ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, -0.001, 0.009, 0.018, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N2 A 0, -0.003, 0.022, 0.046, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.022 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.007, 0.033, 0.058, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.009, 0.038, 0.068, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.038 std_dev=0.030
O2' B 0, 0.152, 0.487, 0.822, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.487 std_dev=0.335
C4' B 0, 0.142, 0.522, 0.902, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.522 std_dev=0.380
C5' B 0, 0.129, 0.602, 1.075, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.602 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.100, 0.597, 1.094, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.597 std_dev=0.497
C3' B 0, 0.051, 0.551, 1.052, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.551 std_dev=0.500
O4' A 0, -0.295, 0.361, 1.016, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.361 std_dev=0.655
C2' A 0, -0.305, 0.387, 1.079, 2.567 max_d=2.567 avg_d=0.387 std_dev=0.692
O5' B 0, -0.028, 0.794, 1.616, 3.163 max_d=3.163 avg_d=0.794 std_dev=0.822
C4' A 0, -0.315, 0.507, 1.330, 3.036 max_d=3.036 avg_d=0.507 std_dev=0.823
C1' B 0, -0.063, 0.760, 1.583, 3.205 max_d=3.205 avg_d=0.760 std_dev=0.823
O4' B 0, -0.071, 0.763, 1.597, 3.285 max_d=3.285 avg_d=0.763 std_dev=0.834
O3' B 0, -0.232, 0.637, 1.507, 3.286 max_d=3.286 avg_d=0.637 std_dev=0.870
C3' A 0, -0.356, 0.564, 1.484, 3.404 max_d=3.404 avg_d=0.564 std_dev=0.920
O3' A 0, -0.320, 0.694, 1.708, 3.753 max_d=3.753 avg_d=0.694 std_dev=1.014
OP1 B 0, -0.064, 0.984, 2.032, 4.001 max_d=4.001 avg_d=0.984 std_dev=1.048
O2' A 0, -0.536, 0.528, 1.593, 3.951 max_d=3.951 avg_d=0.528 std_dev=1.065
P B 0, -0.205, 0.913, 2.030, 4.251 max_d=4.251 avg_d=0.913 std_dev=1.118
N1 B 0, -0.376, 0.960, 2.295, 5.173 max_d=5.173 avg_d=0.960 std_dev=1.336
C6 B 0, -0.381, 1.012, 2.405, 5.400 max_d=5.400 avg_d=1.012 std_dev=1.393
C5' A 0, -0.663, 0.968, 2.599, 6.009 max_d=6.009 avg_d=0.968 std_dev=1.631
OP2 B 0, -0.599, 1.212, 3.023, 6.921 max_d=6.921 avg_d=1.212 std_dev=1.811
O5' A 0, -0.848, 0.977, 2.802, 6.923 max_d=6.923 avg_d=0.977 std_dev=1.825
C5 B 0, -0.688, 1.214, 3.117, 7.305 max_d=7.305 avg_d=1.214 std_dev=1.902
C2 B 0, -0.763, 1.166, 3.095, 7.402 max_d=7.402 avg_d=1.166 std_dev=1.929
O2 B 0, -0.881, 1.200, 3.281, 7.979 max_d=7.979 avg_d=1.200 std_dev=2.081
C4 B 0, -1.003, 1.379, 3.760, 9.079 max_d=9.079 avg_d=1.379 std_dev=2.381
N3 B 0, -1.050, 1.369, 3.788, 9.223 max_d=9.223 avg_d=1.369 std_dev=2.419
P A 0, -1.448, 1.226, 3.899, 10.043 max_d=10.043 avg_d=1.226 std_dev=2.674
N4 B 0, -1.310, 1.599, 4.508, 11.041 max_d=11.041 avg_d=1.599 std_dev=2.909
OP2 A 0, -1.598, 1.412, 4.422, 11.276 max_d=11.276 avg_d=1.412 std_dev=3.010
OP1 A 0, -1.607, 1.419, 4.444, 11.375 max_d=11.375 avg_d=1.419 std_dev=3.026

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.15 0.01 0.26 0.42 0.12
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.36 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.19 0.31 1.06 0.01 1.79 0.83 1.26
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.13 0.06 0.07 0.11 0.17 0.13 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.35 0.05 0.53 0.36 0.32
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.08 0.01 0.15 0.03 0.13 0.28 0.13 0.27 0.19 0.26 0.12 0.01 0.01 0.01 0.28 0.16 0.27 0.23 0.13
