ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 5114

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 149, 195, 111, 34, 3, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.051, 0.114, 0.177, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.114 std_dev=0.063
C4 A 0, 0.031, 0.106, 0.180, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.106 std_dev=0.074
N3 A 0, 0.072, 0.171, 0.270, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.171 std_dev=0.099
C2 A 0, 0.118, 0.251, 0.385, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.251 std_dev=0.134
C5 A 0, 0.073, 0.209, 0.346, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.209 std_dev=0.136
C6 B 0, 0.064, 0.201, 0.338, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.201 std_dev=0.137
C2 B 0, 0.096, 0.233, 0.370, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.233 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.171, 0.313, 0.455, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.313 std_dev=0.142
N1 A 0, 0.112, 0.254, 0.397, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.254 std_dev=0.143
C1' B 0, 0.151, 0.293, 0.436, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.293 std_dev=0.143
C6 A 0, 0.079, 0.231, 0.382, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.231 std_dev=0.151
C5 B 0, 0.132, 0.285, 0.439, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.285 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.149, 0.305, 0.462, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.305 std_dev=0.157
N9 A 0, 0.079, 0.239, 0.398, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.239 std_dev=0.159
C1' A 0, 0.104, 0.305, 0.506, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.305 std_dev=0.201
O4 B 0, 0.225, 0.464, 0.703, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.464 std_dev=0.239
C8 A 0, 0.151, 0.392, 0.633, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.392 std_dev=0.241
N7 A 0, 0.145, 0.389, 0.633, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.389 std_dev=0.244
N6 A 0, 0.130, 0.384, 0.639, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.384 std_dev=0.255
O2 B 0, 0.137, 0.397, 0.657, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.397 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.371, 0.739, 1.107, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.739 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.302, 0.747, 1.192, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.747 std_dev=0.445
C3' B 0, 0.645, 1.278, 1.911, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.278 std_dev=0.633
C4' B 0, 0.563, 1.238, 1.913, 3.262 max_d=3.262 avg_d=1.238 std_dev=0.675
O2' B 0, 0.592, 1.311, 2.031, 3.313 max_d=3.313 avg_d=1.311 std_dev=0.719
C5' B 0, 0.879, 1.746, 2.613, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.746 std_dev=0.867
O4' A 0, 0.155, 1.060, 1.964, 4.336 max_d=4.336 avg_d=1.060 std_dev=0.904
C2' A 0, 0.095, 1.040, 1.986, 3.773 max_d=3.773 avg_d=1.040 std_dev=0.946
O3' B 0, 1.046, 1.997, 2.948, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.997 std_dev=0.951
C4' A 0, 0.383, 1.603, 2.823, 5.905 max_d=5.905 avg_d=1.603 std_dev=1.220
O2' A 0, 0.459, 1.679, 2.899, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.679 std_dev=1.220
C3' A 0, 0.511, 1.758, 3.005, 5.562 max_d=5.562 avg_d=1.758 std_dev=1.247
O3' A 0, 0.950, 2.448, 3.947, 7.458 max_d=7.458 avg_d=2.448 std_dev=1.498
O5' B 0, 0.262, 1.853, 3.444, 6.789 max_d=6.789 avg_d=1.853 std_dev=1.591
P B 0, 0.317, 2.543, 4.768, 8.804 max_d=8.804 avg_d=2.543 std_dev=2.226
C5' A 0, 0.258, 2.533, 4.808, 8.583 max_d=8.583 avg_d=2.533 std_dev=2.275
O5' A 0, 0.920, 3.344, 5.769, 10.144 max_d=10.144 avg_d=3.344 std_dev=2.424
OP1 B 0, 0.347, 2.909, 5.471, 9.634 max_d=9.634 avg_d=2.909 std_dev=2.562
