ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51138

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 5, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.011, 0.035, 0.060, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.030 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.002, 0.028, 0.055, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.028 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.002, 0.031, 0.059, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.009, 0.073, 0.136, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.073 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.014, 0.107, 0.200, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.107 std_dev=0.093
O4' A 0, -0.005, 0.113, 0.231, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.113 std_dev=0.118
O2' A 0, 0.026, 0.146, 0.265, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.146 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.037, 0.185, 0.334, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.185 std_dev=0.149
C3' A 0, -0.006, 0.156, 0.317, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.156 std_dev=0.162
C4' A 0, -0.006, 0.174, 0.353, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.174 std_dev=0.180
P A 0, 0.179, 0.390, 0.601, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.390 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.192, 0.411, 0.630, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.411 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.128, 0.369, 0.610, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.369 std_dev=0.241
O2' B 0, 0.307, 0.548, 0.789, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.548 std_dev=0.241
O4 B 0, 0.138, 0.380, 0.623, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.380 std_dev=0.242
P B 0, 0.280, 0.526, 0.773, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.526 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.061, 0.314, 0.568, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.314 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.074, 0.340, 0.607, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.340 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.296, 0.565, 0.835, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.565 std_dev=0.270
OP1 B 0, 0.336, 0.610, 0.884, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.610 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.355, 0.634, 0.914, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.634 std_dev=0.279
C3' B 0, 0.201, 0.485, 0.768, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.485 std_dev=0.283
C5' A 0, -0.014, 0.272, 0.558, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.272 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.076, 0.370, 0.663, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.370 std_dev=0.293
OP1 A 0, 0.267, 0.561, 0.855, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.561 std_dev=0.294
OP2 B 0, 0.292, 0.591, 0.890, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.591 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.083, 0.382, 0.682, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.382 std_dev=0.300
N3 B 0, 0.012, 0.317, 0.622, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.317 std_dev=0.305
C6 B 0, 0.069, 0.377, 0.686, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.377 std_dev=0.308
C4' B 0, 0.226, 0.550, 0.873, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.550 std_dev=0.324
O2 B 0, 0.190, 0.534, 0.879, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.534 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.087, 0.436, 0.785, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.436 std_dev=0.349
OP2 A 0, 0.299, 0.673, 1.047, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.673 std_dev=0.374
