ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51160

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 3, 0, 1, 0, 5, 8, 6, 4, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.023, 0.045, 0.066, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.045 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.023, 0.047, 0.070, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.047 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.031, 0.065, 0.099, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.065 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.014, 0.050, 0.087, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.050 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.163, 0.300, 0.438, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.300 std_dev=0.137
C2' A 0, 0.114, 0.253, 0.392, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.253 std_dev=0.139
O4' A 0, 0.078, 0.242, 0.405, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.242 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.168, 0.396, 0.624, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.396 std_dev=0.228
C3' A 0, 0.185, 0.414, 0.642, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.414 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.472, 0.776, 1.080, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.776 std_dev=0.304
O3' A 0, 0.288, 0.617, 0.946, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.617 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.657, 1.040, 1.422, 1.548 max_d=1.548 avg_d=1.040 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.299, 0.694, 1.089, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.694 std_dev=0.395
O5' A 0, 0.243, 0.815, 1.387, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.815 std_dev=0.572
P A 0, 0.355, 0.986, 1.617, 3.026 max_d=3.026 avg_d=0.986 std_dev=0.631
C3' B 0, 1.024, 1.728, 2.432, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.728 std_dev=0.704
OP1 A 0, 0.214, 0.995, 1.776, 3.898 max_d=3.898 avg_d=0.995 std_dev=0.781
OP2 A 0, 0.327, 1.173, 2.019, 3.898 max_d=3.898 avg_d=1.173 std_dev=0.846
O3' B 0, 1.737, 3.017, 4.297, 4.107 max_d=4.107 avg_d=3.017 std_dev=1.280
C1' B 0, 1.307, 2.737, 4.168, 4.426 max_d=4.426 avg_d=2.737 std_dev=1.431
N1 B 0, 1.877, 3.562, 5.246, 5.272 max_d=5.272 avg_d=3.562 std_dev=1.684
C6 B 0, 1.732, 3.471, 5.210, 5.501 max_d=5.501 avg_d=3.471 std_dev=1.739
C4' B 0, 1.209, 2.981, 4.753, 5.181 max_d=5.181 avg_d=2.981 std_dev=1.772
C5 B 0, 2.275, 4.269, 6.263, 6.359 max_d=6.359 avg_d=4.269 std_dev=1.994
O4' B 0, 1.210, 3.287, 5.365, 5.769 max_d=5.769 avg_d=3.287 std_dev=2.078
C2 B 0, 2.675, 4.970, 7.265, 6.785 max_d=6.785 avg_d=4.970 std_dev=2.295
O5' B 0, 1.546, 4.066, 6.587, 6.931 max_d=6.931 avg_d=4.066 std_dev=2.520
O2 B 0, 2.895, 5.443, 7.992, 7.460 max_d=7.460 avg_d=5.443 std_dev=2.548
C4 B 0, 3.003, 5.563, 8.123, 7.658 max_d=7.658 avg_d=5.563 std_dev=2.560
C5' B 0, 1.847, 4.504, 7.161, 7.431 max_d=7.431 avg_d=4.504 std_dev=2.657
N3 B 0, 3.251, 6.045, 8.838, 8.045 max_d=8.045 avg_d=6.045 std_dev=2.793
OP2 B 0, 1.934, 4.911, 7.889, 8.266 max_d=8.266 avg_d=4.911 std_dev=2.977
N4 B 0, 3.570, 6.653, 9.736, 9.104 max_d=9.104 avg_d=6.653 std_dev=3.083
P B 0, 1.914, 5.401, 8.887, 9.205 max_d=9.205 avg_d=5.401 std_dev=3.487
OP1 B 0, 2.824, 6.873, 10.921, 11.088 max_d=11.088 avg_d=6.873 std_dev=4.048

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.02 0.21 0.14 0.14
