ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51178

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.002, 0.017, 0.036, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.018, 0.043, 0.069, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.043 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.021, 0.049, 0.077, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.022, 0.050, 0.078, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.050 std_dev=0.028
N2 A 0, -0.001, 0.050, 0.101, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.050 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.004, 0.121, 0.239, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.121 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.018, 0.146, 0.275, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.146 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.066, 0.208, 0.349, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.208 std_dev=0.142
C3' A 0, 0.038, 0.249, 0.460, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.249 std_dev=0.211
C4' A 0, 0.046, 0.261, 0.475, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.261 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.159, 0.402, 0.646, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.402 std_dev=0.244
O2' B 0, 0.126, 0.400, 0.674, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.400 std_dev=0.274
O3' A 0, 0.049, 0.354, 0.660, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.354 std_dev=0.305
C5' A 0, 0.077, 0.427, 0.776, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.427 std_dev=0.349
O5' A 0, -0.078, 0.455, 0.988, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.455 std_dev=0.533
P A 0, 0.086, 0.672, 1.257, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.672 std_dev=0.586
OP2 A 0, 0.214, 0.837, 1.459, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.837 std_dev=0.622
OP1 A 0, 0.172, 0.817, 1.462, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.817 std_dev=0.645
C3' B 0, 0.096, 1.257, 2.419, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.257 std_dev=1.161
C1' B 0, -0.101, 1.395, 2.891, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.395 std_dev=1.496
N1 B 0, -0.101, 1.768, 3.637, 4.507 max_d=4.507 avg_d=1.768 std_dev=1.869
O3' B 0, 0.015, 1.928, 3.841, 4.397 max_d=4.397 avg_d=1.928 std_dev=1.913
C4' B 0, -0.165, 1.976, 4.116, 4.981 max_d=4.981 avg_d=1.976 std_dev=2.140
C6 B 0, 0.033, 2.207, 4.381, 5.275 max_d=5.275 avg_d=2.207 std_dev=2.174
O4' B 0, -0.158, 2.052, 4.263, 5.237 max_d=5.237 avg_d=2.052 std_dev=2.211
C2 B 0, -0.215, 2.147, 4.510, 5.562 max_d=5.562 avg_d=2.147 std_dev=2.363
C5 B 0, 0.064, 2.497, 4.931, 5.895 max_d=5.895 avg_d=2.497 std_dev=2.433
O2 B 0, -0.045, 2.461, 4.968, 6.028 max_d=6.028 avg_d=2.461 std_dev=2.507
C4 B 0, -0.108, 2.610, 5.328, 6.504 max_d=6.504 avg_d=2.610 std_dev=2.718
O5' B 0, -0.096, 2.781, 5.659, 6.548 max_d=6.548 avg_d=2.781 std_dev=2.878
N3 B 0, -0.291, 2.603, 5.497, 6.763 max_d=6.763 avg_d=2.603 std_dev=2.894
C5' B 0, -0.244, 2.931, 6.107, 7.251 max_d=7.251 avg_d=2.931 std_dev=3.175
N4 B 0, -0.132, 3.058, 6.248, 7.606 max_d=7.606 avg_d=3.058 std_dev=3.190
OP2 B 0, -0.105, 3.121, 6.347, 7.624 max_d=7.624 avg_d=3.121 std_dev=3.226
P B 0, -0.216, 3.585, 7.385, 8.547 max_d=8.547 avg_d=3.585 std_dev=3.801
