ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51174

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.014, 0.023, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.022, 0.040, 0.057, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.040 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.025, 0.044, 0.063, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.044 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.003, 0.022, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.019, 0.045, 0.071, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.045 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.090, 0.220, 0.350, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.220 std_dev=0.130
O4' A 0, 0.086, 0.226, 0.366, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.226 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.155, 0.341, 0.527, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.341 std_dev=0.186
C4' A 0, 0.127, 0.330, 0.532, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.330 std_dev=0.203
C2' B 0, 0.229, 0.448, 0.666, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.448 std_dev=0.218
C3' A 0, 0.148, 0.378, 0.609, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.378 std_dev=0.231
O3' A 0, 0.196, 0.538, 0.880, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.538 std_dev=0.342
O2' B 0, 0.151, 0.527, 0.903, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.527 std_dev=0.376
C5' A 0, 0.184, 0.595, 1.007, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.595 std_dev=0.411
O5' A 0, 0.314, 0.857, 1.399, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.857 std_dev=0.542
P A 0, 0.094, 0.946, 1.798, 2.597 max_d=2.597 avg_d=0.946 std_dev=0.852
OP2 A 0, 0.455, 1.521, 2.587, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.521 std_dev=1.066
OP1 A 0, 0.608, 1.677, 2.745, 2.746 max_d=2.746 avg_d=1.677 std_dev=1.069
C3' B 0, -0.054, 1.062, 2.179, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.062 std_dev=1.117
C1' B 0, 0.035, 1.220, 2.404, 3.133 max_d=3.133 avg_d=1.220 std_dev=1.185
C6 B 0, -0.100, 1.452, 3.003, 4.677 max_d=4.677 avg_d=1.452 std_dev=1.551
N1 B 0, -0.110, 1.484, 3.078, 4.143 max_d=4.143 avg_d=1.484 std_dev=1.594
O3' B 0, -0.308, 1.322, 2.953, 3.969 max_d=3.969 avg_d=1.322 std_dev=1.630
O4' B 0, -0.153, 1.615, 3.384, 4.519 max_d=4.519 avg_d=1.615 std_dev=1.769
C4' B 0, -0.276, 1.542, 3.359, 4.768 max_d=4.768 avg_d=1.542 std_dev=1.817
C5 B 0, -0.269, 1.796, 3.861, 5.355 max_d=5.355 avg_d=1.796 std_dev=2.065
O5' B 0, -0.367, 2.007, 4.381, 7.558 max_d=7.558 avg_d=2.007 std_dev=2.374
C2 B 0, -0.460, 1.977, 4.413, 6.401 max_d=6.401 avg_d=1.977 std_dev=2.437
C5' B 0, -0.524, 2.105, 4.735, 6.589 max_d=6.589 avg_d=2.105 std_dev=2.629
O2 B 0, -0.529, 2.176, 4.880, 6.930 max_d=6.930 avg_d=2.176 std_dev=2.704
C4 B 0, -0.621, 2.242, 5.106, 7.541 max_d=7.541 avg_d=2.242 std_dev=2.864
N3 B 0, -0.737, 2.361, 5.458, 8.168 max_d=8.168 avg_d=2.361 std_dev=3.098
P B 0, -0.578, 2.547, 5.672, 10.411 max_d=10.411 avg_d=2.547 std_dev=3.125
OP2 B 0, -0.362, 2.868, 6.097, 10.832 max_d=10.832 avg_d=2.868 std_dev=3.229
OP1 B 0, -0.816, 2.629, 6.073, 11.603 max_d=11.603 avg_d=2.629 std_dev=3.444
N4 B 0, -0.876, 2.687, 6.250, 9.445 max_d=9.445 avg_d=2.687 std_dev=3.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.02 0.27 0.50 0.20
C2 0.04 0.00 0.13 0.11 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.16 0.06 0.24 0.02 0.87 0.54 0.43
