ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51152

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.008, 0.035, 0.063, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.035 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.004, 0.037, 0.070, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.033
C8 A 0, -0.001, 0.033, 0.068, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.033 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.009, 0.044, 0.080, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.009, 0.052, 0.095, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.052 std_dev=0.043
C2 A 0, 0.007, 0.057, 0.107, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.057 std_dev=0.050
N3 A 0, 0.009, 0.063, 0.116, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.063 std_dev=0.053
C1' A 0, 0.003, 0.061, 0.118, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.061 std_dev=0.058
N2 A 0, 0.042, 0.158, 0.275, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.158 std_dev=0.116
C3' B 0, 0.089, 0.383, 0.677, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.383 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.065, 0.361, 0.657, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.361 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.155, 0.547, 0.939, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.547 std_dev=0.392
O2' B 0, 0.111, 0.511, 0.910, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.511 std_dev=0.399
O4' B 0, 0.143, 0.598, 1.053, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.598 std_dev=0.455
O3' B 0, 0.180, 0.656, 1.132, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.656 std_dev=0.476
C1' B 0, 0.236, 0.868, 1.500, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.868 std_dev=0.632
O5' B 0, 0.283, 0.966, 1.649, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.966 std_dev=0.683
C5' B 0, 0.365, 1.247, 2.130, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.247 std_dev=0.883
O4' A 0, 0.495, 1.693, 2.891, 2.596 max_d=2.596 avg_d=1.693 std_dev=1.198
N1 B 0, 0.476, 1.709, 2.943, 2.867 max_d=2.867 avg_d=1.709 std_dev=1.234
C2' A 0, 0.562, 1.918, 3.273, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.918 std_dev=1.356
P B 0, 0.581, 1.986, 3.391, 3.033 max_d=3.033 avg_d=1.986 std_dev=1.405
OP2 B 0, 0.605, 2.076, 3.546, 3.231 max_d=3.231 avg_d=2.076 std_dev=1.471
C6 B 0, 0.593, 2.074, 3.555, 3.361 max_d=3.361 avg_d=2.074 std_dev=1.481
O2' A 0, 0.659, 2.255, 3.850, 3.448 max_d=3.448 avg_d=2.255 std_dev=1.595
C4' A 0, 0.721, 2.466, 4.211, 3.790 max_d=3.790 avg_d=2.466 std_dev=1.745
OP1 B 0, 0.736, 2.513, 4.290, 3.774 max_d=3.774 avg_d=2.513 std_dev=1.777
C2 B 0, 0.784, 2.758, 4.731, 4.508 max_d=4.508 avg_d=2.758 std_dev=1.973
C3' A 0, 0.847, 2.894, 4.940, 4.384 max_d=4.384 avg_d=2.894 std_dev=2.046
C5 B 0, 0.864, 3.007, 5.150, 4.838 max_d=4.838 avg_d=3.007 std_dev=2.143
O2 B 0, 0.942, 3.286, 5.630, 5.311 max_d=5.311 avg_d=3.286 std_dev=2.344
N3 B 0, 1.011, 3.534, 6.058, 5.732 max_d=5.732 avg_d=3.534 std_dev=2.524
C4 B 0, 1.031, 3.599, 6.167, 5.818 max_d=5.818 avg_d=3.599 std_dev=2.568
O3' A 0, 1.230, 4.199, 7.169, 6.354 max_d=6.354 avg_d=4.199 std_dev=2.970
C5' A 0, 1.283, 4.382, 7.482, 6.658 max_d=6.658 avg_d=4.382 std_dev=3.100
O4 B 0, 1.296, 4.489, 7.683, 7.164 max_d=7.164 avg_d=4.489 std_dev=3.194
O5' A 0, 1.535, 5.240, 8.945, 7.870 max_d=7.870 avg_d=5.240 std_dev=3.705
P A 0, 2.138, 7.300, 12.462, 10.982 max_d=10.982 avg_d=7.300 std_dev=5.162
OP2 A 0, 2.310, 7.889, 13.468, 11.908 max_d=11.908 avg_d=7.889 std_dev=5.579
OP1 A 0, 2.422, 8.273, 14.123, 12.520 max_d=12.520 avg_d=8.273 std_dev=5.850

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.04 0.11 0.12 0.06
