ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51191

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 4, 8, 13, 20, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.028, 0.042, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.028 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.011, 0.032, 0.052, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.011, 0.034, 0.056, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.061, 0.096, 0.131, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.096 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.041, 0.091, 0.140, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.091 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.132, 0.201, 0.270, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.201 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.091, 0.164, 0.238, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.164 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.050, 0.128, 0.206, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.128 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.097, 0.202, 0.307, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.202 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.173, 0.286, 0.399, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.286 std_dev=0.113
C2' B 0, 0.278, 0.423, 0.568, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.423 std_dev=0.145
O2' B 0, 0.305, 0.470, 0.635, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.470 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.152, 0.346, 0.540, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.346 std_dev=0.194
P A 0, 0.240, 0.603, 0.965, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.603 std_dev=0.363
OP1 A 0, 0.260, 0.660, 1.060, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.660 std_dev=0.400
OP2 A 0, 0.224, 0.717, 1.211, 3.069 max_d=3.069 avg_d=0.717 std_dev=0.493
C1' B 0, 0.304, 1.212, 2.121, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.212 std_dev=0.909
C3' B 0, 0.219, 1.160, 2.101, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.160 std_dev=0.941
N9 B 0, 0.378, 1.591, 2.805, 3.461 max_d=3.461 avg_d=1.591 std_dev=1.214
C8 B 0, 0.460, 1.945, 3.430, 4.082 max_d=4.082 avg_d=1.945 std_dev=1.485
O4' B 0, 0.256, 1.756, 3.256, 3.826 max_d=3.826 avg_d=1.756 std_dev=1.500
C4' B 0, 0.184, 1.718, 3.251, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.718 std_dev=1.533
C4 B 0, 0.400, 1.939, 3.477, 4.286 max_d=4.286 avg_d=1.939 std_dev=1.539
O3' B 0, 0.044, 1.603, 3.163, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.603 std_dev=1.560
N7 B 0, 0.549, 2.248, 3.947, 4.735 max_d=4.735 avg_d=2.248 std_dev=1.699
C5 B 0, 0.500, 2.309, 4.118, 5.044 max_d=5.044 avg_d=2.309 std_dev=1.809
N3 B 0, 0.350, 2.160, 3.970, 4.790 max_d=4.790 avg_d=2.160 std_dev=1.810
O5' B 0, 0.231, 2.550, 4.870, 5.536 max_d=5.536 avg_d=2.550 std_dev=2.319
C6 B 0, 0.535, 2.877, 5.220, 6.353 max_d=6.353 avg_d=2.877 std_dev=2.342
C5' B 0, 0.144, 2.536, 4.927, 5.602 max_d=5.602 avg_d=2.536 std_dev=2.391
C2 B 0, 0.386, 2.823, 5.260, 6.289 max_d=6.289 avg_d=2.823 std_dev=2.437
N6 B 0, 0.647, 3.277, 5.907, 7.199 max_d=7.199 avg_d=3.277 std_dev=2.630
N1 B 0, 0.465, 3.157, 5.850, 7.046 max_d=7.046 avg_d=3.157 std_dev=2.692
OP2 B 0, 0.345, 3.344, 6.344, 7.318 max_d=7.318 avg_d=3.344 std_dev=3.000
P B 0, 0.230, 3.394, 6.559, 7.455 max_d=7.455 avg_d=3.394 std_dev=3.164
OP1 B 0, 0.224, 3.830, 7.437, 8.589 max_d=8.589 avg_d=3.830 std_dev=3.607

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.09 0.02 0.11 0.17 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.10 0.09 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.06 0.14 0.13 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.10 0.01 0.11 0.17 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.01 0.13 0.20 0.14
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.14 0.20 0.14
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.11 0.02 0.14 0.20 0.15
N1 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.12 0.19 0.13
N2 0.04 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.11 0.04 0.10 0.02 0.11 0.17 0.12
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.16 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.02 0.16 0.21 0.16
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.11 0.16 0.12
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.12 0.06 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.09 0.11 0.08 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.14 0.08 0.22 0.21 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.02 0.09 0.14 0.11
O5' 0.08 0.09 0.06 0.10 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.04 0.14 0.10 0.00 0.11 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.11 0.00 0.16 0.22 0.16
