ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51165

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 2, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.016, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.013, 0.030, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.041 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.037, 0.062, 0.086, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.062 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.026, 0.050, 0.075, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.050 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.036 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.021, 0.050, 0.078, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.050 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.034, 0.066, 0.099, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.066 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.003, 0.035, 0.068, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.035 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.022, 0.064, 0.105, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.064 std_dev=0.042
C1' A 0, 0.004, 0.047, 0.089, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.047 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.108, 0.159, 0.210, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.159 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.093, 0.153, 0.212, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.153 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.107, 0.196, 0.285, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.196 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.193, 0.305, 0.417, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.305 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.143, 0.265, 0.387, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.265 std_dev=0.122
O2' A 0, 0.100, 0.281, 0.462, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.281 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.221, 0.448, 0.676, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.448 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.239, 0.495, 0.752, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.495 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.217, 0.630, 1.043, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.630 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.168, 0.676, 1.185, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.676 std_dev=0.509
P A 0, 0.467, 1.044, 1.620, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.044 std_dev=0.576
O5' A 0, 0.022, 0.652, 1.283, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.652 std_dev=0.631
OP2 A 0, 0.084, 0.748, 1.412, 3.186 max_d=3.186 avg_d=0.748 std_dev=0.664
OP1 A 0, 0.897, 1.638, 2.379, 3.075 max_d=3.075 avg_d=1.638 std_dev=0.741
N1 B 0, 0.099, 0.855, 1.610, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.855 std_dev=0.755
C3' B 0, -0.057, 0.764, 1.585, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.764 std_dev=0.821
O2 B 0, 0.172, 1.166, 2.161, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.166 std_dev=0.994
O4' B 0, 0.000, 1.019, 2.038, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.019 std_dev=1.019
C2 B 0, 0.076, 1.133, 2.189, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.133 std_dev=1.056
C6 B 0, -0.030, 1.127, 2.284, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.127 std_dev=1.157
C4' B 0, -0.133, 1.085, 2.303, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.085 std_dev=1.218
O3' B 0, -0.290, 1.116, 2.523, 3.519 max_d=3.519 avg_d=1.116 std_dev=1.406
C5 B 0, -0.118, 1.452, 3.022, 4.253 max_d=4.253 avg_d=1.452 std_dev=1.570
N3 B 0, -0.058, 1.574, 3.205, 4.490 max_d=4.490 avg_d=1.574 std_dev=1.632
C5' B 0, -0.240, 1.470, 3.181, 4.287 max_d=4.287 avg_d=1.470 std_dev=1.710
