ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51140

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.034 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.011, 0.039, 0.068, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.039 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.011, 0.051, 0.091, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.051 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.008, 0.058, 0.107, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.058 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.086, 0.172, 0.257, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.172 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.035, 0.149, 0.262, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.149 std_dev=0.113
O4' A 0, 0.030, 0.167, 0.304, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.167 std_dev=0.137
C3' A 0, 0.110, 0.306, 0.503, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.306 std_dev=0.196
C4' A 0, 0.098, 0.300, 0.503, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.300 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.061, 0.282, 0.502, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.282 std_dev=0.220
C4' B 0, 0.113, 0.375, 0.636, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.375 std_dev=0.262
O4' B 0, 0.229, 0.494, 0.758, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.494 std_dev=0.264
C5' B 0, 0.151, 0.424, 0.696, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.424 std_dev=0.273
O3' A 0, 0.178, 0.486, 0.794, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.486 std_dev=0.308
C5' A 0, 0.080, 0.389, 0.698, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.389 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.348, 0.689, 1.030, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.689 std_dev=0.341
O5' B 0, 0.250, 0.613, 0.975, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.613 std_dev=0.362
C3' B 0, 0.197, 0.561, 0.926, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.561 std_dev=0.365
O3' B 0, 0.219, 0.587, 0.956, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.587 std_dev=0.369
OP1 B 0, 0.488, 0.890, 1.292, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.890 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.312, 0.716, 1.121, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.716 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.441, 0.846, 1.252, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.846 std_dev=0.406
O2' B 0, 0.351, 0.758, 1.164, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.758 std_dev=0.407
P B 0, 0.458, 0.877, 1.297, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.877 std_dev=0.419
OP2 A 0, 0.173, 0.607, 1.040, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.607 std_dev=0.434
C6 B 0, 0.435, 0.877, 1.319, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.877 std_dev=0.442
C2 B 0, 0.586, 1.037, 1.488, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.037 std_dev=0.451
O2 B 0, 0.667, 1.122, 1.578, 1.562 max_d=1.562 avg_d=1.122 std_dev=0.455
P A 0, 0.123, 0.584, 1.046, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.584 std_dev=0.462
OP2 B 0, 0.524, 1.036, 1.548, 1.805 max_d=1.805 avg_d=1.036 std_dev=0.512
C5 B 0, 0.557, 1.071, 1.585, 1.698 max_d=1.698 avg_d=1.071 std_dev=0.514
N3 B 0, 0.662, 1.181, 1.699, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.181 std_dev=0.519
C4 B 0, 0.654, 1.212, 1.769, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.212 std_dev=0.557
O4 B 0, 0.754, 1.396, 2.038, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.396 std_dev=0.642
OP1 A 0, 0.299, 1.027, 1.755, 1.873 max_d=1.873 avg_d=1.027 std_dev=0.728

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.15 0.37 0.34
C2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.11 0.07 0.12 0.01 0.19 0.43 0.35
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.17 0.23 0.15
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.33 0.14 0.07
C4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04 0.12 0.01 0.22 0.44 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.14 0.11
C5 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.15 0.01 0.27 0.46 0.37
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.13 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.12 0.09 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.08 0.05 0.16 0.00 0.27 0.46 0.37
C8 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.16 0.03 0.27 0.46 0.38
N1 0.03 0.00 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.10 0.06 0.14 0.01 0.24 0.45 0.36
N2 0.05 0.01 0.09 0.08 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.13 0.12 0.08 0.11 0.02 0.17 0.42 0.34
N3 0.03 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.06 0.10 0.01 0.18 0.42 0.35
