ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51158

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 21, 28, 11, 3, 3, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.007, 0.030, 0.052, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.030 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O4' A 0, -0.001, 0.087, 0.175, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.087 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.019, 0.116, 0.214, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.116 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.089, 0.206, 0.323, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.206 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.013, 0.153, 0.294, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.153 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.028, 0.176, 0.325, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.176 std_dev=0.148
C4' B 0, 0.149, 0.298, 0.448, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.298 std_dev=0.149
O4' B 0, 0.167, 0.320, 0.472, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.320 std_dev=0.153
C3' B 0, 0.173, 0.336, 0.499, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.336 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.186, 0.356, 0.525, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.356 std_dev=0.169
O2' B 0, 0.204, 0.376, 0.547, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.376 std_dev=0.172
O3' B 0, 0.188, 0.363, 0.537, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.363 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.186, 0.361, 0.536, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.361 std_dev=0.175
C5' B 0, 0.150, 0.329, 0.508, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.329 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.243, 0.435, 0.626, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.435 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.304, 0.504, 0.705, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.504 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.073, 0.286, 0.499, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.286 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.225, 0.452, 0.680, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.452 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.328, 0.562, 0.797, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.562 std_dev=0.234
O2 B 0, 0.205, 0.441, 0.677, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.441 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.000, 0.252, 0.504, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.286, 0.551, 0.817, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.551 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.242, 0.508, 0.773, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.508 std_dev=0.266
O5' A 0, -0.024, 0.289, 0.603, 2.391 max_d=2.391 avg_d=0.289 std_dev=0.314
N4 B 0, 0.277, 0.597, 0.918, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.597 std_dev=0.320
O5' B 0, 0.169, 0.494, 0.820, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.494 std_dev=0.325
P B 0, 0.175, 0.552, 0.930, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.552 std_dev=0.378
OP2 A 0, 0.067, 0.461, 0.854, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.461 std_dev=0.394
OP2 B 0, 0.241, 0.647, 1.053, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.647 std_dev=0.406
OP1 B 0, 0.157, 0.608, 1.059, 3.392 max_d=3.392 avg_d=0.608 std_dev=0.451
P A 0, 0.016, 0.479, 0.941, 2.573 max_d=2.573 avg_d=0.479 std_dev=0.463
OP1 A 0, -0.076, 0.662, 1.400, 2.672 max_d=2.672 avg_d=0.662 std_dev=0.738

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.14 0.07
C2 0.04 0.00 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.15 0.03 0.21 0.01 0.27 0.19 0.16
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.08 0.11 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.05 0.23 0.09 0.08
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.10 0.08 0.12 0.14 0.11 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.15 0.10 0.29 0.09 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.21 0.01 0.23 0.18 0.16
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.26 0.01 0.27 0.23 0.22
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.12 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.12 0.12 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.27 0.01 0.31 0.26 0.24
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.26 0.02 0.22 0.19 0.21
N1 0.03 0.00 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.02 0.24 0.01 0.30 0.23 0.21
N2 0.05 0.01 0.11 0.14 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.18 0.04 0.19 0.01 0.27 0.18 0.15
N3 0.04 0.01 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.18 0.01 0.23 0.17 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.29 0.02 0.27 0.25 0.25
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.19 0.01 0.18 0.15 0.14
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.09 0.12 0.09 0.04 0.03 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.21 0.12 0.07
