ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51147

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.010, 0.036, 0.063, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.036 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.019, 0.047, 0.076, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.018, 0.051, 0.083, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.051 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.014, 0.049, 0.085, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.049 std_dev=0.036
N7 A 0, 0.016, 0.069, 0.123, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.069 std_dev=0.053
C8 A 0, 0.022, 0.089, 0.157, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.089 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.036, 0.126, 0.217, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.126 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.064, 0.203, 0.341, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.203 std_dev=0.138
C4' A 0, 0.007, 0.213, 0.418, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.213 std_dev=0.205
C3' A 0, 0.057, 0.296, 0.535, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.296 std_dev=0.239
O2' A 0, 0.128, 0.382, 0.636, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.382 std_dev=0.254
C5' A 0, 0.017, 0.346, 0.675, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.346 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.251, 0.590, 0.928, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.590 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.177, 0.531, 0.886, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.531 std_dev=0.355
O3' A 0, 0.149, 0.541, 0.934, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.541 std_dev=0.393
O5' A 0, 0.117, 0.816, 1.514, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.816 std_dev=0.699
C3' B 0, 0.135, 1.280, 2.425, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.280 std_dev=1.145
OP1 A 0, 0.322, 1.539, 2.756, 3.607 max_d=3.607 avg_d=1.539 std_dev=1.217
C1' B 0, 0.116, 1.351, 2.586, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.351 std_dev=1.235
P A 0, 0.133, 1.488, 2.843, 3.972 max_d=3.972 avg_d=1.488 std_dev=1.355
N1 B 0, 0.075, 1.731, 3.387, 4.308 max_d=4.308 avg_d=1.731 std_dev=1.656
C4' B 0, 0.136, 1.976, 3.815, 4.629 max_d=4.629 avg_d=1.976 std_dev=1.839
O3' B 0, 0.094, 1.939, 3.783, 4.775 max_d=4.775 avg_d=1.939 std_dev=1.845
O4' B 0, 0.121, 1.987, 3.852, 4.421 max_d=4.421 avg_d=1.987 std_dev=1.865
C6 B 0, 0.137, 2.045, 3.952, 5.005 max_d=5.005 avg_d=2.045 std_dev=1.907
OP2 A 0, -0.101, 1.901, 3.904, 5.705 max_d=5.705 avg_d=1.901 std_dev=2.003
C2 B 0, -0.014, 2.139, 4.291, 5.450 max_d=5.450 avg_d=2.139 std_dev=2.152
C5 B 0, 0.143, 2.358, 4.573, 6.059 max_d=6.059 avg_d=2.358 std_dev=2.215
O2 B 0, -0.121, 2.319, 4.760, 5.779 max_d=5.779 avg_d=2.319 std_dev=2.440
C4 B 0, 0.095, 2.601, 5.108, 6.842 max_d=6.842 avg_d=2.601 std_dev=2.506
N3 B 0, 0.026, 2.602, 5.178, 6.685 max_d=6.685 avg_d=2.602 std_dev=2.576
O5' B 0, 0.052, 2.715, 5.378, 6.253 max_d=6.253 avg_d=2.715 std_dev=2.663
C5' B 0, 0.059, 2.924, 5.789, 6.914 max_d=6.914 avg_d=2.924 std_dev=2.865
O4 B 0, 0.145, 3.065, 5.985, 8.028 max_d=8.028 avg_d=3.065 std_dev=2.920
P B 0, 0.151, 3.701, 7.250, 8.159 max_d=8.159 avg_d=3.701 std_dev=3.549
OP2 B 0, 0.563, 4.334, 8.104, 8.855 max_d=8.855 avg_d=4.334 std_dev=3.770
OP1 B 0, 0.082, 4.339, 8.595, 10.206 max_d=10.206 avg_d=4.339 std_dev=4.257

