ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51149

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.005, 0.017, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.022
N3 A 0, -0.003, 0.020, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.023
N9 A 0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.004, 0.030, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.026
C4 A 0, -0.004, 0.022, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.026
N1 A 0, -0.003, 0.023, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.027
O6 A 0, -0.001, 0.027, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, -0.004, 0.040, 0.084, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.040 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.044, 0.114, 0.273, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.114 std_dev=0.158
C4' A 0, -0.063, 0.174, 0.411, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.174 std_dev=0.237
C2' A 0, -0.069, 0.193, 0.454, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.193 std_dev=0.262
C3' A 0, -0.098, 0.252, 0.601, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.252 std_dev=0.349
O2' A 0, -0.105, 0.280, 0.665, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.280 std_dev=0.385
C5' A 0, -0.101, 0.327, 0.756, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.327 std_dev=0.429
O2' B 0, -0.007, 0.425, 0.858, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.425 std_dev=0.432
O3' A 0, -0.133, 0.369, 0.871, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.369 std_dev=0.502
O5' A 0, -0.137, 0.411, 0.959, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.411 std_dev=0.548
OP2 A 0, -0.139, 0.466, 1.071, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.466 std_dev=0.605
C2' B 0, -0.088, 0.521, 1.131, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.521 std_dev=0.609
P A 0, -0.160, 0.460, 1.079, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.460 std_dev=0.620
O3' B 0, -0.127, 0.509, 1.145, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.509 std_dev=0.636
C3' B 0, -0.120, 0.542, 1.204, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.542 std_dev=0.662
C4' B 0, -0.115, 0.572, 1.258, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.572 std_dev=0.686
C1' B 0, -0.102, 0.593, 1.287, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.593 std_dev=0.694
O4' B 0, -0.116, 0.604, 1.323, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.604 std_dev=0.719
OP1 A 0, -0.202, 0.527, 1.255, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.527 std_dev=0.728
C5' B 0, -0.145, 0.642, 1.428, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.642 std_dev=0.787
N1 B 0, -0.130, 0.678, 1.486, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.678 std_dev=0.808
O2 B 0, -0.136, 0.727, 1.590, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.727 std_dev=0.863
C2 B 0, -0.145, 0.737, 1.618, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.737 std_dev=0.882
C6 B 0, -0.155, 0.750, 1.654, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.750 std_dev=0.904
O5' B 0, -0.178, 0.745, 1.668, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.745 std_dev=0.923
N3 B 0, -0.180, 0.836, 1.851, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.836 std_dev=1.016
C5 B 0, -0.189, 0.856, 1.901, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.856 std_dev=1.045
C4 B 0, -0.201, 0.895, 1.991, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.895 std_dev=1.096
P B 0, -0.261, 0.918, 2.098, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.918 std_dev=1.179
O4 B 0, -0.237, 0.993, 2.224, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.993 std_dev=1.230
OP1 B 0, -0.290, 0.972, 2.235, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.972 std_dev=1.262
OP2 B 0, -0.311, 1.028, 2.366, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.028 std_dev=1.338

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.11 0.09
C2 0.03 0.00 0.15 0.13 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.18 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.09 0.19 0.15 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.07 0.17 0.13 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.06
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.03
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02
C8 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.07
N1 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.04
N2 0.04 0.00 0.19 0.17 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.25 0.01 0.03 0.01 0.06 0.11 0.07
N3 0.03 0.01 0.15 0.13 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.02 0.03 0.01 0.06 0.11 0.07
