ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51133

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 10, 3, 3, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.017, 0.034, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.038 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.010, 0.038, 0.065, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.038 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.022, 0.064, 0.107, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.064 std_dev=0.042
C2' A 0, 0.015, 0.062, 0.109, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.062 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.056, 0.129, 0.202, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.129 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.100, 0.173, 0.247, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.173 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.077, 0.158, 0.240, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.158 std_dev=0.082
C5' A 0, 0.139, 0.242, 0.345, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.242 std_dev=0.103
C2 B 0, 0.127, 0.238, 0.350, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.238 std_dev=0.112
N1 B 0, 0.123, 0.237, 0.351, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.237 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.141, 0.260, 0.378, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.260 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.137, 0.257, 0.377, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.257 std_dev=0.120
O4' B 0, 0.115, 0.235, 0.356, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.235 std_dev=0.121
O2 B 0, 0.146, 0.268, 0.389, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.268 std_dev=0.122
C6 B 0, 0.183, 0.316, 0.449, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.316 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.152, 0.286, 0.419, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.286 std_dev=0.133
C1' B 0, 0.096, 0.235, 0.373, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.235 std_dev=0.138
P A 0, 0.182, 0.329, 0.477, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.329 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.189, 0.340, 0.491, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.340 std_dev=0.151
OP2 A 0, 0.185, 0.345, 0.505, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.345 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.199, 0.359, 0.520, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.359 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.129, 0.291, 0.452, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.291 std_dev=0.161
OP1 A 0, 0.211, 0.376, 0.540, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.376 std_dev=0.164
C5' B 0, 0.164, 0.339, 0.514, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.339 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.126, 0.310, 0.495, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.310 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.170, 0.358, 0.545, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.358 std_dev=0.188
O4 B 0, 0.215, 0.410, 0.605, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.410 std_dev=0.195
C3' B 0, 0.133, 0.333, 0.532, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.333 std_dev=0.199
P B 0, 0.167, 0.370, 0.573, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.370 std_dev=0.203
OP1 B 0, 0.233, 0.445, 0.658, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.445 std_dev=0.213
O2' B 0, 0.138, 0.356, 0.573, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.356 std_dev=0.218
OP2 B 0, 0.256, 0.504, 0.752, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.504 std_dev=0.248
O3' B 0, 0.134, 0.382, 0.631, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.382 std_dev=0.248

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.10 0.08
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.01 0.09 0.10 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08
N1 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07
N2 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.03 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.10 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.08 0.00 0.10 0.12 0.10
