ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51185

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C1' A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
N3 A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2 A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
N2 A 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C2' B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
O2' B 0, 0.000, 0.659, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.659 std_dev=0.659
O4' A 0, 0.000, 1.140, 2.281, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.140 std_dev=1.140
C3' B 0, 0.000, 1.221, 2.443, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.221 std_dev=1.221
C2' A 0, 0.000, 1.224, 2.448, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.224 std_dev=1.224
C1' B 0, 0.000, 1.365, 2.731, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.365 std_dev=1.365
O3' A 0, 0.000, 1.466, 2.932, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.466 std_dev=1.466
C3' A 0, 0.000, 1.528, 3.056, 3.056 max_d=3.056 avg_d=1.528 std_dev=1.528
C4' A 0, 0.000, 1.539, 3.077, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.539 std_dev=1.539
O3' B 0, 0.000, 1.772, 3.543, 3.543 max_d=3.543 avg_d=1.772 std_dev=1.772
O5' B 0, 0.000, 1.793, 3.586, 3.586 max_d=3.586 avg_d=1.793 std_dev=1.793
C4' B 0, 0.000, 1.813, 3.626, 3.626 max_d=3.626 avg_d=1.813 std_dev=1.813
OP2 B 0, 0.000, 1.849, 3.698, 3.698 max_d=3.698 avg_d=1.849 std_dev=1.849
O2' A 0, 0.000, 1.864, 3.727, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.864 std_dev=1.864
O4' B 0, 0.000, 1.940, 3.881, 3.881 max_d=3.881 avg_d=1.940 std_dev=1.940
C6 B 0, 0.000, 1.952, 3.903, 3.903 max_d=3.903 avg_d=1.952 std_dev=1.952
N1 B 0, 0.000, 2.101, 4.202, 4.202 max_d=4.202 avg_d=2.101 std_dev=2.101
C5' B 0, 0.000, 2.447, 4.895, 4.895 max_d=4.895 avg_d=2.447 std_dev=2.447
P B 0, 0.000, 2.486, 4.972, 4.972 max_d=4.972 avg_d=2.486 std_dev=2.486
C5' A 0, 0.000, 2.540, 5.081, 5.081 max_d=5.081 avg_d=2.540 std_dev=2.540
C5 B 0, 0.000, 2.745, 5.489, 5.489 max_d=5.489 avg_d=2.745 std_dev=2.745
O5' A 0, 0.000, 2.908, 5.817, 5.817 max_d=5.817 avg_d=2.908 std_dev=2.908
C2 B 0, 0.000, 3.158, 6.317, 6.317 max_d=6.317 avg_d=3.158 std_dev=3.158
O2 B 0, 0.000, 3.284, 6.569, 6.569 max_d=6.569 avg_d=3.284 std_dev=3.284
OP1 B 0, 0.000, 3.368, 6.736, 6.736 max_d=6.736 avg_d=3.368 std_dev=3.368
C4 B 0, 0.000, 3.846, 7.691, 7.691 max_d=7.691 avg_d=3.846 std_dev=3.846
OP1 A 0, 0.000, 3.969, 7.937, 7.937 max_d=7.937 avg_d=3.969 std_dev=3.969
N3 B 0, 0.000, 4.055, 8.110, 8.110 max_d=8.110 avg_d=4.055 std_dev=4.055
P A 0, 0.000, 4.127, 8.254, 8.254 max_d=8.254 avg_d=4.127 std_dev=4.127
N4 B 0, 0.000, 4.758, 9.515, 9.515 max_d=9.515 avg_d=4.758 std_dev=4.758
OP2 A 0, 0.000, 5.361, 10.722, 10.722 max_d=10.722 avg_d=5.361 std_dev=5.361

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.02 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.00 0.22 0.00 0.12 0.00 0.06 0.10 0.05
C2 0.07 0.00 0.14 0.53 0.03 0.38 0.00 0.40 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.33 0.31 0.23 0.24 0.02 0.33 0.57 0.57
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.22 0.03 0.13 0.08 0.19 0.16 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.17 0.01 0.30 0.06 0.13
C3' 0.01 0.53 0.01 0.00 0.26 0.00 0.11 0.00 0.23 0.22 0.40 0.68 0.51 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.18 0.17 0.35 0.03
C4 0.02 0.03 0.07 0.26 0.00 0.12 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.05 0.13 0.15 0.01 0.08 0.04 0.07