N7 0.00 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.02 0.07 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.08
O2' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.11 0.21 0.16 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05
O3' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.11 0.11 0.25 0.17 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.13 0.11
O5' 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.03 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00
OP1 0.06 0.05 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.10 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.10 0.03 0.03 0.10 0.02 0.08 0.02 0.06 0.10 0.08 0.11 0.11 0.07 0.11 0.05 0.09 0.13 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.06 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.04 0.07 0.07 0.03 0.08 0.05 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.09 0.17 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.29 0.05 0.04 0.06 0.21 0.06 0.05
C2 0.32 0.27 0.21 0.17 0.29 0.28 0.31 0.29 0.31 0.30 0.26 0.23 0.13 0.05 0.28 0.35 0.28 0.45 0.31 0.30
C2' 0.05 0.06 0.02 0.09 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.22 0.06 0.07 0.04 0.23 0.10 0.09
C3' 0.05 0.06 0.03 0.12 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.25 0.05 0.07 0.03 0.20 0.08 0.08
C4 0.15 0.14 0.06 0.03 0.16 0.11 0.16 0.11 0.15 0.15 0.15 0.14 0.04 0.13 0.16 0.17 0.12 0.32 0.17 0.16
C4' 0.04 0.03 0.10 0.20 0.06 0.09 0.08 0.10 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.32 0.06 0.03 0.08 0.18 0.05 0.04
C5 0.17 0.20 0.09 0.03 0.23 0.10 0.22 0.11 0.20 0.19 0.22 0.20 0.05 0.12 0.24 0.18 0.12 0.30 0.18 0.15
C5' 0.04 0.03 0.10 0.20 0.05 0.09 0.07 0.10 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.32 0.06 0.03 0.08 0.18 0.05 0.04
C6 0.25 0.29 0.16 0.10 0.33 0.17 0.32 0.18 0.29 0.28 0.31 0.27 0.09 0.05 0.35 0.26 0.19 0.36 0.24 0.21
C8 0.07 0.10 0.04 0.12 0.11 0.05 0.09 0.06 0.07 0.08 0.11 0.12 0.04 0.25 0.12 0.07 0.05 0.19 0.07 0.05
N1 0.32 0.33 0.21 0.17 0.36 0.25 0.37 0.27 0.35 0.33 0.34 0.29 0.12 0.04 0.37 0.33 0.27 0.43 0.30 0.28
N2 0.44 0.34 0.29 0.28 0.35 0.39 0.40 0.40 0.42 0.40 0.31 0.28 0.18 0.16 0.32 0.46 0.39 0.54 0.39 0.40
N3 0.21 0.15 0.11 0.08 0.16 0.20 0.19 0.21 0.19 0.18 0.14 0.12 0.08 0.04 0.15 0.26 0.20 0.40 0.24 0.24
N7 0.12 0.17 0.05 0.06 0.19 0.05 0.16 0.05 0.14 0.14 0.19 0.18 0.03 0.19 0.20 0.12 0.06 0.23 0.12 0.09
N9 0.07 0.08 0.04 0.11 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.07 0.08 0.09 0.04 0.23 0.08 0.08 0.04 0.24 0.10 0.08
O2' 0.04 0.02 0.04 0.10 0.03 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.18 0.03 0.04 0.04 0.22 0.08 0.06
O3' 0.06 0.08 0.01 0.07 0.07 0.03 0.07 0.04 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.20 0.07 0.09 0.05 0.21 0.11 0.10
O4' 0.07 0.05 0.14 0.23 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.08 0.06 0.03 0.08 0.35 0.10 0.06 0.11 0.18 0.03 0.03
O5' 0.05 0.05 0.07 0.17 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.31 0.04 0.06 0.05 0.20 0.07 0.06
O6 0.27 0.33 0.18 0.11 0.39 0.18 0.37 0.19 0.33 0.31 0.37 0.31 0.10 0.03 0.42 0.26 0.20 0.36 0.25 0.21
OP1 0.04 0.06 0.07 0.20 0.04 0.08 0.04 0.11 0.04 0.04 0.06 0.10 0.03 0.33 0.04 0.04 0.10 0.12 0.03 0.03
OP2 0.13 0.18 0.05 0.09 0.17 0.05 0.14 0.04 0.13 0.15 0.19 0.21 0.09 0.23 0.18 0.13 0.05 0.21 0.11 0.09
P 0.08 0.11 0.03 0.13 0.09 0.04 0.07 0.05 0.06 0.09 0.11 0.15 0.06 0.27 0.09 0.09 0.04 0.20 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.04 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.23 0.11 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.29 0.21 0.18
C4 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.06 0.18 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.13 0.25 0.19
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.20 0.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07
O2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.02 0.04 0.17 0.03 0.02
O2' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.31 0.15 0.13
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.11 0.03 0.00 0.06 0.01 0.14 0.46 0.35 0.30
O4 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.10 0.21 0.16
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.11
O5' 0.02 0.01 0.03 0.08 0.05 0.02 0.08 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.07 0.14 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.08 0.09 0.23 0.29 0.06 0.13 0.13 0.03 0.08 0.04 0.03 0.17 0.31 0.46 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.11 0.21 0.18 0.04 0.25 0.00 0.20 0.08 0.09 0.03 0.15 0.35 0.21 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.08 0.18 0.13 0.03 0.19 0.01 0.15 0.06 0.07 0.02 0.13 0.30 0.16 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00