ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51136

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.003, 0.027, 0.050, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.019, 0.046, 0.073, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.046 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.006, 0.043, 0.080, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.043 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.012, 0.058, 0.103, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.058 std_dev=0.045
C2' B 0, 0.318, 0.676, 1.035, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.676 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.332, 0.743, 1.155, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.743 std_dev=0.411
O2' B 0, 0.303, 0.767, 1.230, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.767 std_dev=0.463
O4' B 0, 0.408, 1.010, 1.613, 1.927 max_d=1.927 avg_d=1.010 std_dev=0.603
C3' B 0, 0.399, 1.070, 1.740, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.070 std_dev=0.670
N1 B 0, 0.151, 0.823, 1.494, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.823 std_dev=0.672
O4' A 0, -0.313, 0.362, 1.036, 2.584 max_d=2.584 avg_d=0.362 std_dev=0.674
C2' A 0, -0.282, 0.430, 1.142, 2.760 max_d=2.760 avg_d=0.430 std_dev=0.712
O2' A 0, -0.195, 0.561, 1.317, 2.961 max_d=2.961 avg_d=0.561 std_dev=0.756
C6 B 0, 0.109, 0.898, 1.687, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.898 std_dev=0.789
C4' B 0, 0.414, 1.222, 2.031, 2.496 max_d=2.496 avg_d=1.222 std_dev=0.809
O5' B 0, 0.685, 1.676, 2.668, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.676 std_dev=0.991
C2 B 0, 0.217, 1.252, 2.287, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.252 std_dev=1.035
C4' A 0, -0.499, 0.547, 1.592, 3.997 max_d=3.997 avg_d=0.547 std_dev=1.046
C5' B 0, 0.607, 1.669, 2.731, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.669 std_dev=1.062
O3' B 0, 0.448, 1.516, 2.585, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.516 std_dev=1.069
C3' A 0, -0.511, 0.623, 1.757, 4.356 max_d=4.356 avg_d=0.623 std_dev=1.134
C5 B 0, 0.017, 1.168, 2.319, 3.952 max_d=3.952 avg_d=1.168 std_dev=1.151
O2 B 0, 0.248, 1.440, 2.632, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.440 std_dev=1.192
P B 0, 0.716, 1.941, 3.166, 4.035 max_d=4.035 avg_d=1.941 std_dev=1.225
N3 B 0, 0.195, 1.584, 2.973, 4.300 max_d=4.300 avg_d=1.584 std_dev=1.389
OP2 B 0, 0.474, 1.865, 3.257, 4.344 max_d=4.344 avg_d=1.865 std_dev=1.392
C4 B 0, 0.033, 1.504, 2.976, 4.664 max_d=4.664 avg_d=1.504 std_dev=1.472
OP1 B 0, 0.932, 2.465, 3.998, 4.904 max_d=4.904 avg_d=2.465 std_dev=1.533
O3' A 0, -0.700, 0.915, 2.530, 6.220 max_d=6.220 avg_d=0.915 std_dev=1.615
C5' A 0, -0.774, 0.981, 2.736, 6.751 max_d=6.751 avg_d=0.981 std_dev=1.755
O4 B 0, -0.003, 1.857, 3.716, 5.687 max_d=5.687 avg_d=1.857 std_dev=1.860
O5' A 0, -0.376, 1.707, 3.790, 8.228 max_d=8.228 avg_d=1.707 std_dev=2.083
P A 0, -0.758, 1.888, 4.534, 10.400 max_d=10.400 avg_d=1.888 std_dev=2.646
OP1 A 0, -0.693, 2.125, 4.943, 11.128 max_d=11.128 avg_d=2.125 std_dev=2.818
OP2 A 0, -0.797, 2.051, 4.899, 11.152 max_d=11.152 avg_d=2.051 std_dev=2.848

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.02 0.35 0.62 0.15
C2 0.05 0.00 0.15 0.37 0.01 0.55 0.01 1.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.35 0.36 0.91 0.01 1.43 0.48 0.98
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.02 0.10 0.02 0.12 0.09 0.14 0.18 0.14 0.10 0.05 0.01 0.01 0.01 0.35 0.12 0.37 0.43 0.15