C4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.09 0.16 0.50 0.01 0.85 0.38 0.45
C4' 0.00 0.36 0.01 0.01 0.13 0.00 0.04 0.00 0.09 0.28 0.24 0.48 0.35 0.21 0.06 0.17 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.36 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.06 0.05 0.34 0.01 0.57 0.57 0.14
C5' 0.04 0.73 0.13 0.03 0.28 0.00 0.09 0.00 0.22 0.44 0.51 0.97 0.68 0.33 0.06 0.04 0.14 0.01 0.01 0.13 0.25 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.09 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.08 0.12 0.46 0.00 0.90 0.40 0.37
C8 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.28 0.01 0.44 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.15 0.20 0.60 0.02 0.28 1.10 0.66
N1 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.24 0.01 0.51 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.23 0.79 0.01 1.46 0.47 0.90
N2 0.03 0.00 0.17 0.27 0.01 0.48 0.01 0.97 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.38 1.35 0.01 2.32 1.30 1.74
N3 0.02 0.00 0.13 0.19 0.00 0.35 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.18 0.31 1.00 0.01 1.52 0.76 1.10
N7 0.01 0.01 0.05 0.26 0.00 0.21 0.01 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.12 0.12 0.50 0.02 0.15 1.10 0.55
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.01 0.24 0.01 0.31 0.54 0.12
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.12 0.17 0.22 0.04 0.21 0.29 0.13 0.17 0.11 0.31 0.15 0.00 0.03 0.12 0.24 0.25 0.55 0.40 0.30
O3' 0.22 0.19 0.02 0.01 0.09 0.02 0.06 0.14 0.08 0.15 0.14 0.25 0.18 0.12 0.11 0.03 0.00 0.13 0.26 0.08 0.40 0.18 0.20
O4' 0.00 0.31 0.02 0.01 0.16 0.00 0.05 0.01 0.12 0.20 0.23 0.38 0.31 0.12 0.01 0.12 0.13 0.00 0.09 0.08 0.06 0.47 0.18
O5' 0.15 1.06 0.35 0.28 0.50 0.01 0.34 0.01 0.46 0.60 0.79 1.35 1.00 0.50 0.24 0.24 0.26 0.09 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.08 0.08 0.38 0.00 0.73 0.56 0.19
OP1 0.26 1.79 0.53 0.27 0.85 0.14 0.57 0.25 0.90 0.28 1.46 2.32 1.52 0.15 0.31 0.55 0.40 0.06 0.01 0.73 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.83 0.36 0.23 0.38 0.36 0.57 0.38 0.40 1.10 0.47 1.30 0.76 1.10 0.54 0.40 0.18 0.47 0.02 0.56 0.01 0.00 0.01
P 0.12 1.26 0.32 0.13 0.45 0.06 0.14 0.01 0.37 0.66 0.90 1.74 1.10 0.55 0.12 0.30 0.20 0.18 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.71 1.06 0.23 0.37 0.93 0.28 0.73 0.20 0.67 0.82 1.08 0.96 1.23 0.22 0.64 0.74 0.15 0.79 0.76 0.41
C2 0.39 0.24 0.17 0.44 0.32 0.14 0.41 0.18 0.44 0.35 0.25 0.31 0.18 0.15 0.37 0.52 0.33 0.84 1.30 0.73
C2' 1.01 1.51 0.53 0.11 1.36 0.36 1.11 0.17 1.00 1.19 1.55 1.41 1.71 0.57 0.41 0.90 0.11 0.85 0.66 0.38
C3' 0.70 1.31 0.33 0.26 1.12 0.12 0.77 0.11 0.65 0.90 1.37 1.19 1.61 0.36 0.64 0.59 0.14 1.07 0.76 0.55
C4 0.51 0.49 0.15 0.43 0.45 0.20 0.44 0.18 0.45 0.48 0.48 0.44 0.52 0.18 0.48 0.59 0.24 0.86 1.17 0.65
C4' 0.10 0.71 0.35 0.85 0.52 0.43 0.17 0.54 0.09 0.28 0.79 0.61 1.02 0.39 1.25 0.11 0.51 1.33 1.06 0.85
C5 0.39 0.25 0.18 0.42 0.21 0.17 0.26 0.22 0.30 0.31 0.21 0.18 0.25 0.17 0.35 0.50 0.34 0.88 1.38 0.77
C5' 0.63 0.09 0.96 1.49 0.18 1.11 0.55 1.18 0.70 0.43 0.16 0.12 0.39 0.92 1.91 0.68 1.18 1.96 1.64 1.49
C6 0.28 0.10 0.22 0.40 0.10 0.13 0.15 0.26 0.22 0.15 0.14 0.12 0.16 0.14 0.22 0.40 0.44 0.86 1.56 0.87
C8 0.52 0.57 0.20 0.42 0.44 0.22 0.37 0.20 0.39 0.48 0.53 0.43 0.68 0.23 0.48 0.58 0.24 0.88 1.18 0.65
N1 0.26 0.14 0.22 0.41 0.12 0.11 0.22 0.25 0.28 0.17 0.16 0.12 0.25 0.14 0.21 0.39 0.45 0.84 1.55 0.87
N2 0.37 0.24 0.21 0.43 0.36 0.13 0.49 0.15 0.52 0.37 0.26 0.36 0.23 0.21 0.37 0.51 0.34 0.80 1.22 0.71