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.04 0.08 0.09 0.17 0.14 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.16 0.30 0.14
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.17 0.06 0.15 0.10 0.14 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.12 0.13 0.06
C4 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02 0.23 0.01 0.76 0.52 0.39
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.06 0.23 0.38 0.04
C5 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.27 0.01 0.96 0.55 0.48
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.17 0.13 0.08 0.08 0.19 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.18 0.40 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.29 0.01 1.09 0.57 0.52
C8 0.03 0.01 0.08 0.17 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.21 0.09 0.28 0.02 0.71 0.53 0.40
N1 0.04 0.01 0.09 0.06 0.02 0.03 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.04 0.27 0.02 1.02 0.56 0.49
N2 0.05 0.01 0.17 0.15 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.23 0.08 0.24 0.03 0.84 0.54 0.41
N3 0.04 0.01 0.14 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.15 0.06 0.21 0.01 0.72 0.52 0.37
N7 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.19 0.08 0.30 0.02 0.96 0.55 0.49
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.21 0.01 0.58 0.50 0.33
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.08 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.12 0.19 0.15 0.04 0.02 0.00 0.08 0.04 0.05 0.06 0.14 0.29 0.05
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.04 0.21 0.08 0.23 0.15 0.19 0.06 0.08 0.00 0.02 0.10 0.08 0.36 0.14 0.13
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.08 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.00 0.12 0.03 0.13 0.59 0.15
O5' 0.13 0.24 0.08 0.03 0.23 0.03 0.27 0.01 0.29 0.28 0.27 0.24 0.21 0.30 0.21 0.05 0.10 0.12 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.03 0.30 0.00 1.20 0.59 0.56
OP1 0.27 0.87 0.16 0.12 0.76 0.23 0.96 0.40 1.09 0.71 1.02 0.84 0.72 0.96 0.58 0.14 0.36 0.13 0.02 1.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.54 0.30 0.13 0.52 0.38 0.55 0.36 0.57 0.53 0.56 0.54 0.52 0.55 0.50 0.29 0.14 0.59 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.43 0.14 0.06 0.39 0.04 0.48 0.02 0.52 0.40 0.49 0.41 0.37 0.49 0.33 0.05 0.13 0.15 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.38 0.28 0.74 0.31 0.95 0.50 1.44 0.54 0.32 0.37 0.32 0.66 0.35 0.97 0.66 1.42 1.99 1.54 1.68
C2 0.35 1.06 0.27 0.56 1.12 1.11 0.74 1.28 0.52 0.59 1.30 1.30 1.22 0.18 0.54 0.78 0.85 0.88 0.86 0.89
C2' 0.29 0.35 0.31 0.60 0.27 0.97 0.56 1.60 0.60 0.29 0.32 0.28 0.68 0.53 0.67 0.72 1.60 2.34 1.80 1.98
C3' 0.30 0.35 0.28 0.63 0.26 0.96 0.57 1.59 0.61 0.29 0.32 0.26 0.70 0.48 0.73 0.72 1.63 2.49 1.91 2.07
C4 0.30 0.66 0.26 0.48 0.72 0.96 0.54 1.26 0.46 0.38 0.83 0.86 0.81 0.26 0.44 0.72 1.00 1.31 1.05 1.16
C4' 0.35 0.38 0.27 0.89 0.26 1.02 0.56 1.59 0.60 0.32 0.34 0.25 0.73 0.34 1.17 0.69 1.67 2.44 1.94 2.04
C5 0.29 0.74 0.26 0.47 0.86 1.03 0.57 1.29 0.41 0.37 0.99 1.05 0.87 0.21 0.40 0.78 0.93 1.23 0.99 1.08
C5' 0.36 0.40 0.30 0.92 0.28 0.99 0.56 1.55 0.60 0.34 0.36 0.27 0.73 0.31 1.21 0.68 1.64 2.41 1.94 2.02
C6 0.30 0.95 0.26 0.53 1.12 1.16 0.69 1.40 0.41 0.45 1.28 1.38 1.07 0.18 0.48 0.85 0.91 1.09 0.95 1.01
C8 0.30 0.50 0.26 0.53 0.53 0.90 0.45 1.27 0.42 0.29 0.63 0.65 0.69 0.28 0.63 0.69 1.12 1.64 1.24 1.37
N1 0.32 1.11 0.27 0.61 1.25 1.22 0.78 1.44 0.47 0.55 1.44 1.51 1.25 0.18 0.63 0.84 0.91 1.00 0.94 0.97
