ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51190

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 8, 6, 6, 1, 1, 0, 9, 18, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.005, 0.015, 0.035, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.015 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C1' A 0, -0.002, 0.018, 0.039, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.002, 0.024, 0.047, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.006, 0.031, 0.057, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.031 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.010, 0.042, 0.073, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.042 std_dev=0.032
N2 A 0, -0.002, 0.036, 0.075, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.036 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.015, 0.058, 0.100, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.058 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.014, 0.062, 0.111, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.062 std_dev=0.048
O2' B 0, 0.183, 0.504, 0.826, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.504 std_dev=0.321
O5' A 0, 0.133, 0.471, 0.809, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.471 std_dev=0.338
O4' A 0, 0.083, 0.427, 0.770, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.427 std_dev=0.344
C2' B 0, 0.223, 0.598, 0.972, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.598 std_dev=0.375
C2' A 0, 0.104, 0.491, 0.878, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.491 std_dev=0.387
P A 0, 0.221, 0.775, 1.329, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.775 std_dev=0.554
C3' B 0, 0.285, 0.913, 1.542, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.913 std_dev=0.628
C4' A 0, 0.138, 0.772, 1.406, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.772 std_dev=0.634
C5' A 0, 0.137, 0.819, 1.500, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.819 std_dev=0.681
O3' B 0, 0.323, 1.037, 1.751, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.037 std_dev=0.714
C3' A 0, 0.184, 0.931, 1.678, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.931 std_dev=0.747
OP1 A 0, 0.276, 1.030, 1.784, 2.599 max_d=2.599 avg_d=1.030 std_dev=0.754
O2' A 0, 0.207, 1.028, 1.849, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.028 std_dev=0.821
C4' B 0, 0.187, 1.034, 1.881, 4.053 max_d=4.053 avg_d=1.034 std_dev=0.847
C1' B 0, 0.290, 1.244, 2.199, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.244 std_dev=0.955
OP2 A 0, 0.264, 1.339, 2.413, 2.836 max_d=2.836 avg_d=1.339 std_dev=1.074
O4' B 0, 0.300, 1.541, 2.781, 4.604 max_d=4.604 avg_d=1.541 std_dev=1.241
C5' B 0, 0.261, 1.506, 2.751, 5.457 max_d=5.457 avg_d=1.506 std_dev=1.245
O3' A 0, 0.286, 1.603, 2.919, 3.088 max_d=3.088 avg_d=1.603 std_dev=1.317
N3 B 0, 0.287, 1.741, 3.195, 5.695 max_d=5.695 avg_d=1.741 std_dev=1.454
N9 B 0, 0.381, 1.926, 3.471, 4.856 max_d=4.856 avg_d=1.926 std_dev=1.545
OP1 B 0, 0.401, 2.047, 3.692, 6.739 max_d=6.739 avg_d=2.047 std_dev=1.645
O5' B 0, 0.446, 2.142, 3.838, 4.929 max_d=4.929 avg_d=2.142 std_dev=1.696
C4 B 0, 0.389, 2.166, 3.943, 5.969 max_d=5.969 avg_d=2.166 std_dev=1.777
C2 B 0, 0.298, 2.210, 4.122, 7.691 max_d=7.691 avg_d=2.210 std_dev=1.912
P B 0, 0.508, 2.563, 4.617, 6.609 max_d=6.609 avg_d=2.563 std_dev=2.055
C8 B 0, 0.481, 2.589, 4.697, 6.171 max_d=6.171 avg_d=2.589 std_dev=2.108
C5 B 0, 0.504, 3.002, 5.501, 7.880 max_d=7.880 avg_d=3.002 std_dev=2.498
N1 B 0, 0.427, 3.021, 5.616, 9.588 max_d=9.588 avg_d=3.021 std_dev=2.595
OP2 B 0, 0.623, 3.310, 5.996, 6.731 max_d=6.731 avg_d=3.310 std_dev=2.687
N7 B 0, 0.565, 3.259, 5.954, 7.831 max_d=7.831 avg_d=3.259 std_dev=2.695
C6 B 0, 0.532, 3.456, 6.380, 9.704 max_d=9.704 avg_d=3.456 std_dev=2.924
N6 B 0, 0.648, 4.310, 7.972, 11.677 max_d=11.677 avg_d=4.310 std_dev=3.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.20 0.02 0.19 0.26 0.10