N3 0.54 0.54 0.12 0.44 0.54 0.20 0.54 0.16 0.54 0.54 0.54 0.54 0.52 0.16 0.54 0.64 0.21 0.84 1.06 0.60
N7 0.42 0.32 0.20 0.42 0.23 0.19 0.24 0.23 0.29 0.33 0.26 0.20 0.37 0.21 0.38 0.51 0.32 0.89 1.36 0.76
N9 0.58 0.71 0.18 0.42 0.60 0.23 0.50 0.18 0.49 0.59 0.70 0.60 0.82 0.21 0.55 0.64 0.19 0.85 1.03 0.57
O2' 1.49 2.13 0.93 0.35 2.05 0.69 1.77 0.48 1.62 1.78 2.22 2.12 2.29 0.87 0.19 1.32 0.45 0.57 0.31 0.07
O3' 1.01 1.74 0.66 0.12 1.55 0.39 1.15 0.24 0.99 1.26 1.84 1.64 2.06 0.61 0.31 0.86 0.27 0.77 0.42 0.25
O4' 0.16 0.54 0.48 0.89 0.39 0.40 0.18 0.52 0.17 0.25 0.59 0.44 0.78 0.53 1.20 0.21 0.48 1.18 1.09 0.79
O5' 0.98 0.41 1.33 1.90 0.54 1.51 0.86 1.61 1.00 0.80 0.33 0.44 0.21 1.18 2.23 1.07 1.65 2.40 2.18 1.98
O6 0.20 0.24 0.25 0.38 0.22 0.11 0.08 0.30 0.13 0.08 0.32 0.29 0.35 0.14 0.14 0.32 0.51 0.84 1.67 0.94
OP1 1.59 0.99 1.82 2.58 1.04 2.42 1.34 2.63 1.50 1.37 0.86 0.92 0.78 1.41 2.75 1.88 2.82 3.71 3.34 3.24
OP2 1.34 0.82 1.42 2.02 1.03 1.81 1.35 1.84 1.46 1.21 0.78 0.96 0.54 1.07 2.39 1.48 2.04 2.82 2.42 2.34
P 1.51 0.91 1.73 2.40 1.04 2.11 1.36 2.19 1.51 1.31 0.82 0.94 0.64 1.40 2.75 1.67 2.31 3.06 2.75 2.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.22 0.00 0.24 0.06 0.15 0.22
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.11 0.17 0.12 0.05 0.27 0.22
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.13 0.07 0.01 0.04 0.05 0.11 0.00 0.02 0.02 0.14 0.20 0.21 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.23 0.00 0.35 0.01 0.33 0.13 0.10 0.26 0.19 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.27 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.06 0.02 0.68 0.70 1.13 0.93
C4' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.31 0.06 0.08 0.12 0.36 0.18 0.02 0.00 0.02 0.20 0.23 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.35 0.00 0.28 0.00 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.09 0.14 1.03 1.01 1.52 1.29
C5' 0.04 0.32 0.13 0.01 0.13 0.00 0.45 0.00 0.47 0.05 0.21 0.15 0.70 0.04 0.13 0.01 0.01 0.13 0.25 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.33 0.01 0.31 0.00 0.47 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.08 0.19 0.99 0.84 1.26 1.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.01 0.46 0.31 0.57 0.54
N3 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.06 0.12 0.29 0.28 0.58 0.47
N4 0.01 0.02 0.05 0.26 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.08 0.02 0.73 0.83 1.30 1.04
O2 0.03 0.00 0.11 0.19 0.01 0.36 0.01 0.70 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.18 0.30 0.33 0.39 0.32 0.27
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.23 0.18 0.28 0.04 0.25 0.14 0.16 0.25 0.08 0.00 0.04 0.12 0.21 0.19 0.27 0.04
O3' 0.22 0.11 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.13 0.08 0.09 0.06 0.08 0.18 0.04 0.00 0.14 0.19 0.35 0.30 0.17
O4' 0.00 0.17 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.12 0.02 0.30 0.12 0.14 0.00 0.18 0.11 0.14 0.23
O5' 0.24 0.12 0.14 0.18 0.68 0.02 1.03 0.01 0.99 0.46 0.29 0.73 0.33 0.21 0.19 0.18 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.05 0.20 0.26 0.70 0.20 1.01 0.13 0.84 0.31 0.28 0.83 0.39 0.19 0.35 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.27 0.21 0.27 1.13 0.23 1.52 0.25 1.26 0.57 0.58 1.30 0.32 0.27 0.30 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.22 0.05 0.11 0.93 0.09 1.29 0.01 1.14 0.54 0.47 1.04 0.27 0.04 0.17 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00