ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51183

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.008, 0.036, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.036 std_dev=0.028
O6 A 0, -0.002, 0.030, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.008, 0.039, 0.071, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.003, 0.058, 0.113, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.058 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.002, 0.063, 0.125, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.063 std_dev=0.061
O2' B 0, 0.156, 0.534, 0.912, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.534 std_dev=0.378
C2' B 0, 0.106, 0.555, 1.003, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.555 std_dev=0.448
O4' A 0, -0.225, 0.876, 1.978, 2.430 max_d=2.430 avg_d=0.876 std_dev=1.102
C2' A 0, -0.242, 0.905, 2.053, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.905 std_dev=1.148
C1' B 0, 0.190, 1.443, 2.696, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.443 std_dev=1.253
C3' B 0, 0.428, 1.713, 2.998, 3.095 max_d=3.095 avg_d=1.713 std_dev=1.285
C4' A 0, -0.285, 1.040, 2.365, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.040 std_dev=1.325
O2' A 0, -0.321, 1.260, 2.840, 3.489 max_d=3.489 avg_d=1.260 std_dev=1.581
C3' A 0, -0.324, 1.287, 2.899, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.287 std_dev=1.612
N1 B 0, -0.029, 1.665, 3.359, 3.989 max_d=3.989 avg_d=1.665 std_dev=1.694
C4' B 0, 0.493, 2.261, 4.029, 4.317 max_d=4.317 avg_d=2.261 std_dev=1.768
O3' B 0, 0.356, 2.144, 3.933, 4.378 max_d=4.378 avg_d=2.144 std_dev=1.788
O4' B 0, 0.415, 2.269, 4.124, 4.542 max_d=4.542 avg_d=2.269 std_dev=1.854
C2 B 0, -0.196, 1.864, 3.923, 4.733 max_d=4.733 avg_d=1.864 std_dev=2.059
O3' A 0, -0.359, 1.731, 3.821, 4.672 max_d=4.672 avg_d=1.731 std_dev=2.090
C6 B 0, 0.237, 2.340, 4.443, 5.100 max_d=5.100 avg_d=2.340 std_dev=2.103
O2 B 0, 0.064, 2.334, 4.604, 5.410 max_d=5.410 avg_d=2.334 std_dev=2.270
N3 B 0, -0.152, 2.238, 4.629, 5.552 max_d=5.552 avg_d=2.238 std_dev=2.391
C4 B 0, -0.054, 2.345, 4.743, 5.640 max_d=5.640 avg_d=2.345 std_dev=2.398
C5 B 0, 0.213, 2.615, 5.018, 5.801 max_d=5.801 avg_d=2.615 std_dev=2.402
C5' A 0, -0.532, 2.071, 4.673, 5.741 max_d=5.741 avg_d=2.071 std_dev=2.602
N4 B 0, 0.064, 2.785, 5.506, 6.477 max_d=6.477 avg_d=2.785 std_dev=2.721
C5' B 0, 0.677, 3.505, 6.334, 6.927 max_d=6.927 avg_d=3.505 std_dev=2.829
O5' B 0, 0.683, 3.815, 6.946, 7.670 max_d=7.670 avg_d=3.815 std_dev=3.131
O5' A 0, -0.600, 2.614, 5.829, 7.142 max_d=7.142 avg_d=2.614 std_dev=3.214
P B 0, 1.047, 5.218, 9.388, 10.208 max_d=10.208 avg_d=5.218 std_dev=4.170
OP2 B 0, 1.141, 5.371, 9.602, 10.339 max_d=10.339 avg_d=5.371 std_dev=4.231
P A 0, -0.763, 3.817, 8.397, 10.257 max_d=10.257 avg_d=3.817 std_dev=4.580
OP1 B 0, 1.151, 5.856, 10.562, 11.521 max_d=11.521 avg_d=5.856 std_dev=4.705
OP1 A 0, -0.773, 4.108, 8.989, 10.966 max_d=10.966 avg_d=4.108 std_dev=4.881
OP2 A 0, -0.763, 4.344, 9.450, 11.512 max_d=11.512 avg_d=4.344 std_dev=5.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.21 0.09
C2 0.05 0.00 0.03 0.23 0.00 0.50 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.08 0.48 1.16 0.01 1.68 0.74 1.34
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.10 0.08 0.05 0.18 0.14