C2 0.08 0.00 0.14 0.34 0.02 0.48 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.33 0.30 0.37 1.01 0.02 1.12 1.24 1.21
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.11 0.18 0.13 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.18 0.04 0.05
C3' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.16 0.00 0.04 0.01 0.11 0.20 0.24 0.41 0.33 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.20 0.03 0.07
C4 0.04 0.02 0.06 0.16 0.00 0.22 0.01 0.32 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.19 0.35 0.02 0.35 0.31 0.37
C4' 0.00 0.48 0.01 0.00 0.22 0.00 0.06 0.01 0.16 0.28 0.34 0.60 0.48 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.13 0.02 0.03
C5 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.04 0.06 0.10 0.01 0.08 0.06 0.04
C5' 0.02 0.82 0.02 0.01 0.32 0.01 0.08 0.00 0.26 0.47 0.58 1.07 0.76 0.34 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.09 0.01 0.02
C6 0.05 0.01 0.07 0.11 0.02 0.16 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.14 0.10 0.13 0.29 0.01 0.30 0.27 0.33
C8 0.02 0.01 0.05 0.20 0.01 0.28 0.01 0.47 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.16 0.16 0.24 0.62 0.01 0.65 0.80 0.70
N1 0.07 0.00 0.11 0.24 0.02 0.34 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.25 0.22 0.26 0.71 0.02 0.79 0.87 0.86
N2 0.10 0.00 0.18 0.41 0.02 0.60 0.02 1.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.44 0.38 0.44 1.35 0.04 1.60 1.81 1.71
N3 0.08 0.01 0.13 0.33 0.01 0.48 0.02 0.76 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.31 0.29 0.39 0.91 0.02 0.94 0.98 1.01
N7 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.19 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.12 0.11 0.15 0.48 0.01 0.55 0.71 0.58
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.10 0.03 0.12 0.20 0.11
O2' 0.03 0.33 0.01 0.00 0.14 0.02 0.08 0.03 0.14 0.16 0.25 0.44 0.31 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.20 0.03 0.06
O3' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.16 0.22 0.38 0.29 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.27 0.10 0.11
O4' 0.00 0.37 0.01 0.01 0.19 0.01 0.06 0.01 0.13 0.24 0.26 0.44 0.39 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.07 0.11 0.05
O5' 0.06 1.01 0.03 0.02 0.35 0.02 0.10 0.00 0.29 0.62 0.71 1.35 0.91 0.48 0.10 0.03 0.03 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.07 0.07 0.02 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.12 0.06 0.08 0.17 0.00 0.14 0.06 0.15
OP1 0.11 1.12 0.18 0.20 0.35 0.13 0.08 0.09 0.30 0.65 0.79 1.60 0.94 0.55 0.12 0.20 0.27 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 1.24 0.04 0.03 0.31 0.02 0.06 0.01 0.27 0.80 0.87 1.81 0.98 0.71 0.20 0.03 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01
P 0.06 1.21 0.05 0.07 0.37 0.03 0.04 0.02 0.33 0.70 0.86 1.71 1.01 0.58 0.11 0.06 0.11 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.37 0.01 0.02 0.07 0.13 0.13 0.52 0.11 0.15 0.30 0.61 0.09 0.09 0.07 0.06 0.35 0.89 0.37 0.60
C2 0.25 0.48 0.02 0.05 0.39 0.20 0.28 0.43 0.23 0.32 0.49 0.58 0.10 0.05 0.42 0.09 0.22 0.55 0.12 0.32
C2' 0.18 0.06 0.22 0.22 0.34 0.48 0.51 0.89 0.48 0.23 0.12 0.23 0.28 0.05 0.36 0.37 0.66 1.25 0.64 0.94
C3' 0.46 0.56 0.49 0.50 0.26 0.18 0.11 0.26 0.16 0.39 0.47 0.76 0.43 0.67 0.23 0.24 0.04 0.70 0.08 0.33
C4 0.27 0.52 0.05 0.04 0.33 0.15 0.17 0.46 0.14 0.31 0.50 0.70 0.08 0.11 0.36 0.12 0.27 0.71 0.22 0.44
C4' 0.95 1.04 0.91 0.93 0.72 0.72 0.57 0.30 0.62 0.88 0.94 1.25 0.79 1.02 0.69 0.80 0.50 0.24 0.43 0.17
C5 0.29 0.59 0.02 0.02 0.45 0.16 0.27 0.46 0.21 0.36 0.61 0.77 0.10 0.09 0.50 0.13 0.26 0.69 0.21 0.43
C5' 1.68 1.73 1.67 1.72 1.45 1.47 1.32 1.06 1.38 1.60 1.64 1.89 1.51 1.78 1.42 1.51 1.28 0.51 1.19 0.92
C6 0.28 0.62 0.02 0.03 0.55 0.18 0.38 0.44 0.30 0.40 0.67 0.75 0.13 0.06 0.61 0.12 0.24 0.61 0.16 0.37
