ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51148

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.019, 0.060, 0.101, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.060 std_dev=0.041
C4 A 0, 0.002, 0.046, 0.090, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.046 std_dev=0.044
N7 A 0, 0.032, 0.081, 0.131, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.081 std_dev=0.049
N9 A 0, 0.015, 0.065, 0.115, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.065 std_dev=0.050
N1 A 0, 0.038, 0.094, 0.149, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.094 std_dev=0.056
N3 A 0, 0.038, 0.097, 0.155, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.097 std_dev=0.058
N2 A 0, 0.031, 0.090, 0.149, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.090 std_dev=0.059
C2 A 0, 0.037, 0.097, 0.158, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.097 std_dev=0.061
C8 A 0, 0.038, 0.101, 0.164, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.101 std_dev=0.063
C1' A 0, 0.037, 0.106, 0.176, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.106 std_dev=0.070
O6 A 0, 0.030, 0.133, 0.235, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.133 std_dev=0.103
O4' A 0, 0.025, 0.210, 0.394, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.210 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.068, 0.313, 0.558, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.313 std_dev=0.245
O2' A 0, 0.016, 0.291, 0.566, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.291 std_dev=0.275
O5' A 0, 0.215, 0.502, 0.789, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.502 std_dev=0.287
C4' A 0, 0.124, 0.460, 0.796, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.460 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.180, 0.521, 0.863, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.521 std_dev=0.341
C3' A 0, 0.147, 0.504, 0.861, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.504 std_dev=0.357
P A 0, 0.173, 0.577, 0.981, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.577 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.167, 0.646, 1.125, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.646 std_dev=0.479
OP2 A 0, 0.173, 0.656, 1.139, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.656 std_dev=0.483
C5' A 0, 0.141, 0.638, 1.134, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.638 std_dev=0.497
O3' A 0, 0.219, 0.735, 1.251, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.735 std_dev=0.516
OP1 A 0, 0.162, 0.937, 1.712, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.937 std_dev=0.775
C3' B 0, 0.126, 1.246, 2.366, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.246 std_dev=1.120
C1' B 0, 0.264, 1.485, 2.705, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.485 std_dev=1.221
N1 B 0, 0.346, 1.847, 3.348, 3.768 max_d=3.768 avg_d=1.847 std_dev=1.501
C6 B 0, 0.429, 1.934, 3.439, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.934 std_dev=1.505
O4' B 0, 0.365, 2.172, 3.979, 4.298 max_d=4.298 avg_d=2.172 std_dev=1.807
C4' B 0, 0.275, 2.123, 3.971, 4.554 max_d=4.554 avg_d=2.123 std_dev=1.848
O3' B 0, 0.140, 1.998, 3.855, 4.583 max_d=4.583 avg_d=1.998 std_dev=1.857
C5 B 0, 0.502, 2.386, 4.270, 4.205 max_d=4.205 avg_d=2.386 std_dev=1.884
O5' B 0, 0.427, 2.659, 4.890, 5.497 max_d=5.497 avg_d=2.659 std_dev=2.231
C2 B 0, 0.307, 2.616, 4.925, 5.799 max_d=5.799 avg_d=2.616 std_dev=2.309
C4 B 0, 0.617, 3.202, 5.786, 6.459 max_d=6.459 avg_d=3.202 std_dev=2.585
OP2 B 0, 0.786, 3.396, 6.006, 6.173 max_d=6.173 avg_d=3.396 std_dev=2.610
C5' B 0, 0.359, 2.999, 5.640, 6.522 max_d=6.522 avg_d=2.999 std_dev=2.640
O2 B 0, 0.146, 2.856, 5.567, 6.577 max_d=6.577 avg_d=2.856 std_dev=2.711
N3 B 0, 0.489, 3.339, 6.188, 7.166 max_d=7.166 avg_d=3.339 std_dev=2.849
