ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51177

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O2' B 0, 0.199, 0.425, 0.650, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.425 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.355, 0.736, 1.118, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.736 std_dev=0.382
O4' A 0, 0.786, 1.763, 2.740, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.763 std_dev=0.977
C2' A 0, 0.881, 1.949, 3.017, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.949 std_dev=1.068
C4' A 0, 1.002, 2.269, 3.537, 3.187 max_d=3.187 avg_d=2.269 std_dev=1.268
C3' B 0, 1.055, 2.382, 3.709, 3.483 max_d=3.483 avg_d=2.382 std_dev=1.327
C3' A 0, 1.140, 2.592, 4.044, 3.567 max_d=3.567 avg_d=2.592 std_dev=1.452
C1' B 0, 1.279, 2.834, 4.389, 3.901 max_d=3.901 avg_d=2.834 std_dev=1.555
O2' A 0, 1.316, 2.874, 4.432, 3.875 max_d=3.875 avg_d=2.874 std_dev=1.558
O3' A 0, 1.367, 3.146, 4.926, 4.305 max_d=4.305 avg_d=3.146 std_dev=1.779
O3' B 0, 1.703, 3.732, 5.762, 5.131 max_d=5.131 avg_d=3.732 std_dev=2.030
C4' B 0, 1.737, 3.879, 6.021, 5.401 max_d=5.401 avg_d=3.879 std_dev=2.142
O4' B 0, 1.826, 4.066, 6.305, 5.579 max_d=5.579 avg_d=4.066 std_dev=2.240
N1 B 0, 1.845, 4.101, 6.357, 5.447 max_d=5.447 avg_d=4.101 std_dev=2.256
O2 B 0, 1.924, 4.383, 6.843, 5.942 max_d=5.942 avg_d=4.383 std_dev=2.460
C5' A 0, 2.009, 4.517, 7.024, 6.165 max_d=6.165 avg_d=4.517 std_dev=2.507
O5' B 0, 2.087, 4.630, 7.174, 6.668 max_d=6.668 avg_d=4.630 std_dev=2.543
C6 B 0, 2.214, 4.883, 7.552, 6.540 max_d=6.540 avg_d=4.883 std_dev=2.669
C5' B 0, 2.183, 4.890, 7.598, 6.771 max_d=6.771 avg_d=4.890 std_dev=2.707
C2 B 0, 2.184, 4.906, 7.628, 6.557 max_d=6.557 avg_d=4.906 std_dev=2.722
O5' A 0, 2.573, 5.764, 8.954, 7.815 max_d=7.815 avg_d=5.764 std_dev=3.191
OP2 B 0, 2.818, 6.129, 9.439, 8.850 max_d=8.850 avg_d=6.129 std_dev=3.311
C5 B 0, 2.826, 6.227, 9.628, 8.336 max_d=8.336 avg_d=6.227 std_dev=3.401
P B 0, 2.949, 6.500, 10.051, 9.202 max_d=9.202 avg_d=6.500 std_dev=3.551
N3 B 0, 2.891, 6.465, 10.039, 8.675 max_d=8.675 avg_d=6.465 std_dev=3.574
C4 B 0, 3.177, 7.042, 10.907, 9.465 max_d=9.465 avg_d=7.042 std_dev=3.865
P A 0, 3.537, 8.070, 12.604, 10.880 max_d=10.880 avg_d=8.070 std_dev=4.533
OP1 B 0, 3.747, 8.286, 12.824, 11.489 max_d=11.489 avg_d=8.286 std_dev=4.539
N4 B 0, 3.889, 8.598, 13.308, 11.568 max_d=11.568 avg_d=8.598 std_dev=4.709
OP1 A 0, 3.964, 8.886, 13.809, 11.935 max_d=11.935 avg_d=8.886 std_dev=4.922
OP2 A 0, 3.788, 8.727, 13.665, 11.670 max_d=11.670 avg_d=8.727 std_dev=4.939

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.20 0.02 0.19 0.10 0.12
C2 0.03 0.00 0.07 0.16 0.00 0.47 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.08 0.37 0.58 0.02 0.79 1.16 0.93
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.03 0.07 0.15 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.08 0.41 0.13
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.23 0.04 0.17 0.42 0.02 0.29 0.18 0.41 0.19 0.02 0.00 0.02 0.04 0.24 0.12 0.27 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.17 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.19 0.10 0.01 0.06 0.24 0.10
C4' 0.01 0.47 0.03 0.00 0.17 0.00 0.04 0.00 0.12 0.36 0.32 0.62 0.45 0.27 0.07 0.22 0.02 0.00 0.01 0.07 0.15 0.21 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.04 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.20 0.08 0.48 0.01 0.44 0.32 0.39