OP2 B 0, 0.425, 3.115, 5.805, 10.560 max_d=10.560 avg_d=3.115 std_dev=2.690
P A 0, 0.844, 4.355, 7.866, 12.937 max_d=12.937 avg_d=4.355 std_dev=3.511
OP1 A 0, 1.967, 5.682, 9.396, 14.325 max_d=14.325 avg_d=5.682 std_dev=3.715
OP2 A 0, 0.854, 4.717, 8.581, 13.974 max_d=13.974 avg_d=4.717 std_dev=3.864

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.32 0.54 0.37 0.35
C2 0.05 0.00 0.40 0.52 0.01 0.67 0.01 1.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.34 0.50 1.24 1.71 2.10 1.65
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.03 0.11 0.22 0.19 0.21 0.31 0.40 0.14 0.14 0.04 0.01 0.04 0.03 0.47 0.69 0.59 0.62
C3' 0.02 0.52 0.01 0.00 0.33 0.01 0.36 0.04 0.40 0.42 0.46 0.49 0.43 0.42 0.24 0.02 0.01 0.03 0.39 0.46 0.49 0.40
C4 0.02 0.01 0.21 0.33 0.00 0.31 0.01 0.62 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.26 0.60 1.01 1.06 0.75
C4' 0.02 0.67 0.03 0.01 0.31 0.00 0.17 0.01 0.30 0.37 0.52 0.64 0.23 0.26 0.09 0.32 0.03 0.01 0.03 0.31 0.28 0.09
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.17 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.20 0.12 0.62 1.19 1.02 0.72
C5' 0.10 1.31 0.22 0.04 0.62 0.01 0.40 0.00 0.65 0.55 1.05 1.20 0.52 0.40 0.18 0.17 0.24 0.02 0.01 0.41 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.40 0.01 0.30 0.01 0.65 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.25 0.23 0.72 1.32 1.36 0.93
C8 0.02 0.02 0.21 0.42 0.01 0.37 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.41 0.21 0.27 1.04 1.47 1.06 1.10
N1 0.04 0.01 0.31 0.46 0.02 0.52 0.01 1.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.37 0.29 0.39 1.01 1.55 1.86 1.38
N3 0.05 0.01 0.40 0.49 0.01 0.64 0.01 1.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.33 0.50 1.09 1.42 1.74 1.38
N6 0.03 0.01 0.14 0.43 0.01 0.23 0.02 0.52 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.38 0.29 0.16 0.72 1.42 1.33 0.90
N7 0.02 0.01 0.14 0.42 0.01 0.26 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.42 0.25 0.14 0.93 1.53 1.09 1.01
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.14 0.02 0.52 0.89 0.60 0.54
O2' 0.02 0.41 0.01 0.02 0.27 0.32 0.33 0.17 0.34 0.41 0.37 0.38 0.38 0.42 0.22 0.00 0.07 0.22 0.37 0.58 0.59 0.55
O3' 0.32 0.34 0.04 0.01 0.19 0.03 0.20 0.24 0.25 0.21 0.29 0.33 0.29 0.25 0.14 0.07 0.00 0.23 0.42 0.63 0.64 0.46
O4' 0.01 0.50 0.03 0.03 0.26 0.01 0.12 0.02 0.23 0.27 0.39 0.50 0.16 0.14 0.02 0.22 0.23 0.00 0.27 0.40 0.36 0.25
O5' 0.32 1.24 0.47 0.39 0.60 0.03 0.62 0.01 0.72 1.04 1.01 1.09 0.72 0.93 0.52 0.37 0.42 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.54 1.71 0.69 0.46 1.01 0.31 1.19 0.41 1.32 1.47 1.55 1.42 1.42 1.53 0.89 0.58 0.63 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 2.10 0.59 0.49 1.06 0.28 1.02 0.39 1.36 1.06 1.86 1.74 1.33 1.09 0.60 0.59 0.64 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 1.65 0.62 0.40 0.75 0.09 0.72 0.02 0.93 1.10 1.38 1.38 0.90 1.01 0.54 0.55 0.46 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.35 0.71 0.54 0.29 0.51 0.31 0.56 0.35 0.38 0.30 0.39 0.80 0.58 0.29 0.61 0.55 0.85 0.72 0.64
C2 0.19 0.18 0.42 0.43 0.18 0.25 0.18 0.33 0.16 0.16 0.16 0.24 0.48 0.35 0.24 0.38 0.57 1.06 0.88 0.66
C2' 0.53 0.43 0.84 0.73 0.33 0.62 0.36 0.60 0.41 0.45 0.35 0.49 0.83 0.76 0.31 0.63 0.55 0.78 0.79 0.58
C3' 0.80 0.66 0.99 0.93 0.58 0.94 0.64 0.91 0.70 0.72 0.58 0.69 0.95 1.01 0.53 0.95 0.82 0.96 0.94 0.85
C4 0.23 0.20 0.49 0.41 0.18 0.29 0.18 0.36 0.18 0.20 0.17 0.25 0.53 0.36 0.23 0.42 0.51 0.95 0.75 0.58
C4' 1.04 0.76 1.08 1.05 0.46 1.23 0.59 1.17 0.75 0.85 0.54 0.88 1.14 1.23 0.33 1.26 0.96 1.10 1.03 1.03
C5 0.18 0.17 0.40 0.40 0.17 0.22 0.16 0.29 0.15 0.16 0.15 0.23 0.44 0.30 0.23 0.34 0.56 1.04 0.84 0.65
C5' 1.73 1.26 1.77 1.83 0.75 1.98 0.96 1.85 1.25 1.41 0.88 1.44 1.86 2.09 0.50 1.92 1.58 1.61 1.50 1.56
C6 0.21 0.21 0.36 0.45 0.20 0.23 0.19 0.29 0.18 0.19 0.20 0.26 0.43 0.33 0.24 0.32 0.66 1.17 0.99 0.77