P B 0, 0.579, 3.449, 6.319, 7.209 max_d=7.209 avg_d=3.449 std_dev=2.870
O4 B 0, 0.826, 3.938, 7.050, 7.916 max_d=7.916 avg_d=3.938 std_dev=3.112
OP1 B 0, 0.622, 4.375, 8.128, 9.182 max_d=9.182 avg_d=4.375 std_dev=3.753

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.22 0.21 0.06
C2 0.09 0.00 0.20 0.21 0.02 0.12 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.23 0.25 0.06 0.14 0.05 0.35 0.19 0.24
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.09 0.16 0.24 0.19 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.01 0.14 0.18 0.18 0.25 0.19 0.18 0.09 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.10 0.02 0.12
C4 0.04 0.02 0.09 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.13 0.03 0.36 0.21 0.23
C4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.09 0.18 0.09 0.15 0.12 0.18 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.08 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.06 0.22 0.01 0.47 0.23 0.35
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.17 0.23 0.12 0.13 0.11 0.27 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.23 0.10 0.10 0.01
C6 0.04 0.01 0.09 0.14 0.03 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.23 0.01 0.49 0.24 0.38
C8 0.06 0.02 0.09 0.18 0.01 0.18 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.20 0.10 0.20 0.04 0.47 0.21 0.30
N1 0.08 0.01 0.16 0.18 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.20 0.21 0.04 0.18 0.05 0.41 0.22 0.31
N2 0.10 0.01 0.24 0.25 0.01 0.15 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.29 0.31 0.07 0.13 0.07 0.32 0.19 0.22
N3 0.09 0.01 0.19 0.19 0.01 0.12 0.01 0.11 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.22 0.07 0.11 0.04 0.32 0.19 0.19
N7 0.05 0.02 0.07 0.18 0.01 0.18 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.20 0.11 0.28 0.04 0.55 0.24 0.41
N9 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.01 0.33 0.22 0.17
O2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.09 0.04 0.05 0.04 0.12 0.08 0.20 0.29 0.20 0.04 0.00 0.00 0.06 0.05 0.05 0.11 0.10 0.06 0.06
O3' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.12 0.01 0.14 0.03 0.16 0.20 0.21 0.31 0.22 0.20 0.08 0.06 0.00 0.01 0.23 0.18 0.20 0.17 0.14
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.10 0.04 0.07 0.07 0.11 0.02 0.05 0.01 0.00 0.15 0.07 0.25 0.24 0.05
O5' 0.04 0.14 0.10 0.18 0.13 0.01 0.22 0.01 0.23 0.20 0.18 0.13 0.11 0.28 0.09 0.05 0.23 0.15 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.05 0.08 0.15 0.03 0.12 0.01 0.23 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.11 0.18 0.07 0.30 0.00 0.58 0.31 0.47
OP1 0.22 0.35 0.08 0.10 0.36 0.10 0.47 0.10 0.49 0.47 0.41 0.32 0.32 0.55 0.33 0.10 0.20 0.25 0.02 0.58 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.19 0.11 0.02 0.21 0.08 0.23 0.10 0.24 0.21 0.22 0.19 0.19 0.24 0.22 0.06 0.17 0.24 0.02 0.31 0.02 0.00 0.02
P 0.06 0.24 0.09 0.12 0.23 0.02 0.35 0.01 0.38 0.30 0.31 0.22 0.19 0.41 0.17 0.06 0.14 0.05 0.01 0.47 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.69 2.12 0.44 0.93 1.90 1.30 1.10 1.90 0.75 1.19 2.38 2.64 0.39 1.46 2.17 0.50 1.41 2.26 1.38 1.71
C2 0.87 1.27 0.36 0.54 1.18 0.62 0.99 0.76 0.92 1.02 1.32 1.41 0.17 0.97 1.24 0.82 0.62 1.04 0.77 0.73
C2' 0.54 1.94 0.54 0.96 1.68 1.53 0.84 2.13 0.49 0.96 2.20 2.51 0.56 1.33 1.98 0.80 1.61 2.38 1.49 1.88
C3' 0.47 1.84 0.60 0.97 1.65 1.60 0.72 2.25 0.33 0.82 2.17 2.41 0.69 1.29 2.03 0.94 1.77 2.63 1.68 2.11
C4 0.80 1.73 0.39 0.67 1.55 0.86 1.04 1.19 0.84 1.12 1.87 2.08 0.29 1.17 1.71 0.55 0.86 1.49 0.80 1.04
C4' 0.50 2.07 0.54 1.01 1.89 1.56 0.90 2.31 0.47 0.99 2.43 2.64 0.57 1.43 2.28 0.76 1.83 2.87 1.87 2.26
C5 0.77 1.58 0.37 0.61 1.45 0.79 1.00 1.08 0.82 1.05 1.73 1.87 0.27 1.05 1.62 0.62 0.80 1.40 0.79 0.97