C8 0.27 0.56 0.05 0.05 0.33 0.13 0.13 0.48 0.10 0.31 0.54 0.78 0.09 0.12 0.36 0.13 0.31 0.82 0.31 0.54
N1 0.26 0.56 0.02 0.05 0.53 0.20 0.39 0.42 0.31 0.38 0.62 0.66 0.13 0.05 0.58 0.09 0.22 0.55 0.12 0.31
N2 0.21 0.39 0.05 0.10 0.36 0.25 0.29 0.42 0.24 0.28 0.41 0.43 0.11 0.05 0.38 0.05 0.21 0.47 0.08 0.25
N3 0.26 0.46 0.06 0.05 0.30 0.16 0.16 0.45 0.14 0.29 0.44 0.61 0.07 0.11 0.31 0.11 0.24 0.63 0.17 0.38
N7 0.29 0.62 0.03 0.02 0.44 0.14 0.23 0.47 0.18 0.36 0.63 0.82 0.10 0.10 0.49 0.14 0.29 0.76 0.27 0.49
N9 0.26 0.49 0.06 0.06 0.26 0.13 0.09 0.49 0.08 0.27 0.46 0.71 0.08 0.13 0.27 0.12 0.31 0.80 0.30 0.52
O2' 0.56 0.45 0.59 0.60 0.82 0.83 1.00 1.26 0.94 0.65 0.56 0.23 0.62 0.44 0.85 0.74 1.07 1.67 1.08 1.36
O3' 0.30 0.36 0.43 0.46 0.08 0.10 0.13 0.39 0.09 0.22 0.25 0.56 0.41 0.65 0.07 0.11 0.13 0.84 0.15 0.46
O4' 0.88 1.03 0.70 0.69 0.71 0.59 0.53 0.18 0.56 0.83 0.94 1.25 0.57 0.75 0.69 0.76 0.32 0.32 0.24 0.04
O5' 1.85 1.91 1.90 1.92 1.70 1.54 1.59 1.11 1.63 1.80 1.85 2.02 1.79 2.05 1.67 1.60 1.39 0.59 1.36 1.05
O6 0.29 0.67 0.05 0.05 0.65 0.19 0.46 0.42 0.36 0.44 0.75 0.78 0.15 0.07 0.72 0.13 0.23 0.60 0.16 0.35
OP1 2.52 2.53 2.74 2.79 2.42 2.29 2.38 1.97 2.42 2.50 2.50 2.55 2.56 2.70 2.39 2.25 2.39 1.50 2.44 2.05
OP2 2.43 2.52 2.61 2.50 2.47 1.94 2.41 1.55 2.41 2.47 2.52 2.52 2.61 2.55 2.47 2.05 1.94 1.11 2.05 1.65
P 2.50 2.53 2.64 2.65 2.40 2.15 2.33 1.73 2.36 2.48 2.50 2.57 2.53 2.71 2.38 2.20 2.08 1.20 2.08 1.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.17 0.03 0.00 0.11 0.02 0.18 0.07
C2 0.02 0.00 0.14 0.14 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.13 0.19 0.03 0.42 0.14
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.09 0.16 0.01 0.10 0.24 0.00 0.02 0.03 0.00 0.14 0.15 0.22 0.22
C3' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.21 0.01 0.18 0.02 0.13 0.11 0.19 0.11 0.02 0.00 0.24 0.02 0.07 0.02 0.13 0.09
C4 0.03 0.01 0.02 0.21 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.20 0.10 0.02 0.06 0.42 0.22 0.76 0.38
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.03 0.01 0.14 0.19 0.01 0.11 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03
C5 0.03 0.02 0.12 0.18 0.01 0.15 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.33 0.09 0.03 0.16 0.48 0.30 0.78 0.43
C5' 0.04 0.11 0.09 0.02 0.06 0.01 0.14 0.00 0.13 0.03 0.06 0.21 0.10 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.13 0.02 0.15 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.32 0.04 0.04 0.19 0.41 0.24 0.59 0.34
N1 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.04 0.03 0.01 0.23 0.06 0.39 0.17
N3 0.01 0.00 0.10 0.19 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.05 0.07 0.30 0.10 0.61 0.26
O2 0.05 0.01 0.24 0.11 0.02 0.14 0.03 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.21 0.12 0.06 0.26 0.08 0.13 0.30 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.20 0.19 0.33 0.10 0.32 0.11 0.07 0.21 0.00 0.04 0.20 0.11 0.08 0.05 0.27 0.16
O3' 0.17 0.05 0.02 0.00 0.10 0.01 0.09 0.14 0.04 0.04 0.03 0.12 0.04 0.00 0.13 0.11 0.02 0.18 0.06 0.03
O4 0.03 0.04 0.03 0.24 0.02 0.11 0.03 0.07 0.04 0.03 0.05 0.06 0.20 0.13 0.00 0.06 0.46 0.25 0.86 0.43
O4' 0.00 0.13 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.02 0.19 0.01 0.07 0.26 0.11 0.11 0.06 0.00 0.22 0.10 0.32 0.22
O5' 0.11 0.19 0.14 0.07 0.42 0.02 0.48 0.01 0.41 0.23 0.30 0.08 0.08 0.02 0.46 0.22 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.02 0.03 0.15 0.02 0.22 0.03 0.30 0.02 0.24 0.06 0.10 0.13 0.05 0.18 0.25 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.42 0.22 0.13 0.76 0.04 0.78 0.02 0.59 0.39 0.61 0.30 0.27 0.06 0.86 0.32 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.22 0.09 0.38 0.03 0.43 0.01 0.34 0.17 0.26 0.04 0.16 0.03 0.43 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00