ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51194

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 12, 7, 8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.010, 0.017, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.012, 0.020, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.017, 0.033, 0.050, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.022, 0.048, 0.075, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.048 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.020, 0.069, 0.118, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.069 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.035, 0.087, 0.140, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.087 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.032, 0.104, 0.176, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.104 std_dev=0.072
C5' A 0, 0.054, 0.141, 0.227, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.141 std_dev=0.087
C4' B 0, 0.064, 0.151, 0.238, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.151 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.081, 0.169, 0.256, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.169 std_dev=0.088
O4' B 0, 0.076, 0.169, 0.263, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.169 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.027, 0.120, 0.214, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.120 std_dev=0.094
C5' B 0, 0.070, 0.168, 0.266, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.168 std_dev=0.098
C1' B 0, 0.095, 0.194, 0.294, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.194 std_dev=0.100
C2' B 0, 0.104, 0.205, 0.305, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.205 std_dev=0.100
O2' B 0, 0.104, 0.207, 0.310, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.207 std_dev=0.103
C3' B 0, 0.078, 0.184, 0.290, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.184 std_dev=0.106
P A 0, 0.102, 0.209, 0.316, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.209 std_dev=0.107
O3' A 0, 0.048, 0.168, 0.289, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.168 std_dev=0.121
O3' B 0, 0.072, 0.194, 0.316, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.194 std_dev=0.122
OP2 A 0, 0.091, 0.224, 0.356, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.224 std_dev=0.133
OP1 A 0, 0.103, 0.239, 0.375, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.239 std_dev=0.136
N9 B 0, 0.077, 0.221, 0.365, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.221 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.058, 0.213, 0.367, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.213 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.084, 0.244, 0.405, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.244 std_dev=0.160
P B 0, 0.070, 0.240, 0.409, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.240 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.077, 0.247, 0.416, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.247 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.096, 0.280, 0.464, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.280 std_dev=0.184
OP2 B 0, 0.091, 0.275, 0.460, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.275 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.033, 0.269, 0.505, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.269 std_dev=0.236
C8 B 0, 0.008, 0.257, 0.505, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.257 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.061, 0.310, 0.559, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.310 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.035, 0.311, 0.587, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.311 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.021, 0.298, 0.574, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.298 std_dev=0.276
N7 B 0, -0.008, 0.292, 0.592, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.292 std_dev=0.300
N6 B 0, -0.020, 0.342, 0.703, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.342 std_dev=0.361

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.14 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.13 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.10 0.15 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.11 0.16 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.09 0.12 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.15 0.11
N2 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.07 0.01 0.09 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.09
N7 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.11 0.15 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.08 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.12 0.16 0.12
OP1 0.05 0.09 0.05 0.06 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.05 0.08 0.05 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.14 0.05 0.04 0.13 0.02 0.15 0.01 0.16 0.12 0.15 0.14 0.12 0.15 0.11 0.04 0.07 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.04 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.03 0.06 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.13 0.07 0.08 0.11 0.14 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.12 0.10 0.10
C2 0.10 0.12 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09
C2' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.09 0.13 0.16 0.09 0.07 0.17 0.18 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.11
C3' 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.09 0.14 0.10 0.14 0.17 0.09 0.06 0.19 0.20 0.11 0.09 0.09 0.08 0.12 0.15 0.14 0.14
C4 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09
C4' 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.13 0.10 0.12 0.18 0.07 0.06 0.17 0.19 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.15 0.14 0.14
C5 0.09 0.13 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09
C5' 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.13 0.10 0.12 0.18 0.07 0.08 0.17 0.20 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.16 0.14 0.14
C6 0.10 0.14 0.08 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09
C8 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09
N1 0.10 0.13 0.09 0.07 0.12 0.08 0.11 0.08 0.12 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10
N2 0.11 0.13 0.10 0.08 0.12 0.08 0.12 0.08 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.07 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10
N3 0.09 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09
N7 0.09 0.13 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09
N9 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09
O2' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.18 0.12 0.17 0.20 0.13 0.09 0.21 0.22 0.14 0.12 0.11 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13
O3' 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.19 0.12 0.19 0.21 0.14 0.08 0.24 0.24 0.13 0.10 0.09 0.10 0.15 0.18 0.17 0.17
O4' 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.15 0.08 0.10 0.13 0.16 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.13 0.12 0.11
O5' 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.13 0.11 0.12 0.17 0.09 0.10 0.16 0.18 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.16 0.14 0.14
O6 0.10 0.15 0.09 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08 0.12 0.10 0.14 0.14 0.12 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10
OP1 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.14 0.12 0.14 0.19 0.09 0.09 0.19 0.20 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.18 0.17 0.16
OP2 0.12 0.14 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.17 0.13 0.14 0.16 0.18 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.16 0.14 0.14
P 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.12 0.17 0.09 0.10 0.16 0.19 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.16 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C2 0.03 0.00 0.09 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.02 0.05 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.04 0.06 0.06 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.02 0.02 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.09 0.10 0.13 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.02 0.11 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.10 0.12 0.16 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.09 0.09 0.07 0.08
N1 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.02 0.08 0.10 0.14 0.12
N3 0.03 0.00 0.09 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.08 0.02 0.04 0.05 0.08 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.13 0.17 0.20 0.18
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.12 0.13 0.13 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.11 0.13 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.11 0.06 0.08 0.07 0.10 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.08 0.04 0.13 0.12 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.05 0.17 0.13 0.05 0.06 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.11 0.04 0.04 0.09 0.02 0.13 0.01 0.16 0.07 0.14 0.08 0.20 0.13 0.06 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.11 0.01 0.14 0.08 0.12 0.06 0.18 0.13 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00