ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51137

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.017, 0.040, 0.064, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.006, 0.035, 0.065, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.035 std_dev=0.030
C1' B 0, 0.214, 0.449, 0.683, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.449 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.125, 0.382, 0.639, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.382 std_dev=0.257
C2' B 0, 0.307, 0.603, 0.899, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.603 std_dev=0.296
O2' A 0, -0.038, 0.309, 0.657, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.309 std_dev=0.348
C2' A 0, -0.149, 0.217, 0.583, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.217 std_dev=0.366
O4' A 0, -0.203, 0.182, 0.567, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.182 std_dev=0.385
O2' B 0, 0.344, 0.758, 1.172, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.758 std_dev=0.414
N1 B 0, 0.062, 0.563, 1.063, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.563 std_dev=0.500
C4' A 0, -0.196, 0.366, 0.929, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.366 std_dev=0.563
C3' A 0, -0.189, 0.405, 0.998, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.405 std_dev=0.594
C4' B 0, 0.001, 0.645, 1.289, 2.483 max_d=2.483 avg_d=0.645 std_dev=0.644
C3' B 0, 0.133, 0.784, 1.434, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.784 std_dev=0.650
O3' A 0, -0.263, 0.549, 1.361, 3.051 max_d=3.051 avg_d=0.549 std_dev=0.812
O5' B 0, -0.041, 0.781, 1.602, 3.238 max_d=3.238 avg_d=0.781 std_dev=0.822
O3' B 0, 0.091, 0.944, 1.797, 3.250 max_d=3.250 avg_d=0.944 std_dev=0.853
C5' B 0, -0.056, 0.802, 1.659, 3.288 max_d=3.288 avg_d=0.802 std_dev=0.858
C6 B 0, 0.260, 1.172, 2.085, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.172 std_dev=0.913
C2 B 0, -0.175, 0.810, 1.796, 3.655 max_d=3.655 avg_d=0.810 std_dev=0.986
C5' A 0, -0.384, 0.616, 1.616, 3.674 max_d=3.674 avg_d=0.616 std_dev=1.000
O5' A 0, -0.212, 0.803, 1.818, 3.827 max_d=3.827 avg_d=0.803 std_dev=1.015
OP1 B 0, -0.140, 0.987, 2.115, 4.343 max_d=4.343 avg_d=0.987 std_dev=1.128
OP2 A 0, -0.073, 1.163, 2.398, 4.749 max_d=4.749 avg_d=1.163 std_dev=1.236
P A 0, -0.240, 1.005, 2.251, 4.652 max_d=4.652 avg_d=1.005 std_dev=1.246
C5 B 0, 0.167, 1.478, 2.788, 4.436 max_d=4.436 avg_d=1.478 std_dev=1.310
N3 B 0, -0.508, 0.853, 2.214, 5.090 max_d=5.090 avg_d=0.853 std_dev=1.361
OP1 A 0, -0.198, 1.187, 2.571, 5.013 max_d=5.013 avg_d=1.187 std_dev=1.385
P B 0, -0.376, 1.014, 2.405, 5.274 max_d=5.274 avg_d=1.014 std_dev=1.390
C4 B 0, -0.279, 1.139, 2.557, 5.420 max_d=5.420 avg_d=1.139 std_dev=1.418
O2 B 0, -0.167, 1.283, 2.733, 4.387 max_d=4.387 avg_d=1.283 std_dev=1.450
O4 B 0, -0.433, 1.409, 3.251, 6.989 max_d=6.989 avg_d=1.409 std_dev=1.842
OP2 B 0, -0.626, 1.345, 3.316, 7.463 max_d=7.463 avg_d=1.345 std_dev=1.971

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.12 0.10 0.07
C2 0.05 0.00 0.26 0.24 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.32 0.16 0.19 0.03 0.21 0.37 0.25
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.01 0.07 0.01 0.12 0.12 0.20 0.31 0.26 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.26 0.09 0.10
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.15 0.01 0.13 0.01 0.17 0.09 0.22 0.27 0.22 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.13 0.15 0.30 0.13 0.17
C4 0.02 0.02 0.14 0.15 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.08 0.19 0.02 0.19 0.34 0.26
