ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51164

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 1, 1, 1, 9, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.025, 0.047, 0.070, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.047 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.009, 0.034, 0.060, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.011, 0.041, 0.071, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.027, 0.057, 0.087, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.057 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.014, 0.054, 0.093, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.054 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.035, 0.090, 0.145, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.090 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.049, 0.157, 0.264, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.157 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.038, 0.162, 0.286, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.162 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.117, 0.281, 0.445, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.281 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.091, 0.262, 0.434, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.262 std_dev=0.172
C3' A 0, 0.113, 0.292, 0.470, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.292 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.299, 0.537, 0.775, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.537 std_dev=0.238
C2' B 0, 0.371, 0.627, 0.884, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.627 std_dev=0.257
O3' A 0, 0.208, 0.487, 0.766, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.487 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.154, 0.441, 0.729, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.441 std_dev=0.287
O5' A 0, 0.156, 0.458, 0.760, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.458 std_dev=0.302
P A 0, 0.214, 0.699, 1.183, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.699 std_dev=0.484
OP2 A 0, 0.207, 0.801, 1.394, 2.920 max_d=2.920 avg_d=0.801 std_dev=0.594
OP1 A 0, 0.228, 0.845, 1.463, 2.910 max_d=2.910 avg_d=0.845 std_dev=0.618
C1' B 0, 0.101, 0.839, 1.576, 2.790 max_d=2.790 avg_d=0.839 std_dev=0.737
N1 B 0, 0.139, 0.954, 1.769, 3.261 max_d=3.261 avg_d=0.954 std_dev=0.815
C3' B 0, -0.004, 0.989, 1.982, 3.606 max_d=3.606 avg_d=0.989 std_dev=0.993
C2 B 0, 0.141, 1.178, 2.214, 4.353 max_d=4.353 avg_d=1.178 std_dev=1.036
C6 B 0, -0.071, 1.080, 2.231, 4.204 max_d=4.204 avg_d=1.080 std_dev=1.151
C4 B 0, 0.133, 1.311, 2.489, 5.259 max_d=5.259 avg_d=1.311 std_dev=1.178
C5 B 0, 0.005, 1.195, 2.386, 4.580 max_d=4.580 avg_d=1.195 std_dev=1.190
O2 B 0, 0.028, 1.323, 2.617, 4.870 max_d=4.870 avg_d=1.323 std_dev=1.295
N3 B 0, 0.103, 1.398, 2.693, 5.579 max_d=5.579 avg_d=1.398 std_dev=1.295
O4' B 0, -0.371, 1.046, 2.463, 4.814 max_d=4.814 avg_d=1.046 std_dev=1.417
N4 B 0, 0.126, 1.545, 2.964, 6.419 max_d=6.419 avg_d=1.545 std_dev=1.419
O3' B 0, -0.238, 1.248, 2.734, 5.113 max_d=5.113 avg_d=1.248 std_dev=1.486
C4' B 0, -0.418, 1.086, 2.590, 4.953 max_d=4.953 avg_d=1.086 std_dev=1.504
O5' B 0, -0.808, 1.452, 3.713, 7.874 max_d=7.874 avg_d=1.452 std_dev=2.260
C5' B 0, -0.859, 1.462, 3.783, 7.514 max_d=7.514 avg_d=1.462 std_dev=2.321
OP2 B 0, -0.958, 1.785, 4.527, 10.264 max_d=10.264 avg_d=1.785 std_dev=2.742
P B 0, -1.255, 1.760, 4.774, 10.465 max_d=10.465 avg_d=1.760 std_dev=3.014
OP1 B 0, -1.455, 2.082, 5.619, 11.894 max_d=11.894 avg_d=2.082 std_dev=3.537

