ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51161

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 4, 0, 1, 0, 1, 4, 1, 4, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.023, 0.040, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.040 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.014, 0.036, 0.059, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.038, 0.147, 0.256, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.147 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.020, 0.134, 0.248, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.134 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.053, 0.199, 0.344, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.199 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.139, 0.305, 0.471, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.305 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.059, 0.241, 0.423, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.241 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.068, 0.259, 0.450, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.259 std_dev=0.191
C1' B 0, 0.168, 0.396, 0.625, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.396 std_dev=0.229
O4' B 0, 0.098, 0.336, 0.574, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.336 std_dev=0.238
P A 0, 0.168, 0.435, 0.702, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.435 std_dev=0.267
C5' A 0, 0.111, 0.381, 0.652, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.381 std_dev=0.271
O3' A 0, 0.104, 0.380, 0.655, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.380 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.197, 0.488, 0.780, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.488 std_dev=0.291
OP2 A 0, 0.221, 0.549, 0.877, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.549 std_dev=0.328
C4' B 0, 0.190, 0.523, 0.856, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.523 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.222, 0.573, 0.925, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.573 std_dev=0.352
OP1 A 0, 0.225, 0.585, 0.946, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.585 std_dev=0.360
O2 B 0, 0.361, 0.783, 1.205, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.783 std_dev=0.422
C5' B 0, 0.247, 0.670, 1.094, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.670 std_dev=0.424
C2 B 0, 0.322, 0.747, 1.172, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.747 std_dev=0.425
C6 B 0, 0.279, 0.756, 1.233, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.756 std_dev=0.477
C3' B 0, 0.219, 0.700, 1.180, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.700 std_dev=0.480
O2' B 0, 0.316, 0.802, 1.289, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.802 std_dev=0.487
O5' B 0, 0.305, 0.829, 1.353, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.829 std_dev=0.524
P B 0, 0.357, 0.962, 1.566, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.962 std_dev=0.605
N3 B 0, 0.396, 1.010, 1.625, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.010 std_dev=0.614
OP1 B 0, 0.389, 1.016, 1.644, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.016 std_dev=0.627
C5 B 0, 0.386, 1.073, 1.760, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.073 std_dev=0.687
OP2 B 0, 0.375, 1.100, 1.825, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.100 std_dev=0.725
C4 B 0, 0.421, 1.175, 1.929, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.175 std_dev=0.754
O3' B 0, 0.316, 1.075, 1.834, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.075 std_dev=0.759
N4 B 0, 0.557, 1.544, 2.530, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.544 std_dev=0.987

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.10 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.18 0.03 0.13 0.02 0.18 0.25 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.09 0.04 0.12 0.16 0.13 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.15 0.12 0.10
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.08 0.13 0.15 0.12 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.10 0.12 0.17 0.12 0.12
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.13 0.02 0.16 0.23 0.16
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.08 0.11 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.17 0.01 0.21 0.29 0.21
C5' 0.04 0.08 0.03 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.16 0.12 0.07 0.07 0.18 0.10 0.07 0.04 0.02 0.01 0.17 0.11 0.04 0.03
C6 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.03 0.18 0.01 0.24 0.32 0.23
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.16 0.02 0.18 0.23 0.18
N1 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.03 0.16 0.02 0.21 0.29 0.21
N2 0.04 0.00 0.16 0.15 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.04 0.13 0.02 0.17 0.24 0.16
N3 0.03 0.00 0.13 0.12 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.16 0.03 0.12 0.02 0.15 0.21 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.19 0.02 0.24 0.31 0.23
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.02 0.13 0.18 0.13
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.03 0.14 0.19 0.15 0.03 0.03 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.17 0.11 0.10
