ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51168

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 7, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.022, 0.039, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.014, 0.037, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.017, 0.041, 0.066, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.041 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.011, 0.038, 0.064, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.038 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.020, 0.047, 0.074, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.047 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.043 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.010, 0.040, 0.070, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.031, 0.065, 0.099, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.065 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.025, 0.062, 0.099, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.027, 0.095, 0.164, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.095 std_dev=0.068
O3' B 0, 0.307, 0.525, 0.744, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.525 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.212, 0.482, 0.751, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.482 std_dev=0.270
C3' B 0, 0.556, 1.085, 1.614, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.085 std_dev=0.529
C2' B 0, 0.612, 1.176, 1.740, 1.814 max_d=1.814 avg_d=1.176 std_dev=0.564
C2' A 0, 0.497, 1.116, 1.734, 1.721 max_d=1.721 avg_d=1.116 std_dev=0.619
O2' A 0, 0.497, 1.123, 1.749, 1.722 max_d=1.722 avg_d=1.123 std_dev=0.626
O4' A 0, 0.543, 1.210, 1.877, 1.785 max_d=1.785 avg_d=1.210 std_dev=0.667
C4' B 0, 0.942, 1.886, 2.830, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.886 std_dev=0.944
C1' B 0, 0.974, 1.965, 2.957, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.965 std_dev=0.992
C4' A 0, 0.816, 1.819, 2.821, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.819 std_dev=1.002
C3' A 0, 0.846, 1.875, 2.903, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.875 std_dev=1.029
O5' A 0, 1.022, 2.205, 3.387, 3.212 max_d=3.212 avg_d=2.205 std_dev=1.183
O2 B 0, 1.395, 2.625, 3.855, 3.981 max_d=3.981 avg_d=2.625 std_dev=1.230
O4' B 0, 1.195, 2.443, 3.690, 3.483 max_d=3.483 avg_d=2.443 std_dev=1.247
C5' B 0, 1.237, 2.523, 3.809, 3.576 max_d=3.576 avg_d=2.523 std_dev=1.286
O5' B 0, 1.323, 2.710, 4.097, 3.868 max_d=3.868 avg_d=2.710 std_dev=1.387
O3' A 0, 1.178, 2.609, 4.039, 4.141 max_d=4.141 avg_d=2.609 std_dev=1.430
N1 B 0, 1.389, 2.908, 4.426, 4.245 max_d=4.245 avg_d=2.908 std_dev=1.518
OP1 B 0, 1.543, 3.065, 4.587, 4.362 max_d=4.362 avg_d=3.065 std_dev=1.522
C2 B 0, 1.554, 3.207, 4.861, 4.850 max_d=4.850 avg_d=3.207 std_dev=1.654
C5' A 0, 1.388, 3.092, 4.797, 4.454 max_d=4.454 avg_d=3.092 std_dev=1.705
P B 0, 1.654, 3.397, 5.140, 4.868 max_d=4.868 avg_d=3.397 std_dev=1.743
P A 0, 1.526, 3.292, 5.058, 4.577 max_d=4.577 avg_d=3.292 std_dev=1.766
C6 B 0, 1.815, 3.708, 5.601, 5.200 max_d=5.200 avg_d=3.708 std_dev=1.893
OP2 B 0, 1.784, 3.760, 5.736, 5.363 max_d=5.363 avg_d=3.760 std_dev=1.976
OP2 A 0, 1.748, 3.732, 5.716, 5.291 max_d=5.291 avg_d=3.732 std_dev=1.984
OP1 A 0, 1.912, 4.005, 6.099, 5.484 max_d=5.484 avg_d=4.005 std_dev=2.094
N3 B 0, 1.994, 4.259, 6.524, 6.465 max_d=6.465 avg_d=4.259 std_dev=2.265
C5 B 0, 2.260, 4.678, 7.095, 6.671 max_d=6.671 avg_d=4.678 std_dev=2.418
C4 B 0, 2.280, 4.927, 7.573, 7.338 max_d=7.338 avg_d=4.927 std_dev=2.647
N4 B 0, 2.756, 5.990, 9.223, 8.979 max_d=8.979 avg_d=5.990 std_dev=3.234

