ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51176

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.022, 0.040, 0.058, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.013, 0.033, 0.052, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.023, 0.044, 0.065, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.044 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.026, 0.051, 0.077, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.051 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.040, 0.074, 0.109, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.074 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.044, 0.081, 0.118, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.081 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.054, 0.099, 0.145, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.099 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.191, 0.570, 0.949, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.570 std_dev=0.379
C2' B 0, 0.327, 0.773, 1.219, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.773 std_dev=0.446
C2' A 0, 0.211, 0.667, 1.122, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.667 std_dev=0.455
O2' A 0, 0.321, 0.834, 1.348, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.834 std_dev=0.514
O2' B 0, 0.493, 1.031, 1.570, 1.584 max_d=1.584 avg_d=1.031 std_dev=0.538
C4' A 0, 0.300, 0.872, 1.443, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.872 std_dev=0.572
C3' A 0, 0.317, 0.998, 1.680, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.998 std_dev=0.682
C3' B 0, 0.242, 1.128, 2.014, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.128 std_dev=0.886
OP2 A 0, 0.440, 1.373, 2.306, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.373 std_dev=0.933
O3' A 0, 0.486, 1.465, 2.444, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.465 std_dev=0.979
C5' A 0, 0.538, 1.529, 2.520, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.529 std_dev=0.991
O5' A 0, 0.639, 1.656, 2.673, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.656 std_dev=1.017
C6 B 0, 0.943, 1.992, 3.041, 2.882 max_d=2.882 avg_d=1.992 std_dev=1.049
P A 0, 0.426, 1.576, 2.726, 2.907 max_d=2.907 avg_d=1.576 std_dev=1.150
C5 B 0, 1.155, 2.348, 3.541, 3.235 max_d=3.235 avg_d=2.348 std_dev=1.193
C1' B 0, 0.584, 1.837, 3.091, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.837 std_dev=1.253
N1 B 0, 0.880, 2.207, 3.534, 3.611 max_d=3.611 avg_d=2.207 std_dev=1.327
O3' B 0, 0.192, 1.860, 3.527, 3.910 max_d=3.910 avg_d=1.860 std_dev=1.667
C4 B 0, 1.465, 3.306, 5.147, 5.093 max_d=5.093 avg_d=3.306 std_dev=1.841
OP1 A 0, 0.969, 2.855, 4.741, 4.905 max_d=4.905 avg_d=2.855 std_dev=1.886
C4' B 0, 0.003, 1.893, 3.784, 4.234 max_d=4.234 avg_d=1.893 std_dev=1.891
O4' B 0, 0.201, 2.132, 4.064, 4.489 max_d=4.489 avg_d=2.132 std_dev=1.931
C2 B 0, 1.153, 3.256, 5.358, 5.647 max_d=5.647 avg_d=3.256 std_dev=2.102
N4 B 0, 1.765, 3.957, 6.149, 6.059 max_d=6.059 avg_d=3.957 std_dev=2.192
O5' B 0, 0.431, 2.785, 5.138, 5.666 max_d=5.666 avg_d=2.785 std_dev=2.353
N3 B 0, 1.415, 3.826, 6.238, 6.527 max_d=6.527 avg_d=3.826 std_dev=2.412
O2 B 0, 1.223, 3.848, 6.473, 6.923 max_d=6.923 avg_d=3.848 std_dev=2.625
C5' B 0, 0.074, 2.896, 5.719, 6.338 max_d=6.338 avg_d=2.896 std_dev=2.823
P B 0, 0.749, 3.892, 7.035, 7.664 max_d=7.664 avg_d=3.892 std_dev=3.143
OP2 B 0, 1.720, 4.920, 8.121, 8.150 max_d=8.150 avg_d=4.920 std_dev=3.201
