ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51195

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 10, 9, 4, 4, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.016, 0.099, 0.182, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.099 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.010, 0.094, 0.179, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.094 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.040, 0.144, 0.248, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.144 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.029, 0.161, 0.294, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.161 std_dev=0.133
C3' A 0, 0.020, 0.154, 0.287, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.154 std_dev=0.134
N9 B 0, 0.153, 0.293, 0.432, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.293 std_dev=0.139
C1' B 0, 0.116, 0.265, 0.415, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.265 std_dev=0.149
C2' B 0, 0.103, 0.253, 0.403, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.253 std_dev=0.150
C3' B 0, 0.099, 0.250, 0.401, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.250 std_dev=0.151
C5' B 0, 0.159, 0.312, 0.465, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.312 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.112, 0.267, 0.422, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.267 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.027, 0.186, 0.344, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.186 std_dev=0.159
C4 B 0, 0.159, 0.320, 0.482, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.320 std_dev=0.162
C8 B 0, 0.163, 0.329, 0.495, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.329 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.187, 0.355, 0.522, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.355 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.080, 0.250, 0.419, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.250 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.109, 0.279, 0.448, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.279 std_dev=0.170
P B 0, 0.201, 0.371, 0.541, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.371 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.077, 0.251, 0.426, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.251 std_dev=0.174
N7 B 0, 0.182, 0.364, 0.546, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.364 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.174, 0.357, 0.541, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.357 std_dev=0.183
O3' A 0, 0.036, 0.235, 0.434, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.235 std_dev=0.199
OP2 B 0, 0.233, 0.435, 0.638, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.435 std_dev=0.203
N3 B 0, 0.137, 0.341, 0.546, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.341 std_dev=0.205
OP1 B 0, 0.217, 0.428, 0.638, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.428 std_dev=0.211
C5' A 0, 0.030, 0.242, 0.454, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.242 std_dev=0.212
C6 B 0, 0.192, 0.417, 0.642, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.417 std_dev=0.225
P A 0, 0.134, 0.361, 0.588, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.361 std_dev=0.227
N6 B 0, 0.218, 0.473, 0.728, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.473 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.146, 0.402, 0.658, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.402 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.174, 0.439, 0.704, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.439 std_dev=0.265
OP1 A 0, 0.078, 0.581, 1.084, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.581 std_dev=0.503
OP2 A 0, 0.155, 0.681, 1.208, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.681 std_dev=0.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.20 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.03 0.08 0.01 0.42 0.24 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.15 0.06 0.06
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.16 0.07 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.40 0.23 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.48 0.31 0.15
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.14 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.10 0.00 0.52 0.34 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.42 0.27 0.13
N1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.09 0.01 0.48 0.30 0.15
N2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.08 0.01 0.41 0.22 0.12
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.03 0.07 0.00 0.37 0.20 0.11
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.51 0.34 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.33 0.19 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.12 0.07 0.03
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.10 0.14 0.10 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.10 0.07 0.25 0.13 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.02 0.17 0.12 0.06