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.39 0.25 0.15
C2 0.06 0.00 0.38 0.38 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.49 0.28 0.29 0.01 0.18 0.75 0.38
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.21 0.02 0.11 0.02 0.19 0.18 0.30 0.45 0.38 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.15 0.36 0.38 0.11
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.22 0.00 0.17 0.02 0.25 0.14 0.34 0.43 0.34 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.38 0.23 0.25 0.43 0.22
C4 0.02 0.01 0.21 0.22 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.25 0.14 0.24 0.02 0.17 0.69 0.33
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.13 0.09 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.46 0.10 0.21
C5 0.01 0.01 0.11 0.17 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.20 0.06 0.26 0.02 0.23 0.87 0.46
C5' 0.03 0.20 0.02 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.23 0.19 0.22 0.23 0.17 0.23 0.11 0.04 0.04 0.02 0.01 0.26 0.08 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.25 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.32 0.12 0.29 0.00 0.27 0.95 0.53
C8 0.04 0.01 0.18 0.14 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.17 0.19 0.03 0.18 0.70 0.33
N1 0.04 0.00 0.30 0.34 0.02 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.44 0.21 0.30 0.01 0.21 0.89 0.48
N2 0.08 0.00 0.45 0.43 0.01 0.13 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.38 0.59 0.34 0.30 0.03 0.20 0.72 0.36
N3 0.05 0.01 0.38 0.34 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.29 0.42 0.27 0.26 0.01 0.20 0.63 0.29
N7 0.04 0.01 0.09 0.08 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.09 0.10 0.23 0.03 0.28 0.89 0.47
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.02 0.18 0.55 0.23
O2' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.15 0.04 0.08 0.04 0.14 0.13 0.23 0.38 0.29 0.08 0.02 0.00 0.05 0.04 0.12 0.11 0.65 0.14 0.26
O3' 0.02 0.49 0.02 0.00 0.25 0.03 0.20 0.04 0.32 0.17 0.44 0.59 0.42 0.09 0.05 0.05 0.00 0.03 0.38 0.30 0.37 0.38 0.25
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.12 0.17 0.21 0.34 0.27 0.10 0.01 0.04 0.03 0.00 0.15 0.09 0.50 0.24 0.33
O5' 0.09 0.29 0.27 0.38 0.24 0.01 0.26 0.01 0.29 0.19 0.30 0.30 0.26 0.23 0.19 0.12 0.38 0.15 0.00 0.29 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.15 0.23 0.02 0.13 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.11 0.30 0.09 0.29 0.00 0.35 1.05 0.60
OP1 0.39 0.18 0.36 0.25 0.17 0.46 0.23 0.08 0.27 0.18 0.21 0.20 0.20 0.28 0.18 0.65 0.37 0.50 0.02 0.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.75 0.38 0.43 0.69 0.10 0.87 0.08 0.95 0.70 0.89 0.72 0.63 0.89 0.55 0.14 0.38 0.24 0.02 1.05 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.38 0.11 0.22 0.33 0.21 0.46 0.02 0.53 0.33 0.48 0.36 0.29 0.47 0.23 0.26 0.25 0.33 0.00 0.60 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.78 0.17 0.16 0.82 0.27 0.60 0.28 0.44 0.48 0.92 0.93 0.88 0.17 0.30 0.18 0.15 0.41 0.10 0.18
C2 0.20 0.28 0.15 0.20 0.15 0.59 0.17 0.71 0.25 0.12 0.30 0.19 0.46 0.16 0.21 0.53 0.58 0.88 0.52 0.73
C2' 0.63 1.18 0.61 0.50 1.32 0.34 1.13 0.34 0.94 0.94 1.36 1.44 1.19 0.35 0.33 0.45 0.50 0.21 0.70 0.46
C3' 0.31 0.77 0.32 0.29 1.00 0.26 0.81 0.24 0.61 0.56 1.00 1.16 0.73 0.27 0.26 0.28 0.29 0.14 0.49 0.27
C4 0.11 0.44 0.12 0.15 0.39 0.46 0.18 0.54 0.10 0.17 0.52 0.47 0.60 0.10 0.17 0.40 0.39 0.67 0.29 0.49
C4' 0.47 0.34 0.47 0.51 0.54 0.65 0.39 0.61 0.31 0.28 0.55 0.70 0.31 0.67 0.57 0.61 0.45 0.58 0.25 0.43