C3' 0.03 0.23 0.01 0.00 0.08 0.00 0.30 0.02 0.21 0.59 0.03 0.42 0.25 0.55 0.27 0.03 0.02 0.01 0.03 0.30 0.15 0.27 0.08
C4 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.14 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.24 0.23 0.00 0.50 0.33 0.19
C4' 0.01 0.50 0.04 0.00 0.14 0.00 0.07 0.01 0.06 0.49 0.31 0.68 0.48 0.39 0.13 0.25 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.17 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.30 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.29 0.09 0.26 0.00 0.01 1.07 0.39
C5' 0.01 0.89 0.01 0.02 0.23 0.01 0.12 0.00 0.11 0.83 0.57 1.26 0.82 0.68 0.21 0.21 0.09 0.01 0.02 0.05 0.06 0.23 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.21 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.26 0.20 0.05 0.00 0.41 0.80 0.03
C8 0.01 0.01 0.07 0.59 0.01 0.49 0.01 0.83 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.42 0.30 1.17 0.00 1.04 1.87 1.39
N1 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01 0.31 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.37 0.69 0.01 1.20 0.09 0.78
N2 0.06 0.01 0.02 0.42 0.01 0.68 0.01 1.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.23 0.58 1.68 0.02 2.39 1.49 2.06
N3 0.05 0.00 0.02 0.25 0.00 0.48 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.23 0.12 0.48 1.06 0.01 1.40 0.65 1.15
N7 0.01 0.01 0.08 0.55 0.00 0.39 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.45 0.17 1.02 0.00 0.89 1.99 1.30
N9 0.00 0.01 0.04 0.27 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.15 0.17 0.01 0.33 0.01 0.16 0.80 0.43
O2' 0.01 0.22 0.01 0.03 0.01 0.25 0.14 0.21 0.07 0.35 0.09 0.35 0.23 0.32 0.15 0.00 0.10 0.21 0.05 0.13 0.20 0.20 0.02
O3' 0.07 0.08 0.02 0.02 0.10 0.03 0.29 0.09 0.26 0.42 0.09 0.23 0.12 0.45 0.17 0.10 0.00 0.01 0.13 0.35 0.45 0.35 0.05
O4' 0.00 0.48 0.01 0.01 0.24 0.00 0.09 0.01 0.20 0.30 0.37 0.58 0.48 0.17 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.15 0.09
O5' 0.04 1.16 0.10 0.03 0.23 0.01 0.26 0.02 0.05 1.17 0.69 1.68 1.06 1.02 0.33 0.05 0.13 0.01 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.08 0.30 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.35 0.14 0.19 0.00 0.15 1.21 0.33
OP1 0.04 1.68 0.05 0.15 0.50 0.07 0.01 0.06 0.41 1.04 1.20 2.39 1.40 0.89 0.16 0.20 0.45 0.10 0.02 0.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.74 0.18 0.27 0.33 0.17 1.07 0.23 0.80 1.87 0.09 1.49 0.65 1.99 0.80 0.20 0.35 0.15 0.02 1.21 0.02 0.00 0.00
P 0.09 1.34 0.14 0.08 0.19 0.02 0.39 0.03 0.03 1.39 0.78 2.06 1.15 1.30 0.43 0.02 0.05 0.09 0.01 0.33 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.58 0.14 0.77 0.35 1.26 0.33 1.84 0.43 0.14 0.64 0.44 0.97 0.32 0.88 0.82 1.61 2.00 1.42 1.79
C2 0.34 0.27 0.05 0.15 0.33 0.53 0.43 0.72 0.45 0.34 0.27 0.32 0.29 0.20 0.26 0.66 0.66 0.56 0.63 0.77
C2' 0.49 1.20 0.62 0.60 0.93 1.18 0.63 1.97 0.58 0.67 1.27 1.02 1.62 0.85 0.64 0.73 1.74 2.40 1.64 2.06
C3' 1.23 1.94 1.49 0.96 1.75 0.90 1.38 1.50 1.22 1.46 2.03 1.84 2.23 1.56 0.85 0.79 1.37 2.09 1.47 1.71
C4 0.18 0.35 0.09 0.43 0.21 0.89 0.29 1.28 0.37 0.15 0.39 0.25 0.63 0.27 0.29 0.70 1.10 1.26 0.99 1.26
C4' 0.96 1.50 1.23 0.94 1.33 0.86 1.04 1.39 0.94 1.11 1.57 1.40 1.77 1.31 1.00 0.63 1.30 1.91 1.39 1.57
C5 0.15 0.34 0.06 0.37 0.19 0.77 0.24 1.13 0.31 0.12 0.38 0.24 0.60 0.20 0.22 0.63 0.99 1.16 0.91 1.17
C5' 1.68 2.09 2.00 1.75 2.02 1.31 1.80 1.40 1.70 1.83 2.17 2.08 2.23 1.95 1.80 1.28 1.50 1.90 1.83 1.69
