ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51163

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 7, 3, 6, 3, 3, 1, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.023, 0.045, 0.066, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.045 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.025, 0.052, 0.079, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.052 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.003, 0.041, 0.078, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.041 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.001, 0.048, 0.095, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.048 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.032, 0.207, 0.381, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.207 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.038, 0.251, 0.463, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.251 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.222, 0.452, 0.683, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.452 std_dev=0.230
O2' A 0, 0.104, 0.364, 0.624, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.364 std_dev=0.260
C4' A 0, 0.059, 0.330, 0.601, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.330 std_dev=0.271
C3' A 0, 0.043, 0.365, 0.688, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.365 std_dev=0.323
O2' B 0, 0.230, 0.553, 0.877, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.553 std_dev=0.323
O3' A 0, 0.087, 0.529, 0.972, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.529 std_dev=0.443
C5' A 0, 0.079, 0.561, 1.042, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.561 std_dev=0.482
O5' A 0, 0.081, 0.604, 1.128, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.604 std_dev=0.523
C1' B 0, 0.192, 0.842, 1.491, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.842 std_dev=0.649
P A 0, 0.061, 0.809, 1.558, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.809 std_dev=0.749
OP1 A 0, 0.023, 0.866, 1.708, 3.813 max_d=3.813 avg_d=0.866 std_dev=0.842
C6 B 0, 0.254, 1.255, 2.256, 3.753 max_d=3.753 avg_d=1.255 std_dev=1.001
C3' B 0, -0.047, 0.963, 1.972, 3.441 max_d=3.441 avg_d=0.963 std_dev=1.009
N1 B 0, 0.197, 1.236, 2.274, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.236 std_dev=1.038
OP2 A 0, -0.056, 1.038, 2.132, 4.574 max_d=4.574 avg_d=1.038 std_dev=1.094
O4' B 0, 0.084, 1.257, 2.431, 3.805 max_d=3.805 avg_d=1.257 std_dev=1.173
C4' B 0, -0.115, 1.284, 2.682, 4.655 max_d=4.655 avg_d=1.284 std_dev=1.399
C5 B 0, 0.291, 1.785, 3.278, 5.240 max_d=5.240 avg_d=1.785 std_dev=1.493
O3' B 0, -0.207, 1.595, 3.396, 5.657 max_d=5.657 avg_d=1.595 std_dev=1.801
C2 B 0, -0.015, 1.829, 3.674, 5.163 max_d=5.163 avg_d=1.829 std_dev=1.845
O5' B 0, -0.384, 1.464, 3.311, 6.340 max_d=6.340 avg_d=1.464 std_dev=1.848
OP2 B 0, -0.015, 1.863, 3.742, 7.661 max_d=7.661 avg_d=1.863 std_dev=1.879
C5' B 0, -0.338, 1.716, 3.770, 6.603 max_d=6.603 avg_d=1.716 std_dev=2.054
O2 B 0, -0.201, 1.866, 3.933, 6.072 max_d=6.072 avg_d=1.866 std_dev=2.067
C4 B 0, 0.156, 2.413, 4.669, 6.463 max_d=6.463 avg_d=2.413 std_dev=2.256
P B 0, -0.540, 1.827, 4.194, 7.775 max_d=7.775 avg_d=1.827 std_dev=2.367
N3 B 0, -0.030, 2.433, 4.897, 6.736 max_d=6.736 avg_d=2.433 std_dev=2.464
N4 B 0, 0.141, 3.059, 5.976, 8.155 max_d=8.155 avg_d=3.059 std_dev=2.918
OP1 B 0, -0.999, 2.206, 5.411, 9.736 max_d=9.736 avg_d=2.206 std_dev=3.205

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.15 0.02 0.19 0.22 0.09
