ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51146

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.018, 0.038, 0.059, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.022, 0.044, 0.067, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.044 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.005, 0.031, 0.058, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.021, 0.048, 0.076, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.048 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.023, 0.050, 0.078, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.050 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.015, 0.046, 0.077, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.046 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.032, 0.064, 0.097, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.064 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.028, 0.069, 0.110, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.069 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.017, 0.061, 0.105, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.061 std_dev=0.044
O6 A 0, -0.008, 0.067, 0.142, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.067 std_dev=0.075
O2' B 0, 0.157, 0.513, 0.869, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.513 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.210, 0.793, 1.376, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.793 std_dev=0.583
C1' B 0, 0.240, 1.076, 1.911, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.076 std_dev=0.836
O4' A 0, 0.035, 1.138, 2.242, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.138 std_dev=1.103
C2' A 0, 0.058, 1.234, 2.410, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.234 std_dev=1.176
C6 B 0, 0.085, 1.364, 2.642, 3.648 max_d=3.648 avg_d=1.364 std_dev=1.278
C4' A 0, 0.190, 1.489, 2.788, 3.012 max_d=3.012 avg_d=1.489 std_dev=1.299
N1 B 0, 0.362, 1.674, 2.987, 3.297 max_d=3.297 avg_d=1.674 std_dev=1.313
O4' B 0, 0.267, 1.742, 3.217, 3.568 max_d=3.568 avg_d=1.742 std_dev=1.475
C3' A 0, 0.277, 1.771, 3.266, 3.463 max_d=3.463 avg_d=1.771 std_dev=1.495
C3' B 0, 0.450, 1.989, 3.528, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.989 std_dev=1.539
O3' A 0, 0.531, 2.232, 3.933, 3.862 max_d=3.862 avg_d=2.232 std_dev=1.701
O2' A 0, 0.225, 1.928, 3.631, 3.945 max_d=3.945 avg_d=1.928 std_dev=1.703
C4' B 0, 0.461, 2.354, 4.247, 4.165 max_d=4.165 avg_d=2.354 std_dev=1.893
C5 B 0, 0.154, 2.166, 4.178, 5.687 max_d=5.687 avg_d=2.166 std_dev=2.012
O3' B 0, 0.637, 2.851, 5.065, 5.454 max_d=5.454 avg_d=2.851 std_dev=2.214
C2 B 0, 0.620, 3.036, 5.452, 5.648 max_d=5.648 avg_d=3.036 std_dev=2.416
O5' B 0, 0.835, 3.378, 5.920, 5.837 max_d=5.837 avg_d=3.378 std_dev=2.543
C5' A 0, -0.031, 2.678, 5.388, 6.002 max_d=6.002 avg_d=2.678 std_dev=2.709
