Doublet Group distance statistics: 51170

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.017, 0.027, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.021, 0.034, 0.048, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.036, 0.054, 0.071, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.054 std_dev=0.017
N7	A	0, 0.030, 0.047, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.047 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.042, 0.061, 0.081, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.061 std_dev=0.019
N3	A	0, 0.045, 0.065, 0.085, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.065 std_dev=0.020
O6	A	0, 0.030, 0.053, 0.075, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.053 std_dev=0.023
N9	A	0, 0.046, 0.069, 0.092, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.069 std_dev=0.023
C1'	A	0, 0.027, 0.051, 0.075, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.051 std_dev=0.024
N2	A	0, 0.048, 0.073, 0.098, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.073 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.056, 0.083, 0.109, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.083 std_dev=0.027
C2'	B	0, 0.159, 0.353, 0.547, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.353 std_dev=0.194
O4'	B	0, 0.467, 0.737, 1.007, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.737 std_dev=0.270
C1'	B	0, 0.713, 1.046, 1.378, 1.347 max_d=1.347 avg_d=1.046 std_dev=0.333
C4'	B	0, 0.697, 1.046, 1.395, 1.368 max_d=1.368 avg_d=1.046 std_dev=0.349
C3'	B	0, 0.686, 1.054, 1.422, 1.432 max_d=1.432 avg_d=1.054 std_dev=0.368
O2'	B	0, 0.899, 1.348, 1.797, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.348 std_dev=0.449
C2'	A	0, 0.840, 1.293, 1.746, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.293 std_dev=0.453
O4'	A	0, 0.964, 1.456, 1.947, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.456 std_dev=0.491
O2'	A	0, 0.869, 1.405, 1.941, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.405 std_dev=0.536
O3'	B	0, 1.279, 1.883, 2.487, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.883 std_dev=0.604
P	B	0, 1.040, 1.646, 2.252, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.646 std_dev=0.606
N1	B	0, 1.335, 1.956, 2.577, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.956 std_dev=0.621
O5'	B	0, 1.119, 1.791, 2.463, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.791 std_dev=0.672
C3'	A	0, 1.459, 2.152, 2.845, 2.878 max_d=2.878 avg_d=2.152 std_dev=0.693
C4'	A	0, 1.576, 2.295, 3.015, 2.906 max_d=2.906 avg_d=2.295 std_dev=0.720
OP2	B	0, 0.654, 1.378, 2.102, 3.379 max_d=3.379 avg_d=1.378 std_dev=0.724
C5'	B	0, 1.526, 2.298, 3.070, 2.902 max_d=2.902 avg_d=2.298 std_dev=0.772
C6	B	0, 1.377, 2.151, 2.925, 2.845 max_d=2.845 avg_d=2.151 std_dev=0.774
O3'	A	0, 1.718, 2.519, 3.319, 3.263 max_d=3.263 avg_d=2.519 std_dev=0.800