C2 0.04 0.00 0.18 0.18 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.23 0.04 0.25 0.02 0.19 0.49 0.24
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.02 0.10 0.09 0.14 0.22 0.18 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.09 0.20 0.15 0.07
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.11 0.15 0.14 0.22 0.17 0.14 0.05 0.02 0.01 0.01 0.11 0.12 0.15 0.18 0.09
C4 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.25 0.02 0.19 0.49 0.24
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.06 0.10 0.07 0.12 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.10 0.20 0.09 0.11
C5 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.04 0.29 0.01 0.27 0.63 0.33
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.13 0.10 0.08 0.21 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.20 0.10 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.04 0.30 0.01 0.29 0.68 0.36
C8 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.05 0.29 0.02 0.27 0.58 0.32
N1 0.03 0.01 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.18 0.04 0.27 0.01 0.23 0.60 0.30
N2 0.05 0.01 0.22 0.22 0.02 0.10 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.26 0.30 0.05 0.24 0.02 0.20 0.45 0.21
N3 0.04 0.01 0.18 0.17 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.21 0.04 0.23 0.02 0.18 0.42 0.19
N7 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.05 0.31 0.02 0.34 0.71 0.39
N9 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.24 0.02 0.17 0.42 0.21
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.10 0.06 0.09 0.06 0.13 0.07 0.18 0.26 0.19 0.06 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.12 0.40 0.13 0.20
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.10 0.03 0.10 0.04 0.13 0.17 0.18 0.30 0.21 0.16 0.05 0.03 0.00 0.02 0.14 0.14 0.27 0.27 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.14 0.05 0.22 0.16 0.11
O5' 0.15 0.25 0.10 0.11 0.25 0.02 0.29 0.01 0.30 0.29 0.27 0.24 0.23 0.31 0.24 0.06 0.14 0.14 0.00 0.31 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.12 0.02 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.14 0.05 0.31 0.00 0.36 0.76 0.41
OP1 0.19 0.19 0.20 0.15 0.19 0.20 0.27 0.10 0.29 0.27 0.23 0.20 0.18 0.34 0.17 0.40 0.27 0.22 0.02 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.49 0.15 0.18 0.49 0.09 0.63 0.11 0.68 0.58 0.60 0.45 0.42 0.71 0.42 0.13 0.27 0.16 0.02 0.76 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.24 0.07 0.09 0.24 0.11 0.33 0.02 0.36 0.32 0.30 0.21 0.19 0.39 0.21 0.20 0.17 0.11 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 1.10 0.22 0.61 0.98 0.42 0.61 0.58 0.45 0.64 1.23 1.09 1.39 0.24 1.14 0.24 0.56 0.94 0.52 0.61
C2 0.35 0.48 0.18 0.28 0.43 0.47 0.31 0.54 0.31 0.34 0.53 0.47 0.62 0.18 0.40 0.48 0.59 0.69 0.55 0.63
C2' 0.34 1.15 0.43 0.90 1.03 0.80 0.60 1.00 0.42 0.60 1.32 1.19 1.47 0.46 1.48 0.30 0.93 1.40 0.84 1.01
C3' 0.34 1.19 0.46 0.98 1.09 0.86 0.62 1.12 0.43 0.62 1.40 1.28 1.51 0.47 1.59 0.33 1.05 1.64 0.99 1.17
C4 0.36 0.80 0.18 0.38 0.70 0.39 0.46 0.49 0.37 0.49 0.87 0.78 1.01 0.17 0.69 0.32 0.52 0.73 0.47 0.56
C4' 0.43 1.23 0.34 0.85 1.12 0.64 0.68 0.87 0.50 0.69 1.41 1.29 1.53 0.33 1.48 0.32 0.85 1.41 0.84 0.95
C5 0.37 0.71 0.18 0.33 0.65 0.41 0.44 0.51 0.37 0.46 0.79 0.72 0.88 0.16 0.57 0.40 0.59 0.78 0.55 0.64
C5' 0.44 1.23 0.31 0.82 1.14 0.61 0.69 0.86 0.49 0.69 1.42 1.32 1.53 0.29 1.46 0.33 0.85 1.46 0.86 0.97
C6 0.39 0.53 0.18 0.28 0.50 0.47 0.38 0.57 0.36 0.39 0.59 0.55 0.65 0.16 0.41 0.51 0.69 0.84 0.66 0.75
