ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51143

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.020, 0.043, 0.066, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.007, 0.032, 0.056, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.032, 0.058, 0.083, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.058 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.008, 0.051, 0.093, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.051 std_dev=0.042
N7 A 0, -0.005, 0.044, 0.092, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.044 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.004, 0.059, 0.114, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.059 std_dev=0.055
O4' B 0, 0.242, 0.492, 0.742, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.492 std_dev=0.250
C2' A 0, 0.027, 0.285, 0.543, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.285 std_dev=0.258
C4' B 0, 0.328, 0.604, 0.881, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.604 std_dev=0.276
O4' A 0, 0.084, 0.363, 0.643, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.363 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.265, 0.544, 0.824, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.544 std_dev=0.280
C5' B 0, 0.360, 0.675, 0.989, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.675 std_dev=0.314
O2' A 0, 0.037, 0.358, 0.680, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.358 std_dev=0.322
N1 B 0, 0.258, 0.583, 0.908, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.583 std_dev=0.325
C2' B 0, 0.387, 0.718, 1.049, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.718 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.407, 0.765, 1.123, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.765 std_dev=0.358
O5' B 0, 0.411, 0.773, 1.135, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.773 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.420, 0.783, 1.146, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.783 std_dev=0.363
C6 B 0, 0.374, 0.740, 1.106, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.740 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.380, 0.748, 1.116, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.748 std_dev=0.368
P B 0, 0.436, 0.816, 1.195, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.816 std_dev=0.379
C5 B 0, 0.390, 0.796, 1.203, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.796 std_dev=0.407
C2 B 0, 0.285, 0.702, 1.119, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.702 std_dev=0.417
C3' A 0, 0.171, 0.598, 1.024, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.598 std_dev=0.426
C4 B 0, 0.238, 0.667, 1.097, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.667 std_dev=0.430
N3 B 0, 0.270, 0.720, 1.170, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.720 std_dev=0.450
C4' A 0, 0.245, 0.711, 1.177, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.711 std_dev=0.466
O4 B 0, 0.218, 0.689, 1.159, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.689 std_dev=0.470
OP2 B 0, 0.524, 0.999, 1.474, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.999 std_dev=0.475
O3' B 0, 0.428, 0.926, 1.424, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.926 std_dev=0.498
O2 B 0, 0.356, 0.912, 1.467, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.912 std_dev=0.556
O3' A 0, 0.203, 0.777, 1.350, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.777 std_dev=0.574
OP2 A 0, 0.024, 0.607, 1.190, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.607 std_dev=0.583
O5' A 0, 0.372, 1.008, 1.645, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.008 std_dev=0.637
P A 0, 0.323, 0.994, 1.665, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.994 std_dev=0.671