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.17 0.00 0.09 0.02 0.13 0.26 0.26 0.47 0.37 0.20 0.06 0.01 0.01 0.01 0.43 0.11 0.48 0.33 0.28
C4 0.03 0.01 0.10 0.17 0.00 0.24 0.00 0.46 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.17 0.51 0.01 0.75 0.43 0.26
C4' 0.01 0.55 0.02 0.00 0.24 0.00 0.08 0.00 0.19 0.30 0.39 0.70 0.54 0.20 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.11 0.25 0.45 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.09 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.12 0.05 0.61 0.01 0.46 0.77 0.25
C5' 0.05 1.02 0.02 0.02 0.46 0.00 0.23 0.00 0.42 0.41 0.77 1.30 0.95 0.27 0.07 0.05 0.05 0.02 0.02 0.31 0.20 0.42 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.13 0.01 0.19 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.12 0.61 0.00 0.69 0.56 0.27
C8 0.01 0.01 0.09 0.26 0.01 0.30 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.24 0.24 0.96 0.02 0.32 1.36 0.82
N1 0.05 0.01 0.14 0.26 0.02 0.39 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.25 0.25 0.73 0.01 1.14 0.19 0.66
N2 0.07 0.01 0.18 0.47 0.01 0.70 0.01 1.30 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.47 0.45 1.22 0.03 1.81 0.94 1.42
N3 0.05 0.01 0.14 0.37 0.01 0.54 0.00 0.95 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.30 0.33 0.37 0.81 0.01 1.29 0.43 0.83
N7 0.01 0.01 0.10 0.20 0.01 0.20 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.22 0.15 0.91 0.02 0.27 1.35 0.75
N9 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.51 0.02 0.33 0.76 0.24
O2' 0.02 0.33 0.01 0.01 0.16 0.05 0.12 0.05 0.18 0.11 0.27 0.41 0.30 0.09 0.04 0.00 0.02 0.06 0.11 0.16 0.33 0.38 0.06
O3' 0.02 0.35 0.01 0.01 0.15 0.02 0.12 0.05 0.15 0.24 0.25 0.47 0.33 0.22 0.06 0.02 0.00 0.02 0.35 0.15 0.63 0.22 0.34
O4' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.17 0.00 0.05 0.02 0.12 0.24 0.25 0.45 0.37 0.15 0.02 0.06 0.02 0.00 0.09 0.07 0.40 0.68 0.26
O5' 0.25 0.91 0.35 0.43 0.51 0.03 0.61 0.02 0.61 0.96 0.73 1.22 0.81 0.91 0.51 0.11 0.35 0.09 0.00 0.65 0.04 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.11 0.01 0.11 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.16 0.15 0.07 0.65 0.00 0.53 0.78 0.30
OP1 0.35 1.43 0.37 0.48 0.75 0.25 0.46 0.20 0.69 0.32 1.14 1.81 1.29 0.27 0.33 0.33 0.63 0.40 0.04 0.53 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 0.48 0.43 0.33 0.43 0.45 0.77 0.42 0.56 1.36 0.19 0.94 0.43 1.35 0.76 0.38 0.22 0.68 0.03 0.78 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.98 0.15 0.28 0.26 0.10 0.25 0.02 0.27 0.82 0.66 1.42 0.83 0.75 0.24 0.06 0.34 0.26 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.80 0.31 0.26 0.75 0.12 0.62 0.15 0.52 0.58 0.83 0.96 0.29 0.40 0.81 0.31 0.28 0.37 0.40 0.30
C2 0.40 0.46 0.19 0.13 0.35 0.29 0.29 0.34 0.29 0.38 0.43 0.56 0.26 0.40 0.35 0.41 0.27 0.48 0.27 0.33
C2' 0.48 0.74 0.44 0.42 0.76 0.35 0.67 0.37 0.58 0.59 0.79 0.85 0.41 0.43 0.82 0.37 0.41 0.38 0.48 0.43
C3' 0.91 1.11 0.97 1.01 1.29 0.85 1.28 0.90 1.19 1.08 1.22 1.04 0.72 1.03 1.34 0.81 1.04 1.01 1.12 1.05
C4 0.45 0.66 0.27 0.14 0.57 0.19 0.45 0.23 0.40 0.50 0.66 0.79 0.29 0.32 0.60 0.36 0.20 0.40 0.23 0.24
C4' 0.99 1.11 1.14 1.31 1.35 1.09 1.41 1.19 1.34 1.16 1.23 1.01 0.84 1.43 1.40 0.95 1.38 1.42 1.48 1.39
C5 0.44 0.64 0.24 0.11 0.54 0.23 0.41 0.30 0.37 0.48 0.64 0.77 0.27 0.36 0.57 0.38 0.24 0.52 0.25 0.31
C5' 1.69 1.63 1.89 2.09 1.87 1.86 2.01 1.96 1.99 1.80 1.71 1.43 1.57 2.20 1.87 1.70 2.14 2.16 2.20 2.14
C6 0.42 0.55 0.19 0.16 0.43 0.30 0.33 0.41 0.32 0.42 0.54 0.69 0.25 0.44 0.45 0.42 0.34 0.65 0.36 0.44
C8 0.47 0.76 0.29 0.17 0.70 0.16 0.55 0.20 0.47 0.56 0.80 0.91 0.28 0.34 0.76 0.35 0.20 0.42 0.26 0.23