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.13 0.09 0.15 0.18 0.13 0.11 0.05 0.06 0.00 0.02 0.15 0.13 0.37 0.13 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.03 0.08 0.18 0.11
O5' 0.10 0.21 0.11 0.15 0.21 0.01 0.26 0.01 0.27 0.26 0.24 0.19 0.18 0.29 0.19 0.05 0.15 0.08 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.29 0.00 0.34 0.29 0.27
OP1 0.12 0.27 0.23 0.29 0.23 0.12 0.27 0.12 0.31 0.22 0.30 0.27 0.23 0.27 0.18 0.21 0.37 0.08 0.02 0.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.19 0.09 0.09 0.18 0.13 0.23 0.16 0.26 0.19 0.23 0.18 0.17 0.25 0.15 0.12 0.13 0.18 0.02 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.08 0.13 0.16 0.03 0.22 0.02 0.24 0.21 0.21 0.15 0.14 0.25 0.14 0.07 0.17 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.14 0.12 0.16 0.17 0.18 0.19 0.18 0.16 0.15 0.16 0.15 0.17 0.16 0.19 0.13 0.20 0.12 0.14
C2 0.12 0.14 0.11 0.10 0.18 0.11 0.20 0.16 0.18 0.14 0.16 0.19 0.14 0.17 0.13 0.13 0.21 0.23 0.22 0.23
C2' 0.13 0.13 0.10 0.11 0.13 0.14 0.15 0.16 0.15 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.16 0.16 0.11 0.20 0.12 0.12
C3' 0.14 0.13 0.10 0.12 0.13 0.14 0.15 0.17 0.15 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.17 0.16 0.15 0.21 0.16 0.15
C4 0.14 0.16 0.13 0.10 0.18 0.14 0.19 0.18 0.19 0.16 0.17 0.19 0.17 0.18 0.14 0.17 0.19 0.21 0.18 0.19
C4' 0.16 0.16 0.13 0.11 0.16 0.14 0.17 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.15 0.18 0.11 0.20 0.12 0.12
C5 0.14 0.17 0.12 0.10 0.19 0.13 0.20 0.19 0.19 0.16 0.18 0.20 0.18 0.18 0.14 0.16 0.21 0.24 0.21 0.22
C5' 0.16 0.17 0.13 0.11 0.17 0.14 0.17 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.19 0.16 0.16 0.17 0.13 0.20 0.14 0.14
C6 0.13 0.17 0.12 0.10 0.20 0.12 0.21 0.18 0.19 0.16 0.18 0.21 0.18 0.18 0.14 0.14 0.23 0.27 0.24 0.25
C8 0.16 0.18 0.14 0.11 0.19 0.15 0.19 0.19 0.19 0.17 0.18 0.19 0.19 0.18 0.15 0.18 0.18 0.22 0.17 0.18
N1 0.12 0.15 0.11 0.10 0.19 0.11 0.21 0.17 0.19 0.15 0.17 0.21 0.16 0.17 0.13 0.12 0.23 0.27 0.24 0.25
N2 0.11 0.13 0.11 0.10 0.17 0.11 0.20 0.15 0.18 0.13 0.14 0.19 0.13 0.16 0.13 0.11 0.22 0.24 0.23 0.24
N3 0.13 0.14 0.12 0.10 0.17 0.13 0.19 0.18 0.18 0.15 0.15 0.18 0.14 0.18 0.13 0.16 0.19 0.20 0.18 0.19
N7 0.15 0.18 0.13 0.10 0.20 0.14 0.20 0.19 0.19 0.17 0.19 0.21 0.20 0.18 0.14 0.17 0.20 0.24 0.20 0.21
N9 0.15 0.16 0.14 0.11 0.18 0.15 0.19 0.19 0.19 0.16 0.17 0.18 0.17 0.18 0.14 0.18 0.17 0.20 0.16 0.17
O2' 0.17 0.13 0.12 0.13 0.15 0.18 0.17 0.20 0.18 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.20 0.15 0.28 0.15 0.18
O3' 0.17 0.16 0.14 0.17 0.17 0.18 0.18 0.20 0.18 0.17 0.16 0.17 0.16 0.14 0.20 0.19 0.20 0.26 0.23 0.21
O4' 0.19 0.18 0.16 0.13 0.19 0.17 0.20 0.18 0.20 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.16 0.20 0.13 0.20 0.12 0.13
O5' 0.18 0.19 0.15 0.14 0.19 0.18 0.19 0.21 0.19 0.18 0.19 0.19 0.20 0.17 0.18 0.19 0.11 0.21 0.09 0.13
O6 0.13 0.17 0.12 0.10 0.20 0.12 0.21 0.18 0.19 0.16 0.19 0.22 0.19 0.18 0.14 0.13 0.25 0.30 0.26 0.27
OP1 0.15 0.19 0.15 0.25 0.17 0.24 0.15 0.32 0.15 0.15 0.19 0.17 0.23 0.16 0.36 0.16 0.26 0.46 0.31 0.33
OP2 0.19 0.24 0.17 0.12 0.22 0.12 0.20 0.15 0.19 0.20 0.25 0.23 0.28 0.20 0.18 0.16 0.20 0.23 0.20 0.19
P 0.20 0.25 0.16 0.11 0.24 0.13 0.21 0.16 0.20 0.21 0.26 0.24 0.28 0.19 0.19 0.17 0.10 0.22 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.14 0.11 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.19 0.18 0.14 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.11 0.19 0.13 0.11
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.09 0.05 0.07 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.13 0.22 0.14 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.22 0.19 0.18 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.11 0.11 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.11 0.03 0.22 0.19 0.18 0.19
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.13 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.13 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.03 0.21 0.18 0.15 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.18 0.16 0.12 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.21 0.19 0.17 0.17
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.12 0.03 0.23 0.20 0.19 0.19
O2 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.07 0.03 0.17 0.18 0.14 0.14
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.08 0.00 0.04 0.04 0.05 0.16 0.12 0.07
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.10 0.05 0.08 0.12 0.07 0.04 0.00 0.02 0.15 0.28 0.20 0.18
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.11 0.13 0.13 0.11
O5' 0.12 0.19 0.11 0.13 0.22 0.02 0.22 0.01 0.21 0.18 0.21 0.23 0.17 0.05 0.15 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.14 0.18 0.19 0.22 0.19 0.11 0.19 0.13 0.18 0.16 0.19 0.20 0.18 0.16 0.28 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.13 0.14 0.18 0.11 0.18 0.14 0.15 0.12 0.17 0.19 0.14 0.12 0.20 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.11 0.13 0.18 0.02 0.19 0.01 0.16 0.13 0.17 0.19 0.14 0.07 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00