C5' 0.09 1.04 0.15 0.04 0.45 0.00 0.19 0.00 0.40 0.47 0.77 1.34 0.96 0.32 0.05 0.09 0.12 0.01 0.01 0.27 0.27 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.01 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.20 0.16 0.28 0.01 0.21 0.14 0.16
C8 0.02 0.01 0.08 0.42 0.01 0.36 0.01 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.26 0.22 1.10 0.02 1.10 1.06 1.11
N1 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01 0.32 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.29 0.23 0.02 0.40 0.66 0.50
N2 0.04 0.00 0.10 0.29 0.01 0.62 0.01 1.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.15 0.44 0.99 0.02 1.32 1.78 1.48
N3 0.03 0.00 0.07 0.18 0.00 0.45 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.09 0.36 0.52 0.02 0.66 1.03 0.80
N7 0.01 0.01 0.09 0.41 0.01 0.27 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.30 0.11 1.03 0.01 1.05 1.07 1.05
N9 0.01 0.01 0.04 0.19 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.01 0.48 0.01 0.44 0.24 0.39
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.06 0.22 0.14 0.09 0.10 0.31 0.12 0.34 0.21 0.28 0.14 0.00 0.04 0.13 0.09 0.14 0.13 0.40 0.07
O3' 0.11 0.08 0.04 0.00 0.08 0.02 0.20 0.12 0.20 0.26 0.11 0.15 0.09 0.30 0.09 0.04 0.00 0.08 0.05 0.27 0.19 0.22 0.09
O4' 0.00 0.37 0.01 0.02 0.19 0.00 0.08 0.01 0.16 0.22 0.29 0.44 0.36 0.11 0.01 0.13 0.08 0.00 0.24 0.11 0.29 0.10 0.22
O5' 0.20 0.58 0.03 0.04 0.10 0.01 0.48 0.01 0.28 1.10 0.23 0.99 0.52 1.03 0.48 0.09 0.05 0.24 0.00 0.47 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.27 0.11 0.47 0.00 0.43 0.38 0.38
OP1 0.19 0.79 0.08 0.12 0.06 0.15 0.44 0.27 0.21 1.10 0.40 1.32 0.66 1.05 0.44 0.13 0.19 0.29 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 1.16 0.41 0.27 0.24 0.21 0.32 0.28 0.14 1.06 0.66 1.78 1.03 1.07 0.24 0.40 0.22 0.10 0.02 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.93 0.13 0.07 0.10 0.02 0.39 0.02 0.16 1.11 0.50 1.48 0.80 1.05 0.39 0.07 0.09 0.22 0.00 0.38 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.68 0.11 0.09 0.74 0.46 0.46 0.55 0.26 0.35 0.85 0.88 0.78 0.12 0.23 0.33 0.26 0.19 0.11 0.26
C2 0.45 1.34 0.13 0.38 1.63 0.57 1.33 0.61 1.00 0.97 1.66 1.82 1.26 0.16 0.78 0.08 0.51 0.65 0.44 0.57
C2' 0.23 0.33 0.11 0.15 0.44 0.45 0.30 0.44 0.19 0.19 0.47 0.55 0.33 0.10 0.32 0.46 0.19 0.14 0.27 0.16
C3' 0.47 0.70 0.64 0.86 0.77 0.37 0.68 0.38 0.59 0.59 0.79 0.84 0.69 0.60 1.14 0.29 0.73 0.86 1.10 0.78
C4 0.34 1.19 0.14 0.16 1.39 0.50 1.05 0.59 0.76 0.78 1.47 1.59 1.22 0.17 0.34 0.10 0.40 0.46 0.25 0.45
C4' 0.94 1.25 1.11 1.30 1.23 0.77 1.06 0.69 0.97 1.06 1.32 1.28 1.33 1.06 1.61 0.70 1.03 1.19 1.35 1.06
C5 0.45 1.42 0.15 0.23 1.71 0.49 1.31 0.60 0.96 0.96 1.79 1.98 1.43 0.16 0.49 0.05 0.46 0.56 0.33 0.52
C5' 1.93 2.14 2.12 2.31 2.12 1.76 2.00 1.67 1.94 2.02 2.17 2.15 2.16 2.04 2.58 1.68 2.02 2.11 2.29 2.01
C6 0.56 1.62 0.15 0.35 2.01 0.51 1.59 0.62 1.18 1.13 2.06 2.33 1.56 0.15 0.75 0.14 0.53 0.70 0.47 0.61
C8 0.32 1.17 0.15 0.07 1.35 0.44 0.98 0.58 0.67 0.73 1.46 1.58 1.25 0.16 0.15 0.10 0.35 0.37 0.17 0.38
N1 0.56 1.59 0.14 0.42 2.00 0.55 1.61 0.62 1.21 1.15 2.02 2.27 1.49 0.15 0.90 0.15 0.56 0.75 0.52 0.64
N2 0.44 1.26 0.12 0.51 1.59 0.63 1.35 0.61 1.06 0.97 1.56 1.74 1.08 0.16 1.04 0.12 0.56 0.72 0.52 0.62
N3 0.31 1.09 0.13 0.22 1.28 0.55 0.99 0.59 0.73 0.74 1.34 1.44 1.09 0.17 0.43 0.14 0.42 0.49 0.29 0.46