C5' B 0, 0.551, 0.961, 1.372, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.961 std_dev=0.411
O5' A 0, -0.067, 0.508, 1.082, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.508 std_dev=0.574

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.18 0.03 0.24 0.44 0.16
C2 0.06 0.00 0.03 0.09 0.01 0.14 0.01 0.17 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.14 0.43 0.03 0.21 0.54 0.25
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.06 0.09 0.02 0.07 0.03 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.11 0.08 0.27 0.41 0.13
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.06 0.14 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.17 0.05 0.29 0.38 0.15
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.06 0.33 0.02 0.20 0.50 0.20
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.20 0.12 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.25 0.40 0.14
C5 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.34 0.02 0.19 0.49 0.19
C5' 0.06 0.17 0.08 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.15 0.17 0.16 0.22 0.16 0.18 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.16 0.34 0.36 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05 0.38 0.01 0.19 0.50 0.20
C8 0.03 0.02 0.09 0.08 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.06 0.26 0.03 0.23 0.45 0.16
N1 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.10 0.42 0.02 0.20 0.52 0.23
N2 0.09 0.00 0.07 0.14 0.02 0.20 0.01 0.22 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.18 0.19 0.47 0.04 0.25 0.56 0.29
N3 0.06 0.01 0.03 0.08 0.00 0.12 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.13 0.38 0.03 0.21 0.52 0.23
N7 0.03 0.01 0.09 0.07 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.05 0.04 0.30 0.03 0.21 0.46 0.17
N9 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.26 0.03 0.22 0.46 0.17
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.04 0.00 0.05 0.01 0.13 0.10 0.28 0.41 0.14
O3' 0.04 0.13 0.02 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.10 0.18 0.11 0.05 0.03 0.05 0.00 0.05 0.16 0.04 0.27 0.37 0.18
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.10 0.19 0.13 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.28 0.04 0.25 0.43 0.18
O5' 0.18 0.43 0.11 0.17 0.33 0.01 0.34 0.01 0.38 0.26 0.42 0.47 0.38 0.30 0.26 0.13 0.16 0.28 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.10 0.04 0.04 0.38 0.00 0.19 0.49 0.20
OP1 0.24 0.21 0.27 0.29 0.20 0.25 0.19 0.34 0.19 0.23 0.20 0.25 0.21 0.21 0.22 0.28 0.27 0.25 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.54 0.41 0.38 0.50 0.40 0.49 0.36 0.50 0.45 0.52 0.56 0.52 0.46 0.46 0.41 0.37 0.43 0.02 0.49 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.13 0.15 0.20 0.14 0.19 0.02 0.20 0.16 0.23 0.29 0.23 0.17 0.17 0.14 0.18 0.18 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.09 0.17 0.18 0.27 0.20 0.32 0.14 0.29 0.19 0.14 0.18 0.18 0.20 0.30 0.19 0.37 0.31 0.38 0.29
C2 0.08 0.22 0.16 0.11 0.21 0.11 0.34 0.22 0.31 0.10 0.25 0.36 0.17 0.13 0.26 0.09 0.34 0.30 0.36 0.25
C2' 0.16 0.09 0.17 0.19 0.27 0.22 0.31 0.18 0.27 0.18 0.14 0.14 0.19 0.20 0.31 0.19 0.36 0.30 0.38 0.28
C3' 0.19 0.13 0.20 0.21 0.26 0.23 0.25 0.13 0.21 0.17 0.19 0.13 0.25 0.22 0.32 0.18 0.39 0.34 0.37 0.30
C4 0.13 0.13 0.18 0.15 0.22 0.12 0.36 0.17 0.32 0.15 0.15 0.30 0.18 0.15 0.25 0.14 0.35 0.29 0.36 0.25
C4' 0.24 0.18 0.26 0.26 0.26 0.24 0.22 0.14 0.19 0.20 0.21 0.22 0.30 0.26 0.34 0.22 0.44 0.39 0.38 0.34
C5 0.12 0.15 0.18 0.13 0.17 0.11 0.34 0.21 0.30 0.13 0.15 0.31 0.20 0.14 0.21 0.12 0.34 0.27 0.33 0.22
C5' 0.32 0.26 0.36 0.34 0.27 0.29 0.24 0.24 0.24 0.27 0.24 0.30 0.42 0.33 0.37 0.28 0.47 0.43 0.42 0.39
C6 0.11 0.19 0.17 0.13 0.14 0.14 0.32 0.27 0.28 0.11 0.20 0.33 0.20 0.14 0.19 0.11 0.34 0.27 0.30 0.21