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.11 0.15 0.08
C2 0.05 0.00 0.15 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.21 0.05 0.19 0.02 0.19 0.40 0.24
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.03 0.08 0.06 0.12 0.19 0.15 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.08 0.13 0.19 0.12
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.11 0.11 0.14 0.19 0.15 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.19 0.11 0.17 0.19 0.17
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.20 0.02 0.20 0.37 0.25
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06 0.10 0.06 0.09 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.08 0.13 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.28 0.02 0.31 0.50 0.36
C5' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.11 0.09 0.08 0.17 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.17 0.10 0.11 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.15 0.04 0.29 0.01 0.34 0.56 0.39
C8 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.05 0.28 0.04 0.29 0.42 0.33
N1 0.03 0.01 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.19 0.04 0.25 0.01 0.27 0.50 0.33
N2 0.07 0.01 0.19 0.19 0.02 0.10 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.22 0.26 0.07 0.17 0.02 0.17 0.36 0.21
N3 0.04 0.01 0.15 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.15 0.18 0.05 0.16 0.02 0.15 0.32 0.19
N7 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.05 0.32 0.04 0.38 0.55 0.42
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.18 0.03 0.17 0.30 0.21
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.04 0.15 0.22 0.15 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.11 0.22 0.09 0.10
O3' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.04 0.15 0.13 0.19 0.26 0.18 0.12 0.06 0.05 0.00 0.01 0.21 0.15 0.25 0.19 0.20
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.00 0.10 0.05 0.16 0.09 0.09
O5' 0.08 0.19 0.12 0.19 0.20 0.02 0.28 0.01 0.29 0.28 0.25 0.17 0.16 0.32 0.18 0.07 0.21 0.10 0.00 0.33 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.11 0.02 0.08 0.02 0.17 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.11 0.15 0.05 0.33 0.00 0.42 0.64 0.47
OP1 0.11 0.19 0.13 0.17 0.20 0.13 0.31 0.10 0.34 0.29 0.27 0.17 0.15 0.38 0.17 0.22 0.25 0.16 0.02 0.42 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.40 0.19 0.19 0.37 0.05 0.50 0.11 0.56 0.42 0.50 0.36 0.32 0.55 0.30 0.09 0.19 0.09 0.02 0.64 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.24 0.12 0.17 0.25 0.03 0.36 0.02 0.39 0.33 0.33 0.21 0.19 0.42 0.21 0.10 0.20 0.09 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.60 0.22 0.74 0.45 1.38 0.52 1.88 0.63 0.32 0.71 0.54 1.02 0.27 0.70 1.17 1.63 2.04 1.56 1.86
C2 0.21 0.47 0.20 0.41 0.40 0.51 0.29 0.68 0.25 0.29 0.50 0.43 0.60 0.22 0.58 0.27 0.56 0.87 0.53 0.65
C2' 0.54 0.41 0.29 0.55 0.32 1.22 0.58 1.62 0.72 0.39 0.48 0.36 0.80 0.41 0.41 1.25 1.42 1.65 1.35 1.59
C3' 0.59 0.39 0.30 0.56 0.34 1.27 0.69 1.75 0.82 0.45 0.47 0.36 0.79 0.43 0.40 1.31 1.57 1.87 1.56 1.82
C4 0.24 0.57 0.20 0.60 0.46 0.98 0.35 1.32 0.37 0.28 0.65 0.52 0.84 0.23 0.68 0.71 1.12 1.52 1.06 1.28
C4' 0.57 0.50 0.26 0.74 0.38 1.47 0.72 2.08 0.87 0.42 0.62 0.46 0.96 0.33 0.62 1.38 1.91 2.37 1.94 2.24
C5 0.21 0.56 0.20 0.55 0.47 0.86 0.34 1.19 0.34 0.28 0.64 0.55 0.80 0.23 0.66 0.60 1.03 1.46 1.00 1.21
C5' 0.56 0.51 0.25 0.77 0.40 1.49 0.75 2.15 0.89 0.43 0.65 0.49 0.98 0.32 0.65 1.38 2.00 2.57 2.10 2.41
