ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51142

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.014, 0.023, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.024, 0.041, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.023, 0.049, 0.075, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.049 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.040, 0.067, 0.093, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.067 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.023, 0.050, 0.076, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.050 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.040, 0.071, 0.102, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.071 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.005, 0.045, 0.085, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.045 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.088, 0.177, 0.267, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.177 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.115, 0.214, 0.314, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.214 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.079, 0.184, 0.290, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.118, 0.270, 0.423, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.270 std_dev=0.152
O5' A 0, 0.232, 0.393, 0.554, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.393 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.183, 0.347, 0.511, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.347 std_dev=0.164
C5' B 0, 0.179, 0.345, 0.511, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.345 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.166, 0.355, 0.543, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.355 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.247, 0.446, 0.644, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.446 std_dev=0.198
OP1 A 0, 0.324, 0.526, 0.727, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.526 std_dev=0.202
O4 B 0, 0.254, 0.457, 0.659, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.457 std_dev=0.202
P A 0, 0.309, 0.515, 0.720, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.515 std_dev=0.205
C6 B 0, 0.220, 0.427, 0.633, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.427 std_dev=0.206
O3' B 0, 0.283, 0.491, 0.699, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.491 std_dev=0.208
C3' B 0, 0.241, 0.450, 0.658, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.450 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.232, 0.441, 0.650, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.441 std_dev=0.209
C4' B 0, 0.239, 0.450, 0.661, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.450 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.280, 0.497, 0.713, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.497 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.303, 0.521, 0.740, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.521 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.303, 0.531, 0.760, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.531 std_dev=0.228
O4' B 0, 0.287, 0.518, 0.749, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.518 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.311, 0.545, 0.779, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.545 std_dev=0.234
C2 B 0, 0.347, 0.588, 0.830, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.588 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.389, 0.663, 0.937, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.663 std_dev=0.274
P B 0, 0.082, 0.383, 0.683, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.383 std_dev=0.301
O2 B 0, 0.454, 0.755, 1.056, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.755 std_dev=0.301
OP2 A 0, 0.321, 0.642, 0.964, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.642 std_dev=0.321
OP1 B 0, 0.046, 0.410, 0.774, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.410 std_dev=0.364
OP2 B 0, 0.211, 0.577, 0.943, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.577 std_dev=0.366

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.22 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.24 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.17 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.12 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.24 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.14 0.24 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.03 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.15 0.24 0.12
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.13 0.24 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.09 0.00 0.13 0.24 0.11
N2 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.24 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.24 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.16 0.24 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.24 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.16 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.21 0.08
O5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.09 0.06 0.06 0.12 0.07 0.01 0.03 0.03 0.00 0.12 0.01 0.03 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.12 0.00 0.17 0.23 0.14
OP1 0.05 0.10 0.04 0.04 0.10 0.02 0.14 0.04 0.15 0.13 0.13 0.09 0.08 0.16 0.09 0.03 0.03 0.04 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.24 0.17 0.12 0.24 0.11 0.24 0.04 0.24 0.24 0.24 0.24 0.24 0.24 0.24 0.16 0.08 0.21 0.03 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.10 0.06 0.04 0.10 0.04 0.12 0.01 0.12 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.09 0.05 0.02 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.13 0.10
C2 0.14 0.13 0.11 0.09 0.13 0.10 0.14 0.09 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.09 0.13 0.14 0.09 0.14 0.09 0.10
C2' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10
C3' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10
C4 0.11 0.11 0.08 0.06 0.11 0.08 0.11 0.07 0.11 0.11 0.11 0.11 0.07 0.07 0.11 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08
C4' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09 0.13 0.11
C5 0.11 0.11 0.08 0.07 0.11 0.09 0.12 0.08 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.07 0.11 0.12 0.09 0.13 0.08 0.09
C5' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.14 0.11
C6 0.13 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.12 0.14 0.10 0.16 0.09 0.11
C8 0.10 0.11 0.08 0.06 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.06 0.07 0.11 0.11 0.08 0.10 0.10 0.08
N1 0.14 0.13 0.12 0.10 0.13 0.12 0.14 0.11 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.10 0.13 0.15 0.11 0.17 0.10 0.11
N2 0.16 0.15 0.14 0.12 0.15 0.13 0.16 0.11 0.16 0.16 0.15 0.14 0.15 0.12 0.15 0.16 0.11 0.15 0.11 0.11
N3 0.12 0.12 0.09 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08 0.12 0.12 0.12 0.12 0.08 0.07 0.11 0.12 0.08 0.11 0.09 0.08
N7 0.10 0.11 0.07 0.06 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.06 0.07 0.11 0.12 0.08 0.12 0.09 0.08
N9 0.10 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.07 0.07 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08
O2' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10
O3' 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.11 0.06 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09
O4' 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.12 0.12 0.13 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.15 0.11
O5' 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.14 0.13 0.12 0.15 0.13
O6 0.13 0.13 0.11 0.10 0.13 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.15 0.12 0.19 0.11 0.12
OP1 0.11 0.13 0.11 0.11 0.15 0.11 0.13 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12 0.16 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11
OP2 0.24 0.19 0.26 0.27 0.17 0.28 0.20 0.28 0.22 0.22 0.17 0.19 0.28 0.28 0.15 0.26 0.27 0.27 0.26 0.27
P 0.13 0.09 0.13 0.14 0.08 0.14 0.09 0.14 0.11 0.11 0.08 0.09 0.15 0.15 0.07 0.14 0.13 0.13 0.15 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.10 0.11 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.10 0.10 0.10 0.10
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.08 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.09 0.10 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.07 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.10 0.10 0.12 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.04
O5' 0.05 0.08 0.03 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.02 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.06 0.06 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.05 0.04 0.11 0.02 0.10 0.01 0.08 0.08 0.10 0.09 0.04 0.05 0.12 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.02 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.06 0.09 0.06 0.02 0.04 0.11 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00