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.06 0.08 0.05 0.11 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.04 0.04
C5 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.04 0.27 0.02 0.30 0.47 0.37
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.23 0.13 0.13 0.10 0.23 0.11 0.05 0.04 0.01 0.01 0.19 0.12 0.04 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.17 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.21 0.07 0.28 0.01 0.34 0.52 0.40
C8 0.02 0.03 0.12 0.09 0.01 0.11 0.01 0.23 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.11 0.29 0.04 0.24 0.39 0.36
N1 0.05 0.01 0.20 0.22 0.03 0.06 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.15 0.29 0.13 0.24 0.02 0.29 0.46 0.33
N2 0.06 0.00 0.31 0.27 0.02 0.08 0.02 0.13 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.38 0.20 0.18 0.03 0.20 0.34 0.23
N3 0.04 0.01 0.26 0.22 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.28 0.15 0.15 0.02 0.16 0.29 0.20
N7 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.07 0.33 0.03 0.34 0.52 0.44
N9 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.11 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.17 0.04 0.14 0.27 0.22
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.08 0.11 0.15 0.26 0.20 0.08 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.29 0.08 0.10
O3' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.18 0.01 0.15 0.04 0.21 0.11 0.29 0.38 0.28 0.10 0.07 0.03 0.00 0.02 0.18 0.19 0.44 0.22 0.26
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.11 0.13 0.20 0.15 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.13 0.07 0.13 0.11 0.10
O5' 0.06 0.19 0.07 0.13 0.19 0.01 0.27 0.01 0.28 0.29 0.24 0.18 0.15 0.33 0.17 0.05 0.18 0.13 0.00 0.31 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.09 0.15 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.19 0.07 0.31 0.00 0.41 0.59 0.46
OP1 0.12 0.21 0.26 0.30 0.19 0.16 0.30 0.12 0.34 0.24 0.29 0.20 0.16 0.34 0.14 0.29 0.44 0.13 0.02 0.41 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.37 0.09 0.13 0.34 0.04 0.47 0.04 0.52 0.39 0.46 0.34 0.29 0.52 0.27 0.08 0.22 0.11 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.25 0.10 0.17 0.26 0.04 0.37 0.01 0.40 0.36 0.33 0.23 0.20 0.44 0.22 0.10 0.26 0.10 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.22 0.17 0.26 0.91 0.29 1.10 0.13 0.77 0.23 0.35 0.78 0.24 0.51 1.19 0.25 0.23 0.60 0.87 0.77
C2 0.14 0.59 0.09 0.34 1.01 0.44 1.09 0.43 0.90 0.49 0.82 0.89 0.13 0.45 1.12 0.20 0.26 0.17 0.18 0.14
C2' 0.60 0.43 0.44 0.66 0.68 0.69 0.77 0.43 0.38 0.26 0.12 0.97 0.50 0.94 1.10 0.65 0.12 0.25 0.68 0.46
C3' 0.61 0.48 0.46 0.66 0.59 0.64 0.74 0.32 0.35 0.28 0.10 1.00 0.58 1.01 0.97 0.60 0.08 0.47 0.89 0.65
C4 0.16 0.41 0.14 0.34 1.13 0.40 1.19 0.29 0.90 0.41 0.75 0.74 0.18 0.52 1.36 0.24 0.11 0.34 0.33 0.39
C4' 0.30 0.34 0.24 0.29 0.64 0.23 0.94 0.23 0.63 0.18 0.13 0.85 0.34 0.60 0.89 0.24 0.48 0.96 1.32 1.13
C5 0.16 0.52 0.14 0.38 1.20 0.46 1.21 0.39 0.91 0.47 0.88 0.73 0.18 0.56 1.46 0.24 0.19 0.27 0.19 0.27
C5' 0.27 0.32 0.24 0.24 0.64 0.16 0.96 0.34 0.68 0.20 0.14 0.83 0.35 0.57 0.86 0.18 0.61 1.20 1.48 1.31
C6 0.16 0.66 0.12 0.41 1.20 0.49 1.18 0.50 0.92 0.52 0.98 0.84 0.16 0.54 1.42 0.21 0.31 0.17 0.25 0.13
C8 0.19 0.33 0.17 0.35 1.15 0.40 1.20 0.25 0.86 0.37 0.70 0.62 0.22 0.59 1.48 0.26 0.10 0.45 0.50 0.52
N1 0.17 0.69 0.11 0.40 1.10 0.49 1.11 0.53 0.90 0.53 0.95 0.92 0.15 0.49 1.26 0.19 0.35 0.16 0.34 0.13