C2 0.05 0.00 0.13 0.16 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.04 0.37 0.03 0.39 0.45 0.40
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.10 0.15 0.13 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.05 0.25 0.15 0.14
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.13 0.12 0.14 0.18 0.15 0.11 0.07 0.02 0.01 0.01 0.19 0.13 0.34 0.13 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.39 0.01 0.40 0.42 0.39
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.07 0.08 0.06 0.12 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.12 0.15 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.51 0.02 0.53 0.57 0.54
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.12 0.01 0.19 0.00 0.20 0.20 0.16 0.10 0.09 0.23 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.24 0.21 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.53 0.01 0.57 0.64 0.59
C8 0.03 0.02 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.06 0.50 0.03 0.51 0.47 0.47
N1 0.04 0.01 0.10 0.14 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.18 0.03 0.46 0.02 0.49 0.57 0.51
N2 0.06 0.00 0.15 0.18 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.25 0.06 0.34 0.04 0.35 0.43 0.37
N3 0.05 0.01 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.18 0.05 0.32 0.02 0.33 0.36 0.33
N7 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.06 0.56 0.03 0.61 0.62 0.59
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.35 0.02 0.36 0.32 0.32
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.08 0.06 0.06 0.05 0.10 0.04 0.14 0.21 0.15 0.04 0.03 0.00 0.06 0.06 0.05 0.09 0.14 0.10 0.05
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.11 0.03 0.12 0.03 0.14 0.12 0.18 0.25 0.18 0.12 0.06 0.06 0.00 0.02 0.15 0.15 0.41 0.16 0.17
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.05 0.21 0.09 0.08
O5' 0.17 0.37 0.16 0.19 0.39 0.02 0.51 0.01 0.53 0.50 0.46 0.34 0.32 0.56 0.35 0.05 0.15 0.10 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.05 0.13 0.01 0.12 0.02 0.24 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.09 0.15 0.05 0.60 0.00 0.67 0.75 0.68
OP1 0.21 0.39 0.25 0.34 0.40 0.15 0.53 0.21 0.57 0.51 0.49 0.35 0.33 0.61 0.36 0.14 0.41 0.21 0.02 0.67 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.45 0.15 0.13 0.42 0.14 0.57 0.24 0.64 0.47 0.57 0.43 0.36 0.62 0.32 0.10 0.16 0.09 0.02 0.75 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.40 0.14 0.17 0.39 0.02 0.54 0.02 0.59 0.47 0.51 0.37 0.33 0.59 0.32 0.05 0.17 0.08 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 1.29 0.20 0.82 1.11 1.29 0.73 1.99 0.57 0.64 1.46 1.27 1.73 0.36 1.12 0.68 1.76 2.74 1.84 2.13
C2 0.36 0.70 0.18 0.47 0.56 0.45 0.36 0.63 0.30 0.45 0.72 0.60 0.89 0.17 0.87 0.23 0.53 0.82 0.49 0.57
C2' 0.33 0.91 0.22 1.00 0.82 1.66 0.75 2.41 0.75 0.44 1.08 0.97 1.36 0.35 1.11 1.17 2.13 3.05 2.19 2.53
C3' 0.45 0.85 0.26 1.04 0.85 1.76 0.86 2.56 0.89 0.48 1.07 1.02 1.29 0.34 1.10 1.34 2.32 3.35 2.45 2.81
C4 0.33 0.99 0.14 0.58 0.82 0.85 0.51 1.25 0.40 0.54 1.08 0.92 1.30 0.24 0.93 0.42 1.05 1.66 1.05 1.24
C4' 0.27 1.21 0.22 0.99 1.14 1.59 0.86 2.46 0.76 0.56 1.47 1.36 1.67 0.37 1.17 1.04 2.26 3.49 2.48 2.81
C5 0.33 0.91 0.14 0.52 0.76 0.72 0.46 1.07 0.36 0.51 0.99 0.85 1.17 0.20 0.89 0.37 0.89 1.44 0.88 1.05
C5' 0.29 1.21 0.20 0.97 1.17 1.57 0.90 2.43 0.79 0.58 1.49 1.42 1.65 0.33 1.15 1.05 2.26 3.53 2.53 2.85
C6 0.33 0.73 0.16 0.48 0.60 0.48 0.37 0.71 0.29 0.44 0.78 0.67 0.93 0.16 0.88 0.26 0.60 0.97 0.57 0.68