C5 0.20 0.33 0.11 0.20 0.27 0.57 0.11 0.68 0.17 0.11 0.41 0.35 0.49 0.10 0.18 0.54 0.52 0.79 0.43 0.64
C5' 0.89 0.42 0.78 0.78 0.32 0.99 0.43 0.96 0.59 0.62 0.29 0.34 0.43 0.92 0.73 1.04 0.79 0.87 0.57 0.76
C6 0.30 0.22 0.13 0.25 0.14 0.68 0.24 0.83 0.33 0.19 0.27 0.18 0.39 0.13 0.22 0.68 0.68 0.95 0.62 0.83
C8 0.09 0.50 0.08 0.15 0.53 0.41 0.30 0.48 0.15 0.22 0.64 0.64 0.62 0.09 0.18 0.36 0.32 0.59 0.20 0.39
N1 0.29 0.21 0.14 0.25 0.13 0.68 0.29 0.85 0.37 0.20 0.23 0.14 0.39 0.15 0.23 0.67 0.71 0.99 0.66 0.87
N2 0.20 0.23 0.16 0.20 0.12 0.57 0.25 0.73 0.31 0.15 0.23 0.12 0.42 0.19 0.23 0.50 0.63 0.96 0.59 0.80
N3 0.11 0.43 0.16 0.13 0.34 0.45 0.15 0.53 0.11 0.17 0.48 0.40 0.60 0.14 0.17 0.36 0.39 0.69 0.30 0.50
N7 0.18 0.38 0.09 0.19 0.36 0.52 0.14 0.62 0.11 0.12 0.48 0.46 0.51 0.09 0.17 0.50 0.46 0.72 0.36 0.56
N9 0.10 0.58 0.11 0.12 0.59 0.36 0.36 0.41 0.22 0.29 0.70 0.69 0.71 0.09 0.19 0.28 0.26 0.54 0.13 0.33
O2' 0.98 1.60 0.85 0.69 1.75 0.61 1.56 0.62 1.36 1.34 1.79 1.86 1.58 0.50 0.38 0.81 0.80 0.43 1.01 0.75
O3' 0.44 0.92 0.44 0.44 1.24 0.32 1.08 0.35 0.84 0.73 1.19 1.44 0.81 0.29 0.35 0.37 0.51 0.30 0.79 0.53
O4' 0.48 0.26 0.54 0.65 0.39 0.78 0.23 0.77 0.26 0.22 0.46 0.53 0.32 0.74 0.74 0.68 0.62 0.82 0.43 0.63
O5' 0.64 0.20 0.57 0.63 0.35 0.85 0.23 0.85 0.31 0.33 0.37 0.53 0.19 0.74 0.64 0.84 0.65 0.80 0.42 0.64
O6 0.37 0.18 0.14 0.29 0.16 0.73 0.34 0.91 0.43 0.26 0.21 0.16 0.34 0.13 0.23 0.77 0.77 1.03 0.73 0.93
OP1 0.36 0.59 0.33 0.33 0.92 0.47 0.69 0.45 0.45 0.39 0.90 1.17 0.51 0.46 0.36 0.48 0.27 0.29 0.34 0.26
OP2 0.66 0.19 0.59 0.72 0.47 1.02 0.18 1.05 0.21 0.26 0.51 0.75 0.20 0.80 0.78 0.96 0.77 0.97 0.48 0.76
P 0.51 0.27 0.43 0.51 0.54 0.77 0.28 0.77 0.13 0.17 0.56 0.79 0.26 0.63 0.54 0.75 0.52 0.66 0.24 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.10 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.10 0.03 0.10 0.14 0.15 0.10
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.06 0.06 0.14 0.00 0.02 0.01 0.06 0.18 0.11 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.13 0.01 0.18 0.04 0.18 0.08 0.09 0.14 0.14 0.02 0.01 0.01 0.09 0.21 0.11 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.04 0.17 0.20 0.18 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.06 0.10 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.03 0.22 0.23 0.20 0.19
C5' 0.02 0.09 0.02 0.04 0.19 0.01 0.23 0.00 0.21 0.11 0.13 0.21 0.07 0.04 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.19 0.03 0.19 0.18 0.13 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.09 0.12 0.10 0.07
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.11 0.03 0.13 0.17 0.17 0.12
N4 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.08 0.17 0.04 0.20 0.23 0.22 0.19
O2 0.05 0.00 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.16 0.18 0.06 0.10 0.15 0.17 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.10 0.08 0.16 0.00 0.05 0.06 0.06 0.20 0.09 0.09
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.15 0.03 0.21 0.07 0.19 0.07 0.11 0.17 0.18 0.05 0.00 0.02 0.15 0.36 0.18 0.24
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.10 0.12 0.15 0.13
O5' 0.06 0.10 0.06 0.09 0.17 0.01 0.22 0.01 0.19 0.09 0.13 0.20 0.10 0.06 0.15 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.14 0.18 0.21 0.20 0.07 0.23 0.09 0.18 0.12 0.17 0.23 0.15 0.20 0.36 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.15 0.11 0.11 0.18 0.04 0.20 0.01 0.13 0.10 0.17 0.22 0.17 0.09 0.18 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.10 0.09 0.13 0.16 0.02 0.19 0.01 0.14 0.07 0.12 0.19 0.11 0.09 0.24 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00