C6 0.19 0.52 0.20 0.45 0.45 0.61 0.31 0.86 0.26 0.29 0.58 0.51 0.68 0.23 0.61 0.36 0.74 1.13 0.72 0.87
C8 0.32 0.62 0.21 0.67 0.51 1.18 0.46 1.65 0.52 0.31 0.74 0.61 0.95 0.24 0.71 0.93 1.45 1.96 1.44 1.71
N1 0.21 0.47 0.20 0.39 0.42 0.44 0.30 0.61 0.26 0.30 0.51 0.46 0.58 0.22 0.57 0.22 0.52 0.85 0.51 0.61
N2 0.29 0.39 0.21 0.31 0.37 0.24 0.32 0.31 0.30 0.33 0.40 0.38 0.44 0.23 0.51 0.21 0.27 0.50 0.28 0.32
N3 0.21 0.53 0.20 0.55 0.41 0.85 0.30 1.09 0.30 0.27 0.57 0.46 0.76 0.23 0.65 0.57 0.91 1.23 0.84 1.02
N7 0.26 0.60 0.20 0.61 0.50 1.01 0.40 1.42 0.42 0.29 0.70 0.60 0.87 0.24 0.69 0.75 1.24 1.74 1.24 1.47
N9 0.33 0.61 0.21 0.68 0.48 1.20 0.44 1.64 0.51 0.30 0.71 0.57 0.95 0.25 0.71 0.95 1.42 1.87 1.37 1.64
O2' 0.65 0.33 0.32 0.57 0.31 1.27 0.69 1.65 0.85 0.48 0.40 0.31 0.75 0.43 0.41 1.39 1.47 1.61 1.39 1.61
O3' 0.70 0.32 0.37 0.49 0.39 1.20 0.82 1.65 0.95 0.57 0.35 0.36 0.65 0.51 0.36 1.37 1.50 1.71 1.51 1.73
O4' 0.46 0.65 0.24 0.84 0.49 1.50 0.61 2.13 0.74 0.35 0.79 0.60 1.10 0.25 0.80 1.26 1.92 2.46 1.92 2.25
O5' 0.48 0.56 0.25 0.73 0.39 1.41 0.61 2.02 0.75 0.34 0.70 0.50 1.01 0.32 0.65 1.25 1.86 2.45 1.94 2.24
O6 0.20 0.50 0.20 0.42 0.46 0.53 0.31 0.76 0.26 0.29 0.57 0.52 0.64 0.23 0.58 0.30 0.66 1.06 0.66 0.80
OP1 0.42 0.64 0.27 0.63 0.35 1.34 0.52 2.00 0.69 0.26 0.78 0.50 1.12 0.40 0.54 1.21 1.85 2.50 1.98 2.29
OP2 0.50 0.56 0.28 0.78 0.41 1.42 0.59 2.03 0.73 0.37 0.70 0.53 0.97 0.29 0.73 1.23 1.87 2.54 1.97 2.27
P 0.45 0.60 0.25 0.75 0.38 1.43 0.56 2.08 0.72 0.30 0.75 0.52 1.06 0.31 0.70 1.23 1.92 2.60 2.04 2.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.14 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.21 0.29 0.23 0.19
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.06 0.04 0.17 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.09 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.15 0.07 0.11 0.13 0.17 0.02 0.01 0.01 0.11 0.16 0.15 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.03 0.23 0.37 0.32 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.07 0.11 0.08 0.06 0.01 0.00 0.02 0.13 0.10 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.18 0.04 0.24 0.34 0.34 0.26
C5' 0.05 0.14 0.02 0.01 0.22 0.01 0.24 0.00 0.21 0.14 0.18 0.24 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.17 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.17 0.04 0.23 0.27 0.27 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.20 0.24 0.20 0.17
N3 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.13 0.03 0.22 0.34 0.28 0.23
N4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.11 0.02 0.24 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.16 0.04 0.24 0.42 0.36 0.29
O2 0.05 0.01 0.17 0.17 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.21 0.05 0.21 0.29 0.22 0.19
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.08 0.05 0.17 0.00 0.03 0.07 0.05 0.15 0.10 0.05
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.14 0.01 0.18 0.04 0.17 0.07 0.13 0.16 0.21 0.03 0.00 0.01 0.19 0.21 0.25 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00 0.19 0.20 0.16 0.16
O5' 0.16 0.21 0.08 0.11 0.23 0.02 0.24 0.01 0.23 0.20 0.22 0.24 0.21 0.05 0.19 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 0.29 0.15 0.16 0.37 0.13 0.34 0.17 0.27 0.24 0.34 0.42 0.29 0.15 0.21 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.23 0.09 0.15 0.32 0.10 0.34 0.14 0.27 0.20 0.28 0.36 0.22 0.10 0.25 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.19 0.06 0.08 0.25 0.02 0.26 0.02 0.21 0.17 0.23 0.29 0.19 0.05 0.17 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00