OP1	B	0, 1.707, 2.577, 3.447, 3.324 max_d=3.324 avg_d=2.577 std_dev=0.870
C2	B	0, 2.116, 3.048, 3.981, 3.563 max_d=3.563 avg_d=3.048 std_dev=0.932
O2	B	0, 2.306, 3.311, 4.317, 3.779 max_d=3.779 avg_d=3.311 std_dev=1.006
C5	B	0, 2.119, 3.226, 4.334, 4.129 max_d=4.129 avg_d=3.226 std_dev=1.107
N3	B	0, 2.767, 3.998, 5.230, 4.708 max_d=4.708 avg_d=3.998 std_dev=1.232
C4	B	0, 2.782, 4.077, 5.372, 4.952 max_d=4.952 avg_d=4.077 std_dev=1.295
C5'	A	0, 2.903, 4.234, 5.566, 5.435 max_d=5.435 avg_d=4.234 std_dev=1.331
O5'	A	0, 3.291, 4.841, 6.391, 6.851 max_d=6.851 avg_d=4.841 std_dev=1.550
N4	B	0, 3.538, 5.182, 6.826, 6.250 max_d=6.250 avg_d=5.182 std_dev=1.644
P	A	0, 4.418, 6.551, 8.685, 9.552 max_d=9.552 avg_d=6.551 std_dev=2.134
OP2	A	0, 4.560, 6.811, 9.063, 10.058 max_d=10.058 avg_d=6.811 std_dev=2.251
OP1	A	0, 4.648, 7.111, 9.575, 11.427 max_d=11.427 avg_d=7.111 std_dev=2.464

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.03	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.13	0.03	0.59	0.15	0.24
C2	0.03	0.00	0.18	0.19	0.01	0.08	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.25	0.09	0.18	0.02	0.47	0.44	0.14
C2'	0.00	0.18	0.00	0.00	0.10	0.02	0.05	0.01	0.07	0.09	0.13	0.21	0.18	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01	0.14	0.05	0.33	0.21	0.12
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.09	0.00	0.09	0.01	0.10	0.18	0.15	0.24	0.18	0.14	0.07	0.01	0.01	0.02	0.24	0.10	0.26	0.25	0.15
C4	0.02	0.01	0.10	0.09	0.00	0.05	0.01	0.13	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.05	0.24	0.02	0.60	0.32	0.24
C4'	0.01	0.08	0.02	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.08	0.14	0.07	0.10	0.07	0.13	0.06	0.04	0.01	0.00	0.02	0.10	0.30	0.04	0.08
C5	0.02	0.01	0.05	0.09	0.01	0.08	0.00	0.20	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.08	0.02	0.35	0.01	0.70	0.36	0.35
C5'	0.03	0.14	0.01	0.01	0.13	0.01	0.20	0.00	0.20	0.25	0.17	0.14	0.11	0.26	0.14	0.04	0.04	0.01	0.01	0.24	0.24	0.06	0.01
C6	0.03	0.01	0.07	0.10	0.02	0.08	0.01	0.20	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.07	0.11	0.04	0.33	0.01	0.65	0.43	0.32
C8	0.02	0.01	0.09	0.18	0.01	0.14	0.01	0.25	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.20	0.05	0.47	0.02	0.86	0.22	0.48
N1	0.03	0.01	0.13	0.15	0.01	0.07	0.01	0.17	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.19	0.07	0.25	0.02	0.53	0.46	0.21
N2	0.04	0.00	0.21	0.24	0.01	0.10	0.01	0.14	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.20	0.34	0.11	0.16	0.03	0.40	0.47	0.09
N3	0.04	0.00	0.18	0.18	0.00	0.07	0.01	0.11	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.23	0.09	0.15	0.02	0.49	0.37	0.14
N7	0.02	0.01	0.05	0.14	0.01	0.13	0.00	0.26	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.17	0.04	0.47	0.02	0.87	0.31	0.50
N9	0.01	0.01	0.02	0.07	0.01	0.06	0.01	0.14	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.01	0.27	0.02	0.68	0.22	0.29