C8 0.15 0.11 0.18 0.16 0.21 0.14 0.33 0.16 0.29 0.16 0.08 0.24 0.19 0.17 0.23 0.16 0.35 0.28 0.35 0.24
N1 0.09 0.22 0.16 0.12 0.15 0.16 0.31 0.28 0.28 0.08 0.24 0.36 0.18 0.14 0.22 0.10 0.34 0.28 0.31 0.21
N2 0.09 0.28 0.15 0.11 0.23 0.15 0.31 0.25 0.30 0.13 0.29 0.38 0.15 0.14 0.27 0.11 0.34 0.32 0.39 0.28
N3 0.12 0.17 0.18 0.14 0.24 0.12 0.37 0.17 0.34 0.14 0.22 0.34 0.17 0.14 0.28 0.13 0.35 0.31 0.38 0.28
N7 0.14 0.13 0.18 0.14 0.17 0.11 0.33 0.19 0.29 0.15 0.11 0.28 0.20 0.15 0.20 0.14 0.34 0.27 0.33 0.22
N9 0.16 0.09 0.18 0.17 0.24 0.15 0.35 0.15 0.31 0.17 0.09 0.25 0.18 0.17 0.27 0.17 0.35 0.29 0.37 0.26
O2' 0.17 0.11 0.18 0.21 0.27 0.26 0.33 0.29 0.30 0.20 0.15 0.17 0.17 0.20 0.30 0.22 0.33 0.27 0.38 0.26
O3' 0.17 0.14 0.18 0.21 0.27 0.26 0.26 0.20 0.22 0.17 0.21 0.08 0.23 0.21 0.32 0.18 0.39 0.35 0.35 0.30
O4' 0.22 0.15 0.21 0.22 0.26 0.21 0.27 0.12 0.23 0.19 0.15 0.22 0.23 0.24 0.31 0.22 0.43 0.38 0.39 0.34
O5' 0.49 0.37 0.54 0.50 0.39 0.44 0.43 0.53 0.45 0.45 0.31 0.38 0.58 0.46 0.45 0.44 0.55 0.48 0.31 0.41
O6 0.11 0.20 0.17 0.14 0.12 0.18 0.29 0.31 0.26 0.11 0.21 0.34 0.21 0.16 0.17 0.11 0.35 0.28 0.28 0.22
OP1 0.25 0.12 0.35 0.29 0.14 0.21 0.19 0.34 0.23 0.19 0.11 0.17 0.44 0.29 0.23 0.18 0.25 0.24 0.30 0.20
OP2 0.41 0.47 0.43 0.39 0.47 0.43 0.46 0.64 0.47 0.45 0.51 0.47 0.35 0.31 0.45 0.42 0.33 0.41 0.55 0.43
P 0.21 0.13 0.30 0.23 0.15 0.18 0.20 0.39 0.23 0.19 0.15 0.19 0.34 0.19 0.22 0.15 0.18 0.16 0.25 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.26 0.24 0.33 0.27
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.17 0.02 0.06 0.24 0.19 0.24 0.17
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.10 0.05 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.04 0.02 0.42 0.40 0.45 0.43
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.03 0.08 0.02 0.02 0.10 0.02 0.01 0.05 0.02 0.28 0.22 0.21 0.23
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.13 0.01 0.45 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.11 0.00 0.03 0.20 0.15 0.25 0.15
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.14 0.07 0.09 0.08 0.02 0.02 0.16 0.01 0.03 0.08 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.16 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.06 0.02 0.05 0.19 0.25 0.36 0.26
C5' 0.11 0.27 0.10 0.03 0.45 0.01 0.47 0.00 0.40 0.28 0.36 0.17 0.09 0.03 0.49 0.02 0.01 0.22 0.35 0.02
C6 0.01 0.02 0.05 0.08 0.02 0.14 0.00 0.40 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.05 0.02 0.07 0.25 0.31 0.42 0.33
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.09 0.02 0.01 0.24 0.23 0.32 0.25
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.09 0.01 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.01 0.05 0.23 0.17 0.22 0.14
O2 0.06 0.01 0.09 0.10 0.02 0.08 0.02 0.17 0.03 0.03 0.01 0.00 0.17 0.23 0.02 0.10 0.27 0.22 0.21 0.17
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.15 0.02 0.14 0.09 0.12 0.07 0.15 0.17 0.00 0.07 0.17 0.02 0.45 0.45 0.54 0.47
O3' 0.10 0.17 0.04 0.01 0.11 0.02 0.06 0.03 0.05 0.09 0.15 0.23 0.07 0.00 0.11 0.09 0.17 0.07 0.18 0.11
O4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.16 0.02 0.49 0.02 0.02 0.01 0.02 0.17 0.11 0.00 0.04 0.19 0.12 0.20 0.10
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.10 0.02 0.09 0.04 0.00 0.22 0.19 0.23 0.18
O5' 0.26 0.24 0.42 0.28 0.20 0.03 0.19 0.01 0.25 0.24 0.23 0.27 0.45 0.17 0.19 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.19 0.40 0.22 0.15 0.08 0.25 0.22 0.31 0.23 0.17 0.22 0.45 0.07 0.12 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.24 0.45 0.21 0.25 0.20 0.36 0.35 0.42 0.32 0.22 0.21 0.54 0.18 0.20 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.17 0.43 0.23 0.15 0.05 0.26 0.02 0.33 0.25 0.14 0.17 0.47 0.11 0.10 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00