ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51144

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.002, 0.014, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.003, 0.016, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.002, 0.038, 0.073, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.038 std_dev=0.035
O4' A 0, -0.014, 0.099, 0.212, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.099 std_dev=0.113
C2' A 0, -0.043, 0.144, 0.331, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.144 std_dev=0.187
C4' A 0, -0.024, 0.165, 0.354, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.165 std_dev=0.189
C2' B 0, -0.010, 0.216, 0.442, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.216 std_dev=0.226
O2' A 0, -0.068, 0.207, 0.482, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.207 std_dev=0.275
C3' A 0, -0.059, 0.220, 0.499, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.220 std_dev=0.279
O2' B 0, 0.025, 0.362, 0.700, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.362 std_dev=0.338
C5' A 0, -0.054, 0.301, 0.656, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.301 std_dev=0.355
O3' A 0, -0.097, 0.358, 0.812, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.358 std_dev=0.455
O5' A 0, -0.162, 0.454, 1.070, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.454 std_dev=0.616
C3' B 0, -0.164, 0.553, 1.269, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.553 std_dev=0.716
C1' B 0, -0.205, 0.564, 1.334, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.564 std_dev=0.769
N1 B 0, -0.366, 0.757, 1.880, 3.204 max_d=3.204 avg_d=0.757 std_dev=1.123
C4' B 0, -0.401, 0.784, 1.969, 3.399 max_d=3.399 avg_d=0.784 std_dev=1.185
O4' B 0, -0.423, 0.779, 1.981, 3.429 max_d=3.429 avg_d=0.779 std_dev=1.202
O3' B 0, -0.433, 0.802, 2.036, 3.525 max_d=3.525 avg_d=0.802 std_dev=1.235
P A 0, -0.380, 0.870, 2.120, 3.339 max_d=3.339 avg_d=0.870 std_dev=1.250
C6 B 0, -0.423, 0.914, 2.252, 3.829 max_d=3.829 avg_d=0.914 std_dev=1.338
O2 B 0, -0.440, 0.936, 2.313, 3.952 max_d=3.952 avg_d=0.936 std_dev=1.377
C2 B 0, -0.464, 0.921, 2.306, 3.953 max_d=3.953 avg_d=0.921 std_dev=1.385
OP1 A 0, -0.475, 1.123, 2.721, 4.359 max_d=4.359 avg_d=1.123 std_dev=1.598
C5 B 0, -0.499, 1.128, 2.754, 4.664 max_d=4.664 avg_d=1.128 std_dev=1.626
OP2 A 0, -0.490, 1.177, 2.844, 4.506 max_d=4.506 avg_d=1.177 std_dev=1.667
N3 B 0, -0.594, 1.186, 2.966, 5.086 max_d=5.086 avg_d=1.186 std_dev=1.780
O5' B 0, -0.708, 1.108, 2.923, 5.142 max_d=5.142 avg_d=1.108 std_dev=1.815
C4 B 0, -0.589, 1.271, 3.132, 5.329 max_d=5.329 avg_d=1.271 std_dev=1.860
C5' B 0, -0.727, 1.154, 3.036, 5.334 max_d=5.334 avg_d=1.154 std_dev=1.881
O4 B 0, -0.668, 1.549, 3.767, 6.372 max_d=6.372 avg_d=1.549 std_dev=2.217
OP2 B 0, -0.955, 1.461, 3.877, 6.815 max_d=6.815 avg_d=1.461 std_dev=2.416
P B 0, -1.069, 1.489, 4.047, 7.175 max_d=7.175 avg_d=1.489 std_dev=2.558
OP1 B 0, -1.232, 1.761, 4.755, 8.401 max_d=8.401 avg_d=1.761 std_dev=2.993

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.24 0.32 0.08
C2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.02 0.26 0.01 0.11 0.83 0.37