C2 0.04 0.00 0.29 0.28 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.25 0.11 0.18 0.01 0.10 0.27 0.09
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.24 0.12 0.13 0.22 0.36 0.28 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.60 0.09 0.73 0.69 0.61
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.30 0.00 0.40 0.03 0.42 0.37 0.36 0.24 0.22 0.43 0.26 0.03 0.01 0.03 0.23 0.46 0.41 0.20 0.22
C4 0.02 0.02 0.14 0.30 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.12 0.06 0.20 0.01 0.09 0.26 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.15 0.18 0.11 0.07 0.05 0.19 0.10 0.37 0.03 0.00 0.02 0.18 0.16 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.40 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.11 0.03 0.23 0.01 0.15 0.27 0.14
C5' 0.09 0.13 0.24 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.20 0.18 0.16 0.13 0.12 0.21 0.11 0.13 0.22 0.01 0.01 0.23 0.12 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.42 0.01 0.15 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.44 0.13 0.05 0.24 0.00 0.17 0.28 0.15
C8 0.01 0.02 0.13 0.37 0.01 0.18 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.38 0.18 0.08 0.25 0.02 0.14 0.27 0.13
N1 0.03 0.01 0.22 0.36 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.13 0.08 0.21 0.01 0.12 0.27 0.12
N2 0.06 0.01 0.36 0.24 0.02 0.07 0.02 0.13 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.16 0.35 0.14 0.17 0.02 0.12 0.27 0.09
N3 0.04 0.01 0.28 0.22 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.30 0.11 0.18 0.01 0.11 0.27 0.08
N7 0.01 0.02 0.08 0.43 0.00 0.19 0.00 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.46 0.23 0.06 0.27 0.02 0.22 0.29 0.17
N9 0.00 0.02 0.02 0.26 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.26 0.08 0.01 0.20 0.02 0.08 0.26 0.08
O2' 0.02 0.23 0.01 0.03 0.29 0.37 0.42 0.13 0.44 0.38 0.35 0.16 0.17 0.46 0.26 0.00 0.05 0.24 0.38 0.51 0.58 0.70 0.44
O3' 0.35 0.25 0.02 0.01 0.12 0.03 0.11 0.22 0.13 0.18 0.13 0.35 0.30 0.23 0.08 0.05 0.00 0.24 0.17 0.20 0.29 0.22 0.19
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.14 0.11 0.06 0.01 0.24 0.24 0.00 0.14 0.04 0.15 0.46 0.27
O5' 0.20 0.18 0.60 0.23 0.20 0.02 0.23 0.01 0.24 0.25 0.21 0.17 0.18 0.27 0.20 0.38 0.17 0.14 0.00 0.26 0.01 0.03 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.46 0.01 0.18 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.51 0.20 0.04 0.26 0.00 0.24 0.29 0.19
OP1 0.19 0.10 0.73 0.41 0.09 0.16 0.15 0.12 0.17 0.14 0.12 0.12 0.11 0.22 0.08 0.58 0.29 0.15 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.27 0.69 0.20 0.26 0.23 0.27 0.20 0.28 0.27 0.27 0.27 0.27 0.29 0.26 0.70 0.22 0.46 0.03 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.09 0.61 0.22 0.09 0.06 0.14 0.02 0.15 0.13 0.12 0.09 0.08 0.17 0.08 0.44 0.19 0.27 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.63 0.13 0.22 0.57 0.23 0.55 0.22 0.57 0.50 0.60 0.62 0.56 0.52 0.54 0.13 0.61 0.61 0.21 0.22 0.24 0.22
C2 0.70 0.67 0.16 0.19 0.68 0.51 0.69 0.51 0.69 0.70 0.68 0.66 0.69 0.70 0.70 0.13 0.57 0.89 0.48 0.45 0.48 0.50
C2' 0.26 0.61 0.51 0.70 0.46 0.27 0.49 0.34 0.56 0.37 0.61 0.53 0.59 0.45 0.36 0.35 1.07 0.25 0.43 0.42 0.49 0.43
C3' 0.55 0.86 0.09 0.28 0.66 0.17 0.61 0.12 0.68 0.48 0.79 0.80 0.65 0.51 0.56 0.19 0.71 0.56 0.10 0.14 0.13 0.11
C4 0.69 0.77 0.14 0.18 0.75 0.41 0.76 0.41 0.78 0.72 0.78 0.75 0.79 0.75 0.72 0.14 0.61 0.84 0.41 0.36 0.44 0.43
C4' 0.69 0.93 0.16 0.14 0.81 0.33 0.79 0.30 0.84 0.69 0.90 0.89 0.82 0.73 0.74 0.20 0.55 0.75 0.30 0.30 0.36 0.33
C5 0.76 0.86 0.16 0.17 0.85 0.49 0.90 0.53 0.92 0.86 0.90 0.82 0.96 0.91 0.83 0.14 0.60 0.95 0.53 0.45 0.57 0.56
C5' 0.73 0.98 0.17 0.12 0.86 0.37 0.87 0.36 0.92 0.76 0.97 0.92 0.92 0.81 0.79 0.19 0.54 0.81 0.36 0.35 0.43 0.39
C6 0.79 0.85 0.18 0.19 0.87 0.58 0.94 0.63 0.95 0.92 0.91 0.81 1.00 0.96 0.86 0.14 0.56 1.02 0.62 0.55 0.66 0.68