C4' 0.01 0.38 0.02 0.00 0.12 0.00 0.04 0.01 0.06 0.38 0.24 0.53 0.37 0.29 0.09 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.17 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.04 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.03 0.06 0.44 0.01 0.38 0.44 0.23
C5' 0.15 0.40 0.22 0.00 0.04 0.01 0.31 0.00 0.15 0.82 0.17 0.66 0.37 0.72 0.34 0.09 0.18 0.01 0.01 0.25 0.21 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.23 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.20 0.07 0.11 0.29 0.01 0.24 0.23 0.04
C8 0.02 0.03 0.13 0.22 0.01 0.38 0.01 0.82 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.30 0.15 0.92 0.00 0.80 1.02 0.79
N1 0.06 0.00 0.08 0.40 0.03 0.24 0.01 0.17 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.29 0.21 0.18 0.01 0.02 0.09 0.24 0.33
N2 0.08 0.01 0.19 0.68 0.01 0.53 0.01 0.66 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.38 0.46 0.28 0.47 0.04 0.58 0.95 0.85
N3 0.07 0.00 0.16 0.51 0.01 0.37 0.01 0.37 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.30 0.25 0.22 0.22 0.03 0.28 0.49 0.49
N7 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.29 0.00 0.72 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.21 0.07 0.86 0.01 0.83 1.03 0.74
N9 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.34 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.06 0.15 0.00 0.39 0.00 0.29 0.37 0.23
O2' 0.00 0.33 0.01 0.02 0.17 0.10 0.14 0.09 0.20 0.00 0.29 0.38 0.30 0.04 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.18 0.15 0.15 0.02
O3' 0.22 0.31 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.18 0.07 0.30 0.21 0.46 0.25 0.21 0.15 0.04 0.00 0.24 0.12 0.05 0.03 0.46 0.09
O4' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.00 0.06 0.01 0.11 0.15 0.18 0.28 0.22 0.07 0.00 0.03 0.24 0.00 0.06 0.09 0.14 0.00 0.07
O5' 0.12 0.24 0.17 0.03 0.15 0.05 0.44 0.01 0.29 0.92 0.01 0.47 0.22 0.86 0.39 0.03 0.12 0.06 0.00 0.41 0.00 0.02 0.00
O6 0.00 0.02 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.18 0.05 0.09 0.41 0.00 0.40 0.43 0.18
OP1 0.06 0.33 0.30 0.17 0.08 0.08 0.38 0.21 0.24 0.80 0.09 0.58 0.28 0.83 0.29 0.15 0.03 0.14 0.00 0.40 0.00 0.03 0.00
OP2 0.10 0.57 0.06 0.35 0.04 0.17 0.44 0.39 0.23 1.02 0.24 0.95 0.49 1.03 0.37 0.15 0.46 0.00 0.02 0.43 0.03 0.00 0.01
P 0.05 0.57 0.13 0.03 0.07 0.02 0.23 0.02 0.04 0.79 0.33 0.85 0.49 0.74 0.23 0.02 0.09 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.57 1.29 0.04 0.53 1.73 0.07 1.49 0.13 1.12 1.01 1.63 1.97 1.15 0.34 1.19 0.67 0.13 0.58 0.31 0.19
C2 0.83 1.98 0.11 0.47 2.20 0.17 1.75 0.44 1.36 1.45 2.32 2.39 1.91 0.24 1.02 0.75 0.16 0.96 0.05 0.32
C2' 0.77 1.26 0.28 0.14 1.47 0.43 1.28 0.46 1.06 1.05 1.46 1.58 1.19 0.05 0.67 0.89 0.30 0.51 0.15 0.21
C3' 1.37 1.76 0.94 0.49 1.99 1.02 1.89 1.11 1.71 1.64 1.94 2.06 1.65 0.73 0.09 1.43 1.05 0.23 0.92 1.02
C4 0.77 1.80 0.07 0.49 2.21 0.05 1.80 0.21 1.35 1.35 2.21 2.48 1.69 0.27 1.12 0.77 0.06 1.00 0.11 0.19
C4' 1.38 1.97 0.90 0.37 2.45 0.87 2.33 0.96 1.98 1.80 2.28 2.64 1.78 0.66 0.31 1.38 1.03 0.29 1.30 1.14
C5 0.80 1.96 0.10 0.48 2.39 0.10 1.87 0.33 1.38 1.41 2.43 2.72 1.89 0.24 1.07 0.74 0.16 1.19 0.01 0.35
C5' 1.78 2.51 1.37 0.71 3.13 1.05 3.02 1.02 2.55 2.30 2.90 3.39 2.28 1.15 0.02 1.62 1.22 0.29 1.65 1.24
C6 0.82 2.10 0.12 0.46 2.46 0.18 1.88 0.48 1.38 1.47 2.58 2.81 2.08 0.22 0.98 0.70 0.24 1.26 0.09 0.47
C8 0.72 1.73 0.04 0.50 2.21 0.01 1.77 0.13 1.29 1.27 2.18 2.56 1.63 0.28 1.13 0.73 0.06 1.05 0.06 0.18
N1 0.83 2.10 0.12 0.45 2.37 0.22 1.81 0.54 1.35 1.47 2.52 2.63 2.09 0.22 0.95 0.69 0.25 1.16 0.07 0.46
