ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51134

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 7, 4, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.010 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.018, 0.048, 0.077, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.048 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.015, 0.054, 0.093, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.054 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.038, 0.093, 0.148, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.093 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.028, 0.090, 0.152, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.090 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.026, 0.094, 0.161, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.094 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.036, 0.117, 0.198, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.117 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.049, 0.136, 0.224, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.136 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.055, 0.154, 0.252, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.154 std_dev=0.098
OP2 A 0, 0.083, 0.206, 0.328, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.206 std_dev=0.123
P A 0, 0.027, 0.187, 0.347, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.187 std_dev=0.160
OP1 B 0, 0.165, 0.335, 0.505, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.335 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.175, 0.347, 0.519, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.347 std_dev=0.172
C5' B 0, 0.198, 0.381, 0.564, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.381 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.202, 0.391, 0.580, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.391 std_dev=0.189
O5' B 0, 0.207, 0.415, 0.624, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.415 std_dev=0.209
C3' B 0, 0.186, 0.397, 0.608, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.397 std_dev=0.211
P B 0, 0.194, 0.419, 0.644, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.419 std_dev=0.225
O4' B 0, 0.220, 0.447, 0.675, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.447 std_dev=0.228
O2' B 0, 0.194, 0.435, 0.676, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.435 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.194, 0.443, 0.692, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.443 std_dev=0.249
OP2 B 0, 0.208, 0.470, 0.733, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.470 std_dev=0.262
C1' B 0, 0.223, 0.492, 0.761, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.492 std_dev=0.269
OP1 A 0, 0.029, 0.314, 0.599, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.314 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.224, 0.557, 0.891, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.557 std_dev=0.333
C6 B 0, 0.226, 0.579, 0.932, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.579 std_dev=0.353
C2 B 0, 0.221, 0.621, 1.021, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.621 std_dev=0.400
O2 B 0, 0.229, 0.638, 1.047, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.638 std_dev=0.409
C5 B 0, 0.215, 0.649, 1.084, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.649 std_dev=0.434
N3 B 0, 0.207, 0.682, 1.157, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.682 std_dev=0.475
C4 B 0, 0.204, 0.698, 1.191, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.698 std_dev=0.494
O4 B 0, 0.191, 0.763, 1.335, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.763 std_dev=0.572

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.16 0.12 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.04 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.03 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.16 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.18 0.14 0.11
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.17 0.15 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.18 0.13 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.17 0.13 0.10
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.15 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.16 0.10 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.19 0.15 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.16 0.10 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.09 0.04 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.17 0.16 0.11
OP1 0.13 0.16 0.10 0.08 0.16 0.06 0.18 0.03 0.17 0.18 0.17 0.15 0.16 0.19 0.16 0.09 0.09 0.13 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.04 0.03 0.12 0.03 0.14 0.03 0.15 0.13 0.13 0.11 0.10 0.15 0.10 0.04 0.05 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.04 0.05 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.13 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.16 0.09
C2 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.12 0.11 0.08
C2' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.14 0.11 0.09 0.13 0.09 0.08 0.11 0.17 0.09
C3' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.12 0.15 0.11 0.09 0.14 0.09 0.07 0.11 0.17 0.10
C4 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.12 0.13 0.08
C4' 0.08 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08 0.11 0.14 0.10 0.08 0.13 0.08 0.08 0.11 0.17 0.09
C5 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.13 0.14 0.09
C5' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.09 0.08 0.13 0.08 0.07 0.11 0.17 0.09
C6 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.11 0.08 0.07 0.14 0.13 0.10
C8 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.13 0.15 0.09
N1 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.14 0.12 0.09
N2 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.11 0.09 0.06
N3 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.11 0.12 0.07
N7 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.13 0.15 0.10
N9 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.12 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.11 0.14 0.08
O2' 0.12 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.18 0.13 0.11 0.15 0.12 0.11 0.14 0.19 0.12
O3' 0.10 0.13 0.11 0.10 0.15 0.11 0.14 0.12 0.12 0.11 0.14 0.16 0.12 0.10 0.17 0.11 0.08 0.12 0.18 0.11
O4' 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.13 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.11 0.16 0.09
O5' 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.08 0.13 0.09 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.07 0.14 0.08 0.07 0.11 0.16 0.09
O6 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08 0.15 0.14 0.12
OP1 0.16 0.17 0.16 0.16 0.19 0.17 0.20 0.17 0.19 0.17 0.18 0.18 0.17 0.16 0.21 0.17 0.15 0.17 0.20 0.16
OP2 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.13 0.14 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.16 0.10
P 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.14 0.11 0.13 0.10 0.12 0.13 0.10 0.09 0.15 0.10 0.09 0.12 0.16 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.08 0.10 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.10 0.07 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.11 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.12 0.14 0.14 0.12
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01
C5 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.13 0.14 0.13 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.11 0.11 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.09 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.10 0.13 0.13 0.10
O2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.02 0.07 0.10 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.10 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.09 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.12 0.10 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.13 0.15 0.16 0.14
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
O5' 0.04 0.08 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.08 0.10 0.07 0.02 0.04 0.13 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.10 0.11 0.14 0.08 0.14 0.06 0.11 0.09 0.13 0.10 0.10 0.12 0.15 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.10 0.07 0.08 0.14 0.02 0.13 0.01 0.09 0.07 0.13 0.09 0.06 0.10 0.16 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.04 0.12 0.01 0.12 0.01 0.09 0.06 0.10 0.06 0.03 0.06 0.14 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00