C8 0.70 0.86 0.13 0.17 0.81 0.39 0.86 0.41 0.90 0.79 0.89 0.81 0.92 0.84 0.77 0.14 0.62 0.85 0.42 0.35 0.48 0.45
N1 0.76 0.76 0.18 0.20 0.78 0.59 0.84 0.64 0.84 0.85 0.80 0.73 0.87 0.87 0.80 0.13 0.54 1.00 0.60 0.56 0.62 0.65
N2 0.65 0.55 0.17 0.20 0.56 0.53 0.56 0.52 0.55 0.60 0.55 0.55 0.55 0.57 0.60 0.13 0.54 0.84 0.46 0.48 0.44 0.48
N3 0.65 0.67 0.14 0.19 0.65 0.39 0.64 0.38 0.65 0.62 0.66 0.67 0.64 0.62 0.64 0.14 0.60 0.78 0.36 0.34 0.37 0.37
N7 0.76 0.91 0.15 0.17 0.89 0.47 0.95 0.51 0.99 0.89 0.97 0.86 1.04 0.95 0.85 0.15 0.61 0.94 0.52 0.43 0.59 0.56
N9 0.64 0.76 0.12 0.19 0.72 0.34 0.73 0.34 0.75 0.67 0.77 0.74 0.76 0.70 0.68 0.14 0.62 0.76 0.34 0.29 0.38 0.36
O2' 0.38 1.00 0.59 0.67 0.80 0.24 0.93 0.30 1.07 0.68 1.10 0.83 1.15 0.85 0.62 0.29 0.87 0.29 0.50 0.39 0.67 0.52
O3' 1.10 1.29 0.68 0.44 1.12 0.71 1.00 0.59 1.03 0.91 1.16 1.29 0.95 0.89 1.05 0.86 0.48 1.08 0.54 0.56 0.51 0.52
O4' 0.78 0.95 0.23 0.12 0.90 0.45 0.91 0.46 0.94 0.83 0.95 0.92 0.94 0.87 0.84 0.20 0.43 0.87 0.49 0.46 0.56 0.51
O5' 0.69 0.84 0.18 0.14 0.77 0.40 0.78 0.39 0.82 0.71 0.85 0.81 0.82 0.75 0.73 0.20 0.50 0.80 0.38 0.37 0.42 0.40
O6 0.81 0.89 0.19 0.20 0.91 0.63 1.01 0.71 1.03 1.00 0.98 0.83 1.10 1.06 0.91 0.14 0.53 1.07 0.70 0.63 0.76 0.77
OP1 0.68 0.87 0.21 0.14 0.79 0.39 0.81 0.37 0.86 0.72 0.89 0.82 0.87 0.77 0.73 0.22 0.44 0.77 0.39 0.38 0.44 0.41
OP2 0.43 0.57 0.29 0.37 0.51 0.30 0.55 0.30 0.60 0.49 0.61 0.52 0.63 0.53 0.47 0.33 0.70 0.56 0.30 0.28 0.32 0.31
P 0.51 0.66 0.12 0.20 0.60 0.26 0.63 0.27 0.68 0.57 0.69 0.61 0.70 0.61 0.56 0.16 0.58 0.63 0.27 0.25 0.33 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.25 0.14 0.06
C2 0.05 0.00 0.14 0.15 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.21 0.05 0.13 0.37 0.32 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.12 0.04 0.14 0.13 0.12 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.28 0.16 0.10
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.04 0.15 0.06 0.16 0.13 0.16 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.32 0.12 0.13
C4 0.02 0.02 0.09 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.13 0.36 0.29 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.10 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.03 0.14 0.39 0.36 0.11
C5' 0.04 0.07 0.03 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.08 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.03 0.14 0.40 0.39 0.12
C8 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.15 0.37 0.30 0.09
N1 0.04 0.00 0.14 0.16 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.04 0.13 0.39 0.37 0.12
N3 0.04 0.00 0.13 0.13 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.04 0.12 0.34 0.27 0.10
N6 0.02 0.01 0.12 0.16 0.01 0.06 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.21 0.04 0.15 0.42 0.44 0.14
N7 0.01 0.02 0.06 0.09 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.15 0.40 0.38 0.11
N9 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.33 0.24 0.08
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.09 0.02 0.12 0.11 0.09 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.23 0.12 0.08
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.05 0.20 0.07 0.22 0.17 0.21 0.11 0.06 0.05 0.00 0.03 0.09 0.45 0.13 0.20
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.24 0.07 0.10
O5' 0.10 0.13 0.09 0.08 0.13 0.02 0.14 0.01 0.14 0.15 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.07 0.09 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.37 0.28 0.32 0.36 0.10 0.39 0.08 0.40 0.37 0.39 0.34 0.42 0.40 0.33 0.23 0.45 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.32 0.16 0.12 0.29 0.07 0.36 0.14 0.39 0.30 0.37 0.27 0.44 0.38 0.24 0.12 0.13 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.10 0.13 0.09 0.03 0.11 0.02 0.12 0.09 0.12 0.10 0.14 0.11 0.08 0.08 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00