N7 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.17 0.03 0.30 0.47 0.37
N9 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.11 0.02 0.21 0.42 0.37
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.03 0.11 0.13 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.09 0.25 0.18 0.09
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.08 0.09 0.63 0.23 0.24
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.05 0.27 0.38 0.39
O5' 0.05 0.12 0.05 0.06 0.12 0.02 0.15 0.01 0.16 0.16 0.14 0.11 0.10 0.17 0.11 0.06 0.08 0.04 0.00 0.17 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.09 0.05 0.17 0.00 0.30 0.46 0.36
OP1 0.15 0.19 0.17 0.33 0.22 0.10 0.27 0.09 0.27 0.27 0.24 0.17 0.18 0.30 0.21 0.25 0.63 0.27 0.02 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.43 0.23 0.14 0.44 0.14 0.46 0.01 0.46 0.46 0.45 0.42 0.42 0.47 0.42 0.18 0.23 0.38 0.02 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.35 0.15 0.07 0.37 0.11 0.37 0.01 0.37 0.38 0.36 0.34 0.35 0.37 0.37 0.09 0.24 0.39 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.11 0.22 0.16 0.10 0.13 0.14 0.12 0.16 0.12 0.11 0.17 0.31 0.16 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.08
C2 0.04 0.10 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.05 0.10 0.14 0.14 0.07 0.09 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05
C2' 0.12 0.07 0.18 0.13 0.06 0.12 0.11 0.15 0.13 0.08 0.07 0.14 0.27 0.13 0.07 0.13 0.14 0.12 0.13 0.12
C3' 0.11 0.09 0.17 0.12 0.07 0.12 0.12 0.15 0.14 0.09 0.09 0.15 0.24 0.12 0.08 0.13 0.14 0.12 0.13 0.11
C4 0.09 0.08 0.15 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.06 0.09 0.13 0.24 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07
C4' 0.14 0.08 0.19 0.14 0.08 0.13 0.15 0.14 0.18 0.11 0.08 0.15 0.27 0.14 0.07 0.12 0.13 0.09 0.13 0.10
C5 0.07 0.07 0.13 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.12 0.22 0.10 0.08 0.06 0.06 0.10 0.05 0.06
C5' 0.14 0.08 0.20 0.15 0.08 0.13 0.16 0.12 0.18 0.11 0.08 0.15 0.27 0.16 0.08 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10
C6 0.05 0.08 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.12 0.17 0.08 0.08 0.06 0.05 0.10 0.05 0.06
C8 0.12 0.08 0.20 0.13 0.08 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.29 0.14 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.07
N1 0.05 0.09 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.10 0.13 0.14 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.04 0.06
N2 0.06 0.12 0.05 0.06 0.10 0.07 0.07 0.10 0.06 0.08 0.12 0.17 0.09 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.04 0.05
N3 0.07 0.09 0.13 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.05 0.10 0.15 0.21 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.06 0.06
N7 0.09 0.07 0.16 0.10 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.11 0.25 0.12 0.08 0.07 0.06 0.11 0.06 0.07
N9 0.13 0.09 0.20 0.14 0.08 0.11 0.11 0.11 0.13 0.09 0.09 0.14 0.29 0.14 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.07
O2' 0.19 0.11 0.22 0.19 0.09 0.20 0.17 0.23 0.20 0.15 0.10 0.17 0.29 0.18 0.08 0.20 0.22 0.16 0.20 0.17
O3' 0.14 0.16 0.15 0.12 0.16 0.15 0.19 0.19 0.19 0.15 0.16 0.20 0.19 0.10 0.17 0.19 0.19 0.15 0.20 0.16
O4' 0.17 0.13 0.23 0.17 0.13 0.14 0.18 0.13 0.20 0.14 0.13 0.18 0.30 0.17 0.13 0.13 0.12 0.10 0.12 0.10
O5' 0.16 0.09 0.23 0.18 0.07 0.15 0.13 0.13 0.16 0.11 0.08 0.15 0.32 0.20 0.07 0.13 0.12 0.15 0.10 0.11
O6 0.06 0.08 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.09 0.12 0.17 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.06 0.07
OP1 0.22 0.26 0.31 0.18 0.21 0.13 0.21 0.22 0.21 0.20 0.25 0.35 0.41 0.20 0.21 0.13 0.20 0.27 0.23 0.23
OP2 0.30 0.24 0.31 0.31 0.25 0.38 0.30 0.46 0.31 0.29 0.23 0.23 0.34 0.29 0.23 0.38 0.43 0.45 0.43 0.43
P 0.22 0.16 0.23 0.25 0.18 0.32 0.25 0.41 0.27 0.21 0.15 0.17 0.27 0.22 0.17 0.32 0.39 0.41 0.39 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.11 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.08 0.12 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.09 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05
N3 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.06
O2 0.06 0.00 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.11 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04 0.07 0.07 0.04
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.10 0.14 0.05 0.00 0.10 0.01 0.06 0.13 0.13 0.09
O4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.05 0.07 0.08 0.06
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.06
O5' 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.03 0.05 0.05 0.09 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.13 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.06 0.06 0.10 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.13 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00