OP1 B 0, 0.389, 4.708, 9.027, 10.028 max_d=10.028 avg_d=4.708 std_dev=4.319

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.23 0.08
C2 0.02 0.00 0.25 0.26 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.34 0.09 0.21 0.01 0.21 0.25 0.16
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.03 0.05 0.02 0.09 0.16 0.18 0.32 0.26 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.07 0.43 0.13
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.02 0.12 0.16 0.21 0.32 0.25 0.11 0.05 0.02 0.01 0.02 0.15 0.10 0.11 0.55 0.17
C4 0.01 0.01 0.12 0.14 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.06 0.21 0.01 0.19 0.21 0.15
C4' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.11 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.10 0.08 0.37 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.04 0.29 0.01 0.26 0.33 0.23
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.15 0.00 0.21 0.00 0.22 0.22 0.19 0.12 0.11 0.25 0.14 0.04 0.05 0.01 0.01 0.26 0.12 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.06 0.32 0.01 0.30 0.40 0.27
C8 0.02 0.01 0.16 0.16 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.19 0.05 0.28 0.02 0.20 0.21 0.19
N1 0.01 0.00 0.18 0.21 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.08 0.27 0.01 0.27 0.34 0.23
N2 0.03 0.00 0.32 0.32 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.43 0.11 0.19 0.01 0.20 0.24 0.14
N3 0.02 0.00 0.26 0.25 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.30 0.09 0.17 0.01 0.17 0.19 0.12
N7 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.03 0.33 0.02 0.28 0.36 0.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.17 0.01 0.13 0.16 0.11
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.10 0.05 0.09 0.04 0.12 0.13 0.17 0.29 0.21 0.12 0.04 0.00 0.03 0.07 0.08 0.12 0.11 0.46 0.10
O3' 0.02 0.34 0.01 0.01 0.16 0.02 0.09 0.05 0.15 0.19 0.27 0.43 0.30 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.19 0.12 0.19 0.73 0.22
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.11 0.09 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.13 0.05 0.13 0.29 0.17
O5' 0.04 0.21 0.09 0.15 0.21 0.03 0.29 0.01 0.32 0.28 0.27 0.19 0.17 0.33 0.17 0.08 0.19 0.13 0.00 0.36 0.02 0.03 0.01
O6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.05 0.36 0.00 0.35 0.48 0.32
OP1 0.07 0.21 0.07 0.11 0.19 0.08 0.26 0.12 0.30 0.20 0.27 0.20 0.17 0.28 0.13 0.11 0.19 0.13 0.02 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.25 0.43 0.55 0.21 0.37 0.33 0.30 0.40 0.21 0.34 0.24 0.19 0.36 0.16 0.46 0.73 0.29 0.03 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.13 0.17 0.15 0.07 0.23 0.02 0.27 0.19 0.23 0.14 0.12 0.27 0.11 0.10 0.22 0.17 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 1.45 0.22 0.66 1.29 1.76 0.42 2.42 0.16 0.43 1.81 1.57 1.93 0.12 0.72 1.44 1.86 2.57 1.93 2.18
C2 0.52 1.47 0.27 0.69 1.20 0.97 0.70 1.34 0.48 0.83 1.56 1.31 1.91 0.32 1.24 0.26 1.04 1.41 1.55 1.24
C2' 0.25 1.14 0.52 0.12 0.98 1.30 0.31 1.82 0.20 0.33 1.40 1.20 1.53 0.44 0.10 1.33 1.33 1.87 1.31 1.60
C3' 0.30 1.02 0.54 0.08 0.86 1.33 0.14 1.95 0.30 0.20 1.30 1.10 1.43 0.50 0.19 1.42 1.49 2.19 1.54 1.85
C4 0.18 1.57 0.21 0.73 1.33 1.46 0.59 2.01 0.24 0.67 1.80 1.54 2.10 0.20 1.06 0.87 1.54 2.12 1.91 1.82
C4' 0.44 1.09 0.26 0.50 0.96 1.75 0.13 2.53 0.45 0.12 1.47 1.29 1.53 0.22 0.35 1.69 2.05 2.97 2.11 2.51
C5 0.23 1.58 0.22 0.72 1.37 1.36 0.63 1.92 0.27 0.69 1.84 1.60 2.09 0.24 1.10 0.75 1.49 2.12 1.99 1.82