OP1 0.08 0.11 0.10 0.14 0.11 0.08 0.13 0.07 0.14 0.14 0.12 0.11 0.10 0.16 0.11 0.12 0.22 0.09 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.17 0.09 0.13 0.17 0.03 0.20 0.03 0.20 0.20 0.19 0.17 0.16 0.21 0.16 0.06 0.21 0.14 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.06 0.10 0.12 0.02 0.14 0.02 0.14 0.15 0.13 0.12 0.12 0.16 0.12 0.05 0.17 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 1.46 0.21 0.17 1.23 0.25 1.29 0.23 1.42 1.04 1.49 1.32 1.45 1.18 1.04 0.13 0.72 0.81 0.38 0.16 0.60 0.39
C2 0.20 1.06 0.10 0.50 0.63 0.59 0.58 0.80 0.77 0.21 0.99 0.90 0.74 0.35 0.34 0.11 0.87 0.21 0.59 1.02 0.56 0.71
C2' 0.86 1.89 0.17 0.32 1.44 0.13 1.51 0.11 1.74 1.10 1.91 1.63 1.76 1.31 1.14 0.18 0.99 0.75 0.24 0.25 0.50 0.26
C3' 0.89 1.98 0.18 0.32 1.52 0.14 1.62 0.11 1.89 1.19 2.06 1.68 1.95 1.42 1.20 0.17 1.02 0.81 0.27 0.27 0.55 0.29
C4 0.48 1.29 0.11 0.33 0.91 0.24 0.91 0.38 1.09 0.57 1.26 1.12 1.08 0.71 0.65 0.10 0.81 0.30 0.21 0.66 0.25 0.29
C4' 0.99 1.68 0.23 0.17 1.45 0.39 1.58 0.41 1.74 1.31 1.79 1.48 1.83 1.48 1.25 0.15 0.77 1.03 0.57 0.24 0.84 0.63
C5 0.36 1.26 0.10 0.40 0.81 0.41 0.81 0.61 1.02 0.42 1.23 1.06 1.02 0.58 0.53 0.10 0.84 0.16 0.43 0.94 0.41 0.55
C5' 0.99 1.65 0.24 0.17 1.43 0.41 1.58 0.43 1.75 1.32 1.79 1.45 1.86 1.50 1.25 0.14 0.76 1.05 0.59 0.26 0.87 0.65
C6 0.18 1.15 0.10 0.51 0.64 0.66 0.61 0.94 0.85 0.19 1.10 0.93 0.83 0.34 0.32 0.10 0.86 0.27 0.73 1.28 0.72 0.90
C8 0.60 1.40 0.14 0.27 1.04 0.13 1.08 0.23 1.27 0.74 1.42 1.20 1.30 0.90 0.79 0.10 0.79 0.47 0.10 0.54 0.26 0.14
N1 0.13 1.04 0.12 0.56 0.54 0.77 0.50 1.05 0.72 0.13 0.98 0.85 0.69 0.23 0.23 0.11 0.88 0.38 0.83 1.34 0.80 0.99
N2 0.12 0.88 0.14 0.59 0.46 0.78 0.40 0.98 0.58 0.12 0.80 0.74 0.54 0.18 0.19 0.13 0.91 0.41 0.75 1.11 0.70 0.86
N3 0.45 1.20 0.11 0.35 0.85 0.28 0.82 0.41 0.98 0.50 1.15 1.07 0.96 0.63 0.60 0.10 0.82 0.24 0.24 0.64 0.26 0.31
N7 0.45 1.34 0.11 0.35 0.91 0.30 0.93 0.48 1.14 0.54 1.34 1.12 1.16 0.71 0.63 0.09 0.82 0.26 0.30 0.83 0.31 0.41
N9 0.65 1.39 0.15 0.25 1.07 0.10 1.10 0.14 1.27 0.79 1.40 1.22 1.28 0.94 0.84 0.10 0.77 0.54 0.10 0.40 0.31 0.10
O2' 1.00 1.95 0.21 0.23 1.58 0.31 1.66 0.31 1.86 1.30 1.98 1.72 1.88 1.50 1.30 0.19 0.88 0.96 0.49 0.16 0.76 0.54
O3' 0.94 2.25 0.17 0.37 1.67 0.13 1.82 0.12 2.15 1.30 2.36 1.86 2.24 1.58 1.30 0.20 1.14 0.84 0.28 0.29 0.58 0.31
O4' 0.93 1.39 0.25 0.15 1.26 0.42 1.36 0.45 1.47 1.18 1.48 1.27 1.52 1.31 1.13 0.13 0.62 0.99 0.58 0.29 0.81 0.63
O5' 0.90 1.72 0.24 0.21 1.40 0.25 1.52 0.21 1.74 1.19 1.84 1.49 1.83 1.39 1.16 0.14 0.82 0.88 0.37 0.19 0.64 0.39
O6 0.13 1.12 0.12 0.56 0.57 0.78 0.53 1.12 0.79 0.13 1.07 0.89 0.77 0.24 0.23 0.11 0.85 0.40 0.91 1.52 0.92 1.13
OP1 0.92 1.78 0.21 0.25 1.44 0.26 1.60 0.23 1.84 1.25 1.93 1.51 1.96 1.47 1.20 0.15 0.91 0.92 0.39 0.23 0.68 0.43
OP2 0.83 1.77 0.26 0.25 1.36 0.15 1.47 0.10 1.72 1.08 1.86 1.50 1.80 1.29 1.09 0.17 0.83 0.74 0.21 0.41 0.47 0.20
P 0.91 1.71 0.26 0.21 1.40 0.27 1.53 0.23 1.74 1.20 1.83 1.47 1.84 1.40 1.17 0.15 0.80 0.89 0.39 0.20 0.65 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.17 0.12
C2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.03 0.12 0.18 0.31 0.20
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.10 0.11 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.11 0.14 0.09
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.16 0.14 0.08
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.11 0.18 0.30 0.19
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.10 0.12 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.13 0.22 0.38 0.23
C5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.11 0.06 0.05 0.09 0.11 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.13 0.24 0.40 0.23
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.13 0.20 0.34 0.21
N1 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.03 0.13 0.22 0.36 0.22
N3 0.04 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.03 0.11 0.16 0.28 0.18
N6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.03 0.14 0.27 0.44 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.15 0.24 0.42 0.24
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.15 0.26 0.17
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.03 0.11 0.11 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.11 0.14 0.07
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.05 0.11 0.08 0.14 0.13 0.11 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.10 0.25 0.22 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.14 0.12 0.12
O5' 0.06 0.12 0.08 0.08 0.11 0.02 0.13 0.01 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.15 0.10 0.06 0.10 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.18 0.11 0.16 0.18 0.10 0.22 0.11 0.24 0.20 0.22 0.16 0.27 0.24 0.15 0.11 0.25 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.31 0.14 0.14 0.30 0.12 0.38 0.13 0.40 0.34 0.36 0.28 0.44 0.42 0.26 0.14 0.22 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.20 0.09 0.08 0.19 0.04 0.23 0.02 0.23 0.21 0.22 0.18 0.25 0.24 0.17 0.07 0.12 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00