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.08 0.04 0.09 0.09 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.06 0.09 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.08 0.06 0.07 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.11 0.06 0.05 0.09 0.05 0.02 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.05 0.03 0.07 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.06 0.09 0.09 0.17 0.10 0.15 0.10 0.10 0.06 0.12 0.11 0.12 0.08 0.22 0.09 0.09 0.13 0.14 0.08
C2 0.11 0.08 0.10 0.12 0.14 0.14 0.17 0.14 0.15 0.10 0.09 0.10 0.12 0.14 0.16 0.12 0.15 0.14 0.14 0.10
C2' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.17 0.09 0.14 0.10 0.10 0.06 0.14 0.07 0.13 0.08 0.22 0.09 0.10 0.14 0.15 0.09
C3' 0.08 0.07 0.09 0.10 0.17 0.10 0.15 0.10 0.10 0.06 0.14 0.07 0.13 0.09 0.23 0.09 0.10 0.14 0.16 0.10
C4 0.09 0.07 0.08 0.10 0.16 0.11 0.18 0.11 0.14 0.08 0.10 0.11 0.11 0.11 0.21 0.11 0.12 0.14 0.14 0.09
C4' 0.09 0.07 0.09 0.10 0.18 0.10 0.15 0.10 0.10 0.07 0.13 0.09 0.13 0.08 0.24 0.10 0.10 0.14 0.16 0.10
C5 0.10 0.08 0.09 0.11 0.18 0.13 0.20 0.13 0.15 0.09 0.11 0.11 0.11 0.13 0.22 0.11 0.14 0.15 0.14 0.11
C5' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.18 0.10 0.16 0.10 0.11 0.07 0.13 0.09 0.13 0.08 0.25 0.09 0.10 0.14 0.16 0.10
C6 0.11 0.09 0.11 0.13 0.17 0.15 0.21 0.15 0.17 0.10 0.11 0.11 0.12 0.16 0.21 0.13 0.18 0.17 0.15 0.13
C8 0.09 0.07 0.08 0.09 0.18 0.10 0.19 0.11 0.13 0.08 0.11 0.11 0.11 0.10 0.24 0.10 0.11 0.14 0.14 0.09
N1 0.11 0.08 0.11 0.14 0.15 0.15 0.19 0.16 0.16 0.10 0.10 0.10 0.12 0.16 0.18 0.13 0.18 0.16 0.15 0.13
N2 0.12 0.08 0.12 0.14 0.11 0.15 0.15 0.15 0.14 0.10 0.08 0.10 0.13 0.15 0.13 0.13 0.16 0.14 0.14 0.10
N3 0.09 0.07 0.09 0.10 0.14 0.11 0.16 0.11 0.13 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.18 0.11 0.11 0.13 0.14 0.08
N7 0.09 0.08 0.09 0.10 0.19 0.12 0.20 0.12 0.15 0.09 0.12 0.11 0.11 0.12 0.24 0.11 0.13 0.16 0.14 0.11
N9 0.08 0.07 0.08 0.09 0.17 0.10 0.17 0.10 0.12 0.07 0.11 0.11 0.11 0.09 0.23 0.10 0.10 0.14 0.14 0.09
O2' 0.10 0.09 0.10 0.11 0.17 0.12 0.14 0.12 0.10 0.08 0.16 0.08 0.13 0.09 0.21 0.12 0.12 0.14 0.18 0.11
O3' 0.09 0.09 0.11 0.11 0.17 0.12 0.14 0.12 0.10 0.08 0.15 0.08 0.16 0.11 0.22 0.11 0.12 0.15 0.17 0.11
O4' 0.09 0.08 0.09 0.09 0.18 0.10 0.16 0.10 0.11 0.07 0.12 0.11 0.12 0.07 0.24 0.10 0.09 0.13 0.15 0.09
O5' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.18 0.09 0.17 0.10 0.11 0.07 0.12 0.09 0.13 0.08 0.25 0.09 0.10 0.14 0.15 0.09
O6 0.11 0.09 0.12 0.14 0.19 0.16 0.22 0.17 0.18 0.11 0.12 0.11 0.12 0.17 0.23 0.14 0.20 0.19 0.17 0.15
OP1 0.07 0.07 0.08 0.08 0.17 0.09 0.16 0.09 0.11 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08 0.23 0.09 0.10 0.14 0.16 0.09
OP2 0.10 0.09 0.10 0.11 0.17 0.12 0.17 0.12 0.12 0.09 0.12 0.11 0.13 0.11 0.23 0.11 0.12 0.17 0.15 0.11
P 0.08 0.07 0.09 0.09 0.16 0.10 0.15 0.10 0.10 0.07 0.11 0.10 0.13 0.08 0.22 0.09 0.10 0.15 0.15 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.05 0.19 0.09
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.06 0.09 0.15 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.07 0.23 0.12
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06 0.21 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.00 0.02 0.08 0.14 0.11 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.03 0.09 0.14 0.11 0.11
C5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.09 0.02 0.01 0.10 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.08 0.11 0.11 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.01 0.06 0.08 0.14 0.07
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.07 0.11 0.12 0.08
O2 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.02 0.05 0.06 0.07 0.19 0.08
O2' 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.09 0.00 0.07 0.08 0.03 0.07 0.09 0.26 0.14
O3' 0.06 0.10 0.04 0.01 0.08 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.10 0.13 0.07 0.00 0.08 0.05 0.07 0.08 0.20 0.08
O4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.00 0.03 0.09 0.15 0.11 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.05 0.08 0.16 0.06
O5' 0.04 0.06 0.07 0.08 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.09 0.07 0.06 0.14 0.08 0.14 0.10 0.11 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.15 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.15 0.23 0.21 0.11 0.16 0.11 0.09 0.11 0.14 0.12 0.19 0.26 0.20 0.11 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.07 0.12 0.09 0.10 0.04 0.11 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.14 0.08 0.11 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00