C5' B 0, 0.790, 3.626, 6.462, 6.147 max_d=6.147 avg_d=3.626 std_dev=2.836
O2 B 0, 0.777, 3.638, 6.498, 6.371 max_d=6.371 avg_d=3.638 std_dev=2.860
C4 B 0, 0.617, 3.532, 6.446, 7.615 max_d=7.615 avg_d=3.532 std_dev=2.915
O5' A 0, 0.506, 3.607, 6.707, 7.230 max_d=7.230 avg_d=3.607 std_dev=3.101
N3 B 0, 0.768, 3.878, 6.987, 7.522 max_d=7.522 avg_d=3.878 std_dev=3.109
P B 0, 0.904, 4.575, 8.245, 8.026 max_d=8.026 avg_d=4.575 std_dev=3.670
O4 B 0, 0.794, 4.503, 8.211, 9.604 max_d=9.604 avg_d=4.503 std_dev=3.708
OP2 B 0, 1.150, 5.465, 9.781, 9.322 max_d=9.322 avg_d=5.465 std_dev=4.316
OP1 B 0, 1.133, 5.544, 9.955, 10.086 max_d=10.086 avg_d=5.544 std_dev=4.411
P A 0, 0.416, 4.958, 9.501, 10.309 max_d=10.309 avg_d=4.958 std_dev=4.543
OP2 A 0, 0.953, 5.830, 10.706, 11.058 max_d=11.058 avg_d=5.830 std_dev=4.876
OP1 A 0, 0.076, 5.188, 10.300, 11.365 max_d=11.365 avg_d=5.188 std_dev=5.112

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.26 0.00 0.40 0.07 0.34 0.56 0.31
C2 0.03 0.00 0.18 0.24 0.03 0.63 0.03 1.19 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.52 0.27 0.63 1.89 0.03 1.87 2.67 2.14
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.12 0.05 0.12 0.20 0.15 0.06 0.17 0.21 0.16 0.09 0.05 0.01 0.01 0.03 0.43 0.15 0.58 0.55 0.43
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.22 0.01 0.37 0.04 0.35 0.48 0.26 0.30 0.22 0.51 0.26 0.04 0.02 0.04 0.22 0.43 0.56 0.12 0.20
C4 0.01 0.03 0.12 0.22 0.00 0.25 0.02 0.41 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.27 0.17 0.32 1.03 0.04 0.81 1.54 1.03
C4' 0.01 0.63 0.05 0.01 0.25 0.00 0.14 0.01 0.23 0.45 0.46 0.81 0.61 0.35 0.10 0.31 0.06 0.00 0.02 0.23 0.21 0.06 0.03
C5 0.03 0.03 0.12 0.37 0.02 0.14 0.00 0.10 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.25 0.23 0.15 0.87 0.05 0.54 1.55 0.89
C5' 0.08 1.19 0.20 0.04 0.41 0.01 0.10 0.00 0.36 0.76 0.85 1.58 1.09 0.58 0.13 0.18 0.18 0.02 0.01 0.26 0.17 0.06 0.03
C6 0.03 0.02 0.15 0.35 0.02 0.23 0.03 0.36 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.30 0.26 0.28 1.11 0.01 0.81 1.90 1.19
C8 0.04 0.04 0.06 0.48 0.01 0.45 0.03 0.76 0.06 0.00 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.38 0.21 0.33 0.96 0.11 0.88 1.34 1.05
N1 0.03 0.01 0.17 0.26 0.04 0.46 0.04 0.85 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.42 0.24 0.49 1.55 0.02 1.43 2.38 1.74
N2 0.03 0.01 0.21 0.30 0.04 0.81 0.04 1.58 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.66 0.34 0.73 2.33 0.02 2.51 3.32 2.79
N3 0.03 0.01 0.16 0.22 0.01 0.61 0.02 1.09 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.49 0.27 0.62 1.75 0.04 1.65 2.29 1.87
N7 0.04 0.04 0.09 0.51 0.02 0.35 0.01 0.58 0.06 0.02 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.33 0.29 0.18 0.92 0.11 0.83 1.56 1.05
N9 0.01 0.04 0.05 0.26 0.01 0.10 0.03 0.13 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.17 0.10 0.01 0.58 0.08 0.32 0.96 0.52