C5' A 0, 0.505, 1.263, 2.020, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.263 std_dev=0.758
OP1 A 0, 0.362, 1.473, 2.583, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.473 std_dev=1.110

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.28 0.01 0.31 0.23 0.26
C2 0.03 0.00 0.14 0.23 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.06 0.36 0.01 0.31 0.22 0.32
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.04 0.05 0.08 0.10 0.17 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.04 0.29 0.45 0.29
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.17 0.00 0.17 0.04 0.20 0.09 0.23 0.24 0.20 0.13 0.10 0.02 0.01 0.02 0.25 0.21 0.30 0.43 0.25
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.16 0.03 0.39 0.02 0.34 0.22 0.34
C4' 0.01 0.08 0.03 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.13 0.12 0.11 0.07 0.06 0.14 0.07 0.14 0.02 0.00 0.03 0.16 0.17 0.23 0.09
C5 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.19 0.02 0.41 0.02 0.36 0.22 0.37
C5' 0.06 0.19 0.04 0.04 0.20 0.01 0.26 0.00 0.28 0.24 0.24 0.17 0.15 0.29 0.17 0.12 0.03 0.03 0.01 0.33 0.21 0.33 0.03
C6 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.24 0.02 0.40 0.01 0.35 0.23 0.37
C8 0.02 0.02 0.08 0.09 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.06 0.43 0.03 0.38 0.19 0.37
N1 0.02 0.00 0.10 0.23 0.02 0.11 0.02 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.26 0.03 0.38 0.01 0.32 0.22 0.35
N2 0.03 0.00 0.17 0.24 0.01 0.07 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.26 0.08 0.35 0.01 0.31 0.22 0.31
N3 0.03 0.01 0.14 0.20 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.20 0.07 0.36 0.01 0.32 0.22 0.32
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.14 0.00 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.16 0.05 0.43 0.04 0.40 0.21 0.41
N9 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.38 0.02 0.34 0.21 0.32
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.08 0.14 0.10 0.12 0.12 0.07 0.13 0.13 0.11 0.10 0.05 0.00 0.04 0.11 0.08 0.13 0.23 0.36 0.16
O3' 0.03 0.24 0.01 0.01 0.16 0.02 0.19 0.03 0.24 0.10 0.26 0.26 0.20 0.16 0.09 0.04 0.00 0.03 0.19 0.25 0.31 0.45 0.21
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.07 0.05 0.01 0.11 0.03 0.00 0.19 0.04 0.32 0.21 0.25
O5' 0.28 0.36 0.28 0.25 0.39 0.03 0.41 0.01 0.40 0.43 0.38 0.35 0.36 0.43 0.38 0.08 0.19 0.19 0.00 0.39 0.03 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.21 0.02 0.16 0.02 0.33 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.13 0.25 0.04 0.39 0.00 0.36 0.25 0.39
OP1 0.31 0.31 0.29 0.30 0.34 0.17 0.36 0.21 0.35 0.38 0.32 0.31 0.32 0.40 0.34 0.23 0.31 0.32 0.03 0.36 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.22 0.45 0.43 0.22 0.23 0.22 0.33 0.23 0.19 0.22 0.22 0.22 0.21 0.21 0.36 0.45 0.21 0.02 0.25 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.32 0.29 0.25 0.34 0.09 0.37 0.03 0.37 0.37 0.35 0.31 0.32 0.41 0.32 0.16 0.21 0.25 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.30 0.22 0.20 0.26 0.17 0.21 0.11 0.16 0.19 0.30 0.40 0.27 0.30 0.29 0.13 0.10 0.14 0.13 0.13
C2 0.15 0.18 0.16 0.20 0.19 0.19 0.18 0.18 0.15 0.15 0.19 0.21 0.13 0.27 0.20 0.15 0.18 0.18 0.19 0.19
C2' 0.15 0.28 0.06 0.08 0.39 0.11 0.40 0.18 0.34 0.25 0.34 0.30 0.11 0.15 0.42 0.20 0.23 0.23 0.28 0.26
C3' 0.19 0.33 0.10 0.11 0.42 0.14 0.40 0.19 0.34 0.28 0.40 0.35 0.08 0.09 0.46 0.22 0.23 0.22 0.25 0.23
C4 0.15 0.23 0.18 0.19 0.21 0.18 0.18 0.15 0.15 0.16 0.23 0.29 0.17 0.29 0.23 0.13 0.15 0.17 0.15 0.16
C4' 0.15 0.35 0.12 0.12 0.37 0.11 0.29 0.10 0.22 0.22 0.40 0.41 0.15 0.19 0.43 0.13 0.10 0.14 0.18 0.15
C5 0.15 0.22 0.16 0.20 0.21 0.19 0.19 0.19 0.16 0.16 0.22 0.26 0.14 0.29 0.22 0.14 0.19 0.21 0.19 0.19
