ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51141

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.014, 0.038, 0.063, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.038 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.042 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.010, 0.038, 0.067, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.038 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.048 std_dev=0.031
C5 A 0, 0.016, 0.050, 0.083, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.050 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.027, 0.064, 0.101, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.064 std_dev=0.037
C4 A 0, 0.016, 0.054, 0.091, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.054 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.019, 0.065, 0.110, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.065 std_dev=0.046
O6 A 0, 0.029, 0.091, 0.153, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.091 std_dev=0.062
N7 A 0, 0.027, 0.102, 0.177, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.102 std_dev=0.075
C8 A 0, 0.028, 0.115, 0.202, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.115 std_dev=0.087
C2' B 0, 0.330, 0.566, 0.802, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.566 std_dev=0.236
C2' A 0, 0.180, 0.484, 0.787, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.484 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.189, 0.506, 0.822, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.506 std_dev=0.317
O2' A 0, 0.229, 0.579, 0.930, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.579 std_dev=0.351
O4' A 0, 0.077, 0.464, 0.850, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.464 std_dev=0.386
O2' B 0, 0.556, 0.979, 1.403, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.979 std_dev=0.424
C3' A 0, 0.209, 0.747, 1.286, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.747 std_dev=0.538
C4' A 0, 0.131, 0.724, 1.317, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.724 std_dev=0.593
O3' A 0, 0.383, 1.028, 1.674, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.028 std_dev=0.646
C3' B 0, 0.674, 1.324, 1.975, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.324 std_dev=0.650
C1' B 0, 0.420, 1.139, 1.859, 2.045 max_d=2.045 avg_d=1.139 std_dev=0.720
O3' B 0, 0.935, 1.871, 2.808, 2.924 max_d=2.924 avg_d=1.871 std_dev=0.937
C4' B 0, 0.611, 1.558, 2.505, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.558 std_dev=0.947
C5' A 0, 0.178, 1.219, 2.260, 3.544 max_d=3.544 avg_d=1.219 std_dev=1.041
O5' A 0, 0.142, 1.262, 2.382, 3.926 max_d=3.926 avg_d=1.262 std_dev=1.120
P A 0, 0.612, 2.027, 3.443, 5.205 max_d=5.205 avg_d=2.027 std_dev=1.416
OP2 A 0, 0.683, 2.239, 3.794, 5.686 max_d=5.686 avg_d=2.239 std_dev=1.555
OP1 A 0, 0.734, 2.537, 4.339, 6.591 max_d=6.591 avg_d=2.537 std_dev=1.803
