ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51193

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 1, 13, 9, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.020, 0.030, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.036 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.025, 0.043, 0.062, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.043 std_dev=0.018
C2' B 0, 0.438, 0.613, 0.788, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.613 std_dev=0.175
O2' B 0, 0.657, 0.993, 1.329, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.993 std_dev=0.336
C1' B 0, 1.114, 1.720, 2.327, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.720 std_dev=0.606
C3' B 0, 1.168, 1.812, 2.456, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.812 std_dev=0.644
O4' A 0, 1.127, 1.854, 2.582, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.854 std_dev=0.728
C2' A 0, 1.243, 2.043, 2.843, 2.529 max_d=2.529 avg_d=2.043 std_dev=0.800
C4' A 0, 1.466, 2.348, 3.230, 2.995 max_d=2.995 avg_d=2.348 std_dev=0.882
N9 B 0, 1.644, 2.556, 3.467, 3.207 max_d=3.207 avg_d=2.556 std_dev=0.912
C8 B 0, 1.796, 2.766, 3.737, 3.541 max_d=3.541 avg_d=2.766 std_dev=0.971
O4' B 0, 1.705, 2.710, 3.716, 3.342 max_d=3.342 avg_d=2.710 std_dev=1.006
C3' A 0, 1.706, 2.747, 3.789, 3.446 max_d=3.446 avg_d=2.747 std_dev=1.041
C4' B 0, 1.761, 2.803, 3.844, 3.643 max_d=3.643 avg_d=2.803 std_dev=1.042
O2' A 0, 1.841, 3.015, 4.189, 3.690 max_d=3.690 avg_d=3.015 std_dev=1.174
N7 B 0, 2.275, 3.524, 4.773, 4.453 max_d=4.453 avg_d=3.524 std_dev=1.249
O3' A 0, 2.119, 3.412, 4.705, 4.301 max_d=4.301 avg_d=3.412 std_dev=1.293
O3' B 0, 2.101, 3.408, 4.714, 4.520 max_d=4.520 avg_d=3.408 std_dev=1.306
C4 B 0, 2.351, 3.718, 5.084, 4.510 max_d=4.510 avg_d=3.718 std_dev=1.366
C5 B 0, 2.695, 4.240, 5.784, 5.185 max_d=5.185 avg_d=4.240 std_dev=1.545
O5' B 0, 2.655, 4.260, 5.865, 5.287 max_d=5.287 avg_d=4.260 std_dev=1.605
N3 B 0, 2.794, 4.484, 6.174, 5.509 max_d=5.509 avg_d=4.484 std_dev=1.690
C5' B 0, 2.816, 4.563, 6.310, 5.666 max_d=5.666 avg_d=4.563 std_dev=1.747
C5' A 0, 2.997, 4.840, 6.683, 5.927 max_d=5.927 avg_d=4.840 std_dev=1.843
OP2 B 0, 3.286, 5.285, 7.283, 6.522 max_d=6.522 avg_d=5.285 std_dev=1.999
C6 B 0, 3.529, 5.609, 7.689, 6.772 max_d=6.772 avg_d=5.609 std_dev=2.080
C2 B 0, 3.650, 5.887, 8.124, 7.259 max_d=7.259 avg_d=5.887 std_dev=2.237
P B 0, 3.658, 5.940, 8.221, 7.188 max_d=7.188 avg_d=5.940 std_dev=2.282
N6 B 0, 3.924, 6.221, 8.517, 7.540 max_d=7.540 avg_d=6.221 std_dev=2.296
O5' A 0, 3.839, 6.267, 8.694, 7.375 max_d=7.375 avg_d=6.267 std_dev=2.428
N1 B 0, 4.021, 6.462, 8.903, 7.876 max_d=7.876 avg_d=6.462 std_dev=2.441
OP1 B 0, 4.512, 7.373, 10.233, 8.867 max_d=8.867 avg_d=7.373 std_dev=2.860
P A 0, 5.373, 8.951, 12.529, 10.542 max_d=10.542 avg_d=8.951 std_dev=3.578
OP2 A 0, 5.922, 9.852, 13.781, 11.631 max_d=11.631 avg_d=9.852 std_dev=3.930
OP1 A 0, 5.936, 9.910, 13.884, 11.729 max_d=11.729 avg_d=9.910 std_dev=3.974

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.22 0.02 0.34 0.16 0.20
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.40 0.01 0.89 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.11 0.34 1.31 0.01 2.01 1.17 1.67
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.03 0.07 0.12 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.45 0.08 0.41 0.32 0.46
