ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51151

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.012, 0.045, 0.079, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.013, 0.050, 0.087, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.050 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.012, 0.062, 0.112, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.062 std_dev=0.050
O2 B 0, 0.023, 0.079, 0.135, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.079 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.023, 0.079, 0.135, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.079 std_dev=0.056
C1' B 0, 0.023, 0.079, 0.135, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.079 std_dev=0.056
OP2 A 0, 0.025, 0.085, 0.145, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.085 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.024, 0.084, 0.144, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.084 std_dev=0.060
O4' B 0, 0.029, 0.100, 0.171, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.100 std_dev=0.071
C2 B 0, 0.031, 0.105, 0.180, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.105 std_dev=0.074
N1 B 0, 0.032, 0.109, 0.185, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.109 std_dev=0.077
P A 0, 0.025, 0.102, 0.180, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.102 std_dev=0.077
O2' B 0, 0.033, 0.112, 0.191, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.112 std_dev=0.079
C5' A 0, 0.030, 0.111, 0.192, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.111 std_dev=0.081
O3' B 0, 0.034, 0.116, 0.198, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.116 std_dev=0.082
C2' B 0, 0.034, 0.120, 0.205, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.120 std_dev=0.085
O5' A 0, 0.036, 0.125, 0.214, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.125 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.039, 0.135, 0.230, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.135 std_dev=0.095
C3' B 0, 0.039, 0.139, 0.239, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.139 std_dev=0.100
C6 B 0, 0.046, 0.156, 0.267, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.156 std_dev=0.111
N3 B 0, 0.045, 0.157, 0.268, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.157 std_dev=0.111
OP1 A 0, 0.048, 0.163, 0.279, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.163 std_dev=0.116
C4' B 0, 0.048, 0.171, 0.294, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.171 std_dev=0.123
C5 B 0, 0.057, 0.196, 0.335, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.196 std_dev=0.139
C4 B 0, 0.058, 0.199, 0.341, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.199 std_dev=0.142
O4 B 0, 0.071, 0.248, 0.425, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.248 std_dev=0.177
C5' B 0, 0.070, 0.269, 0.468, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.269 std_dev=0.199
O5' B 0, 0.071, 0.290, 0.508, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.290 std_dev=0.219
P B 0, 0.087, 0.335, 0.583, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.335 std_dev=0.248
OP2 B 0, 0.090, 0.340, 0.591, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.340 std_dev=0.250
OP1 B 0, 0.093, 0.353, 0.613, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.353 std_dev=0.260

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02
O5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03
OP1 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03
C2 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02
C2' 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.05 0.08 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06
C3' 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05
C4 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02
C4' 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02
C5 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03
C5' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01
C6 0.03 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02
C8 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04
N1 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01
N2 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03
N3 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01
N7 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04
N9 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03
O2' 0.07 0.04 0.07 0.08 0.03 0.09 0.04 0.09 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06
O3' 0.05 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05
O4' 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01
O5' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01
O6 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.02 0.07 0.02 0.06 0.05 0.07 0.02 0.05 0.02 0.10 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03
OP1 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.06 0.02
OP2 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01
P 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.08 0.03
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03
O5' 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.06 0.08 0.08 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00