O2'	0.01	0.16	0.00	0.01	0.08	0.04	0.05	0.04	0.07	0.06	0.12	0.20	0.16	0.05	0.02	0.00	0.04	0.05	0.07	0.05	0.33	0.13	0.11
O3'	0.01	0.25	0.01	0.01	0.10	0.01	0.08	0.04	0.11	0.20	0.19	0.34	0.23	0.17	0.06	0.04	0.00	0.01	0.31	0.11	0.41	0.32	0.26
O4'	0.00	0.09	0.01	0.02	0.05	0.00	0.02	0.01	0.04	0.05	0.07	0.11	0.09	0.04	0.01	0.05	0.01	0.00	0.21	0.04	0.67	0.20	0.32
O5'	0.13	0.18	0.14	0.24	0.24	0.02	0.35	0.01	0.33	0.47	0.25	0.16	0.15	0.47	0.27	0.07	0.31	0.21	0.00	0.39	0.01	0.01	0.01
O6	0.03	0.02	0.05	0.10	0.02	0.10	0.01	0.24	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.05	0.11	0.04	0.39	0.00	0.71	0.45	0.39
OP1	0.59	0.47	0.33	0.26	0.60	0.30	0.70	0.24	0.65	0.86	0.53	0.40	0.49	0.87	0.68	0.33	0.41	0.67	0.01	0.71	0.00	0.01	0.00
OP2	0.15	0.44	0.21	0.25	0.32	0.04	0.36	0.06	0.43	0.22	0.46	0.47	0.37	0.31	0.22	0.13	0.32	0.20	0.01	0.45	0.01	0.00	0.01
P	0.24	0.14	0.12	0.15	0.24	0.08	0.35	0.01	0.32	0.48	0.21	0.09	0.14	0.50	0.29	0.11	0.26	0.32	0.01	0.39	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.23	0.28	0.16	0.17	0.37	0.20	0.38	0.26	0.34	0.28	0.32	0.40	0.24	0.16	0.21	0.27	0.24	0.24	0.27	0.26
C2	0.13	0.20	0.11	0.15	0.20	0.17	0.18	0.21	0.17	0.16	0.21	0.21	0.22	0.14	0.18	0.15	0.21	0.39	0.28	0.31
C2'	0.15	0.17	0.21	0.29	0.20	0.23	0.21	0.31	0.19	0.16	0.18	0.22	0.18	0.21	0.37	0.15	0.29	0.47	0.21	0.24
C3'	0.14	0.17	0.18	0.22	0.18	0.17	0.18	0.22	0.16	0.15	0.18	0.20	0.19	0.19	0.29	0.14	0.23	0.47	0.25	0.24
C4	0.16	0.21	0.12	0.16	0.23	0.16	0.23	0.20	0.21	0.19	0.22	0.24	0.21	0.15	0.19	0.19	0.17	0.28	0.16	0.17
C4'	0.24	0.27	0.23	0.23	0.33	0.21	0.33	0.19	0.29	0.26	0.31	0.36	0.26	0.27	0.28	0.24	0.22	0.30	0.34	0.29
C5	0.14	0.20	0.12	0.16	0.21	0.16	0.21	0.20	0.19	0.17	0.21	0.23	0.22	0.14	0.19	0.17	0.17	0.27	0.16	0.18
C5'	0.31	0.33	0.36	0.36	0.38	0.31	0.38	0.26	0.35	0.33	0.35	0.40	0.32	0.39	0.42	0.30	0.32	0.40	0.45	0.38
C6	0.14	0.21	0.12	0.16	0.21	0.16	0.19	0.19	0.18	0.17	0.23	0.22	0.24	0.14	0.20	0.16	0.17	0.30	0.20	0.22
C8	0.17	0.21	0.14	0.17	0.27	0.18	0.29	0.24	0.26	0.21	0.24	0.29	0.21	0.16	0.19	0.21	0.22	0.28	0.23	0.23
N1	0.13	0.21	0.11	0.16	0.21	0.16	0.19	0.19	0.17	0.17	0.23	0.23	0.24	0.15	0.19	0.15	0.19	0.35	0.26	0.29
N2	0.12	0.20	0.11	0.16	0.21	0.20	0.20	0.25	0.19	0.17	0.22	0.22	0.23	0.16	0.17	0.16	0.27	0.47	0.39	0.42
N3	0.15	0.21	0.11	0.15	0.21	0.15	0.20	0.20	0.19	0.18	0.22	0.22	0.22	0.14	0.19	0.17	0.18	0.35	0.21	0.24
N7	0.15	0.20	0.13	0.17	0.23	0.17	0.24	0.22	0.22	0.18	0.22	0.25	0.22	0.15	0.19	0.18	0.20	0.27	0.19	0.20
N9	0.18	0.23	0.14	0.17	0.28	0.18	0.30	0.23	0.27	0.22	0.25	0.30	0.21	0.16	0.20	0.22	0.20	0.25	0.20	0.20
O2'	0.18	0.19	0.27	0.37	0.22	0.28	0.23	0.36	0.21	0.18	0.20	0.25	0.19	0.26	0.46	0.18	0.35	0.55	0.20	0.26
O3'	0.25	0.26	0.29	0.33	0.25	0.29	0.25	0.33	0.26	0.26	0.26	0.24	0.29	0.27	0.38	0.25	0.40	0.72	0.45	0.44
O4'	0.37	0.42	0.33	0.33	0.51	0.35	0.53	0.39	0.49	0.42	0.46	0.54	0.37	0.33	0.30	0.40	0.43	0.48	0.51	0.51