O2' 0.02 0.52 0.01 0.04 0.27 0.31 0.25 0.18 0.30 0.38 0.42 0.66 0.49 0.33 0.17 0.00 0.04 0.22 0.35 0.28 0.55 0.52 0.32
O3' 0.26 0.27 0.01 0.02 0.17 0.06 0.23 0.18 0.26 0.21 0.24 0.34 0.27 0.29 0.10 0.04 0.00 0.18 0.10 0.31 0.63 0.17 0.10
O4' 0.00 0.63 0.03 0.04 0.32 0.00 0.15 0.02 0.28 0.33 0.49 0.73 0.62 0.18 0.01 0.22 0.18 0.00 0.32 0.24 0.22 0.40 0.26
O5' 0.40 1.89 0.43 0.22 1.03 0.02 0.87 0.01 1.11 0.96 1.55 2.33 1.75 0.92 0.58 0.35 0.10 0.32 0.00 1.08 0.02 0.03 0.01
O6 0.07 0.03 0.15 0.43 0.04 0.23 0.05 0.26 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.11 0.08 0.28 0.31 0.24 1.08 0.00 0.75 1.97 1.18
OP1 0.34 1.87 0.58 0.56 0.81 0.21 0.54 0.17 0.81 0.88 1.43 2.51 1.65 0.83 0.32 0.55 0.63 0.22 0.02 0.75 0.00 0.03 0.02
OP2 0.56 2.67 0.55 0.12 1.54 0.06 1.55 0.06 1.90 1.34 2.38 3.32 2.29 1.56 0.96 0.52 0.17 0.40 0.03 1.97 0.03 0.00 0.01
P 0.31 2.14 0.43 0.20 1.03 0.03 0.89 0.03 1.19 1.05 1.74 2.79 1.87 1.05 0.52 0.32 0.10 0.26 0.01 1.18 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.39 0.42 0.72 0.35 0.69 0.40 0.75 0.37 0.36 0.32 0.53 0.35 0.93 0.37 0.58 0.86 1.48 0.71 1.00
C2 0.31 0.87 0.30 0.11 0.88 0.49 0.77 0.62 0.58 0.51 0.94 1.19 0.34 0.19 0.98 0.37 0.41 0.69 0.49 0.46
C2' 0.38 0.23 0.49 0.87 0.19 0.76 0.20 0.90 0.20 0.26 0.16 0.32 0.37 1.13 0.23 0.56 1.07 1.73 1.07 1.25
C3' 0.98 0.76 1.03 1.47 0.74 1.36 0.83 1.51 0.89 0.88 0.70 0.73 0.82 1.72 0.68 1.16 1.67 2.50 1.59 1.92
C4 0.41 0.71 0.35 0.39 0.72 0.50 0.66 0.56 0.50 0.47 0.74 0.96 0.39 0.51 0.82 0.46 0.54 0.95 0.50 0.61
C4' 1.71 1.42 1.65 2.10 1.33 2.13 1.45 2.25 1.55 1.56 1.31 1.41 1.45 2.32 1.25 1.96 2.31 3.03 2.10 2.51
C5 0.36 0.85 0.30 0.23 0.92 0.52 0.83 0.67 0.60 0.51 0.94 1.15 0.37 0.34 1.07 0.43 0.49 0.83 0.59 0.55
C5' 2.92 2.54 2.86 3.38 2.48 3.42 2.65 3.55 2.77 2.75 2.42 2.45 2.56 3.61 2.38 3.21 3.61 4.31 3.38 3.81
C6 0.27 0.99 0.28 0.08 1.13 0.61 1.01 0.85 0.73 0.57 1.15 1.35 0.32 0.20 1.32 0.42 0.53 0.79 0.77 0.62
C8 0.43 0.66 0.37 0.48 0.70 0.56 0.66 0.62 0.49 0.46 0.69 0.90 0.40 0.62 0.81 0.51 0.62 1.10 0.54 0.70
N1 0.25 1.03 0.29 0.12 1.11 0.64 0.98 0.87 0.73 0.58 1.17 1.40 0.30 0.22 1.28 0.42 0.53 0.76 0.73 0.61
N2 0.26 0.91 0.28 0.08 0.86 0.52 0.73 0.65 0.56 0.52 0.97 1.25 0.28 0.18 0.95 0.35 0.38 0.61 0.44 0.42
N3 0.40 0.68 0.36 0.38 0.66 0.46 0.60 0.51 0.46 0.46 0.69 0.92 0.39 0.48 0.73 0.43 0.52 0.91 0.47 0.59
N7 0.39 0.80 0.32 0.31 0.89 0.54 0.81 0.65 0.58 0.50 0.89 1.09 0.38 0.43 1.04 0.46 0.53 0.91 0.59 0.59
N9 0.45 0.59 0.40 0.56 0.58 0.58 0.56 0.62 0.44 0.44 0.58 0.80 0.40 0.72 0.65 0.52 0.68 1.18 0.56 0.77
O2' 0.61 0.81 0.52 0.32 0.97 0.30 0.91 0.28 0.80 0.75 0.92 0.75 0.60 0.50 1.06 0.46 0.42 0.96 0.48 0.49
O3' 0.58 0.48 0.46 0.79 0.52 0.79 0.56 0.93 0.57 0.53 0.49 0.44 0.46 0.99 0.53 0.69 1.00 1.97 0.87 1.28
O4' 1.44 1.29 1.34 1.67 1.14 1.71 1.19 1.75 1.25 1.32 1.18 1.37 1.24 1.85 1.08 1.61 1.80 2.40 1.57 1.94