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.21 0.36 0.11 0.19 0.11 0.36 0.18 0.01 0.01 0.02 0.34 0.27 0.22 0.19 0.29
C4 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.14 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.17 0.66 0.01 1.05 0.35 0.76
C4' 0.01 0.40 0.03 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.10 0.32 0.27 0.54 0.39 0.25 0.08 0.21 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.18 0.06 0.47 0.01 0.84 0.40 0.52
C5' 0.07 0.89 0.12 0.01 0.38 0.01 0.17 0.00 0.32 0.47 0.65 1.17 0.83 0.35 0.08 0.09 0.15 0.02 0.01 0.22 0.10 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.10 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.13 0.67 0.00 1.21 0.41 0.82
C8 0.01 0.01 0.05 0.36 0.00 0.32 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.16 0.21 0.51 0.02 0.33 1.01 0.55
N1 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.27 0.01 0.65 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.25 1.04 0.00 1.74 0.81 1.34
N2 0.03 0.00 0.09 0.19 0.01 0.54 0.01 1.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.12 0.41 1.66 0.01 2.53 1.75 2.19
N3 0.02 0.00 0.08 0.11 0.00 0.39 0.00 0.83 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.33 1.20 0.01 1.70 0.99 1.43
N7 0.00 0.01 0.06 0.36 0.00 0.25 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.21 0.12 0.44 0.02 0.39 0.95 0.46
N9 0.00 0.01 0.04 0.18 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.06 0.01 0.29 0.02 0.47 0.34 0.27
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.04 0.21 0.14 0.09 0.09 0.30 0.09 0.30 0.20 0.27 0.13 0.00 0.05 0.13 0.18 0.14 0.13 0.20 0.21
O3' 0.13 0.11 0.01 0.01 0.09 0.01 0.18 0.15 0.20 0.16 0.16 0.12 0.08 0.21 0.06 0.05 0.00 0.10 0.21 0.25 0.27 0.09 0.16
O4' 0.00 0.34 0.01 0.02 0.17 0.00 0.06 0.02 0.13 0.21 0.25 0.41 0.33 0.12 0.01 0.13 0.10 0.00 0.15 0.09 0.16 0.34 0.13
O5' 0.22 1.31 0.45 0.34 0.66 0.02 0.47 0.01 0.67 0.51 1.04 1.66 1.20 0.44 0.29 0.18 0.21 0.15 0.00 0.58 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.27 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.25 0.09 0.58 0.00 1.10 0.48 0.70
OP1 0.34 2.01 0.41 0.22 1.05 0.07 0.84 0.10 1.21 0.33 1.74 2.53 1.70 0.39 0.47 0.13 0.27 0.16 0.01 1.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 1.17 0.32 0.19 0.35 0.14 0.40 0.23 0.41 1.01 0.81 1.75 0.99 0.95 0.34 0.20 0.09 0.34 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.20 1.67 0.46 0.29 0.76 0.02 0.52 0.01 0.82 0.55 1.34 2.19 1.43 0.46 0.27 0.21 0.16 0.13 0.00 0.70 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.86 0.18 0.34 0.44 0.81 0.40 1.16 0.60 0.12 0.81 0.70 0.57 0.16 0.15 0.28 0.40 0.56 0.94 1.36 0.87 1.11
C2 0.30 0.19 0.15 0.21 0.25 0.18 0.27 0.24 0.25 0.34 0.21 0.20 0.26 0.32 0.30 0.27 0.57 0.48 0.22 0.22 0.28 0.31
C2' 0.35 1.42 0.59 0.10 0.91 0.67 0.82 1.19 1.07 0.26 1.34 1.24 1.01 0.46 0.51 0.72 0.18 0.34 0.92 1.54 0.88 1.19
C3' 0.70 1.84 0.98 0.38 1.34 0.31 1.32 0.84 1.58 0.74 1.82 1.62 1.56 0.97 0.94 0.97 0.28 0.11 0.53 1.29 0.48 0.85
C4 0.13 0.39 0.17 0.08 0.15 0.47 0.12 0.66 0.22 0.17 0.35 0.31 0.20 0.10 0.08 0.30 0.12 0.48 0.54 0.74 0.53 0.67
C4' 0.61 1.47 0.85 0.38 1.10 0.24 1.10 0.66 1.30 0.66 1.47 1.30 1.30 0.84 0.80 0.83 0.31 0.12 0.40 1.02 0.34 0.65
C5 0.11 0.35 0.16 0.06 0.13 0.34 0.10 0.51 0.19 0.16 0.31 0.27 0.17 0.10 0.08 0.27 0.16 0.39 0.42 0.59 0.44 0.54
C5' 1.21 1.85 1.47 1.14 1.63 0.58 1.66 0.21 1.80 1.34 1.89 1.72 1.82 1.49 1.41 1.36 1.11 0.74 0.45 0.21 0.50 0.20