C8 0.32 1.12 0.14 0.66 0.98 1.04 0.63 1.59 0.49 0.59 1.28 1.13 1.48 0.27 0.98 0.57 1.38 2.21 1.45 1.69
N1 0.34 0.63 0.19 0.48 0.51 0.37 0.34 0.53 0.28 0.41 0.65 0.55 0.79 0.15 0.89 0.23 0.49 0.74 0.47 0.52
N2 0.39 0.54 0.22 0.50 0.44 0.33 0.35 0.43 0.33 0.41 0.53 0.45 0.65 0.16 0.89 0.31 0.44 0.55 0.43 0.44
N3 0.35 0.92 0.15 0.54 0.73 0.75 0.46 1.07 0.36 0.52 0.97 0.80 1.21 0.24 0.91 0.33 0.88 1.37 0.85 1.01
N7 0.32 1.00 0.13 0.57 0.87 0.85 0.53 1.29 0.41 0.54 1.13 0.99 1.30 0.22 0.92 0.46 1.10 1.78 1.13 1.34
N9 0.31 1.14 0.15 0.69 0.98 1.08 0.63 1.64 0.49 0.59 1.28 1.12 1.52 0.29 1.01 0.57 1.41 2.22 1.46 1.70
O2' 0.33 1.04 0.31 1.08 0.91 1.75 0.80 2.65 0.78 0.46 1.22 1.07 1.55 0.49 1.19 1.19 2.38 3.41 2.45 2.83
O3' 0.68 0.64 0.37 1.16 0.78 1.99 1.06 2.85 1.15 0.60 0.86 0.92 1.07 0.39 1.11 1.68 2.63 3.68 2.81 3.19
O4' 0.33 1.43 0.23 0.85 1.29 1.32 0.85 2.11 0.65 0.72 1.66 1.51 1.88 0.38 1.16 0.69 1.91 3.07 2.08 2.38
O5' 0.37 1.12 0.26 0.96 1.09 1.52 0.88 2.29 0.80 0.60 1.37 1.31 1.51 0.22 1.12 1.06 2.11 3.24 2.32 2.62
O6 0.32 0.66 0.18 0.49 0.55 0.40 0.34 0.60 0.27 0.41 0.71 0.61 0.83 0.14 0.90 0.24 0.54 0.87 0.53 0.60
OP1 0.46 1.13 0.33 1.00 1.15 1.61 0.99 2.44 0.92 0.65 1.40 1.39 1.51 0.24 1.10 1.19 2.30 3.54 2.60 2.90
OP2 0.48 1.01 0.32 0.90 1.02 1.44 0.88 2.11 0.84 0.63 1.23 1.20 1.33 0.21 1.02 1.09 1.95 2.95 2.15 2.42
P 0.38 1.11 0.26 0.94 1.11 1.50 0.89 2.25 0.80 0.60 1.37 1.33 1.49 0.19 1.10 1.05 2.08 3.23 2.32 2.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.16 0.07
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.11 0.03 0.13 0.10 0.18 0.11
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.14 0.01 0.03 0.01 0.05 0.10 0.12 0.06
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.11 0.06 0.09 0.09 0.14 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.09 0.06
C4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.03 0.19 0.16 0.22 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.12 0.10 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.13 0.04 0.21 0.17 0.21 0.18
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.13 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.14 0.04 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.11 0.02 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.13 0.05 0.18 0.13 0.17 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.12 0.09 0.16 0.09
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.02 0.16 0.13 0.20 0.14
N4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.12 0.04 0.20 0.20 0.25 0.20
O2 0.05 0.01 0.14 0.14 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.13 0.17 0.06 0.12 0.10 0.18 0.10
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.07 0.06 0.13 0.00 0.07 0.04 0.07 0.14 0.12 0.07
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.13 0.06 0.11 0.12 0.17 0.07 0.00 0.02 0.08 0.19 0.14 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.07 0.12 0.19 0.10
O5' 0.06 0.13 0.05 0.05 0.19 0.03 0.21 0.01 0.18 0.12 0.16 0.20 0.12 0.07 0.08 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.10 0.10 0.12 0.16 0.12 0.17 0.14 0.13 0.09 0.13 0.20 0.10 0.14 0.19 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.18 0.12 0.09 0.22 0.10 0.21 0.04 0.17 0.16 0.20 0.25 0.18 0.12 0.14 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.06 0.06 0.17 0.04 0.18 0.02 0.13 0.09 0.14 0.20 0.10 0.07 0.10 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00