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.07 0.08 0.12 0.11 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.05 0.22 0.33 0.09
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.06 0.10 0.08 0.12 0.05 0.02 0.01 0.01 0.30 0.08 0.09 0.33 0.18
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.28 0.01 0.16 0.81 0.41
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.35 0.05 0.12
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.38 0.01 0.40 1.06 0.61
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.03 0.03 0.02 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.39 0.00 0.44 1.14 0.65
C8 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.40 0.02 0.42 0.94 0.60
N1 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.10 0.01 0.33 0.01 0.27 1.01 0.53
N2 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.03 0.22 0.01 0.12 0.75 0.30
N3 0.01 0.00 0.11 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.02 0.21 0.00 0.10 0.70 0.29
N7 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.16 0.02 0.45 0.02 0.57 1.16 0.74
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.26 0.02 0.13 0.68 0.36
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.10 0.16 0.13 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.04 0.49 0.10 0.14
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.15 0.10 0.16 0.12 0.16 0.05 0.04 0.00 0.01 0.29 0.12 0.18 0.23 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.32 0.12 0.12
O5' 0.09 0.26 0.20 0.30 0.28 0.01 0.38 0.01 0.39 0.40 0.33 0.22 0.21 0.45 0.26 0.07 0.29 0.08 0.00 0.43 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.12 0.02 0.43 0.00 0.58 1.27 0.76
OP1 0.24 0.11 0.22 0.09 0.16 0.35 0.40 0.09 0.44 0.42 0.27 0.12 0.10 0.57 0.13 0.49 0.18 0.32 0.01 0.58 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.83 0.33 0.33 0.81 0.05 1.06 0.11 1.14 0.94 1.01 0.75 0.70 1.16 0.68 0.10 0.23 0.12 0.01 1.27 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.37 0.09 0.18 0.41 0.12 0.61 0.01 0.65 0.60 0.53 0.30 0.29 0.74 0.36 0.14 0.12 0.12 0.00 0.76 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.22 0.07 0.23 0.18 0.29 0.12 0.36 0.10 0.14 0.23 0.26 0.09 0.39 0.20 0.15 0.28 0.49 0.27 0.33
C2 0.57 0.70 0.13 0.21 0.75 0.15 0.71 0.20 0.67 0.66 0.73 0.70 0.28 0.67 0.77 0.63 0.26 0.43 0.32 0.31
C2' 0.15 0.20 0.15 0.51 0.14 0.68 0.07 0.85 0.13 0.07 0.24 0.30 0.17 0.71 0.18 0.43 0.70 1.03 0.70 0.82
C3' 0.11 0.32 0.16 0.53 0.26 0.64 0.11 0.84 0.08 0.13 0.38 0.44 0.18 0.80 0.32 0.34 0.70 1.11 0.71 0.84
C4 0.28 0.35 0.09 0.11 0.37 0.19 0.34 0.25 0.32 0.31 0.37 0.39 0.20 0.26 0.39 0.32 0.24 0.38 0.27 0.29
C4' 0.21 0.49 0.11 0.42 0.46 0.39 0.32 0.52 0.24 0.32 0.54 0.57 0.15 0.77 0.51 0.13 0.40 0.76 0.39 0.49
C5 0.30 0.43 0.08 0.14 0.47 0.16 0.43 0.23 0.39 0.37 0.46 0.45 0.19 0.33 0.50 0.32 0.23 0.41 0.28 0.29
C5' 0.27 0.56 0.09 0.36 0.54 0.29 0.41 0.41 0.33 0.40 0.62 0.63 0.12 0.73 0.60 0.16 0.30 0.68 0.30 0.38
C6 0.43 0.62 0.10 0.20 0.70 0.13 0.64 0.22 0.57 0.54 0.68 0.63 0.22 0.53 0.74 0.43 0.24 0.48 0.31 0.31
C8 0.10 0.16 0.08 0.12 0.15 0.20 0.13 0.26 0.13 0.11 0.17 0.22 0.12 0.16 0.17 0.17 0.23 0.40 0.24 0.27