N1 B 0, 0.530, 2.431, 4.332, 4.467 max_d=4.467 avg_d=2.431 std_dev=1.901
C5' B 0, 0.793, 2.779, 4.764, 4.814 max_d=4.814 avg_d=2.779 std_dev=1.986
O5' B 0, 0.853, 3.130, 5.407, 5.667 max_d=5.667 avg_d=3.130 std_dev=2.277
C6 B 0, 0.495, 2.978, 5.461, 5.619 max_d=5.619 avg_d=2.978 std_dev=2.483
C2 B 0, 1.123, 3.834, 6.546, 6.676 max_d=6.676 avg_d=3.834 std_dev=2.712
O2 B 0, 1.560, 4.372, 7.185, 7.266 max_d=7.266 avg_d=4.372 std_dev=2.813
OP2 B 0, 1.234, 4.468, 7.703, 8.480 max_d=8.480 avg_d=4.468 std_dev=3.235
P B 0, 1.147, 4.575, 8.003, 8.525 max_d=8.525 avg_d=4.575 std_dev=3.428
C5 B 0, 0.598, 4.242, 7.886, 8.075 max_d=8.075 avg_d=4.242 std_dev=3.644
N3 B 0, 1.245, 4.996, 8.747, 8.831 max_d=8.831 avg_d=4.996 std_dev=3.751
OP1 B 0, 1.340, 5.602, 9.864, 10.349 max_d=10.349 avg_d=5.602 std_dev=4.262
C4 B 0, 0.860, 5.137, 9.414, 9.527 max_d=9.527 avg_d=5.137 std_dev=4.277
O4 B 0, 1.052, 6.338, 11.624, 11.732 max_d=11.732 avg_d=6.338 std_dev=5.286

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.18 0.32 0.17
C2 0.05 0.00 0.34 0.29 0.01 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.36 0.26 0.16 0.02 0.27 0.69 0.36
C2' 0.00 0.34 0.00 0.01 0.18 0.01 0.12 0.02 0.19 0.14 0.28 0.39 0.32 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.14 0.17 0.10 0.31 0.09
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.20 0.00 0.21 0.02 0.26 0.14 0.29 0.32 0.25 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.22 0.28 0.14 0.32 0.17
C4 0.02 0.01 0.18 0.20 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.13 0.20 0.02 0.24 0.67 0.35
C4' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.06 0.19 0.08 0.21 0.15 0.17 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.10 0.22 0.09 0.09
C5 0.01 0.01 0.12 0.21 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.22 0.07 0.33 0.02 0.43 0.87 0.51
C5' 0.03 0.19 0.02 0.02 0.08 0.00 0.18 0.00 0.16 0.33 0.12 0.28 0.18 0.33 0.12 0.07 0.02 0.02 0.01 0.22 0.13 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.26 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.30 0.12 0.32 0.01 0.46 0.94 0.54
C8 0.02 0.01 0.14 0.14 0.00 0.19 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.12 0.16 0.43 0.04 0.51 0.76 0.54
N1 0.03 0.01 0.28 0.29 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.36 0.20 0.22 0.02 0.33 0.83 0.45
N2 0.05 0.00 0.39 0.32 0.01 0.21 0.01 0.28 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.42 0.32 0.18 0.03 0.34 0.65 0.38
N3 0.05 0.01 0.32 0.25 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.30 0.26 0.15 0.02 0.23 0.60 0.31
N7 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.17 0.00 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.10 0.46 0.04 0.61 0.95 0.64
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.22 0.03 0.23 0.56 0.31
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.12 0.08 0.11 0.07 0.15 0.18 0.21 0.34 0.25 0.16 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07 0.15 0.28 0.18 0.11