N7 0.43 1.38 0.15 0.16 1.65 0.46 1.24 0.60 0.88 0.91 1.74 1.93 1.42 0.16 0.35 0.03 0.42 0.49 0.27 0.47
N9 0.25 1.01 0.14 0.06 1.15 0.46 0.82 0.57 0.56 0.62 1.26 1.34 1.09 0.16 0.10 0.17 0.33 0.33 0.14 0.36
O2' 0.97 0.54 0.71 0.59 0.43 1.15 0.61 1.12 0.77 0.76 0.39 0.33 0.50 0.67 0.32 1.25 0.82 0.68 0.52 0.79
O3' 0.24 0.31 0.37 0.70 0.35 0.28 0.31 0.32 0.28 0.27 0.35 0.38 0.30 0.32 1.08 0.23 0.66 0.88 1.10 0.76
O4' 0.74 1.29 0.79 0.81 1.26 0.30 0.98 0.18 0.82 0.96 1.41 1.36 1.44 0.78 1.02 0.40 0.46 0.57 0.73 0.45
O5' 2.05 2.09 2.25 2.60 2.12 2.07 2.10 2.03 2.07 2.08 2.10 2.13 2.04 2.03 2.90 1.91 2.48 2.57 2.89 2.54
O6 0.62 1.74 0.15 0.39 2.24 0.50 1.77 0.63 1.31 1.24 2.26 2.62 1.66 0.15 0.84 0.21 0.58 0.78 0.53 0.67
OP1 2.56 2.38 2.87 3.47 2.50 2.98 2.62 3.13 2.65 2.54 2.38 2.48 2.21 2.43 3.75 2.59 3.76 3.85 4.37 3.90
OP2 3.01 2.99 3.34 3.56 3.22 2.97 3.31 3.08 3.26 3.12 3.06 3.24 2.76 3.01 3.50 2.83 3.55 3.36 3.88 3.52
P 2.79 2.70 3.07 3.51 2.81 2.94 2.87 2.98 2.87 2.80 2.72 2.81 2.55 2.69 3.74 2.70 3.49 3.47 3.89 3.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.10 0.01 0.25 0.16 0.43 0.22
C2 0.02 0.00 0.20 0.30 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.20 0.08 0.60 0.25 1.07 0.63
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.05 0.03 0.09 0.14 0.14 0.03 0.16 0.06 0.35 0.00 0.04 0.01 0.03 0.16 0.09 0.04
C3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.33 0.00 0.25 0.02 0.19 0.19 0.35 0.36 0.32 0.02 0.01 0.02 0.08 0.15 0.13 0.10
C4 0.01 0.01 0.05 0.33 0.00 0.16 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.26 0.05 0.87 0.65 1.70 1.06
C4' 0.01 0.09 0.03 0.00 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.08 0.12 0.18 0.10 0.23 0.02 0.01 0.01 0.32 0.08 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.18 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.22 0.13 0.87 0.68 1.70 1.08
C5' 0.08 0.09 0.14 0.02 0.14 0.00 0.15 0.00 0.11 0.04 0.12 0.18 0.12 0.08 0.13 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.19 0.01 0.16 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.24 0.15 0.15 0.72 0.46 1.31 0.84
N1 0.00 0.01 0.03 0.19 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.02 0.55 0.20 0.96 0.58
N3 0.01 0.00 0.16 0.35 0.00 0.12 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.26 0.05 0.76 0.46 1.42 0.86
N4 0.01 0.01 0.06 0.36 0.00 0.18 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.31 0.06 0.96 0.81 1.93 1.20
O2 0.05 0.01 0.35 0.32 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.23 0.17 0.47 0.17 0.81 0.45
O2' 0.03 0.13 0.00 0.02 0.26 0.23 0.28 0.08 0.24 0.15 0.19 0.28 0.12 0.00 0.03 0.15 0.05 0.09 0.05 0.03
O3' 0.10 0.20 0.04 0.01 0.26 0.02 0.22 0.13 0.15 0.09 0.26 0.31 0.23 0.03 0.00 0.08 0.13 0.18 0.34 0.19
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.13 0.01 0.15 0.02 0.05 0.06 0.17 0.15 0.08 0.00 0.29 0.23 0.40 0.23
O5' 0.25 0.60 0.03 0.08 0.87 0.01 0.87 0.01 0.72 0.55 0.76 0.96 0.47 0.05 0.13 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.25 0.16 0.15 0.65 0.32 0.68 0.08 0.46 0.20 0.46 0.81 0.17 0.09 0.18 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.07 0.09 0.13 1.70 0.08 1.70 0.03 1.31 0.96 1.42 1.93 0.81 0.05 0.34 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.63 0.04 0.10 1.06 0.10 1.08 0.01 0.84 0.58 0.86 1.20 0.45 0.03 0.19 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00