C8 0.40 0.95 0.18 0.45 0.87 0.37 0.56 0.50 0.43 0.58 1.07 0.98 1.18 0.18 0.85 0.30 0.53 0.84 0.49 0.59
N1 0.39 0.42 0.19 0.27 0.39 0.51 0.32 0.60 0.34 0.34 0.47 0.43 0.52 0.17 0.37 0.56 0.70 0.82 0.67 0.76
N2 0.37 0.31 0.20 0.29 0.28 0.53 0.25 0.59 0.29 0.27 0.35 0.32 0.40 0.21 0.36 0.56 0.62 0.67 0.58 0.64
N3 0.33 0.71 0.18 0.36 0.61 0.40 0.39 0.48 0.32 0.43 0.77 0.67 0.92 0.18 0.62 0.32 0.50 0.66 0.44 0.53
N7 0.38 0.82 0.18 0.37 0.75 0.39 0.51 0.50 0.41 0.52 0.92 0.85 1.01 0.16 0.68 0.36 0.57 0.82 0.54 0.63
N9 0.39 0.97 0.19 0.47 0.86 0.37 0.55 0.50 0.42 0.58 1.07 0.96 1.22 0.19 0.89 0.26 0.51 0.82 0.46 0.56
O2' 0.38 1.22 0.51 1.05 1.10 0.89 0.66 1.11 0.48 0.65 1.41 1.26 1.56 0.54 1.71 0.38 1.05 1.54 0.97 1.13
O3' 0.36 1.24 0.60 1.20 1.18 1.12 0.66 1.44 0.48 0.62 1.50 1.41 1.57 0.62 1.86 0.50 1.36 2.06 1.29 1.52
O4' 0.48 1.17 0.20 0.62 1.06 0.40 0.67 0.57 0.50 0.70 1.32 1.20 1.45 0.24 1.19 0.36 0.55 0.99 0.54 0.61
O5' 0.48 1.22 0.30 0.73 1.12 0.57 0.70 0.81 0.52 0.72 1.39 1.29 1.50 0.24 1.29 0.35 0.79 1.36 0.80 0.91
O6 0.41 0.48 0.18 0.27 0.46 0.50 0.37 0.62 0.38 0.39 0.53 0.51 0.57 0.16 0.38 0.57 0.76 0.93 0.75 0.84
OP1 0.39 1.18 0.45 0.93 1.05 0.75 0.52 1.03 0.34 0.61 1.37 1.24 1.51 0.46 1.54 0.29 1.03 1.73 1.05 1.19
OP2 0.50 1.19 0.30 0.66 1.09 0.57 0.67 0.82 0.51 0.71 1.36 1.25 1.47 0.23 1.15 0.38 0.79 1.38 0.82 0.93
P 0.44 1.19 0.27 0.71 1.08 0.54 0.62 0.80 0.43 0.67 1.37 1.25 1.49 0.23 1.28 0.28 0.79 1.41 0.82 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.19 0.18 0.17 0.15
C2 0.02 0.00 0.12 0.09 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.05 0.36 0.32 0.41 0.32
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.04 0.22 0.01 0.02 0.01 0.15 0.20 0.16 0.12
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.17 0.04 0.08 0.06 0.18 0.02 0.01 0.02 0.17 0.26 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.50 0.48 0.65 0.50
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.14 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.05 0.53 0.49 0.66 0.51
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.17 0.10 0.12 0.17 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.17 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.17 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.18 0.06 0.47 0.40 0.49 0.41
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.35 0.30 0.35 0.30
N3 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.10 0.04 0.44 0.41 0.54 0.42
N4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.02 0.53 0.53 0.73 0.55
O2 0.03 0.01 0.22 0.18 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.24 0.08 0.29 0.26 0.33 0.25
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.12 0.07 0.23 0.00 0.03 0.04 0.06 0.12 0.18 0.07
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.17 0.03 0.18 0.04 0.10 0.07 0.24 0.03 0.00 0.02 0.17 0.28 0.39 0.23
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.08 0.04 0.02 0.00 0.17 0.17 0.20 0.17
O5' 0.19 0.36 0.15 0.17 0.50 0.02 0.53 0.01 0.47 0.35 0.44 0.53 0.29 0.06 0.17 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.32 0.20 0.26 0.48 0.13 0.49 0.17 0.40 0.30 0.41 0.53 0.26 0.12 0.28 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.41 0.16 0.20 0.65 0.14 0.66 0.18 0.49 0.35 0.54 0.73 0.33 0.18 0.39 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.32 0.12 0.16 0.50 0.03 0.51 0.02 0.41 0.30 0.42 0.55 0.25 0.07 0.23 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00