C6 0.21 0.22 0.03 0.23 0.16 0.57 0.28 0.84 0.33 0.18 0.24 0.17 0.40 0.13 0.09 0.56 0.75 0.80 0.73 0.91
C8 0.07 0.60 0.11 0.57 0.39 1.01 0.21 1.52 0.29 0.14 0.68 0.49 0.96 0.25 0.61 0.68 1.33 1.71 1.21 1.55
N1 0.29 0.26 0.04 0.16 0.29 0.45 0.37 0.64 0.39 0.29 0.26 0.29 0.32 0.13 0.27 0.56 0.59 0.55 0.60 0.73
N2 0.48 0.52 0.06 0.12 0.55 0.26 0.56 0.35 0.54 0.52 0.53 0.56 0.51 0.17 0.60 0.65 0.38 0.20 0.42 0.46
N3 0.28 0.22 0.09 0.34 0.22 0.84 0.39 1.14 0.45 0.25 0.23 0.22 0.41 0.31 0.08 0.75 0.98 1.00 0.87 1.10
N7 0.09 0.50 0.07 0.46 0.31 0.87 0.18 1.30 0.27 0.10 0.57 0.39 0.81 0.21 0.41 0.63 1.14 1.44 1.06 1.35
N9 0.12 0.53 0.12 0.59 0.32 1.06 0.26 1.56 0.35 0.13 0.59 0.40 0.88 0.30 0.60 0.73 1.35 1.67 1.20 1.54
O2' 0.26 0.75 0.10 1.18 0.45 1.75 0.58 2.66 0.72 0.23 0.85 0.56 1.30 0.32 1.34 1.15 2.47 3.21 2.34 2.80
O3' 1.25 2.13 1.47 0.89 1.98 0.95 1.53 1.70 1.32 1.55 2.30 2.12 2.45 1.50 0.72 0.82 1.58 2.56 1.72 2.04
O4' 0.42 0.92 0.64 0.65 0.70 0.83 0.47 1.35 0.42 0.53 0.96 0.77 1.23 0.79 0.84 0.42 1.22 1.66 1.15 1.40
O5' 2.40 2.71 2.76 2.52 2.66 1.95 2.49 1.79 2.41 2.53 2.77 2.70 2.77 2.66 2.56 1.98 1.99 2.10 2.30 2.04
O6 0.20 0.21 0.03 0.21 0.15 0.50 0.26 0.75 0.31 0.17 0.22 0.16 0.37 0.09 0.14 0.51 0.68 0.75 0.69 0.86
OP1 2.99 3.10 3.26 3.40 3.19 2.91 3.16 2.88 3.11 3.08 3.17 3.20 3.04 3.01 3.57 2.78 3.07 3.31 3.49 3.22
OP2 3.26 3.67 3.57 3.61 4.00 2.84 3.95 2.75 3.76 3.62 3.88 4.10 3.43 2.95 3.39 2.89 3.27 3.18 3.90 3.35
P 3.11 3.31 3.43 3.49 3.43 2.86 3.37 2.73 3.29 3.27 3.40 3.46 3.21 3.07 3.56 2.82 3.02 3.04 3.42 3.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.13 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.12 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.28 0.20 0.11
C3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.12 0.08 0.08 0.12 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.32 0.23 0.14
C4 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.10 0.15 0.24 0.20
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.16 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.12 0.17 0.24 0.21
C5' 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.00 0.11 0.00 0.09 0.04 0.05 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02 0.08 0.09 0.15 0.15
N1 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.09 0.11
N3 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.07 0.07 0.18 0.16
N4 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.00 0.13 0.21 0.30 0.24
O2 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.05 0.10 0.11
O2' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.00 0.15 0.03 0.05 0.29 0.19 0.09
O3' 0.05 0.05 0.05 0.01 0.13 0.06 0.17 0.03 0.15 0.05 0.08 0.15 0.05 0.15 0.00 0.06 0.02 0.35 0.23 0.15
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.00 0.05 0.07 0.04 0.06
O5' 0.04 0.05 0.06 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.08 0.04 0.07 0.13 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.03 0.28 0.32 0.15 0.16 0.17 0.11 0.09 0.02 0.07 0.21 0.05 0.29 0.35 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.12 0.20 0.23 0.24 0.06 0.24 0.03 0.15 0.09 0.18 0.30 0.10 0.19 0.23 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.13 0.11 0.14 0.20 0.01 0.21 0.00 0.15 0.11 0.16 0.24 0.11 0.09 0.15 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00