O5' 3.52 3.28 3.60 3.97 3.24 3.79 3.35 3.83 3.42 3.43 3.19 3.20 3.32 4.13 3.16 3.65 4.04 4.62 3.83 4.19
O6 0.21 1.09 0.31 0.19 1.32 0.71 1.19 1.02 0.86 0.62 1.32 1.45 0.28 0.26 1.55 0.44 0.65 0.90 0.98 0.78
OP1 4.34 4.00 4.48 5.10 4.14 4.85 4.39 5.14 4.46 4.30 3.96 3.76 3.90 5.13 4.05 4.60 5.51 6.47 5.49 5.85
OP2 4.59 4.60 4.87 5.00 4.72 4.51 4.79 4.53 4.77 4.71 4.62 4.42 4.44 4.79 4.67 4.51 5.02 5.50 4.97 5.17
P 4.43 4.16 4.61 5.08 4.24 4.73 4.42 4.83 4.48 4.39 4.11 3.95 4.12 5.14 4.15 4.56 5.18 5.80 5.05 5.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.00 0.13 0.30 0.34 0.13
C2 0.02 0.00 0.15 0.11 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.15 0.02 0.12 0.08 0.42 0.52 0.09
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.11 0.02 0.15 0.10 0.17 0.06 0.14 0.25 0.01 0.02 0.12 0.01 0.28 0.47 0.43 0.32
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.16 0.01 0.17 0.07 0.17 0.10 0.15 0.14 0.02 0.01 0.18 0.02 0.18 0.56 0.13 0.23
C4 0.03 0.02 0.11 0.16 0.00 0.09 0.01 0.18 0.03 0.02 0.01 0.02 0.26 0.17 0.01 0.05 0.22 0.78 0.79 0.36
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.02 0.14 0.04 0.04 0.12 0.17 0.05 0.10 0.01 0.03 0.15 0.12 0.06
C5 0.03 0.02 0.15 0.17 0.01 0.15 0.00 0.29 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.20 0.03 0.15 0.34 0.94 0.87 0.51
C5' 0.07 0.05 0.10 0.07 0.18 0.02 0.29 0.00 0.28 0.10 0.07 0.16 0.09 0.03 0.20 0.04 0.03 0.09 0.28 0.02
C6 0.03 0.02 0.17 0.17 0.03 0.14 0.02 0.28 0.00 0.01 0.03 0.03 0.18 0.19 0.04 0.19 0.32 0.81 0.74 0.44
N1 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.07 0.03 0.01 0.14 0.47 0.53 0.19
N3 0.02 0.01 0.14 0.15 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.30 0.17 0.01 0.07 0.11 0.57 0.65 0.19
O2 0.05 0.01 0.25 0.14 0.02 0.12 0.02 0.16 0.03 0.02 0.02 0.00 0.41 0.26 0.02 0.24 0.12 0.34 0.43 0.11
O2' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.26 0.17 0.22 0.09 0.18 0.14 0.30 0.41 0.00 0.06 0.28 0.11 0.19 0.40 0.29 0.22
O3' 0.08 0.15 0.02 0.01 0.17 0.05 0.20 0.03 0.19 0.07 0.17 0.26 0.06 0.00 0.20 0.06 0.13 0.68 0.23 0.18
O4 0.04 0.02 0.12 0.18 0.01 0.10 0.03 0.20 0.04 0.03 0.01 0.02 0.28 0.20 0.00 0.05 0.24 0.86 0.84 0.40
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.05 0.01 0.15 0.04 0.19 0.01 0.07 0.24 0.11 0.06 0.05 0.00 0.08 0.39 0.13 0.09
O5' 0.13 0.08 0.28 0.18 0.22 0.03 0.34 0.03 0.32 0.14 0.11 0.12 0.19 0.13 0.24 0.08 0.00 0.05 0.02 0.01
OP1 0.30 0.42 0.47 0.56 0.78 0.15 0.94 0.09 0.81 0.47 0.57 0.34 0.40 0.68 0.86 0.39 0.05 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.52 0.43 0.13 0.79 0.12 0.87 0.28 0.74 0.53 0.65 0.43 0.29 0.23 0.84 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.09 0.32 0.23 0.36 0.06 0.51 0.02 0.44 0.19 0.19 0.11 0.22 0.18 0.40 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00