C6 0.16 0.12 0.14 0.14 0.10 0.17 0.12 0.25 0.09 0.22 0.10 0.09 0.11 0.19 0.16 0.24 0.35 0.34 0.22 0.28 0.27 0.32
C8 0.08 0.77 0.18 0.20 0.39 0.56 0.35 0.84 0.53 0.10 0.73 0.63 0.51 0.14 0.14 0.27 0.22 0.43 0.68 1.03 0.67 0.85
N1 0.25 0.21 0.14 0.23 0.25 0.10 0.27 0.14 0.26 0.30 0.23 0.21 0.27 0.30 0.27 0.24 0.53 0.37 0.15 0.15 0.20 0.21
N2 0.43 0.49 0.15 0.37 0.49 0.12 0.50 0.15 0.51 0.46 0.50 0.48 0.51 0.48 0.47 0.25 0.84 0.52 0.13 0.20 0.17 0.15
N3 0.23 0.17 0.17 0.06 0.07 0.44 0.09 0.58 0.07 0.26 0.13 0.12 0.07 0.20 0.18 0.32 0.32 0.56 0.47 0.58 0.47 0.59
N7 0.08 0.59 0.17 0.11 0.28 0.42 0.24 0.64 0.38 0.11 0.54 0.47 0.36 0.09 0.09 0.26 0.09 0.38 0.52 0.79 0.53 0.67
N9 0.09 0.69 0.18 0.21 0.34 0.63 0.30 0.90 0.46 0.11 0.64 0.56 0.44 0.11 0.11 0.29 0.19 0.49 0.73 1.06 0.69 0.89
O2' 0.13 1.36 0.18 0.67 0.66 1.17 0.53 1.79 0.84 0.20 1.22 1.12 0.75 0.11 0.19 0.39 0.83 0.71 1.57 2.24 1.53 1.83
O3' 0.59 2.00 0.84 0.19 1.34 0.55 1.32 1.20 1.67 0.58 1.99 1.71 1.64 0.87 0.85 0.86 0.13 0.23 0.92 1.86 0.92 1.33
O4' 0.23 0.97 0.42 0.10 0.64 0.48 0.62 0.82 0.80 0.27 0.96 0.83 0.79 0.41 0.38 0.46 0.13 0.28 0.61 1.06 0.54 0.79
O5' 1.74 2.17 1.95 1.67 2.07 1.16 2.11 0.81 2.19 1.88 2.22 2.10 2.20 1.99 1.93 1.76 1.56 1.34 1.06 0.46 1.10 0.83
O6 0.15 0.11 0.14 0.16 0.12 0.11 0.15 0.16 0.12 0.21 0.11 0.10 0.14 0.20 0.16 0.22 0.36 0.28 0.16 0.19 0.21 0.23
OP1 2.14 2.29 2.29 2.26 2.31 1.86 2.36 1.65 2.38 2.30 2.35 2.26 2.41 2.35 2.27 2.09 2.32 1.90 1.85 1.37 1.86 1.65
OP2 2.35 2.70 2.47 2.49 2.77 1.93 2.97 1.79 3.01 2.88 2.88 2.60 3.12 3.02 2.70 1.96 2.27 2.06 2.24 1.71 2.46 2.08
P 2.27 2.46 2.42 2.39 2.51 1.90 2.59 1.67 2.61 2.52 2.56 2.42 2.65 2.59 2.46 2.10 2.35 1.99 1.95 1.40 2.00 1.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.04 0.11 0.12 0.15 0.11
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.10 0.11 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.12 0.06 0.14 0.13 0.11 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.10 0.11 0.12 0.10
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.12 0.14 0.16 0.14
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.04 0.11 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.03 0.14 0.17 0.19 0.15
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.10 0.11 0.11 0.11
N1 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.03 0.13 0.15 0.18 0.14
N3 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.04 0.09 0.10 0.12 0.09
N6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.03 0.15 0.19 0.22 0.18
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.13 0.15 0.16 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05 0.04
O3' 0.01 0.19 0.02 0.00 0.10 0.01 0.10 0.02 0.14 0.07 0.18 0.16 0.14 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.12 0.09 0.08
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05
O5' 0.04 0.11 0.03 0.04 0.10 0.01 0.12 0.01 0.14 0.10 0.13 0.09 0.15 0.13 0.08 0.04 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.06 0.08 0.11 0.05 0.14 0.05 0.17 0.11 0.15 0.10 0.19 0.15 0.08 0.08 0.12 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.15 0.05 0.06 0.12 0.03 0.16 0.02 0.19 0.11 0.18 0.12 0.22 0.16 0.09 0.05 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.11 0.03 0.05 0.10 0.01 0.14 0.01 0.15 0.11 0.14 0.09 0.18 0.15 0.08 0.04 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00