O5'	0.31	0.32	0.35	0.33	0.32	0.29	0.31	0.22	0.30	0.31	0.32	0.33	0.32	0.42	0.38	0.30	0.23	0.32	0.34	0.25
O6	0.14	0.22	0.12	0.17	0.22	0.16	0.19	0.19	0.17	0.17	0.24	0.24	0.26	0.14	0.20	0.15	0.17	0.30	0.20	0.22
OP1	0.66	0.61	0.79	0.78	0.55	0.69	0.54	0.59	0.56	0.61	0.58	0.54	0.64	0.89	0.91	0.60	0.55	0.49	0.56	0.50
OP2	0.32	0.31	0.34	0.30	0.28	0.26	0.27	0.21	0.27	0.30	0.30	0.29	0.34	0.38	0.36	0.29	0.24	0.32	0.37	0.27
P	0.36	0.34	0.43	0.40	0.33	0.34	0.32	0.25	0.32	0.33	0.33	0.33	0.35	0.51	0.47	0.32	0.26	0.31	0.39	0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.01	0.00	0.07	0.12	0.15	0.11
C2	0.02	0.00	0.08	0.06	0.02	0.04	0.02	0.09	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.09	0.08	0.03	0.10	0.11	0.22	0.13
C2'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.03	0.01	0.06	0.02	0.07	0.02	0.07	0.04	0.15	0.00	0.01	0.01	0.05	0.13	0.05	0.02
C3'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.09	0.00	0.13	0.01	0.13	0.05	0.07	0.09	0.12	0.02	0.01	0.01	0.08	0.17	0.09	0.08
C4	0.02	0.02	0.03	0.09	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.03	0.11	0.02	0.14	0.12	0.27	0.15
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.08	0.00	0.10	0.01	0.09	0.04	0.05	0.08	0.06	0.04	0.01	0.00	0.02	0.14	0.07	0.06
C5	0.01	0.02	0.06	0.13	0.00	0.10	0.00	0.17	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.04	0.16	0.03	0.16	0.12	0.27	0.16
C5'	0.03	0.09	0.02	0.01	0.16	0.01	0.17	0.00	0.14	0.09	0.12	0.17	0.08	0.04	0.02	0.01	0.01	0.06	0.02	0.02
C6	0.01	0.01	0.07	0.13	0.01	0.09	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.06	0.15	0.04	0.13	0.09	0.23	0.13
N1	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.00	0.02	0.02	0.03	0.01	0.06	0.01	0.09	0.10	0.20	0.12
N3	0.02	0.01	0.07	0.07	0.01	0.05	0.01	0.12	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.08	0.08	0.03	0.12	0.10	0.24	0.13
N4	0.02	0.02	0.04	0.09	0.00	0.08	0.01	0.17	0.02	0.02	0.02	0.00	0.03	0.04	0.12	0.03	0.16	0.14	0.30	0.17
O2	0.05	0.01	0.15	0.12	0.03	0.06	0.03	0.08	0.02	0.03	0.02	0.03	0.00	0.17	0.15	0.05	0.10	0.14	0.20	0.14
O2'	0.01	0.09	0.00	0.02	0.03	0.04	0.04	0.04	0.06	0.01	0.08	0.04	0.17	0.00	0.02	0.05	0.06	0.18	0.06	0.05
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.11	0.01	0.16	0.02	0.15	0.06	0.08	0.12	0.15	0.02	0.00	0.01	0.12	0.29	0.20	0.18
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.03	0.03	0.05	0.05	0.01	0.00	0.10	0.18	0.19	0.17
O5'	0.07	0.10	0.05	0.08	0.14	0.02	0.16	0.01	0.13	0.09	0.12	0.16	0.10	0.06	0.12	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.12	0.11	0.13	0.17	0.12	0.14	0.12	0.06	0.09	0.10	0.10	0.14	0.14	0.18	0.29	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.22	0.05	0.09	0.27	0.07	0.27	0.02	0.23	0.20	0.24	0.30	0.20	0.06	0.20	0.19	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.13	0.02	0.08	0.15	0.06	0.16	0.02	0.13	0.12	0.13	0.17	0.14	0.05	0.18	0.17	0.01	0.01	0.01	0.00