C5' 0.16 0.34 0.14 0.16 0.38 0.17 0.29 0.16 0.22 0.23 0.40 0.39 0.16 0.23 0.44 0.15 0.12 0.17 0.15 0.15
C6 0.15 0.19 0.15 0.20 0.19 0.20 0.18 0.23 0.16 0.15 0.19 0.22 0.10 0.29 0.21 0.15 0.22 0.25 0.22 0.23
C8 0.15 0.25 0.18 0.20 0.23 0.18 0.19 0.16 0.15 0.17 0.26 0.33 0.19 0.30 0.25 0.13 0.15 0.18 0.14 0.16
N1 0.14 0.17 0.14 0.20 0.18 0.20 0.18 0.23 0.16 0.14 0.18 0.19 0.08 0.28 0.19 0.15 0.23 0.24 0.23 0.23
N2 0.15 0.16 0.15 0.19 0.17 0.19 0.17 0.18 0.16 0.14 0.16 0.16 0.11 0.24 0.18 0.16 0.19 0.17 0.20 0.19
N3 0.16 0.22 0.18 0.19 0.21 0.17 0.18 0.14 0.15 0.16 0.22 0.27 0.18 0.28 0.22 0.13 0.14 0.15 0.15 0.15
N7 0.15 0.23 0.16 0.20 0.22 0.19 0.19 0.18 0.16 0.16 0.24 0.29 0.15 0.30 0.24 0.14 0.18 0.21 0.17 0.19
N9 0.16 0.26 0.19 0.20 0.23 0.17 0.19 0.13 0.15 0.17 0.26 0.34 0.21 0.30 0.25 0.12 0.13 0.16 0.13 0.14
O2' 0.22 0.37 0.28 0.25 0.42 0.20 0.40 0.19 0.32 0.27 0.40 0.46 0.39 0.37 0.46 0.19 0.21 0.25 0.31 0.29
O3' 0.25 0.41 0.15 0.16 0.51 0.18 0.46 0.23 0.40 0.34 0.49 0.41 0.10 0.08 0.56 0.27 0.27 0.25 0.30 0.27
O4' 0.23 0.37 0.25 0.25 0.31 0.23 0.22 0.18 0.18 0.25 0.38 0.46 0.27 0.32 0.36 0.20 0.14 0.19 0.17 0.18
O5' 0.35 0.44 0.38 0.42 0.42 0.43 0.34 0.42 0.30 0.36 0.46 0.51 0.40 0.53 0.46 0.37 0.38 0.46 0.41 0.43
O6 0.15 0.18 0.14 0.21 0.19 0.20 0.19 0.25 0.17 0.15 0.19 0.20 0.07 0.29 0.20 0.16 0.25 0.28 0.25 0.26
OP1 0.32 0.47 0.30 0.35 0.56 0.38 0.49 0.41 0.40 0.39 0.53 0.48 0.31 0.44 0.63 0.36 0.40 0.51 0.50 0.49
OP2 0.41 0.51 0.48 0.47 0.44 0.42 0.36 0.35 0.32 0.40 0.51 0.61 0.54 0.62 0.49 0.34 0.31 0.32 0.29 0.30
P 0.35 0.47 0.37 0.41 0.50 0.41 0.43 0.41 0.37 0.38 0.51 0.52 0.39 0.54 0.56 0.37 0.38 0.46 0.43 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05 0.11 0.05
C2 0.04 0.00 0.09 0.13 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.03 0.12 0.11 0.07 0.04
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.08 0.14 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.07 0.10 0.05
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.01 0.09 0.09 0.13 0.16 0.01 0.01 0.14 0.01 0.04 0.10 0.06 0.04
C4 0.04 0.02 0.06 0.13 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.04 0.17 0.14 0.12 0.11
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05 0.02 0.11 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.11 0.02 0.04 0.17 0.13 0.13 0.11
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.11 0.09 0.05 0.03 0.15 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.03 0.04 0.13 0.09 0.11 0.08
N1 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.10 0.08 0.08 0.03
N3 0.03 0.01 0.08 0.13 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.15 0.02 0.03 0.15 0.13 0.09 0.07
O2 0.06 0.01 0.14 0.16 0.02 0.08 0.03 0.09 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.15 0.03 0.05 0.11 0.13 0.06 0.05
O2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.05 0.05 0.06 0.03 0.12 0.07 0.03
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.14 0.02 0.11 0.03 0.09 0.08 0.15 0.15 0.05 0.00 0.17 0.02 0.07 0.19 0.07 0.10
O4 0.05 0.03 0.08 0.14 0.01 0.11 0.02 0.15 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.17 0.00 0.05 0.19 0.16 0.15 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.06 0.12 0.08
O5' 0.04 0.12 0.03 0.04 0.17 0.01 0.17 0.01 0.13 0.10 0.15 0.11 0.03 0.07 0.19 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.13 0.05 0.09 0.08 0.13 0.13 0.12 0.19 0.16 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.07 0.10 0.06 0.12 0.05 0.13 0.01 0.11 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07 0.15 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.04 0.05 0.04 0.11 0.02 0.11 0.02 0.08 0.03 0.07 0.05 0.03 0.10 0.14 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00