N1 0.55 0.74 0.12 0.24 0.83 0.11 0.77 0.20 0.70 0.68 0.81 0.74 0.26 0.68 0.87 0.56 0.24 0.50 0.33 0.32
N2 0.73 0.86 0.16 0.29 0.93 0.15 0.89 0.15 0.86 0.84 0.90 0.82 0.31 0.92 0.95 0.84 0.27 0.46 0.35 0.32
N3 0.42 0.48 0.11 0.12 0.49 0.22 0.46 0.26 0.44 0.44 0.48 0.50 0.26 0.40 0.50 0.48 0.27 0.37 0.29 0.31
N7 0.19 0.28 0.07 0.12 0.32 0.17 0.29 0.25 0.26 0.23 0.31 0.32 0.15 0.20 0.35 0.22 0.23 0.40 0.26 0.28
N9 0.12 0.17 0.08 0.13 0.16 0.22 0.13 0.28 0.13 0.12 0.17 0.22 0.13 0.17 0.17 0.19 0.24 0.41 0.25 0.29
O2' 0.19 0.34 0.25 0.68 0.28 0.79 0.15 0.98 0.15 0.17 0.39 0.45 0.29 1.00 0.34 0.45 0.81 1.18 0.80 0.93
O3' 0.19 0.40 0.27 0.72 0.33 0.86 0.16 1.14 0.16 0.18 0.48 0.55 0.27 1.05 0.41 0.48 0.97 1.51 1.02 1.17
O4' 0.26 0.42 0.09 0.20 0.40 0.17 0.33 0.22 0.29 0.34 0.45 0.46 0.07 0.47 0.42 0.20 0.15 0.38 0.12 0.18
O5' 0.35 0.53 0.19 0.27 0.51 0.25 0.42 0.34 0.37 0.43 0.57 0.57 0.17 0.53 0.55 0.27 0.26 0.56 0.26 0.32
O6 0.44 0.66 0.09 0.23 0.77 0.12 0.70 0.24 0.61 0.57 0.75 0.67 0.22 0.58 0.83 0.41 0.24 0.54 0.33 0.33
OP1 0.90 1.20 0.80 0.73 1.22 0.63 1.08 0.63 0.99 1.04 1.28 1.26 0.73 0.86 1.28 0.74 0.65 0.83 0.68 0.65
OP2 0.42 0.64 0.25 0.17 0.63 0.24 0.52 0.30 0.46 0.51 0.70 0.68 0.24 0.35 0.69 0.36 0.24 0.42 0.23 0.28
P 0.60 0.85 0.42 0.31 0.85 0.28 0.74 0.27 0.67 0.72 0.91 0.89 0.36 0.47 0.91 0.48 0.28 0.43 0.27 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.13 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.11 0.01 0.01 0.04 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.10 0.23 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.17 0.04 0.04 0.19 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.00 0.02 0.09 0.15 0.23 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.02 0.11 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.02 0.14 0.20 0.29 0.19
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.09 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.02 0.12 0.15 0.22 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.12 0.08
N3 0.03 0.00 0.10 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.06 0.01 0.01 0.05 0.08 0.16 0.10
O2 0.06 0.01 0.23 0.19 0.02 0.11 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.28 0.25 0.02 0.03 0.07 0.09 0.07 0.06
O2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.05 0.02 0.13 0.28 0.00 0.03 0.09 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.18 0.03 0.06 0.25 0.03 0.00 0.07 0.01 0.10 0.13 0.14 0.11
O4 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.07 0.00 0.02 0.10 0.17 0.26 0.17
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.09 0.07
O5' 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.01 0.14 0.01 0.12 0.05 0.05 0.07 0.05 0.10 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.07 0.15 0.04 0.20 0.05 0.15 0.05 0.08 0.09 0.07 0.13 0.17 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.03 0.07 0.23 0.01 0.29 0.01 0.22 0.12 0.16 0.07 0.05 0.14 0.26 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.01 0.05 0.15 0.01 0.19 0.01 0.15 0.08 0.10 0.06 0.04 0.11 0.17 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00