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.36 0.02 0.21 0.21 0.15
C2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.01 0.55 0.01 0.45 0.74 0.49
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.07 0.13 0.11 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.21 0.05 0.16 0.22 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.14 0.04 0.13 0.20 0.08 0.09 0.06 0.21 0.10 0.02 0.01 0.01 0.17 0.17 0.26 0.24 0.10
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.02 0.58 0.01 0.50 0.73 0.54
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.05 0.05 0.03 0.15 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.12 0.09 0.23 0.19
C5 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.03 0.67 0.01 0.69 0.99 0.76
C5' 0.02 0.08 0.03 0.04 0.12 0.01 0.19 0.00 0.19 0.23 0.13 0.05 0.06 0.26 0.12 0.05 0.04 0.01 0.01 0.24 0.34 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.67 0.00 0.71 1.07 0.79
C8 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.22 0.04 0.69 0.02 0.70 0.87 0.75
N1 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.09 0.02 0.62 0.00 0.59 0.94 0.66
N2 0.02 0.01 0.13 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.17 0.02 0.50 0.01 0.37 0.67 0.41
N3 0.02 0.00 0.11 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.11 0.01 0.51 0.00 0.38 0.61 0.40
N7 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.15 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.24 0.04 0.73 0.02 0.81 1.10 0.89
N9 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.56 0.02 0.47 0.60 0.48
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.11 0.05 0.08 0.05 0.11 0.04 0.17 0.26 0.21 0.03 0.03 0.00 0.06 0.06 0.10 0.10 0.27 0.16 0.35
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.07 0.02 0.15 0.04 0.15 0.22 0.09 0.17 0.11 0.24 0.10 0.06 0.00 0.02 0.22 0.20 0.26 0.16 0.22
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.30 0.04 0.19 0.15 0.11
O5' 0.36 0.55 0.21 0.17 0.58 0.01 0.67 0.01 0.67 0.69 0.62 0.50 0.51 0.73 0.56 0.10 0.22 0.30 0.00 0.70 0.03 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.17 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.20 0.04 0.70 0.00 0.81 1.22 0.90
OP1 0.21 0.45 0.16 0.26 0.50 0.09 0.69 0.34 0.71 0.70 0.59 0.37 0.38 0.81 0.47 0.27 0.26 0.19 0.03 0.81 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.74 0.22 0.24 0.73 0.23 0.99 0.27 1.07 0.87 0.94 0.67 0.61 1.10 0.60 0.16 0.16 0.15 0.02 1.22 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.49 0.04 0.10 0.54 0.19 0.76 0.01 0.79 0.75 0.66 0.41 0.40 0.89 0.48 0.35 0.22 0.11 0.00 0.90 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.99 0.25 0.86 0.56 1.57 0.29 2.17 0.41 0.24 1.03 1.61 0.33 1.00 0.68 1.15 1.77 2.23 2.35 2.11
C2 0.66 0.94 0.22 0.21 0.82 0.24 0.65 0.39 0.60 0.75 0.95 1.06 0.19 0.66 0.85 0.50 0.29 0.50 0.44 0.36
C2' 0.37 0.68 0.13 0.58 0.47 1.38 0.58 1.86 0.66 0.30 0.74 1.25 0.31 0.53 0.55 1.31 1.53 2.16 2.06 1.88
C3' 0.41 0.65 0.13 0.56 0.49 1.42 0.68 2.00 0.76 0.32 0.74 1.23 0.32 0.48 0.58 1.38 1.68 2.46 2.32 2.12
C4 0.33 1.01 0.16 0.55 0.73 0.90 0.36 1.30 0.25 0.53 1.03 1.37 0.25 0.88 0.80 0.42 1.03 1.24 1.40 1.21
C4' 0.37 0.86 0.22 0.81 0.44 1.66 0.55 2.39 0.71 0.18 0.95 1.54 0.33 0.81 0.59 1.43 2.03 2.85 2.85 2.57
C5 0.40 1.02 0.16 0.47 0.78 0.73 0.43 1.13 0.32 0.58 1.05 1.33 0.22 0.84 0.86 0.31 0.91 1.11 1.27 1.10
C5' 0.36 0.87 0.22 0.84 0.46 1.69 0.56 2.47 0.71 0.19 0.98 1.54 0.32 0.86 0.63 1.42 2.13 3.01 3.03 2.74