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.14 0.10 0.17 0.22 0.16 0.11 0.06 0.06 0.00 0.02 0.16 0.15 0.25 0.19 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.04 0.12 0.15 0.12
O5' 0.06 0.13 0.07 0.10 0.13 0.02 0.17 0.01 0.18 0.16 0.16 0.13 0.12 0.19 0.12 0.08 0.16 0.11 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.12 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.15 0.04 0.20 0.00 0.28 0.36 0.27
OP1 0.10 0.18 0.15 0.17 0.16 0.11 0.21 0.11 0.24 0.18 0.21 0.17 0.15 0.24 0.13 0.17 0.25 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.25 0.12 0.12 0.23 0.05 0.29 0.04 0.32 0.23 0.29 0.24 0.21 0.31 0.18 0.11 0.19 0.15 0.02 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.17 0.10 0.12 0.16 0.04 0.21 0.03 0.23 0.18 0.21 0.16 0.14 0.23 0.13 0.10 0.18 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.44 0.17 0.16 0.60 0.15 0.56 0.15 0.45 0.38 0.55 0.69 0.36 0.30 0.29 0.20 0.21 0.21 0.25 0.22
C2 0.22 0.30 0.14 0.15 0.30 0.14 0.26 0.16 0.24 0.26 0.32 0.32 0.33 0.20 0.28 0.17 0.13 0.17 0.13 0.13
C2' 0.20 0.46 0.15 0.16 0.65 0.16 0.58 0.16 0.46 0.39 0.59 0.74 0.38 0.34 0.32 0.18 0.20 0.24 0.23 0.22
C3' 0.22 0.49 0.18 0.18 0.68 0.17 0.61 0.16 0.47 0.40 0.63 0.79 0.42 0.35 0.34 0.19 0.21 0.23 0.24 0.22
C4 0.22 0.38 0.14 0.17 0.44 0.15 0.39 0.14 0.33 0.32 0.44 0.49 0.37 0.22 0.34 0.18 0.13 0.16 0.14 0.13
C4' 0.20 0.45 0.16 0.15 0.67 0.14 0.61 0.16 0.47 0.38 0.60 0.79 0.37 0.32 0.29 0.18 0.23 0.23 0.30 0.25
C5 0.21 0.37 0.13 0.19 0.41 0.16 0.35 0.17 0.29 0.29 0.42 0.45 0.39 0.20 0.39 0.17 0.12 0.18 0.12 0.12
C5' 0.22 0.47 0.16 0.14 0.69 0.13 0.62 0.16 0.48 0.40 0.62 0.81 0.40 0.31 0.29 0.20 0.24 0.24 0.32 0.27
C6 0.21 0.34 0.13 0.21 0.32 0.17 0.26 0.20 0.23 0.26 0.36 0.35 0.39 0.19 0.41 0.16 0.16 0.22 0.14 0.16
C8 0.21 0.42 0.15 0.19 0.53 0.16 0.47 0.15 0.38 0.34 0.51 0.60 0.40 0.26 0.39 0.18 0.14 0.17 0.17 0.15
N1 0.22 0.30 0.14 0.19 0.27 0.16 0.22 0.21 0.21 0.24 0.31 0.28 0.36 0.20 0.35 0.16 0.17 0.23 0.17 0.18
N2 0.22 0.26 0.17 0.14 0.23 0.13 0.21 0.17 0.21 0.23 0.26 0.24 0.29 0.23 0.20 0.18 0.14 0.17 0.16 0.15
N3 0.22 0.35 0.15 0.15 0.40 0.14 0.36 0.14 0.32 0.30 0.39 0.43 0.34 0.22 0.27 0.19 0.13 0.15 0.13 0.13
N7 0.21 0.40 0.14 0.20 0.46 0.16 0.40 0.16 0.32 0.31 0.46 0.52 0.40 0.22 0.42 0.17 0.12 0.17 0.13 0.13
N9 0.22 0.42 0.16 0.17 0.53 0.15 0.48 0.14 0.39 0.35 0.50 0.60 0.38 0.27 0.34 0.19 0.15 0.17 0.19 0.16
O2' 0.16 0.40 0.20 0.20 0.64 0.21 0.58 0.19 0.44 0.34 0.56 0.74 0.30 0.42 0.33 0.17 0.23 0.25 0.26 0.24
O3' 0.27 0.54 0.25 0.24 0.74 0.24 0.66 0.22 0.51 0.44 0.69 0.86 0.46 0.42 0.39 0.24 0.26 0.28 0.27 0.26
O4' 0.23 0.45 0.17 0.18 0.65 0.17 0.61 0.19 0.48 0.40 0.58 0.75 0.37 0.30 0.28 0.23 0.26 0.24 0.33 0.27
O5' 0.23 0.49 0.15 0.14 0.68 0.12 0.61 0.13 0.48 0.41 0.63 0.79 0.43 0.29 0.33 0.20 0.19 0.23 0.25 0.22
O6 0.21 0.33 0.14 0.24 0.30 0.18 0.23 0.23 0.21 0.25 0.35 0.32 0.40 0.20 0.44 0.16 0.20 0.27 0.18 0.20
OP1 0.23 0.49 0.18 0.17 0.70 0.13 0.61 0.12 0.47 0.40 0.64 0.82 0.43 0.33 0.37 0.19 0.18 0.23 0.22 0.20
OP2 0.29 0.52 0.17 0.17 0.68 0.15 0.61 0.18 0.50 0.44 0.64 0.78 0.47 0.26 0.37 0.27 0.22 0.28 0.28 0.27
P 0.25 0.51 0.14 0.14 0.69 0.11 0.62 0.14 0.49 0.42 0.64 0.81 0.44 0.27 0.33 0.23 0.21 0.25 0.28 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.25 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.10 0.02 0.15 0.19 0.40 0.24
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.07 0.10 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.17 0.08
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.02 0.14 0.08 0.10 0.14 0.09 0.02 0.01 0.02 0.07 0.11 0.10 0.08
C4 0.02 0.02 0.07 0.13 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.03 0.21 0.33 0.51 0.34
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.05 0.09 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02
C5 0.02 0.02 0.07 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.19 0.04 0.21 0.34 0.50 0.34
C5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.10 0.15 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.17 0.04 0.18 0.25 0.41 0.28
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.14 0.17 0.36 0.22
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.13 0.03 0.18 0.27 0.47 0.30
N4 0.03 0.02 0.07 0.14 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.19 0.04 0.23 0.39 0.55 0.37
O2 0.04 0.01 0.10 0.09 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.11 0.03 0.13 0.14 0.36 0.21
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.02 0.06 0.06 0.12 0.00 0.05 0.05 0.05 0.13 0.11 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.17 0.01 0.19 0.03 0.17 0.09 0.13 0.19 0.11 0.05 0.00 0.02 0.11 0.24 0.17 0.16
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.08 0.07 0.19 0.12
O5' 0.09 0.15 0.07 0.07 0.21 0.01 0.21 0.01 0.18 0.14 0.18 0.23 0.13 0.05 0.11 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.19 0.07 0.11 0.33 0.07 0.34 0.08 0.25 0.17 0.27 0.39 0.14 0.13 0.24 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.40 0.17 0.10 0.51 0.06 0.50 0.01 0.41 0.36 0.47 0.55 0.36 0.11 0.17 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.24 0.08 0.08 0.34 0.02 0.34 0.02 0.28 0.22 0.30 0.37 0.21 0.05 0.16 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00