O3' 0.02 0.36 0.03 0.01 0.21 0.02 0.22 0.02 0.30 0.12 0.36 0.42 0.30 0.14 0.08 0.06 0.00 0.02 0.24 0.32 0.25 0.34 0.21
O4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.13 0.00 0.07 0.02 0.12 0.16 0.20 0.32 0.26 0.10 0.02 0.08 0.02 0.00 0.14 0.10 0.26 0.25 0.22
O5' 0.09 0.16 0.14 0.22 0.20 0.02 0.33 0.01 0.32 0.43 0.22 0.18 0.15 0.46 0.22 0.07 0.24 0.14 0.00 0.40 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.17 0.28 0.02 0.10 0.02 0.22 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.15 0.32 0.10 0.40 0.00 0.59 1.06 0.64
OP1 0.18 0.27 0.10 0.14 0.24 0.22 0.43 0.13 0.46 0.51 0.33 0.34 0.23 0.61 0.23 0.28 0.25 0.26 0.02 0.59 0.00 0.02 0.00
OP2 0.32 0.69 0.31 0.32 0.67 0.09 0.87 0.05 0.94 0.76 0.83 0.65 0.60 0.95 0.56 0.18 0.34 0.25 0.03 1.06 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.36 0.09 0.17 0.35 0.09 0.51 0.01 0.54 0.54 0.45 0.38 0.31 0.64 0.31 0.11 0.21 0.22 0.01 0.64 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 1.94 0.18 0.78 1.85 0.98 1.15 1.63 0.79 1.13 2.22 2.27 0.34 0.81 2.10 0.47 1.51 2.01 1.33 1.86
C2 0.38 1.42 0.15 0.38 2.22 0.46 2.04 0.54 1.54 1.16 1.93 1.19 0.41 0.65 2.43 0.17 0.36 1.02 0.61 0.54
C2' 0.56 1.64 0.31 0.71 1.48 0.75 0.91 1.51 0.67 0.95 1.83 1.98 0.55 0.78 1.68 0.24 1.59 2.35 1.47 2.07
C3' 0.41 1.62 0.32 0.92 1.43 1.00 0.71 1.83 0.41 0.81 1.85 2.03 0.34 0.84 1.70 0.27 1.91 2.85 1.88 2.49
C4 0.59 2.05 0.14 0.59 2.61 0.74 2.02 0.94 1.46 1.41 2.63 1.96 0.37 0.81 2.94 0.32 0.69 0.79 0.33 0.78
C4' 0.66 1.73 0.71 1.28 1.46 1.43 0.68 2.28 0.47 0.89 1.95 2.22 0.48 1.09 1.73 0.75 2.25 3.18 2.24 2.80
C5 0.60 2.18 0.19 0.57 3.16 0.69 2.52 0.79 1.79 1.56 2.98 1.95 0.36 0.88 3.68 0.28 0.46 0.60 0.16 0.51
C5' 0.85 1.84 1.06 1.64 1.65 1.72 0.86 2.51 0.69 1.02 2.13 2.33 0.81 1.43 1.97 0.97 2.47 3.47 2.51 3.03
C6 0.51 1.95 0.22 0.47 3.30 0.55 2.82 0.55 1.98 1.52 2.83 1.57 0.37 0.87 3.89 0.21 0.25 0.90 0.56 0.43
C8 0.69 2.37 0.16 0.72 2.92 0.88 2.12 1.24 1.49 1.54 3.04 2.42 0.34 0.92 3.41 0.37 1.00 1.22 0.73 1.20
N1 0.40 1.58 0.20 0.38 2.85 0.44 2.62 0.53 1.89 1.33 2.32 1.23 0.40 0.75 3.25 0.16 0.40 1.25 0.83 0.68
N2 0.21 0.90 0.12 0.28 1.49 0.39 1.59 0.73 1.26 0.77 1.19 1.01 0.45 0.50 1.62 0.11 0.64 1.51 1.02 0.93
N3 0.49 1.66 0.12 0.50 2.06 0.63 1.68 0.78 1.26 1.20 2.06 1.55 0.39 0.68 2.26 0.28 0.58 0.74 0.23 0.63
N7 0.66 2.37 0.19 0.66 3.28 0.79 2.51 0.98 1.76 1.63 3.20 2.24 0.33 0.95 3.88 0.33 0.67 0.74 0.33 0.76
N9 0.64 2.18 0.14 0.71 2.47 0.88 1.76 1.29 1.25 1.39 2.68 2.29 0.35 0.85 2.82 0.39 1.08 1.33 0.81 1.30
O2' 0.63 1.35 0.51 0.78 0.98 0.68 0.63 1.53 0.58 0.79 1.37 1.77 0.74 0.93 1.07 0.36 1.75 2.66 1.73 2.31
O3' 0.32 1.34 0.36 0.89 1.00 0.91 0.38 1.84 0.24 0.58 1.47 1.82 0.36 0.76 1.21 0.18 2.07 3.25 2.18 2.79
O4' 0.75 1.98 0.63 1.24 1.83 1.46 1.03 2.15 0.70 1.11 2.27 2.41 0.42 1.13 2.12 0.83 1.97 2.59 1.84 2.36