C5' 0.46 1.08 0.25 0.56 0.93 1.81 0.19 2.66 0.53 0.12 1.47 1.28 1.56 0.24 0.41 1.71 2.22 3.33 2.41 2.79
C6 0.39 1.55 0.25 0.70 1.34 1.11 0.70 1.59 0.40 0.78 1.75 1.53 2.01 0.30 1.19 0.44 1.25 1.79 1.86 1.55
C8 0.10 1.55 0.19 0.72 1.39 1.64 0.51 2.31 0.13 0.53 1.91 1.70 2.07 0.15 0.93 1.18 1.81 2.61 2.16 2.20
N1 0.52 1.49 0.27 0.68 1.26 0.91 0.73 1.30 0.49 0.84 1.62 1.39 1.91 0.34 1.24 0.22 1.03 1.46 1.66 1.28
N2 0.72 1.32 0.30 0.63 1.07 0.58 0.73 0.85 0.60 0.90 1.33 1.12 1.65 0.38 1.30 0.26 0.69 0.94 1.26 0.85
N3 0.31 1.53 0.23 0.73 1.24 1.33 0.62 1.76 0.33 0.74 1.66 1.38 2.04 0.24 1.13 0.66 1.34 1.77 1.68 1.55
N7 0.12 1.59 0.20 0.72 1.41 1.50 0.58 2.13 0.18 0.62 1.91 1.70 2.10 0.20 1.03 0.96 1.67 2.43 2.14 2.05
N9 0.09 1.55 0.19 0.71 1.35 1.66 0.51 2.29 0.13 0.54 1.86 1.61 2.07 0.14 0.91 1.19 1.77 2.47 2.03 2.10
O2' 0.41 0.89 0.47 0.12 0.84 1.26 0.30 1.69 0.33 0.20 1.16 1.04 1.16 0.33 0.24 1.49 1.22 1.62 1.03 1.42
O3' 0.38 0.72 0.67 0.24 0.58 1.07 0.27 1.62 0.46 0.19 0.94 0.78 1.06 0.65 0.66 1.39 1.20 1.80 1.21 1.55
O4' 0.37 1.43 0.22 0.78 1.33 1.93 0.42 2.75 0.35 0.39 1.87 1.68 1.90 0.13 0.81 1.61 2.21 3.17 2.34 2.67
O5' 0.32 1.21 0.31 0.56 1.02 1.75 0.18 2.61 0.43 0.19 1.58 1.36 1.73 0.32 0.48 1.57 2.18 3.29 2.53 2.76
O6 0.42 1.55 0.26 0.68 1.36 1.02 0.73 1.50 0.43 0.80 1.76 1.57 1.98 0.33 1.19 0.36 1.20 1.75 1.88 1.51
OP1 0.40 1.10 0.35 0.53 0.90 1.75 0.29 2.65 0.57 0.17 1.47 1.25 1.62 0.37 0.41 1.64 2.26 3.50 2.69 2.93
OP2 0.43 1.23 0.31 0.68 1.06 1.80 0.36 2.62 0.53 0.32 1.61 1.41 1.75 0.30 0.63 1.58 2.20 3.34 2.54 2.78
P 0.34 1.25 0.28 0.61 1.07 1.80 0.18 2.68 0.43 0.21 1.65 1.45 1.78 0.28 0.55 1.58 2.24 3.43 2.62 2.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.23 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.19 0.04 0.19 0.44 0.33 0.19
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.04 0.24 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.13 0.03 0.15 0.07 0.25 0.01 0.01 0.01 0.05 0.22 0.16 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.20 0.63 0.57 0.22
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.24 0.01
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.05 0.16 0.63 0.61 0.17
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.10 0.12 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.12 0.37 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.06 0.13 0.51 0.45 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.13 0.40 0.29 0.12
N3 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.03 0.21 0.55 0.45 0.23
N4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.21 0.69 0.66 0.25
O2 0.03 0.00 0.24 0.25 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.32 0.06 0.20 0.37 0.27 0.20
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.05 0.18 0.00 0.04 0.03 0.03 0.14 0.16 0.03
O3' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.06 0.03 0.11 0.03 0.15 0.03 0.18 0.08 0.32 0.04 0.00 0.02 0.11 0.48 0.32 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.00 0.09 0.24 0.08 0.07
O5' 0.08 0.19 0.03 0.05 0.20 0.01 0.16 0.00 0.13 0.13 0.21 0.21 0.20 0.03 0.11 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.44 0.08 0.22 0.63 0.08 0.63 0.12 0.51 0.40 0.55 0.69 0.37 0.14 0.48 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.33 0.05 0.16 0.57 0.24 0.61 0.37 0.45 0.29 0.45 0.66 0.27 0.16 0.32 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.19 0.04 0.04 0.22 0.01 0.17 0.01 0.11 0.12 0.23 0.25 0.20 0.03 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00