N2 0.44 1.32 0.26 0.70 1.32 1.16 0.88 1.31 0.61 0.76 1.56 1.49 1.51 0.15 0.86 0.77 0.84 0.76 0.85 0.83
N3 0.34 0.78 0.27 0.49 0.81 0.99 0.61 1.23 0.51 0.48 0.94 0.93 0.94 0.25 0.36 0.72 0.95 1.11 0.95 1.04
N7 0.30 0.61 0.26 0.46 0.72 0.97 0.49 1.27 0.38 0.30 0.83 0.90 0.75 0.24 0.46 0.76 0.99 1.41 1.08 1.20
N9 0.30 0.49 0.26 0.56 0.49 0.91 0.48 1.30 0.47 0.32 0.58 0.58 0.68 0.30 0.67 0.67 1.17 1.65 1.27 1.40
O2' 0.29 0.29 0.31 0.70 0.29 1.05 0.65 1.74 0.67 0.28 0.24 0.31 0.67 0.58 0.84 0.78 1.81 2.63 2.04 2.22
O3' 0.28 0.31 0.37 0.58 0.26 0.97 0.65 1.67 0.67 0.28 0.26 0.26 0.70 0.60 0.61 0.76 1.76 2.77 2.15 2.30
O4' 0.36 0.40 0.31 0.91 0.29 0.96 0.51 1.45 0.56 0.34 0.37 0.28 0.70 0.29 1.24 0.64 1.50 2.12 1.69 1.78
O5' 0.43 0.39 0.36 0.77 0.34 0.96 0.58 1.47 0.63 0.40 0.37 0.34 0.65 0.39 0.95 0.75 1.51 2.26 1.76 1.87
O6 0.30 1.00 0.26 0.58 1.22 1.25 0.72 1.51 0.38 0.44 1.38 1.53 1.11 0.18 0.56 0.91 0.96 1.16 1.01 1.07
OP1 0.22 0.34 0.26 0.59 0.18 0.78 0.47 1.31 0.48 0.19 0.31 0.20 0.68 0.46 0.78 0.54 1.38 2.26 1.74 1.81
OP2 0.46 0.49 0.42 0.48 0.29 0.87 0.40 1.30 0.47 0.36 0.47 0.30 0.76 0.55 0.58 0.75 1.22 2.02 1.48 1.60
P 0.27 0.32 0.23 0.64 0.18 0.82 0.44 1.32 0.48 0.23 0.30 0.19 0.63 0.34 0.85 0.61 1.36 2.14 1.65 1.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.25 0.01 0.09 0.57 0.14 0.19
C2 0.02 0.00 0.12 0.19 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.15 0.03 0.22 0.73 0.49 0.20
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.14 0.04 0.03 0.11 0.07 0.17 0.00 0.02 0.02 0.32 0.57 0.18 0.38
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.37 0.01 0.41 0.02 0.36 0.22 0.27 0.40 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.09 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.07 0.37 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.16 0.03 0.39 0.83 0.86 0.30
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.11 0.18 0.04 0.27 0.02 0.00 0.02 0.05 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.41 0.01 0.21 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.27 0.04 0.43 0.84 0.87 0.31
C5' 0.04 0.11 0.14 0.02 0.24 0.01 0.28 0.00 0.24 0.12 0.17 0.26 0.07 0.12 0.20 0.02 0.01 0.18 0.34 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.36 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.22 0.05 0.34 0.79 0.60 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.06 0.02 0.20 0.71 0.40 0.17
N3 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.06 0.03 0.30 0.79 0.70 0.25
N4 0.03 0.02 0.07 0.40 0.01 0.18 0.02 0.26 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.31 0.20 0.03 0.44 0.83 1.01 0.35
O2 0.04 0.01 0.17 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.15 0.35 0.05 0.15 0.67 0.37 0.18
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.28 0.27 0.26 0.12 0.21 0.17 0.26 0.31 0.15 0.00 0.04 0.18 0.21 0.40 0.13 0.28
O3' 0.25 0.15 0.02 0.01 0.16 0.02 0.27 0.20 0.22 0.06 0.06 0.20 0.35 0.04 0.00 0.13 0.21 0.46 0.30 0.30
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.18 0.13 0.00 0.07 0.45 0.17 0.13
O5' 0.09 0.22 0.32 0.04 0.39 0.02 0.43 0.01 0.34 0.20 0.30 0.44 0.15 0.21 0.21 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.57 0.73 0.57 0.09 0.83 0.05 0.84 0.18 0.79 0.71 0.79 0.83 0.67 0.40 0.46 0.45 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.49 0.18 0.09 0.86 0.19 0.87 0.34 0.60 0.40 0.70 1.01 0.37 0.13 0.30 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.20 0.38 0.06 0.30 0.04 0.31 0.02 0.22 0.17 0.25 0.35 0.18 0.28 0.30 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00