N1 0.40 0.47 0.16 0.20 0.35 0.33 0.29 0.44 0.30 0.37 0.44 0.59 0.24 0.49 0.35 0.44 0.37 0.65 0.39 0.47
N2 0.36 0.32 0.13 0.20 0.23 0.35 0.23 0.39 0.25 0.30 0.28 0.39 0.22 0.50 0.22 0.45 0.31 0.47 0.31 0.36
N3 0.44 0.58 0.26 0.14 0.48 0.21 0.39 0.24 0.37 0.46 0.56 0.69 0.29 0.31 0.50 0.36 0.20 0.35 0.22 0.24
N7 0.45 0.70 0.25 0.12 0.62 0.20 0.47 0.27 0.41 0.51 0.72 0.84 0.26 0.35 0.67 0.36 0.22 0.51 0.23 0.28
N9 0.47 0.75 0.30 0.20 0.68 0.15 0.55 0.17 0.47 0.56 0.77 0.89 0.29 0.35 0.73 0.33 0.22 0.37 0.29 0.24
O2' 0.62 0.85 0.54 0.45 0.75 0.46 0.63 0.42 0.56 0.66 0.85 1.03 0.62 0.44 0.79 0.54 0.38 0.28 0.44 0.40
O3' 1.09 1.32 1.11 1.15 1.56 1.01 1.55 1.06 1.43 1.30 1.46 1.19 0.81 1.12 1.63 1.00 1.21 1.14 1.30 1.22
O4' 0.57 0.85 0.68 0.87 0.98 0.64 0.96 0.76 0.87 0.76 0.96 0.92 0.43 1.08 1.05 0.49 0.94 1.04 1.04 0.95
O5' 1.79 1.76 1.97 2.32 2.10 2.06 2.28 2.23 2.23 1.95 1.88 1.51 1.54 2.44 2.13 1.85 2.49 2.56 2.59 2.50
O6 0.41 0.55 0.18 0.20 0.42 0.32 0.32 0.47 0.32 0.41 0.53 0.69 0.25 0.50 0.43 0.43 0.41 0.77 0.45 0.54
OP1 2.10 1.92 2.30 2.79 2.22 2.62 2.46 2.90 2.47 2.17 2.00 1.67 1.98 3.08 2.22 2.28 3.11 3.33 3.18 3.16
OP2 2.03 2.08 2.11 2.62 2.52 2.37 2.74 2.71 2.66 2.28 2.25 1.83 1.56 2.65 2.57 2.15 3.14 3.27 3.40 3.24
P 2.09 2.00 2.27 2.77 2.35 2.52 2.57 2.77 2.55 2.23 2.11 1.74 1.83 2.98 2.36 2.23 3.05 3.16 3.16 3.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.09 0.15 0.11
C2 0.03 0.00 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.14 0.13 0.24 0.15
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.08 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.16 0.07 0.04
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.15 0.00 0.15 0.01 0.14 0.09 0.13 0.10 0.02 0.01 0.16 0.02 0.07 0.20 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.15 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.00 0.05 0.22 0.25 0.36 0.24
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.11 0.03 0.08 0.01 0.01 0.11 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.15 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.02 0.06 0.22 0.25 0.36 0.25
C5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.06 0.11 0.03 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.16 0.02 0.06 0.19 0.18 0.28 0.20
N1 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01 0.03 0.14 0.12 0.22 0.15
N3 0.02 0.00 0.05 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.18 0.19 0.31 0.20
O2 0.07 0.01 0.08 0.10 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09 0.20 0.11
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04 0.11 0.02 0.11 0.03 0.03 0.06 0.10 0.00 0.08 0.04 0.09 0.08 0.16 0.06 0.08
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.19 0.03 0.20 0.03 0.16 0.09 0.15 0.08 0.08 0.00 0.22 0.02 0.15 0.27 0.16 0.13
O4 0.02 0.01 0.04 0.16 0.00 0.08 0.02 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.06 0.24 0.30 0.41 0.28
O4' 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.09 0.09 0.02 0.06 0.00 0.08 0.09 0.17 0.14
O5' 0.09 0.14 0.05 0.07 0.22 0.01 0.22 0.01 0.19 0.14 0.18 0.10 0.08 0.15 0.24 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.09 0.13 0.16 0.20 0.25 0.11 0.25 0.11 0.18 0.12 0.19 0.09 0.16 0.27 0.30 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.24 0.07 0.08 0.36 0.05 0.36 0.02 0.28 0.22 0.31 0.20 0.06 0.16 0.41 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.15 0.04 0.06 0.24 0.04 0.25 0.01 0.20 0.15 0.20 0.11 0.08 0.13 0.28 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00