O5' 0.04 0.08 0.05 0.08 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.07 0.02 0.10 0.06 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.00 0.56 0.39 0.18
OP1 0.20 0.42 0.15 0.16 0.40 0.10 0.48 0.14 0.52 0.42 0.48 0.41 0.37 0.51 0.33 0.12 0.25 0.17 0.02 0.56 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.24 0.06 0.07 0.23 0.12 0.31 0.19 0.34 0.27 0.30 0.22 0.20 0.34 0.19 0.07 0.13 0.12 0.02 0.39 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.06 0.08 0.12 0.02 0.15 0.01 0.16 0.13 0.15 0.12 0.11 0.17 0.10 0.03 0.11 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.18 0.12 0.09 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.12 0.17 0.17 0.13 0.12 0.12 0.14 0.09 0.16 0.13 0.17 0.13 0.13
C2 0.11 0.18 0.11 0.09 0.15 0.10 0.15 0.15 0.17 0.13 0.18 0.17 0.17 0.14 0.12 0.15 0.09 0.10 0.16 0.14 0.12 0.12
C2' 0.10 0.15 0.09 0.07 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.10 0.10 0.10 0.13 0.07 0.15 0.11 0.17 0.15 0.12
C3' 0.09 0.15 0.09 0.08 0.10 0.13 0.09 0.13 0.10 0.10 0.13 0.14 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.15 0.12 0.20 0.17 0.14
C4 0.10 0.19 0.10 0.07 0.14 0.10 0.14 0.14 0.16 0.12 0.18 0.17 0.16 0.13 0.12 0.15 0.06 0.13 0.14 0.15 0.11 0.12
C4' 0.12 0.20 0.12 0.08 0.14 0.11 0.13 0.11 0.15 0.12 0.19 0.18 0.15 0.12 0.12 0.14 0.08 0.15 0.10 0.18 0.14 0.11
C5 0.10 0.21 0.10 0.07 0.15 0.09 0.15 0.14 0.17 0.12 0.20 0.18 0.18 0.13 0.12 0.14 0.06 0.12 0.14 0.15 0.11 0.12
C5' 0.13 0.25 0.13 0.08 0.17 0.11 0.16 0.11 0.19 0.13 0.23 0.21 0.18 0.13 0.14 0.15 0.08 0.15 0.10 0.18 0.14 0.11
C6 0.11 0.21 0.10 0.07 0.16 0.09 0.16 0.14 0.19 0.13 0.21 0.19 0.20 0.15 0.13 0.14 0.07 0.11 0.16 0.14 0.12 0.12
C8 0.11 0.21 0.11 0.08 0.15 0.11 0.14 0.14 0.17 0.11 0.20 0.19 0.16 0.12 0.12 0.14 0.07 0.14 0.13 0.16 0.12 0.12
N1 0.11 0.20 0.11 0.09 0.16 0.10 0.16 0.15 0.19 0.13 0.20 0.18 0.20 0.15 0.13 0.15 0.09 0.10 0.17 0.14 0.12 0.13
N2 0.12 0.17 0.12 0.11 0.15 0.12 0.16 0.17 0.17 0.14 0.18 0.16 0.18 0.15 0.13 0.16 0.11 0.10 0.18 0.14 0.12 0.13
N3 0.10 0.17 0.10 0.07 0.13 0.09 0.13 0.14 0.15 0.12 0.16 0.16 0.15 0.13 0.11 0.16 0.07 0.12 0.14 0.15 0.11 0.12
N7 0.11 0.22 0.11 0.07 0.15 0.10 0.15 0.13 0.18 0.12 0.21 0.19 0.18 0.13 0.12 0.14 0.06 0.13 0.14 0.15 0.11 0.12
N9 0.11 0.19 0.11 0.08 0.14 0.11 0.13 0.14 0.15 0.12 0.18 0.18 0.15 0.12 0.12 0.14 0.07 0.15 0.13 0.16 0.12 0.12
O2' 0.12 0.17 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.15 0.16 0.11 0.11 0.11 0.13 0.09 0.15 0.12 0.16 0.13 0.12
O3' 0.11 0.14 0.09 0.12 0.10 0.17 0.09 0.18 0.10 0.12 0.12 0.13 0.09 0.11 0.10 0.10 0.14 0.17 0.16 0.24 0.22 0.19
O4' 0.15 0.23 0.15 0.12 0.17 0.14 0.17 0.14 0.19 0.15 0.22 0.21 0.18 0.15 0.15 0.16 0.10 0.18 0.13 0.17 0.14 0.13
O5' 0.12 0.23 0.12 0.09 0.15 0.12 0.14 0.12 0.17 0.12 0.21 0.20 0.16 0.12 0.12 0.14 0.08 0.14 0.11 0.16 0.12 0.12
O6 0.11 0.23 0.10 0.08 0.16 0.09 0.17 0.15 0.21 0.14 0.23 0.20 0.21 0.16 0.13 0.14 0.08 0.11 0.17 0.15 0.12 0.13
OP1 0.31 0.28 0.23 0.22 0.29 0.31 0.30 0.33 0.30 0.33 0.29 0.27 0.31 0.33 0.31 0.22 0.18 0.38 0.32 0.32 0.31 0.32
OP2 0.19 0.24 0.14 0.10 0.21 0.14 0.21 0.15 0.23 0.21 0.24 0.22 0.23 0.21 0.20 0.14 0.08 0.22 0.14 0.18 0.16 0.15
P 0.15 0.20 0.13 0.11 0.16 0.15 0.16 0.15 0.18 0.16 0.20 0.18 0.17 0.16 0.15 0.14 0.09 0.19 0.15 0.17 0.15 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.02 0.13 0.19 0.25 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.16 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.08 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.14 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.13 0.15 0.20 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.15 0.17 0.21 0.17
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.09 0.07 0.12 0.13 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.16 0.19 0.24 0.19
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.17 0.15 0.14 0.15
N1 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.14 0.19 0.25 0.19
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.12 0.17 0.23 0.15
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.17 0.21 0.25 0.21
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.18 0.18 0.19 0.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.12 0.14 0.11
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.13 0.14 0.07
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.18 0.14 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06
O5' 0.06 0.13 0.04 0.03 0.13 0.02 0.15 0.01 0.16 0.17 0.14 0.12 0.17 0.18 0.12 0.03 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.19 0.13 0.15 0.15 0.08 0.17 0.05 0.19 0.15 0.19 0.17 0.21 0.18 0.12 0.13 0.18 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.25 0.16 0.14 0.20 0.06 0.21 0.02 0.24 0.14 0.25 0.23 0.25 0.19 0.14 0.14 0.14 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.18 0.08 0.08 0.15 0.02 0.17 0.01 0.19 0.15 0.19 0.15 0.21 0.18 0.11 0.07 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00