ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51173

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.010, 0.038, 0.067, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.009, 0.043, 0.078, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.043 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.034, 0.086, 0.139, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.086 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.019, 0.078, 0.137, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.078 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.066, 0.154, 0.242, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.154 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.054, 0.147, 0.241, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.147 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.051, 0.150, 0.250, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.150 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.082, 0.213, 0.344, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.213 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.127, 0.263, 0.399, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.263 std_dev=0.136
C1' B 0, 0.162, 0.318, 0.474, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.318 std_dev=0.156
C2' B 0, 0.148, 0.309, 0.470, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.309 std_dev=0.161
C3' B 0, 0.186, 0.355, 0.525, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.355 std_dev=0.169
O2' B 0, 0.173, 0.361, 0.548, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.361 std_dev=0.188
O3' B 0, 0.173, 0.361, 0.549, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.361 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.135, 0.363, 0.592, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.363 std_dev=0.229
N1 B 0, 0.141, 0.375, 0.609, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.375 std_dev=0.234
O2 B 0, 0.113, 0.386, 0.659, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.386 std_dev=0.273
C4' B 0, 0.126, 0.400, 0.673, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.400 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.087, 0.387, 0.686, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.387 std_dev=0.300
O5' A 0, 0.016, 0.318, 0.621, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.318 std_dev=0.303
C6 B 0, 0.158, 0.481, 0.804, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.481 std_dev=0.323
P A 0, 0.002, 0.358, 0.714, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.358 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.099, 0.532, 0.966, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.532 std_dev=0.433
N3 B 0, 0.034, 0.479, 0.923, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.479 std_dev=0.444
C5' B 0, 0.051, 0.509, 0.966, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.509 std_dev=0.457
C4 B 0, 0.004, 0.512, 1.021, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.512 std_dev=0.508
O5' B 0, 0.032, 0.566, 1.099, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.566 std_dev=0.533
N4 B 0, 0.005, 0.652, 1.300, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.652 std_dev=0.647
P B 0, -0.026, 0.686, 1.399, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.686 std_dev=0.712
OP1 B 0, 0.009, 0.743, 1.477, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.743 std_dev=0.734
OP2 B 0, 0.009, 0.758, 1.506, 2.576 max_d=2.576 avg_d=0.758 std_dev=0.748
OP2 A 0, 0.324, 1.505, 2.686, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.505 std_dev=1.181
OP1 A 0, 0.239, 1.765, 3.292, 4.062 max_d=4.062 avg_d=1.765 std_dev=1.527

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.68 0.68 0.21
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.13 0.02 0.07 0.02 0.86 0.84 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.37 0.48 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.16 0.08 0.26 0.30 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.89 0.83 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.20 0.34 0.08
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.98 0.89 0.29
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.09 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.08 0.11 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.10 0.01 0.98 0.91 0.28
C8 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.14 0.01 1.00 0.86 0.30
N1 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.09 0.01 0.93 0.89 0.26
N2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.15 0.03 0.06 0.02 0.82 0.83 0.23
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.06 0.01 0.82 0.80 0.23
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.13 0.01 1.04 0.90 0.31
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.86 0.79 0.25
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.09 0.12 0.09 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.07 0.32 0.44 0.08