C4 B 0, -0.117, 1.676, 3.469, 4.893 max_d=4.893 avg_d=1.676 std_dev=1.793
O5' B 0, -0.208, 1.610, 3.428, 4.721 max_d=4.721 avg_d=1.610 std_dev=1.818
OP2 B 0, -0.217, 2.039, 4.296, 5.889 max_d=5.889 avg_d=2.039 std_dev=2.257
N4 B 0, -0.162, 2.169, 4.501, 6.304 max_d=6.304 avg_d=2.169 std_dev=2.331
P B 0, -0.443, 2.114, 4.670, 6.432 max_d=6.432 avg_d=2.114 std_dev=2.557
OP1 B 0, -0.575, 2.651, 5.877, 8.006 max_d=8.006 avg_d=2.651 std_dev=3.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.11 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.03 0.24 0.15 0.09
C2 0.09 0.00 0.16 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.13 0.07 0.37 0.03 0.51 0.30 0.28
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.15 0.18 0.14 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.10 0.48 0.12 0.19
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.08 0.13 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.30 0.07 0.60 0.15 0.28
C4 0.05 0.01 0.08 0.05 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.05 0.03 0.37 0.02 0.44 0.25 0.27
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.06 0.13 0.03 0.10 0.07 0.13 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.11 0.22 0.27 0.03
C5 0.03 0.01 0.08 0.06 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.06 0.02 0.44 0.01 0.49 0.37 0.38
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.21 0.22 0.14 0.06 0.05 0.26 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.27 0.20 0.38 0.02
C6 0.05 0.01 0.11 0.06 0.02 0.06 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.17 0.07 0.02 0.46 0.01 0.55 0.44 0.42
C8 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.06 0.43 0.04 0.39 0.28 0.33
N1 0.08 0.01 0.15 0.08 0.02 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.24 0.10 0.05 0.42 0.02 0.54 0.38 0.36
N2 0.11 0.01 0.18 0.13 0.02 0.10 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.31 0.18 0.09 0.35 0.03 0.52 0.28 0.26
N3 0.09 0.01 0.14 0.09 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.12 0.08 0.33 0.02 0.46 0.22 0.23
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.13 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.10 0.05 0.48 0.04 0.48 0.41 0.42
N9 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.33 0.02 0.35 0.18 0.22
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.13 0.04 0.11 0.04 0.17 0.03 0.24 0.31 0.23 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.05 0.15 0.34 0.16 0.07
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.11 0.10 0.18 0.12 0.10 0.05 0.06 0.00 0.01 0.25 0.09 0.70 0.19 0.32
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.05 0.11 0.26 0.14
O5' 0.16 0.37 0.22 0.30 0.37 0.02 0.44 0.01 0.46 0.43 0.42 0.35 0.33 0.48 0.33 0.05 0.25 0.10 0.00 0.50 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.10 0.07 0.02 0.11 0.01 0.27 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.15 0.09 0.05 0.50 0.00 0.60 0.53 0.50
OP1 0.24 0.51 0.48 0.60 0.44 0.22 0.49 0.20 0.55 0.39 0.54 0.52 0.46 0.48 0.35 0.34 0.70 0.11 0.01 0.60 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.30 0.12 0.15 0.25 0.27 0.37 0.38 0.44 0.28 0.38 0.28 0.22 0.41 0.18 0.16 0.19 0.26 0.02 0.53 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.28 0.19 0.28 0.27 0.03 0.38 0.02 0.42 0.33 0.36 0.26 0.23 0.42 0.22 0.07 0.32 0.14 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.34 0.17 0.36 0.24 0.64 0.12 0.73 0.20 0.12 0.40 0.30 0.57 0.21 0.43 0.54 0.40 0.66 0.38 0.45
C2 0.51 0.50 0.21 0.26 0.79 0.30 0.93 0.45 0.88 0.65 0.60 0.84 0.31 0.53 0.77 0.79 0.33 0.42 0.25 0.26
C2' 0.30 0.41 0.17 0.56 0.29 0.96 0.12 1.11 0.26 0.10 0.50 0.37 0.68 0.21 0.70 0.76 0.82 1.21 0.78 0.93
C3' 0.29 0.44 0.20 0.62 0.34 0.99 0.11 1.19 0.25 0.09 0.57 0.45 0.71 0.23 0.81 0.76 0.86 1.31 0.85 1.00
C4 0.34 0.20 0.20 0.12 0.35 0.43 0.51 0.56 0.53 0.34 0.22 0.35 0.28 0.42 0.31 0.64 0.19 0.28 0.18 0.19