O5' 0.76 1.95 0.95 1.62 2.01 1.64 1.13 2.30 0.74 1.07 2.39 2.33 0.79 1.56 2.44 0.87 2.20 3.00 2.14 2.65
O6 0.49 1.93 0.24 0.46 3.53 0.52 3.05 0.51 2.12 1.54 2.90 1.50 0.35 0.92 4.28 0.19 0.30 1.11 0.76 0.57
OP1 0.90 1.68 1.43 2.10 1.70 1.99 0.94 2.67 0.79 0.92 2.09 2.09 1.29 2.02 2.14 1.08 2.67 3.67 2.78 3.21
OP2 0.93 2.16 1.07 1.76 2.48 1.74 1.53 2.22 0.98 1.26 2.75 2.44 1.06 1.82 3.06 1.05 2.06 2.68 1.96 2.42
P 0.84 1.90 1.22 1.93 2.04 1.89 1.13 2.49 0.75 1.02 2.39 2.26 1.12 1.93 2.53 1.03 2.37 3.16 2.35 2.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.33 0.02 0.00 0.19 0.32 0.30 0.16
C2 0.04 0.00 0.14 0.19 0.02 0.06 0.02 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.30 0.03 0.08 0.31 0.45 0.65 0.28
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.04 0.11 0.30 0.13 0.03 0.10 0.24 0.01 0.03 0.06 0.02 0.47 0.54 0.49 0.45
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.33 0.01 0.38 0.03 0.34 0.21 0.26 0.18 0.01 0.01 0.34 0.04 0.32 0.34 0.37 0.28
C4 0.02 0.02 0.05 0.33 0.00 0.18 0.01 0.46 0.01 0.02 0.01 0.04 0.32 0.17 0.01 0.03 0.52 0.58 1.17 0.49
C4' 0.01 0.06 0.04 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.24 0.11 0.10 0.08 0.27 0.04 0.17 0.00 0.01 0.12 0.34 0.06
C5 0.01 0.02 0.11 0.38 0.01 0.25 0.00 0.54 0.01 0.01 0.02 0.03 0.35 0.25 0.02 0.09 0.59 0.66 1.23 0.54
C5' 0.18 0.27 0.30 0.03 0.46 0.01 0.54 0.00 0.52 0.32 0.35 0.18 0.18 0.22 0.47 0.02 0.01 0.27 0.38 0.04
C6 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.24 0.01 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.20 0.02 0.12 0.53 0.59 0.94 0.44
N1 0.01 0.00 0.03 0.21 0.02 0.11 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.16 0.02 0.02 0.32 0.42 0.62 0.25
N3 0.03 0.01 0.10 0.26 0.01 0.10 0.02 0.35 0.01 0.01 0.00 0.03 0.26 0.22 0.02 0.06 0.40 0.52 0.91 0.38
O2 0.07 0.01 0.24 0.18 0.04 0.08 0.03 0.18 0.01 0.01 0.03 0.00 0.20 0.50 0.05 0.14 0.25 0.46 0.47 0.27
O2' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.32 0.27 0.35 0.18 0.31 0.18 0.26 0.20 0.00 0.06 0.35 0.20 0.47 0.52 0.53 0.46
O3' 0.33 0.30 0.03 0.01 0.17 0.04 0.25 0.22 0.20 0.16 0.22 0.50 0.06 0.00 0.19 0.30 0.30 0.60 0.38 0.35
O4 0.02 0.03 0.06 0.34 0.01 0.17 0.02 0.47 0.02 0.02 0.02 0.05 0.35 0.19 0.00 0.03 0.55 0.63 1.30 0.53
O4' 0.00 0.08 0.02 0.04 0.03 0.00 0.09 0.02 0.12 0.02 0.06 0.14 0.20 0.30 0.03 0.00 0.30 0.26 0.15 0.25
O5' 0.19 0.31 0.47 0.32 0.52 0.01 0.59 0.01 0.53 0.32 0.40 0.25 0.47 0.30 0.55 0.30 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.32 0.45 0.54 0.34 0.58 0.12 0.66 0.27 0.59 0.42 0.52 0.46 0.52 0.60 0.63 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.65 0.49 0.37 1.17 0.34 1.23 0.38 0.94 0.62 0.91 0.47 0.53 0.38 1.30 0.15 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.28 0.45 0.28 0.49 0.06 0.54 0.04 0.44 0.25 0.38 0.27 0.46 0.35 0.53 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00