OP1 B 0, -0.251, 4.378, 9.006, 10.459 max_d=10.459 avg_d=4.378 std_dev=4.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.02 0.28 0.07 0.20
C2 0.04 0.00 0.13 0.17 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.21 0.04 0.43 0.03 0.43 0.37 0.46
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.10 0.16 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.05 0.26 0.15 0.22
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.10 0.08 0.15 0.20 0.16 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.28 0.09 0.31 0.15 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.45 0.02 0.45 0.33 0.45
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.11 0.09 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.16 0.17 0.02
C5 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.55 0.01 0.58 0.46 0.59
C5' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.12 0.09 0.13 0.14 0.12 0.10 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.12 0.23 0.30 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.58 0.01 0.61 0.53 0.63
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.54 0.02 0.57 0.37 0.53
N1 0.03 0.01 0.10 0.15 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.03 0.51 0.02 0.53 0.47 0.56
N2 0.05 0.01 0.16 0.20 0.02 0.11 0.03 0.14 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.15 0.26 0.05 0.39 0.05 0.38 0.35 0.42
N3 0.05 0.00 0.13 0.16 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.18 0.05 0.38 0.03 0.37 0.29 0.39
N7 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.60 0.03 0.65 0.51 0.64
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.41 0.02 0.43 0.25 0.39
O2' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.15 0.11 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.11 0.09 0.05
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.11 0.02 0.09 0.02 0.13 0.09 0.19 0.26 0.18 0.08 0.04 0.04 0.00 0.02 0.21 0.12 0.31 0.16 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.11 0.02 0.25 0.12 0.07
O5' 0.22 0.43 0.24 0.28 0.45 0.01 0.55 0.01 0.58 0.54 0.51 0.39 0.38 0.60 0.41 0.05 0.21 0.11 0.00 0.62 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.03 0.05 0.09 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.12 0.02 0.62 0.00 0.68 0.61 0.70
OP1 0.28 0.43 0.26 0.31 0.45 0.16 0.58 0.23 0.61 0.57 0.53 0.38 0.37 0.65 0.43 0.11 0.31 0.25 0.01 0.68 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.37 0.15 0.15 0.33 0.17 0.46 0.30 0.53 0.37 0.47 0.35 0.29 0.51 0.25 0.09 0.16 0.12 0.02 0.61 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.46 0.22 0.23 0.45 0.02 0.59 0.02 0.63 0.53 0.56 0.42 0.39 0.64 0.39 0.05 0.17 0.07 0.00 0.70 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 1.66 0.17 0.90 1.42 1.45 0.84 2.11 0.65 0.89 1.87 1.60 2.16 0.17 1.46 0.88 1.68 2.75 1.52 2.01
C2 0.49 0.93 0.23 0.35 0.80 0.49 0.58 0.71 0.50 0.65 0.96 0.84 1.13 0.23 0.77 0.31 0.53 1.08 0.49 0.64
C2' 0.39 1.30 0.13 1.02 1.06 1.72 0.55 2.37 0.52 0.55 1.51 1.24 1.82 0.18 1.48 1.21 1.92 2.86 1.69 2.22
C3' 0.42 1.25 0.17 1.08 1.04 1.81 0.55 2.52 0.57 0.50 1.51 1.26 1.77 0.21 1.53 1.33 2.09 3.12 1.89 2.45
C4 0.54 1.33 0.21 0.60 1.14 0.94 0.74 1.36 0.59 0.81 1.44 1.24 1.69 0.22 1.11 0.53 1.06 1.87 0.96 1.27
C4' 0.44 1.61 0.11 1.04 1.41 1.71 0.76 2.50 0.61 0.75 1.92 1.67 2.14 0.16 1.58 1.15 2.07 3.28 1.91 2.51
C5 0.54 1.25 0.22 0.51 1.09 0.78 0.73 1.16 0.59 0.78 1.36 1.19 1.55 0.23 1.00 0.45 0.90 1.70 0.84 1.11