C4' 0.26 0.47 0.29 0.64 0.43 0.87 0.15 1.01 0.17 0.13 0.62 0.55 0.69 0.36 0.89 0.62 0.71 1.11 0.70 0.80
C5 0.35 0.26 0.20 0.14 0.46 0.38 0.61 0.53 0.60 0.40 0.30 0.48 0.28 0.43 0.39 0.62 0.29 0.37 0.25 0.26
C5' 0.24 0.47 0.27 0.59 0.44 0.80 0.16 0.95 0.17 0.15 0.62 0.56 0.68 0.32 0.82 0.57 0.59 0.98 0.61 0.68
C6 0.42 0.42 0.21 0.21 0.71 0.30 0.85 0.46 0.79 0.55 0.52 0.77 0.28 0.49 0.61 0.67 0.43 0.58 0.34 0.39
C8 0.24 0.22 0.17 0.16 0.15 0.47 0.28 0.60 0.33 0.18 0.23 0.16 0.43 0.28 0.14 0.53 0.18 0.32 0.18 0.20
N1 0.49 0.54 0.21 0.27 0.87 0.25 1.00 0.42 0.92 0.66 0.67 0.95 0.34 0.52 0.78 0.73 0.46 0.63 0.35 0.40
N2 0.59 0.67 0.21 0.39 1.01 0.19 1.14 0.35 1.07 0.80 0.81 1.07 0.42 0.55 1.04 0.86 0.39 0.51 0.27 0.28
N3 0.43 0.30 0.20 0.16 0.49 0.42 0.64 0.53 0.65 0.46 0.34 0.51 0.22 0.49 0.49 0.73 0.19 0.25 0.18 0.19
N7 0.29 0.20 0.19 0.12 0.30 0.42 0.46 0.56 0.48 0.29 0.20 0.31 0.34 0.35 0.22 0.57 0.24 0.33 0.22 0.24
N9 0.25 0.21 0.17 0.17 0.13 0.50 0.26 0.62 0.33 0.18 0.22 0.14 0.42 0.29 0.13 0.55 0.19 0.37 0.20 0.23
O2' 0.34 0.50 0.35 0.86 0.42 1.14 0.11 1.26 0.21 0.08 0.65 0.54 0.77 0.45 1.17 0.80 1.14 1.57 1.07 1.24
O3' 0.37 0.46 0.30 0.83 0.39 1.21 0.13 1.46 0.31 0.12 0.63 0.53 0.74 0.32 1.10 0.89 1.21 1.80 1.23 1.40
O4' 0.20 0.45 0.22 0.44 0.40 0.63 0.17 0.72 0.15 0.17 0.55 0.48 0.65 0.28 0.61 0.46 0.40 0.68 0.38 0.44
O5' 0.19 0.54 0.23 0.55 0.48 0.78 0.18 0.95 0.15 0.17 0.68 0.60 0.77 0.28 0.77 0.54 0.53 0.90 0.51 0.60
O6 0.42 0.46 0.21 0.22 0.80 0.27 0.93 0.45 0.84 0.58 0.58 0.88 0.31 0.49 0.64 0.66 0.50 0.72 0.41 0.48
OP1 0.31 0.48 0.38 0.84 0.43 1.06 0.15 1.31 0.26 0.14 0.65 0.58 0.73 0.39 1.13 0.73 0.86 1.37 0.89 1.00
OP2 0.13 0.53 0.18 0.26 0.40 0.56 0.11 0.77 0.13 0.18 0.62 0.48 0.78 0.26 0.36 0.43 0.29 0.62 0.31 0.39
P 0.19 0.60 0.23 0.47 0.52 0.69 0.21 0.88 0.15 0.24 0.73 0.64 0.83 0.27 0.68 0.46 0.39 0.79 0.40 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.37 0.41 0.20 0.29
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.02 0.73 0.75 0.71 0.71
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.08 0.09 0.01 0.02 0.01 0.35 0.49 0.31 0.34
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.09 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.35 0.56 0.24 0.36
C4 0.03 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.04 1.01 1.04 1.05 1.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.24 0.25 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.11 0.06 1.02 1.02 0.95 1.03
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.10 0.06 0.09 0.13 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.31 0.44 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.06 0.89 0.83 0.66 0.81
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.70 0.68 0.54 0.62
N3 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.11 0.03 0.89 0.92 0.94 0.91
N4 0.03 0.03 0.08 0.11 0.01 0.06 0.02 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.14 0.05 1.07 1.14 1.19 1.15
O2 0.05 0.01 0.09 0.09 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.10 0.11 0.05 0.58 0.62 0.61 0.56
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.06 0.10 0.00 0.03 0.04 0.05 0.24 0.14 0.08
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.12 0.03 0.11 0.04 0.09 0.05 0.11 0.14 0.11 0.03 0.00 0.03 0.13 0.47 0.18 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.00 0.19 0.25 0.18 0.10
O5' 0.37 0.73 0.35 0.35 1.01 0.01 1.02 0.01 0.89 0.70 0.89 1.07 0.58 0.05 0.13 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.75 0.49 0.56 1.04 0.24 1.02 0.31 0.83 0.68 0.92 1.14 0.62 0.24 0.47 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.71 0.31 0.24 1.05 0.25 0.95 0.44 0.66 0.54 0.94 1.19 0.61 0.14 0.18 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.71 0.34 0.36 1.04 0.03 1.03 0.02 0.81 0.62 0.91 1.15 0.56 0.08 0.22 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00