30 0.29 0.25 0.50 0.70 0.89 1.76 2.26 2.07 2.21
O4' 0.15 0.12 0.23 0.30 0.78 0.37 1.07 0.73 0.83 0.33 0.29 0.49 0.16 0.21 0.90 0.31 1.04 1.52 1.48 1.47
O5' 0.17 0.13 0.19 0.29 0.93 0.43 1.22 0.87 0.94 0.40 0.39 0.43 0.20 0.18 1.11 0.40 1.19 1.85 1.71 1.70
O6 0.23 0.40 0.13 0.18 0.96 0.43 0.81 0.33 0.50 0.28 0.77 0.21 0.13 0.22 1.23 0.43 0.31 0.51 0.65 0.56
OP1 0.17 0.15 0.20 0.30 0.80 0.46 1.11 0.93 0.86 0.34 0.29 0.54 0.22 0.19 0.97 0.40 1.24 1.97 1.85 1.79
OP2 0.18 0.27 0.18 0.25 1.18 0.36 1.37 0.77 1.01 0.48 0.63 0.27 0.22 0.17 1.45 0.37 1.12 1.76 1.62 1.62
P 0.17 0.14 0.19 0.29 0.96 0.43 1.24 0.88 0.94 0.40 0.42 0.42 0.21 0.18 1.17 0.40 1.20 1.90 1.75 1.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.15 0.02 0.01 0.07 0.23 0.22 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.08 0.01 0.03 0.10 0.29 0.25 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.09 0.07 0.02 0.05 0.13 0.00 0.02 0.05 0.02 0.22 0.24 0.36 0.25
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.20 0.00 0.21 0.02 0.17 0.12 0.17 0.11 0.02 0.01 0.22 0.01 0.04 0.06 0.36 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.12 0.00 0.03 0.17 0.34 0.22 0.15
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.08 0.05 0.15 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.21 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.15 0.01 0.04 0.18 0.34 0.19 0.16
C5' 0.03 0.07 0.09 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.06 0.06 0.12 0.14 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.11 0.01 0.04 0.14 0.30 0.18 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.04 0.01 0.02 0.08 0.27 0.22 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.17 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.07 0.01 0.03 0.14 0.32 0.25 0.12
O2 0.03 0.00 0.13 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.16 0.01 0.03 0.08 0.27 0.27 0.09
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.21 0.15 0.20 0.06 0.16 0.12 0.19 0.09 0.00 0.04 0.23 0.10 0.17 0.18 0.36 0.23
O3' 0.15 0.08 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.12 0.11 0.04 0.07 0.16 0.04 0.00 0.16 0.10 0.12 0.23 0.57 0.29
O4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.00 0.03 0.19 0.36 0.23 0.17
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.10 0.10 0.03 0.00 0.05 0.23 0.12 0.07
O5' 0.07 0.10 0.22 0.04 0.17 0.02 0.18 0.01 0.14 0.08 0.14 0.08 0.17 0.12 0.19 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.29 0.24 0.06 0.34 0.08 0.34 0.06 0.30 0.27 0.32 0.27 0.18 0.23 0.36 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.25 0.36 0.36 0.22 0.19 0.19 0.12 0.18 0.22 0.25 0.27 0.36 0.57 0.23 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.09 0.25 0.13 0.15 0.04 0.16 0.03 0.11 0.08 0.12 0.09 0.23 0.29 0.17 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00