C6 0.57 1.00 0.19 0.29 0.85 0.37 0.60 0.66 0.52 0.71 1.03 1.19 0.20 0.72 0.91 0.37 0.54 0.70 0.77 0.65
C8 0.17 1.01 0.17 0.71 0.66 1.22 0.24 1.81 0.23 0.38 1.07 1.50 0.27 0.97 0.78 0.73 1.50 1.89 2.05 1.82
N1 0.68 0.96 0.23 0.17 0.87 0.21 0.71 0.33 0.65 0.78 0.98 1.06 0.19 0.62 0.90 0.57 0.29 0.54 0.41 0.35
N2 0.82 0.85 0.29 0.13 0.83 0.40 0.79 0.33 0.78 0.84 0.85 0.84 0.17 0.48 0.84 0.88 0.34 0.61 0.24 0.36
N3 0.45 0.98 0.17 0.44 0.74 0.69 0.45 0.97 0.36 0.61 0.97 1.25 0.23 0.82 0.79 0.29 0.72 0.87 1.00 0.84
N7 0.29 1.02 0.15 0.58 0.74 0.95 0.32 1.46 0.22 0.49 1.07 1.42 0.24 0.91 0.84 0.47 1.21 1.50 1.67 1.47
N9 0.16 1.01 0.19 0.72 0.65 1.26 0.24 1.80 0.23 0.38 1.05 1.51 0.29 0.97 0.75 0.77 1.46 1.80 1.96 1.74
O2' 0.44 0.64 0.18 0.51 0.44 1.37 0.66 1.82 0.77 0.30 0.69 1.29 0.39 0.39 0.51 1.45 1.53 2.26 2.07 1.89
O3' 0.54 0.48 0.18 0.39 0.59 1.31 0.87 1.84 0.91 0.47 0.61 0.97 0.40 0.23 0.66 1.45 1.55 2.47 2.20 2.02
O4' 0.29 1.04 0.30 0.99 0.56 1.73 0.37 2.49 0.54 0.23 1.12 1.71 0.34 1.12 0.71 1.29 2.11 2.72 2.88 2.59
O5' 0.31 0.79 0.30 0.81 0.61 1.56 0.81 2.34 0.82 0.27 0.89 1.43 0.55 0.88 0.75 1.29 2.09 3.05 2.91 2.70
O6 0.61 1.00 0.21 0.24 0.89 0.29 0.66 0.54 0.58 0.74 1.04 1.16 0.20 0.67 0.95 0.44 0.47 0.66 0.67 0.57
OP1 0.52 0.88 0.14 0.78 1.12 1.64 1.40 2.51 1.28 0.68 1.08 1.39 0.38 0.69 1.28 1.49 2.38 3.67 3.29 3.14
OP2 0.30 0.75 0.18 0.80 0.83 1.55 1.13 2.43 1.04 0.42 0.87 1.35 0.56 0.84 0.98 1.28 2.31 3.50 3.25 3.05
P 0.54 0.80 0.18 0.96 0.99 1.76 1.32 2.64 1.25 0.64 0.97 1.33 0.32 0.96 1.12 1.52 2.49 3.68 3.40 3.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.32 0.78 0.21
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.02 0.15 0.47 1.06 0.28
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.08 0.10 0.01 0.02 0.08 0.00 0.08 0.21 0.53 0.16
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.02 0.08 0.06 0.12 0.10 0.02 0.01 0.13 0.01 0.08 0.19 0.39 0.16
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.00 0.03 0.18 0.60 1.18 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.03 0.12 0.28 0.10
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.02 0.18 0.58 1.19 0.34
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.23 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02 0.19 0.48 1.11 0.32
N1 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01 0.16 0.43 1.00 0.27
N3 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.02 0.17 0.55 1.14 0.31
O2 0.03 0.01 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.02 0.02 0.14 0.43 0.99 0.25
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.09 0.00 0.04 0.07 0.03 0.08 0.14 0.45 0.15
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.15 0.02 0.12 0.01 0.09 0.07 0.14 0.12 0.04 0.00 0.17 0.02 0.14 0.30 0.52 0.23
O4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.17 0.00 0.03 0.18 0.63 1.17 0.32
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.10 0.35 0.71 0.21
O5' 0.12 0.15 0.08 0.08 0.18 0.03 0.18 0.01 0.19 0.16 0.17 0.14 0.08 0.14 0.18 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.32 0.47 0.21 0.19 0.60 0.12 0.58 0.23 0.48 0.43 0.55 0.43 0.14 0.30 0.63 0.35 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.78 1.06 0.53 0.39 1.18 0.28 1.19 0.06 1.11 1.00 1.14 0.99 0.45 0.52 1.17 0.71 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.28 0.16 0.16 0.33 0.10 0.34 0.02 0.32 0.27 0.31 0.25 0.15 0.23 0.32 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00