N2 0.17 0.62 0.07 0.32 0.83 0.43 0.96 0.48 0.85 0.49 0.72 0.95 0.13 0.38 0.88 0.15 0.34 0.16 0.32 0.13
N3 0.15 0.42 0.12 0.31 1.02 0.38 1.14 0.29 0.90 0.41 0.68 0.84 0.15 0.46 1.16 0.23 0.11 0.29 0.28 0.35
N7 0.17 0.46 0.16 0.39 1.22 0.45 1.22 0.35 0.90 0.44 0.84 0.65 0.20 0.59 1.53 0.25 0.15 0.34 0.28 0.36
N9 0.19 0.27 0.16 0.32 1.09 0.36 1.18 0.20 0.85 0.34 0.61 0.69 0.22 0.54 1.38 0.25 0.11 0.47 0.58 0.57
O2' 0.59 0.59 0.39 0.54 0.48 0.58 0.66 0.34 0.31 0.34 0.22 1.08 0.46 0.80 0.85 0.61 0.08 0.24 0.84 0.54
O3' 0.82 0.70 0.65 0.84 0.40 0.79 0.54 0.44 0.20 0.48 0.29 1.21 0.80 1.22 0.79 0.77 0.12 0.36 0.90 0.57
O4' 0.17 0.21 0.25 0.16 0.81 0.11 1.11 0.29 0.83 0.29 0.28 0.73 0.27 0.38 1.02 0.12 0.53 0.99 1.23 1.14
O5' 0.28 0.27 0.16 0.33 0.71 0.29 0.95 0.17 0.62 0.11 0.17 0.80 0.30 0.71 0.99 0.25 0.41 1.02 1.20 1.09
O6 0.18 0.72 0.13 0.43 1.22 0.51 1.18 0.56 0.93 0.55 1.04 0.88 0.17 0.55 1.46 0.20 0.37 0.16 0.37 0.15
OP1 0.26 0.21 0.15 0.29 0.82 0.24 1.04 0.20 0.69 0.18 0.24 0.71 0.30 0.71 1.12 0.22 0.52 1.14 1.42 1.22
OP2 0.36 0.23 0.25 0.51 0.78 0.48 0.96 0.23 0.60 0.09 0.23 0.76 0.38 0.89 1.10 0.38 0.26 0.90 0.98 0.90
P 0.29 0.26 0.16 0.35 0.73 0.32 0.96 0.17 0.63 0.11 0.17 0.79 0.31 0.75 1.02 0.27 0.41 1.07 1.23 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.07 0.00 0.05 0.23 0.19 0.07
C2 0.02 0.00 0.14 0.05 0.02 0.27 0.02 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.14 0.03 0.33 0.38 0.49 0.40 0.28
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.13 0.19 0.00 0.03 0.12 0.01 0.08 0.35 0.21 0.11
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.12 0.03 0.05 0.11 0.02 0.01 0.11 0.01 0.08 0.25 0.11 0.16
C4 0.06 0.02 0.10 0.10 0.00 0.09 0.01 0.16 0.03 0.04 0.01 0.03 0.12 0.11 0.01 0.06 0.17 0.48 0.43 0.16
C4' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.09 0.00 0.28 0.01 0.32 0.03 0.19 0.52 0.01 0.02 0.10 0.01 0.02 0.12 0.17 0.05
C5 0.05 0.02 0.07 0.12 0.01 0.28 0.00 0.41 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.06 0.04 0.28 0.43 0.54 0.80 0.49
C5' 0.03 0.41 0.02 0.01 0.16 0.01 0.41 0.00 0.46 0.07 0.32 0.73 0.02 0.03 0.18 0.02 0.01 0.23 0.27 0.02
C6 0.06 0.01 0.09 0.12 0.03 0.32 0.01 0.46 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.05 0.05 0.35 0.46 0.50 0.75 0.50
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.02 0.08 0.32 0.29 0.08
N3 0.02 0.01 0.13 0.05 0.01 0.19 0.01 0.32 0.02 0.02 0.00 0.02 0.33 0.13 0.02 0.22 0.30 0.53 0.34 0.21
O2 0.05 0.01 0.19 0.11 0.03 0.52 0.02 0.73 0.02 0.01 0.02 0.00 0.62 0.19 0.03 0.63 0.64 0.63 0.71 0.54
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.12 0.01 0.22 0.02 0.31 0.04 0.33 0.62 0.00 0.05 0.15 0.01 0.10 0.47 0.27 0.16
O3' 0.05 0.14 0.03 0.01 0.11 0.02 0.06 0.03 0.05 0.07 0.13 0.19 0.05 0.00 0.12 0.03 0.07 0.25 0.15 0.17
O4 0.07 0.03 0.12 0.11 0.01 0.10 0.04 0.18 0.05 0.05 0.02 0.03 0.15 0.12 0.00 0.07 0.19 0.53 0.45 0.17
O4' 0.00 0.33 0.01 0.01 0.06 0.01 0.28 0.02 0.35 0.02 0.22 0.63 0.01 0.03 0.07 0.00 0.09 0.12 0.13 0.12
O5' 0.05 0.38 0.08 0.08 0.17 0.02 0.43 0.01 0.46 0.08 0.30 0.64 0.10 0.07 0.19 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.23 0.49 0.35 0.25 0.48 0.12 0.54 0.23 0.50 0.32 0.53 0.63 0.47 0.25 0.53 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.40 0.21 0.11 0.43 0.17 0.80 0.27 0.75 0.29 0.34 0.71 0.27 0.15 0.45 0.13 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.28 0.11 0.16 0.16 0.05 0.49 0.02 0.50 0.08 0.21 0.54 0.16 0.17 0.17 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00