N2 0.84 1.94 0.11 0.45 1.99 0.25 1.58 0.51 1.27 1.43 2.16 2.10 1.91 0.24 0.94 0.71 0.17 0.79 0.06 0.30
N3 0.80 1.78 0.08 0.49 2.10 0.05 1.74 0.22 1.36 1.37 2.12 2.29 1.65 0.26 1.12 0.80 0.04 0.85 0.16 0.14
N7 0.78 1.92 0.09 0.48 2.38 0.06 1.87 0.26 1.36 1.38 2.40 2.77 1.84 0.25 1.08 0.74 0.14 1.20 0.02 0.32
N9 0.69 1.61 0.02 0.51 2.06 0.01 1.71 0.06 1.27 1.22 2.01 2.35 1.48 0.30 1.16 0.74 0.00 0.90 0.17 0.06
O2' 0.03 0.32 0.45 0.77 0.48 0.18 0.33 0.06 0.14 0.15 0.48 0.59 0.29 0.65 1.19 0.14 0.37 0.77 0.46 0.30
O3' 1.16 1.31 0.82 0.49 1.46 1.05 1.47 1.30 1.39 1.29 1.40 1.48 1.20 0.62 0.08 1.29 1.20 0.90 1.16 1.47
O4' 1.01 1.78 0.40 0.13 2.35 0.44 2.14 0.51 1.70 1.52 2.18 2.63 1.58 0.11 0.85 1.06 0.60 0.13 0.91 0.70
O5' 1.65 2.56 1.17 0.48 3.37 0.82 3.15 0.79 2.55 2.27 3.07 3.77 2.29 0.92 0.27 1.47 1.04 0.15 1.59 1.10
O6 0.82 2.16 0.13 0.44 2.53 0.21 1.90 0.55 1.38 1.48 2.67 2.92 2.17 0.20 0.93 0.67 0.28 1.34 0.15 0.55
OP1 1.77 2.85 1.34 0.55 3.77 0.79 3.40 0.65 2.70 2.45 3.47 4.36 2.60 1.16 0.17 1.46 0.93 0.07 1.45 0.90
OP2 2.53 3.54 2.09 1.30 4.52 1.51 4.32 1.41 3.60 3.25 4.13 5.00 3.20 1.88 0.48 2.20 1.76 0.84 2.47 1.79
P 2.09 3.14 1.61 0.83 4.06 1.11 3.75 1.00 3.05 2.78 3.73 4.58 2.85 1.41 0.07 1.81 1.28 0.29 1.82 1.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.09 0.01 0.14 0.01 0.23 0.28 0.20 0.17
C2 0.06 0.00 0.19 0.18 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.07 0.33 0.33 0.31 0.29
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.12 0.11 0.03 0.17 0.08 0.33 0.00 0.01 0.00 0.25 0.45 0.39 0.31
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.20 0.00 0.16 0.00 0.12 0.13 0.20 0.22 0.20 0.02 0.01 0.02 0.10 0.18 0.02 0.02
C4 0.05 0.02 0.07 0.20 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.02 0.40 0.40 0.43 0.40
C4' 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.22 0.01 0.00 0.01 0.14 0.03 0.02
C5 0.03 0.02 0.06 0.16 0.01 0.03 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.20 0.11 0.08 0.38 0.40 0.42 0.39
C5' 0.06 0.13 0.12 0.00 0.17 0.00 0.14 0.00 0.10 0.10 0.17 0.18 0.09 0.10 0.15 0.01 0.01 0.13 0.03 0.02
C6 0.01 0.02 0.11 0.12 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.22 0.06 0.12 0.34 0.36 0.34 0.31
N1 0.02 0.01 0.03 0.13 0.02 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.31 0.32 0.28 0.26
N3 0.05 0.01 0.17 0.20 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.39 0.38 0.39 0.37
N4 0.06 0.03 0.08 0.22 0.01 0.02 0.01 0.18 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.14 0.02 0.41 0.42 0.45 0.43
O2 0.09 0.01 0.33 0.20 0.02 0.03 0.03 0.09 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.30 0.00 0.10 0.27 0.27 0.26 0.23
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.08 0.22 0.20 0.10 0.22 0.06 0.04 0.07 0.30 0.00 0.02 0.12 0.11 0.33 0.39 0.21
O3' 0.14 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.11 0.15 0.06 0.00 0.07 0.14 0.00 0.02 0.00 0.13 0.32 0.13 0.23 0.26
O4' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.05 0.02 0.10 0.12 0.13 0.00 0.09 0.11 0.05 0.02
O5' 0.23 0.33 0.25 0.10 0.40 0.01 0.38 0.01 0.34 0.31 0.39 0.41 0.27 0.11 0.32 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.28 0.33 0.45 0.18 0.40 0.14 0.40 0.13 0.36 0.32 0.38 0.42 0.27 0.33 0.13 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.31 0.39 0.02 0.43 0.03 0.42 0.03 0.34 0.28 0.39 0.45 0.26 0.39 0.23 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.17 0.29 0.31 0.02 0.40 0.02 0.39 0.02 0.31 0.26 0.37 0.43 0.23 0.21 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00