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.12 0.06 0.13 0.15 0.10 0.08 0.04 0.05 0.00 0.01 0.21 0.12 0.51 0.29 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.13 0.03 0.67 0.67 0.26
O5' 0.07 0.07 0.08 0.16 0.08 0.01 0.11 0.01 0.10 0.14 0.09 0.06 0.06 0.13 0.09 0.03 0.21 0.13 0.00 0.11 0.03 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.11 0.00 1.00 0.93 0.30
OP1 0.68 0.86 0.37 0.26 0.89 0.20 0.98 0.11 0.98 1.00 0.93 0.82 0.82 1.04 0.86 0.32 0.51 0.67 0.03 1.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.68 0.84 0.48 0.30 0.83 0.34 0.89 0.29 0.91 0.86 0.89 0.83 0.80 0.90 0.79 0.44 0.29 0.67 0.03 0.93 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.24 0.10 0.09 0.25 0.08 0.29 0.01 0.28 0.30 0.26 0.23 0.23 0.31 0.25 0.08 0.20 0.26 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.22 0.13 0.14 0.32 0.15 0.31 0.18 0.26 0.21 0.28 0.35 0.20 0.17 0.12 0.17 0.19 0.16 0.26 0.21
C2 0.13 0.14 0.07 0.14 0.23 0.23 0.28 0.33 0.26 0.18 0.18 0.24 0.10 0.18 0.10 0.24 0.33 0.34 0.40 0.40
C2' 0.12 0.18 0.13 0.12 0.24 0.13 0.22 0.14 0.17 0.15 0.22 0.27 0.19 0.18 0.12 0.14 0.17 0.10 0.16 0.12
C3' 0.13 0.16 0.15 0.14 0.20 0.13 0.18 0.14 0.14 0.13 0.18 0.23 0.20 0.21 0.13 0.14 0.17 0.10 0.15 0.11
C4 0.13 0.17 0.10 0.14 0.26 0.19 0.29 0.27 0.26 0.19 0.21 0.28 0.12 0.17 0.11 0.21 0.26 0.29 0.35 0.34
C4' 0.12 0.18 0.13 0.12 0.26 0.13 0.25 0.15 0.19 0.15 0.23 0.30 0.21 0.18 0.12 0.14 0.17 0.12 0.20 0.15
C5 0.13 0.14 0.09 0.15 0.24 0.23 0.28 0.33 0.25 0.18 0.18 0.25 0.09 0.17 0.12 0.23 0.31 0.37 0.40 0.41
C5' 0.12 0.17 0.14 0.13 0.24 0.14 0.24 0.17 0.19 0.14 0.21 0.28 0.20 0.19 0.12 0.15 0.17 0.15 0.21 0.18
C6 0.12 0.11 0.07 0.16 0.21 0.26 0.26 0.39 0.25 0.17 0.15 0.22 0.05 0.17 0.12 0.25 0.37 0.45 0.45 0.48
C8 0.14 0.18 0.11 0.14 0.28 0.19 0.29 0.26 0.25 0.19 0.23 0.31 0.15 0.17 0.12 0.20 0.25 0.28 0.34 0.32
N1 0.13 0.11 0.07 0.16 0.21 0.27 0.26 0.40 0.25 0.17 0.15 0.22 0.07 0.18 0.12 0.26 0.38 0.44 0.45 0.47
N2 0.14 0.15 0.07 0.14 0.23 0.24 0.27 0.35 0.26 0.19 0.18 0.23 0.13 0.20 0.09 0.26 0.34 0.33 0.39 0.40
N3 0.13 0.17 0.09 0.13 0.26 0.18 0.29 0.25 0.26 0.19 0.22 0.28 0.13 0.17 0.10 0.21 0.26 0.26 0.34 0.32
N7 0.14 0.16 0.11 0.15 0.25 0.22 0.28 0.31 0.25 0.18 0.20 0.27 0.11 0.17 0.12 0.22 0.30 0.36 0.39 0.39
N9 0.14 0.19 0.11 0.14 0.29 0.17 0.30 0.23 0.26 0.20 0.24 0.32 0.16 0.17 0.11 0.19 0.23 0.24 0.32 0.29
O2' 0.11 0.20 0.12 0.11 0.26 0.10 0.23 0.11 0.18 0.15 0.25 0.30 0.22 0.15 0.11 0.11 0.17 0.12 0.12 0.10
O3' 0.16 0.17 0.19 0.17 0.14 0.15 0.12 0.14 0.10 0.13 0.16 0.17 0.24 0.23 0.17 0.16 0.21 0.14 0.14 0.12
O4' 0.14 0.22 0.13 0.14 0.33 0.16 0.33 0.19 0.27 0.20 0.28 0.37 0.21 0.17 0.12 0.17 0.20 0.18 0.28 0.23
O5' 0.10 0.14 0.08 0.11 0.24 0.15 0.25 0.21 0.21 0.15 0.19 0.27 0.13 0.12 0.10 0.16 0.20 0.19 0.25 0.22
O6 0.12 0.09 0.07 0.16 0.19 0.28 0.26 0.43 0.24 0.16 0.12 0.20 0.04 0.17 0.14 0.26 0.41 0.52 0.49 0.53
OP1 0.53 0.44 0.56 0.62 0.45 0.67 0.47 0.73 0.51 0.47 0.45 0.46 0.46 0.60 0.65 0.61 0.72 0.83 0.64 0.73
OP2 0.67 0.57 0.72 0.77 0.52 0.80 0.56 0.82 0.60 0.61 0.53 0.50 0.58 0.76 0.81 0.73 0.75 0.82 0.73 0.77
P 0.07 0.15 0.10 0.08 0.21 0.06 0.19 0.07 0.14 0.10 0.20 0.25 0.17 0.17 0.10 0.07 0.12 0.14 0.09 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.09 0.13 0.18 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.12 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.10 0.03 0.05 0.07 0.08 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.12 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.14 0.19 0.23 0.18
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.15 0.20 0.23 0.18
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.04 0.07 0.12 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.12 0.16 0.17 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.13 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.12 0.16 0.21 0.15
N4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.05 0.16 0.23 0.27 0.22
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.03 0.08 0.12 0.17 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.06 0.13 0.00 0.05 0.05 0.03 0.10 0.11 0.05
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.01 0.11 0.04 0.11 0.03 0.07 0.09 0.12 0.05 0.00 0.01 0.14 0.14 0.15 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.08 0.10 0.09 0.06
O5' 0.05 0.09 0.05 0.09 0.14 0.01 0.15 0.01 0.12 0.09 0.12 0.16 0.08 0.03 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.13 0.08 0.09 0.19 0.08 0.20 0.09 0.16 0.13 0.16 0.23 0.12 0.10 0.14 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.18 0.12 0.12 0.23 0.08 0.23 0.04 0.17 0.15 0.21 0.27 0.17 0.11 0.15 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.05 0.06 0.18 0.03 0.18 0.01 0.13 0.10 0.15 0.22 0.10 0.05 0.12 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00