C5' 0.43 1.61 0.11 1.05 1.44 1.70 0.76 2.48 0.61 0.74 1.94 1.72 2.13 0.17 1.59 1.13 2.07 3.33 1.93 2.52
C6 0.52 1.02 0.22 0.36 0.91 0.50 0.66 0.77 0.55 0.70 1.09 0.98 1.24 0.22 0.78 0.36 0.60 1.25 0.57 0.74
C8 0.56 1.52 0.20 0.72 1.34 1.13 0.83 1.68 0.64 0.87 1.71 1.50 1.94 0.21 1.26 0.66 1.34 2.36 1.25 1.65
N1 0.50 0.87 0.22 0.27 0.77 0.34 0.59 0.54 0.51 0.63 0.90 0.81 1.02 0.23 0.66 0.32 0.41 0.95 0.40 0.51
N2 0.46 0.67 0.24 0.22 0.59 0.22 0.48 0.33 0.44 0.53 0.67 0.60 0.77 0.25 0.55 0.29 0.25 0.65 0.26 0.31
N3 0.52 1.21 0.22 0.55 1.01 0.85 0.67 1.19 0.54 0.75 1.27 1.08 1.54 0.22 1.04 0.47 0.90 1.60 0.80 1.06
N7 0.55 1.38 0.21 0.59 1.22 0.92 0.79 1.38 0.62 0.83 1.53 1.36 1.73 0.22 1.11 0.53 1.10 2.01 1.03 1.35
N9 0.55 1.53 0.20 0.75 1.31 1.19 0.81 1.74 0.63 0.87 1.69 1.46 1.96 0.21 1.29 0.70 1.37 2.35 1.26 1.66
O2' 0.47 1.41 0.10 1.09 1.15 1.87 0.63 2.63 0.62 0.62 1.65 1.35 1.95 0.15 1.55 1.36 2.13 3.10 1.88 2.47
O3' 0.60 1.04 0.26 1.19 0.85 2.02 0.60 2.78 0.77 0.45 1.32 1.08 1.56 0.28 1.58 1.64 2.36 3.37 2.16 2.76
O4' 0.57 1.80 0.17 0.94 1.59 1.51 0.94 2.24 0.72 0.96 2.07 1.82 2.31 0.18 1.54 0.92 1.83 3.05 1.70 2.24
O5' 0.64 1.53 0.20 0.98 1.34 1.63 0.78 2.33 0.71 0.82 1.79 1.57 2.01 0.19 1.46 1.19 1.94 3.12 1.81 2.35
O6 0.51 0.95 0.22 0.30 0.86 0.39 0.64 0.63 0.55 0.67 1.01 0.93 1.12 0.22 0.70 0.36 0.49 1.11 0.49 0.63
OP1 0.60 1.55 0.13 1.00 1.35 1.67 0.74 2.45 0.66 0.78 1.84 1.61 2.05 0.13 1.48 1.20 2.08 3.40 2.01 2.58
OP2 0.66 1.40 0.25 0.89 1.22 1.50 0.77 2.14 0.72 0.79 1.62 1.42 1.83 0.24 1.32 1.15 1.80 2.88 1.69 2.18
P 0.65 1.54 0.22 0.97 1.36 1.60 0.80 2.29 0.71 0.83 1.81 1.60 2.00 0.22 1.46 1.16 1.91 3.12 1.80 2.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.00 0.04 0.08 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.13 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.12 0.07 0.21 0.00 0.03 0.00 0.04 0.17 0.08 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.11 0.05 0.19 0.01 0.01 0.01 0.04 0.21 0.13 0.08
C4 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02 0.11 0.14 0.20 0.16
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.13 0.19 0.26 0.20
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.11 0.14 0.21 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.12 0.10
N3 0.03 0.01 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.11 0.14 0.02 0.10 0.09 0.14 0.12
N4 0.03 0.02 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.06 0.02 0.12 0.17 0.23 0.19
O2 0.06 0.00 0.21 0.19 0.02 0.10 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.20 0.25 0.02 0.10 0.12 0.07 0.07
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05 0.05 0.01 0.11 0.07 0.20 0.00 0.05 0.04 0.03 0.17 0.07 0.04
O3' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.14 0.06 0.25 0.05 0.00 0.02 0.06 0.27 0.18 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.13 0.08
O5' 0.04 0.09 0.04 0.04 0.11 0.02 0.13 0.01 0.11 0.07 0.10 0.12 0.10 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.08 0.08 0.17 0.21 0.14 0.13 0.19 0.11 0.14 0.08 0.09 0.17 0.12 0.17 0.27 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.10 0.08 0.13 0.20 0.04 0.26 0.02 0.21 0.12 0.14 0.23 0.07 0.07 0.18 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.04 0.08 0.16 0.02 0.20 0.02 0.16 0.10 0.12 0.19 0.07 0.04 0.13 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00