C5' 0.49 2.02 0.56 1.00 1.87 1.56 0.85 2.31 0.42 0.94 2.40 2.58 0.61 1.41 2.29 0.80 1.86 2.95 1.93 2.33
C6 0.76 1.29 0.35 0.55 1.23 0.69 0.95 0.88 0.84 0.95 1.40 1.48 0.23 0.91 1.34 0.75 0.70 1.18 0.84 0.83
C8 0.72 1.90 0.40 0.75 1.74 1.06 1.06 1.53 0.78 1.12 2.14 2.32 0.34 1.23 2.00 0.53 1.13 1.91 1.07 1.40
N1 0.80 1.14 0.35 0.52 1.11 0.65 0.95 0.80 0.89 0.94 1.21 1.24 0.20 0.85 1.17 0.86 0.68 1.07 0.91 0.79
N2 0.91 0.98 0.35 0.51 1.00 0.67 0.99 0.76 0.98 0.97 1.01 0.97 0.10 0.84 1.00 1.05 0.72 0.99 0.95 0.80
N3 0.88 1.63 0.39 0.64 1.44 0.74 1.04 1.00 0.89 1.14 1.70 1.92 0.26 1.16 1.54 0.60 0.71 1.26 0.70 0.86
N7 0.73 1.71 0.38 0.66 1.59 0.91 1.02 1.28 0.79 1.06 1.92 2.07 0.30 1.11 1.80 0.58 0.95 1.64 0.89 1.17
N9 0.75 1.95 0.42 0.78 1.75 1.07 1.08 1.54 0.80 1.16 2.16 2.39 0.35 1.29 1.98 0.49 1.12 1.87 1.06 1.37
O2' 0.48 2.12 0.49 1.00 1.86 1.62 0.92 2.37 0.51 1.02 2.42 2.71 0.49 1.41 2.16 0.78 1.80 2.63 1.74 2.12
O3' 0.38 1.69 0.66 0.97 1.57 1.70 0.59 2.39 0.14 0.62 2.08 2.25 0.78 1.22 2.01 1.16 1.92 2.76 1.83 2.29
O4' 0.64 2.18 0.45 0.97 1.99 1.38 1.09 2.07 0.70 1.17 2.50 2.71 0.42 1.51 2.32 0.52 1.60 2.60 1.65 1.99
O5' 0.48 1.94 0.44 0.94 1.81 1.49 0.86 2.17 0.47 0.92 2.31 2.48 0.45 1.35 2.21 0.79 1.73 2.70 1.73 2.13
O6 0.72 1.16 0.36 0.55 1.14 0.69 0.91 0.86 0.82 0.89 1.27 1.30 0.27 0.85 1.24 0.78 0.71 1.16 0.94 0.85
OP1 0.44 1.91 0.52 1.03 1.80 1.61 0.77 2.35 0.33 0.84 2.31 2.45 0.56 1.43 2.26 0.89 1.93 3.05 1.99 2.42
OP2 0.56 1.88 0.54 0.76 1.71 1.26 0.83 1.89 0.49 0.94 2.20 2.40 0.58 1.08 2.08 0.68 1.51 2.45 1.50 1.91
P 0.47 1.91 0.45 0.94 1.79 1.47 0.84 2.15 0.44 0.90 2.28 2.43 0.48 1.34 2.21 0.78 1.73 2.75 1.76 2.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.03 0.09 0.01 0.07 0.33 0.21 0.05
C2 0.06 0.00 0.09 0.12 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.01 0.12 0.12 0.06 0.06 0.12 0.53 0.55 0.09
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.18 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.10 0.15 0.06
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.08 0.06 0.11 0.19 0.02 0.01 0.10 0.01 0.16 0.09 0.05 0.08
C4 0.07 0.02 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.03 0.05 0.01 0.04 0.11 0.10 0.02 0.05 0.11 0.76 0.76 0.13
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.17 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.04 0.06 0.78 0.68 0.10
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.10 0.11 0.05 0.02 0.13 0.03 0.01 0.17 0.33 0.02
C6 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04 0.65 0.51 0.05
N1 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.01 0.07 0.50 0.43 0.03
N3 0.07 0.02 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.04 0.00 0.03 0.13 0.12 0.05 0.06 0.13 0.66 0.69 0.12
O2 0.07 0.01 0.18 0.19 0.04 0.09 0.01 0.11 0.03 0.03 0.03 0.00 0.17 0.21 0.08 0.07 0.16 0.45 0.52 0.12
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.11 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.13 0.17 0.00 0.05 0.14 0.05 0.09 0.07 0.07 0.06
O3' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.10 0.02 0.10 0.02 0.08 0.04 0.12 0.21 0.05 0.00 0.12 0.03 0.21 0.33 0.19 0.13
O4 0.09 0.06 0.07 0.10 0.02 0.07 0.01 0.13 0.04 0.07 0.05 0.08 0.14 0.12 0.00 0.07 0.13 0.81 0.83 0.18
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.00 0.15 0.31 0.12 0.10
O5' 0.07 0.12 0.09 0.16 0.11 0.02 0.06 0.01 0.04 0.07 0.13 0.16 0.09 0.21 0.13 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.33 0.53 0.10 0.09 0.76 0.06 0.78 0.17 0.65 0.50 0.66 0.45 0.07 0.33 0.81 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.55 0.15 0.05 0.76 0.17 0.68 0.33 0.51 0.43 0.69 0.52 0.07 0.19 0.83 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.06 0.08 0.13 0.02 0.10 0.02 0.05 0.03 0.12 0.12 0.06 0.13 0.18 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00