C8 0.32 0.31 0.57 0.44 0.31 0.36 0.32 0.42 0.32 0.31 0.30 0.32 0.59 0.42 0.32 0.47 0.51 0.89 0.69 0.57
N1 0.21 0.22 0.38 0.46 0.23 0.24 0.23 0.31 0.20 0.20 0.21 0.26 0.45 0.35 0.27 0.35 0.65 1.16 1.00 0.76
N3 0.22 0.19 0.49 0.42 0.16 0.30 0.16 0.37 0.16 0.18 0.15 0.25 0.54 0.38 0.22 0.43 0.51 0.97 0.78 0.59
N6 0.30 0.31 0.38 0.52 0.28 0.32 0.28 0.35 0.28 0.30 0.30 0.34 0.47 0.41 0.29 0.35 0.79 1.31 1.17 0.94
N7 0.20 0.21 0.43 0.40 0.25 0.24 0.24 0.31 0.21 0.20 0.22 0.24 0.43 0.30 0.30 0.35 0.55 1.00 0.78 0.63
N9 0.33 0.29 0.59 0.46 0.26 0.39 0.27 0.45 0.28 0.30 0.26 0.32 0.64 0.45 0.27 0.51 0.50 0.88 0.69 0.57
O2' 0.84 0.75 1.18 1.08 0.66 0.88 0.69 0.88 0.75 0.78 0.68 0.80 1.19 1.08 0.62 0.83 0.94 1.10 1.08 0.93
O3' 0.71 0.57 1.00 0.91 0.51 0.82 0.58 0.83 0.64 0.64 0.50 0.58 1.03 1.01 0.47 0.83 0.83 0.99 0.92 0.89
O4' 0.81 0.60 0.86 0.77 0.36 0.97 0.45 0.96 0.58 0.66 0.42 0.72 0.97 0.91 0.28 1.05 0.77 0.99 0.88 0.87
O5' 2.27 1.84 2.23 2.29 1.33 2.44 1.54 2.29 1.81 1.98 1.47 2.02 2.27 2.49 1.07 2.43 1.98 1.92 1.85 1.88
OP1 3.22 2.67 3.28 3.41 2.24 3.44 2.51 3.28 2.79 2.91 2.30 2.75 3.36 3.68 1.98 3.32 2.99 2.85 2.78 2.82
OP2 3.30 2.51 3.43 3.54 1.84 3.58 2.18 3.38 2.59 2.81 1.96 2.69 3.58 3.83 1.52 3.41 3.06 2.91 2.82 2.89
P 2.92 2.26 2.98 3.08 1.62 3.17 1.92 2.97 2.29 2.50 1.76 2.45 3.10 3.36 1.28 3.05 2.64 2.49 2.39 2.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.35 0.03 0.01 0.35 0.55 0.27 0.34
C2 0.02 0.00 0.22 0.26 0.01 0.08 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.22 0.02 0.16 0.52 0.87 0.64 0.57
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.06 0.02 0.14 0.24 0.19 0.03 0.17 0.37 0.01 0.03 0.08 0.02 0.49 0.57 0.48 0.54
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.42 0.01 0.43 0.02 0.38 0.25 0.35 0.20 0.02 0.01 0.45 0.03 0.18 0.22 0.26 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.42 0.00 0.16 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.19 0.01 0.04 0.80 1.22 1.20 0.96
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.24 0.09 0.09 0.16 0.34 0.03 0.17 0.01 0.02 0.20 0.24 0.10
C5 0.02 0.02 0.14 0.43 0.01 0.24 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.47 0.27 0.01 0.13 0.89 1.25 1.29 1.07
C5' 0.10 0.15 0.24 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.24 0.12 0.16 0.21 0.12 0.25 0.22 0.02 0.01 0.31 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.38 0.01 0.24 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.20 0.02 0.18 0.80 1.06 0.99 0.89
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.12 0.02 0.02 0.56 0.83 0.62 0.59
N3 0.02 0.01 0.17 0.35 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.32 0.15 0.01 0.12 0.65 1.05 0.91 0.75
O2 0.04 0.01 0.37 0.20 0.02 0.16 0.02 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.38 0.41 0.03 0.28 0.41 0.76 0.46 0.43
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.39 0.34 0.47 0.12 0.43 0.23 0.32 0.38 0.00 0.06 0.42 0.23 0.40 0.45 0.54 0.48
O3' 0.35 0.22 0.03 0.01 0.19 0.03 0.27 0.25 0.20 0.12 0.15 0.41 0.06 0.00 0.24 0.24 0.28 0.56 0.35 0.33
O4 0.03 0.02 0.08 0.45 0.01 0.17 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.03 0.42 0.24 0.00 0.04 0.84 1.32 1.34 1.05
O4' 0.01 0.16 0.02 0.03 0.04 0.01 0.13 0.02 0.18 0.02 0.12 0.28 0.23 0.24 0.04 0.00 0.28 0.47 0.23 0.24
O5' 0.35 0.52 0.49 0.18 0.80 0.02 0.89 0.01 0.80 0.56 0.65 0.41 0.40 0.28 0.84 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 0.87 0.57 0.22 1.22 0.20 1.25 0.31 1.06 0.83 1.05 0.76 0.45 0.56 1.32 0.47 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.64 0.48 0.26 1.20 0.24 1.29 0.37 0.99 0.62 0.91 0.46 0.54 0.35 1.34 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.57 0.54 0.17 0.96 0.10 1.07 0.02 0.89 0.59 0.75 0.43 0.48 0.33 1.05 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00